# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Jul 31 07:19:12 2021
#   Inital geometry file: a 146 line input string
#   Ligand name: (3beta,5beta,7alpha,14beta,17alpha)-3,7-dihydroxycholan-24-oic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H](CCC(O)=O)[C@H]1CC[C@H]2[C@@H]3[C@@H](O)C[C@@H]4C[C@@H](O)CC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]12C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IU5  IU5  '(3beta,5beta,7alpha,14beta,17alpha)-3,7-dihydroxycholan-24-oic acid'  ligand  68  28  .  2021-08-11  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_IU5
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IU5  C1    C  CH2   0  -0.422  18.8688  -0.1700  12.0393
 IU5  C10   C  CT    0  -0.054  19.6936   0.9968  12.6133
 IU5  C11   C  CH2   0  -0.441  17.6746   1.8547  13.9535
 IU5  C12   C  CH2   0  -0.401  16.7958   3.0448  14.3282
 IU5  C13   C  CT    0  -0.060  17.6301   4.2000  14.8626
 IU5  C14   C  CH1   0  -0.172  18.6779   4.5705  13.7993
 IU5  C15   C  CH2   0  -0.486  19.1931   5.9394  14.2738
 IU5  C16   C  CH2   0  -0.442  17.9861   6.5908  14.9926
 IU5  C17   C  CH1   0  -0.182  16.8664   5.5337  14.9623
 IU5  C18   C  CH3   0  -0.685  18.2700   3.8168  16.1997
 IU5  C19   C  CH3   0  -0.673  20.4295   0.4454  13.8404
 IU5  O1A   O  OH1   0  -0.681  21.5997   4.8011  12.8666
 IU5  O1B   O  OH1   0  -0.679  20.0114  -0.5919   9.3509
 IU5  C2    C  CH2   0  -0.458  18.2022   0.1294  10.7033
 IU5  C20   C  CH1   0  -0.229  15.7591   5.6466  16.0272
 IU5  C21   C  CH3   0  -0.669  14.6299   6.5396  15.5102
 IU5  C22   C  CH2   0  -0.455  16.2345   6.1477  17.3979
 IU5  C23   C  CH2   0  -0.547  15.2533   5.7876  18.5177
 IU5  C24   C  C     0   0.531  15.6993   6.2759  19.8674
 IU5  C3    C  CH1   0   0.054  19.2209   0.5458   9.6552
 IU5  C4    C  CH2   0  -0.485  20.0647   1.7026  10.1762
 IU5  O4    O  O     0  -0.449  15.9202   5.5722  20.8232
 IU5  O4A   O  OH1   0  -0.593  15.8291   7.5991  19.9044
 IU5  C5    C  CH1   0  -0.209  20.7143   1.4276  11.5380
 IU5  C6    C  CH2   0  -0.455  21.5383   2.6236  12.0007
 IU5  C7    C  CH1   0   0.082  20.6878   3.8140  12.4149
 IU5  C8    C  CH1   0  -0.258  19.6461   3.4296  13.4749
 IU5  C9    C  CH1   0  -0.203  18.8093   2.2154  12.9852
 IU5  HC11  H  HCH2  0   0.221  19.5427  -1.0230  11.9130
 IU5  HC12  H  HCH2  0   0.228  18.1180  -0.4979  12.7617
 IU5  H111  H  HCH2  0   0.219  18.0803   1.3991  14.8610
 IU5  H112  H  HCH2  0   0.232  17.0399   1.0934  13.4947
 IU5  H121  H  HCH2  0   0.208  16.2503   3.3859  13.4404
 IU5  H122  H  HCH2  0   0.220  16.0399   2.7302  15.0553
 IU5  H141  H  HCH1  0   0.208  18.1105   4.7593  12.8743
 IU5  H151  H  HCH2  0   0.230  20.0368   5.8354  14.9596
 IU5  H152  H  HCH2  0   0.223  19.5275   6.5664  13.4432
 IU5  H161  H  HCH2  0   0.230  18.2630   6.8522  16.0146
 IU5  H162  H  HCH2  0   0.231  17.6741   7.5192  14.5117
 IU5  H171  H  HCH1  0   0.214  16.3611   5.6297  13.9921
 IU5  H181  H  HCH3  0   0.232  18.9034   4.6102  16.5995
 IU5  H182  H  HCH3  0   0.229  17.5006   3.6054  16.9460
 IU5  H183  H  HCH3  0   0.237  18.8889   2.9230  16.1271
 IU5  H191  H  HCH3  0   0.229  20.9486   1.2055  14.4234
 IU5  H192  H  HCH3  0   0.228  19.7410  -0.0648  14.5160
 IU5  H193  H  HCH3  0   0.226  21.1754  -0.2915  13.5331
 IU5  HOA1  H  HOH1  0   0.453  21.1437   5.6446  12.9146
 IU5  HOB1  H  HOH1  0   0.444  20.7606  -0.3017   8.8217
 IU5  HC21  H  HCH2  0   0.233  17.6473  -0.7460  10.3546
 IU5  HC22  H  HCH2  0   0.222  17.4660   0.9310  10.8116
 IU5  H201  H  HCH1  0   0.222  15.3438   4.6394  16.1628
 IU5  H211  H  HCH3  0   0.226  13.8163   6.6398  16.2309
 IU5  H212  H  HCH3  0   0.219  15.0008   7.5439  15.2918
 IU5  H213  H  HCH3  0   0.229  14.1995   6.1384  14.5913
 IU5  H221  H  HCH2  0   0.248  17.2083   5.7267  17.6483
 IU5  H222  H  HCH2  0   0.235  16.3712   7.2313  17.3572
 IU5  H231  H  HCH2  0   0.267  14.2673   6.2137  18.3118
 IU5  H232  H  HCH2  0   0.257  15.1322   4.7055  18.5734
 IU5  HC31  H  HCH1  0   0.205  18.6909   0.8826   8.7521
 IU5  HC41  H  HCH2  0   0.234  20.8497   1.9398   9.4478
 IU5  HC42  H  HCH2  0   0.224  19.4270   2.5896  10.2135
 IU5  HOA4  H  HOH1  0   0.479  16.1230   7.8788  20.7841
 IU5  HC51  H  HCH1  0   0.218  21.4082   0.5897  11.3976
 IU5  HC61  H  HCH2  0   0.227  22.1664   2.3355  12.8496
 IU5  HC62  H  HCH2  0   0.228  22.2211   2.9281  11.2014
 IU5  HC71  H  HCH1  0   0.186  20.1418   4.1876  11.5346
 IU5  HC81  H  HCH1  0   0.209  20.1915   3.1524  14.3851
 IU5  HC91  H  HCH1  0   0.211  18.3161   2.5554  12.0630

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IU5  C1   C10   single  1.540  0.020  1.540
 IU5  C1   C2    single  1.523  0.020  1.523
 IU5  C1   HC11  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C1   HC12  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C10  C19   single  1.533  0.020  1.533
 IU5  C10  C5    single  1.544  0.020  1.544
 IU5  C10  C9    single  1.551  0.020  1.551
 IU5  C11  C12   single  1.526  0.020  1.526
 IU5  C11  C9    single  1.535  0.020  1.535
 IU5  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C12  C13   single  1.522  0.020  1.522
 IU5  C12  H121  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C12  H122  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C13  C14   single  1.538  0.020  1.538
 IU5  C13  C17   single  1.540  0.020  1.540
 IU5  C13  C18   single  1.531  0.020  1.531
 IU5  C14  C15   single  1.538  0.020  1.538
 IU5  C14  C8    single  1.531  0.020  1.531
 IU5  C14  H141  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C15  C16   single  1.548  0.020  1.548
 IU5  C15  H151  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C15  H152  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C16  C17   single  1.540  0.020  1.540
 IU5  C16  H161  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C16  H162  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C17  C20   single  1.540  0.020  1.540
 IU5  C17  H171  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C18  H181  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C18  H182  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C18  H183  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C19  H191  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C19  H192  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C19  H193  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  O1A  C7    single  1.418  0.020  1.418
 IU5  O1A  HOA1  single  0.850  0.020  0.980
 IU5  O1B  C3    single  1.418  0.020  1.418
 IU5  O1B  HOB1  single  0.850  0.020  0.980
 IU5  C2   C3    single  1.520  0.020  1.520
 IU5  C2   HC21  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C2   HC22  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C20  C21   single  1.530  0.020  1.530
 IU5  C20  C22   single  1.535  0.020  1.535
 IU5  C20  H201  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C21  H211  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C21  H212  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C21  H213  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C22  C23   single  1.532  0.020  1.532
 IU5  C22  H221  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C22  H222  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C23  C24   single  1.503  0.020  1.503
 IU5  C23  H231  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C23  H232  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C24  O4    double  1.207  0.020  1.207
 IU5  C24  O4A   single  1.330  0.020  1.330
 IU5  C3   C4    single  1.524  0.020  1.524
 IU5  C3   HC31  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C4   C5    single  1.534  0.020  1.534
 IU5  C4   HC41  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C4   HC42  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  O4A  HOA4  single  0.850  0.020  0.980
 IU5  C5   C6    single  1.524  0.020  1.524
 IU5  C5   HC51  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C6   C7    single  1.521  0.020  1.521
 IU5  C6   HC61  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C6   HC62  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C7   C8    single  1.535  0.020  1.535
 IU5  C7   HC71  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C8   C9    single  1.554  0.020  1.554
 IU5  C8   HC81  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C9   HC91  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IU5  HC12  C1   HC11  105.40  3.000
 IU5  HC12  C1   C2    109.78  3.000
 IU5  HC11  C1   C2    108.76  3.000
 IU5  HC12  C1   C10   110.43  3.000
 IU5  HC11  C1   C10   107.68  3.000
 IU5  C2    C1   C10   114.37  3.000
 IU5  C9    C10  C5    108.95  3.000
 IU5  C9    C10  C19   111.36  3.000
 IU5  C5    C10  C19   109.90  3.000
 IU5  C9    C10  C1    112.29  3.000
 IU5  C5    C10  C1    107.81  3.000
 IU5  C19   C10  C1    106.44  3.000
 IU5  H112  C11  H111  105.89  3.000
 IU5  H112  C11  C9    109.17  3.000
 IU5  H111  C11  C9    110.32  3.000
 IU5  H112  C11  C12   108.19  3.000
 IU5  H111  C11  C12   109.56  3.000
 IU5  C9    C11  C12   113.41  3.000
 IU5  H122  C12  H121  106.47  3.000
 IU5  H122  C12  C13   111.31  3.000
 IU5  H121  C12  C13   108.72  3.000
 IU5  H122  C12  C11   109.66  3.000
 IU5  H121  C12  C11   109.29  3.000
 IU5  C13   C12  C11   111.26  3.000
 IU5  C18   C13  C17   111.56  3.000
 IU5  C18   C13  C14   112.29  3.000
 IU5  C17   C13  C14   100.02  3.000
 IU5  C18   C13  C12   110.23  3.000
 IU5  C17   C13  C12   114.09  3.000
 IU5  C14   C13  C12   108.27  3.000
 IU5  H141  C14  C8    105.99  3.000
 IU5  H141  C14  C15   106.21  3.000
 IU5  C8    C14  C15   121.12  3.000
 IU5  H141  C14  C13   105.72  3.000
 IU5  C8    C14  C13   113.44  3.000
 IU5  C15   C14  C13   103.26  3.000
 IU5  H152  C15  H151  107.18  3.000
 IU5  H152  C15  C16   110.48  3.000
 IU5  H151  C15  C16   110.53  3.000
 IU5  H152  C15  C14   112.25  3.000
 IU5  H151  C15  C14   111.58  3.000
 IU5  C16   C15  C14   104.87  3.000
 IU5  H162  C16  H161  106.37  3.000
 IU5  H162  C16  C17   111.56  3.000
 IU5  H161  C16  C17   111.56  3.000
 IU5  H162  C16  C15   112.10  3.000
 IU5  H161  C16  C15   109.75  3.000
 IU5  C17   C16  C15   105.59  3.000
 IU5  H171  C17  C20   105.88  3.000
 IU5  H171  C17  C16   106.97  3.000
 IU5  C20   C17  C16   117.30  3.000
 IU5  H171  C17  C13   104.28  3.000
 IU5  C20   C17  C13   117.69  3.000
 IU5  C16   C17  C13   103.60  3.000
 IU5  H183  C18  H182  106.66  3.000
 IU5  H183  C18  H181  106.93  3.000
 IU5  H182  C18  H181  107.41  3.000
 IU5  H183  C18  C13   112.62  3.000
 IU5  H182  C18  C13   110.53  3.000
 IU5  H181  C18  C13   112.37  3.000
 IU5  H193  C19  H192  106.83  3.000
 IU5  H193  C19  H191  107.21  3.000
 IU5  H192  C19  H191  107.19  3.000
 IU5  H193  C19  C10   110.18  3.000
 IU5  H192  C19  C10   111.15  3.000
 IU5  H191  C19  C10   113.95  3.000
 IU5  HOA1  O1A  C7    108.79  3.000
 IU5  HOB1  O1B  C3    108.06  3.000
 IU5  HC22  C2   HC21  106.07  3.000
 IU5  HC22  C2   C3    108.58  3.000
 IU5  HC21  C2   C3    109.85  3.000
 IU5  HC22  C2   C1    110.60  3.000
 IU5  HC21  C2   C1    110.15  3.000
 IU5  C3    C2   C1    111.44  3.000
 IU5  H201  C20  C22   107.84  3.000
 IU5  H201  C20  C21   107.34  3.000
 IU5  C22   C20  C21   109.87  3.000
 IU5  H201  C20  C17   106.86  3.000
 IU5  C22   C20  C17   114.75  3.000
 IU5  C21   C20  C17   109.87  3.000
 IU5  H213  C21  H212  107.67  3.000
 IU5  H213  C21  H211  107.20  3.000
 IU5  H212  C21  H211  107.49  3.000
 IU5  H213  C21  C20   111.17  3.000
 IU5  H212  C21  C20   110.71  3.000
 IU5  H211  C21  C20   112.38  3.000
 IU5  H222  C22  H221  106.24  3.000
 IU5  H222  C22  C23   109.90  3.000
 IU5  H221  C22  C23   108.27  3.000
 IU5  H222  C22  C20   109.22  3.000
 IU5  H221  C22  C20   110.84  3.000
 IU5  C23   C22  C20   112.19  3.000
 IU5  H232  C23  H231  107.22  3.000
 IU5  H232  C23  C24   108.03  3.000
 IU5  H231  C23  C24   108.06  3.000
 IU5  H232  C23  C22   109.99  3.000
 IU5  H231  C23  C22   110.38  3.000
 IU5  C24   C23  C22   112.96  3.000
 IU5  O4A   C24  O4    122.68  3.000
 IU5  O4A   C24  C23   112.15  3.000
 IU5  O4    C24  C23   125.16  3.000
 IU5  HC31  C3   C4    108.37  3.000
 IU5  HC31  C3   C2    109.09  3.000
 IU5  C4    C3   C2    110.09  3.000
 IU5  HC31  C3   O1B   109.75  3.000
 IU5  C4    C3   O1B   111.94  3.000
 IU5  C2    C3   O1B   107.56  3.000
 IU5  HC42  C4   HC41  105.35  3.000
 IU5  HC42  C4   C5    111.24  3.000
 IU5  HC41  C4   C5    108.99  3.000
 IU5  HC42  C4   C3    107.74  3.000
 IU5  HC41  C4   C3    109.48  3.000
 IU5  C5    C4   C3    113.71  3.000
 IU5  HOA4  O4A  C24   110.00  3.000
 IU5  HC51  C5   C6    107.23  3.000
 IU5  HC51  C5   C4    106.93  3.000
 IU5  C6    C5   C4    110.96  3.000
 IU5  HC51  C5   C10   107.11  3.000
 IU5  C6    C5   C10   111.40  3.000
 IU5  C4    C5   C10   112.86  3.000
 IU5  HC62  C6   HC61  106.35  3.000
 IU5  HC62  C6   C7    109.28  3.000
 IU5  HC61  C6   C7    108.41  3.000
 IU5  HC62  C6   C5    109.50  3.000
 IU5  HC61  C6   C5    109.82  3.000
 IU5  C7    C6   C5    113.24  3.000
 IU5  HC71  C7   C8    107.49  3.000
 IU5  HC71  C7   C6    108.98  3.000
 IU5  C8    C7   C6    111.82  3.000
 IU5  HC71  C7   O1A   109.72  3.000
 IU5  C8    C7   O1A   113.00  3.000
 IU5  C6    C7   O1A   105.79  3.000
 IU5  HC81  C8   C9    109.38  3.000
 IU5  HC81  C8   C7    107.39  3.000
 IU5  C9    C8   C7    110.09  3.000
 IU5  HC81  C8   C14   109.08  3.000
 IU5  C9    C8   C14   107.97  3.000
 IU5  C7    C8   C14   112.88  3.000
 IU5  HC91  C9   C8    105.32  3.000
 IU5  HC91  C9   C11   105.67  3.000
 IU5  C8    C9   C11   112.52  3.000
 IU5  HC91  C9   C10   107.31  3.000
 IU5  C8    C9   C10   112.49  3.000
 IU5  C11   C9   C10   112.84  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IU5  CONST_01  HOA4  O4A  C24  C23   180.00   0.0  0
 IU5  Var_01    C3    C2   C1   C10    57.12  30.0  1
 IU5  Var_02    C9    C11  C12  C13   -53.70  30.0  1
 IU5  Var_03    C17   C16  C15  C14     3.04  30.0  1
 IU5  Var_04    C24   C23  C22  C20  -179.74  30.0  3
 IU5  Var_05    O4    C24  C23  C22  -119.78  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 IU5  chir_01  C10  C1   C5   C9   negativ
 IU5  chir_02  C13  C17  C14  C12  positiv
 IU5  chir_03  C14  C13  C15  C8   negativ
 IU5  chir_04  C17  C13  C16  C20  positiv
 IU5  chir_05  C20  C17  C21  C22  positiv
 IU5  chir_06  C3   O1B  C2   C4   negativ
 IU5  chir_07  C5   C6   C4   C10  positiv
 IU5  chir_08  C7   O1A  C6   C8   negativ
 IU5  chir_09  C8   C9   C7   C14  negativ
 IU5  chir_10  C9   C8   C11  C10  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IU5  plan-1  C23   0.020
 IU5  plan-1  C24   0.020
 IU5  plan-1  O4    0.020
 IU5  plan-1  O4A   0.020
 IU5  plan-1  HOA4  0.020

