# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  8 00:26:52 2020
#   Inital geometry file: a 146 line input string
#   Ligand name: (3beta,5beta,7alpha,14beta,17alpha)-3,7-dihydroxycholan-24-oic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H](CCC(O)=O)[C@H]1CC[C@H]2[C@@H]3[C@@H](O)C[C@@H]4C[C@@H](O)CC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]12C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IU5  IU5  '(3beta,5beta,7alpha,14beta,17alpha)-3,7-dihydroxycholan-24-oic acid'  ligand  67  28  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_IU5
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IU5  C1    C  CH2    0  -0.413   1.8878   0.2068  -4.2314
 IU5  C10   C  CT     0  -0.051   0.5898   0.7189  -3.5815
 IU5  C11   C  CH2    0  -0.432   1.6271   0.7756  -1.2324
 IU5  C12   C  CH2    0  -0.409   1.5768   0.2474   0.1989
 IU5  C13   C  CT     0  -0.055   0.2473   0.5562   0.8825
 IU5  C14   C  CH1    0  -0.174  -0.8824   0.0339  -0.0345
 IU5  C15   C  CH2    0  -0.424  -2.1205   0.1222   0.8524
 IU5  C16   C  CH2    0  -0.450  -1.5926  -0.2448   2.2515
 IU5  C17   C  CH1    0  -0.159  -0.0440  -0.2475   2.1739
 IU5  C18   C  CH3    0  -0.683   0.1178   2.0577   1.1586
 IU5  C19   C  CH3    0  -0.676   0.6024   2.2481  -3.6922
 IU5  O1A   O  OH1    0  -0.671  -3.2580   0.6801  -1.7602
 IU5  O1B   O  OH1    0  -0.679   0.8284  -1.4308  -6.5062
 IU5  C2    C  CH2    0  -0.485   1.9638  -1.3081  -4.3556
 IU5  C20   C  CH1    0  -0.228   0.6001   0.1921   3.4988
 IU5  C21   C  CH3    0  -0.672   2.1243   0.2528   3.4367
 IU5  C22   C  CH2    0  -0.394   0.1471  -0.7479   4.6265
 IU5  C23   C  CH2    0  -0.596   0.5685  -0.3238   6.0254
 IU5  C24   C  C      0   0.415  -0.0174  -1.1598   7.1794
 IU5  C3    C  CH1    0   0.049   0.7884  -1.8600  -5.1549
 IU5  C4    C  CH2    0  -0.450  -0.5239  -1.3809  -4.5571
 IU5  O4    O  O      0  -0.609  -0.8219  -2.0701   6.8985
 IU5  O4A   O  OC    -1  -0.636   0.3696  -0.8479   8.3265
 IU5  C5    C  CH1    0  -0.215  -0.5984   0.1415  -4.3809
 IU5  C6    C  CH2    0  -0.473  -1.9231   0.5583  -3.7546
 IU5  C7    C  CH1    0   0.097  -2.0573   0.1465  -2.2923
 IU5  C8    C  CH1    0  -0.246  -0.8852   0.6368  -1.4431
 IU5  C9    C  CH1    0  -0.206   0.4707   0.2774  -2.1021
 IU5  HC11  H  HCH2   0   0.226   2.7588   0.5837  -3.6909
 IU5  HC12  H  HCH2   0   0.218   1.9611   0.6441  -5.2327
 IU5  H111  H  HCH2   0   0.229   2.5794   0.4646  -1.6671
 IU5  H112  H  HCH2   0   0.217   1.6465   1.8694  -1.2277
 IU5  H121  H  HCH2   0   0.206   1.7175  -0.8403   0.1842
 IU5  H122  H  HCH2   0   0.222   2.4219   0.6600   0.7527
 IU5  H141  H  HCH1   0   0.200  -0.6733  -1.0392  -0.1750
 IU5  H151  H  HCH2   0   0.220  -2.9195  -0.5418   0.5265
 IU5  H152  H  HCH2   0   0.209  -2.5329   1.1327   0.8425
 IU5  H161  H  HCH2   0   0.224  -1.9709  -1.2163   2.5729
 IU5  H162  H  HCH2   0   0.214  -1.9363   0.4765   2.9978
 IU5  H171  H  HCH1   0   0.198   0.2929  -1.2772   1.9830
 IU5  H181  H  HCH3   0   0.230   0.0973   2.6536   0.2457
 IU5  H182  H  HCH3   0   0.230  -0.7858   2.3005   1.7210
 IU5  H183  H  HCH3   0   0.226   0.9646   2.4172   1.7464
 IU5  H191  H  HCH3   0   0.225   0.4589   2.5610  -4.7294
 IU5  H192  H  HCH3   0   0.228  -0.1738   2.7251  -3.0948
 IU5  H193  H  HCH3   0   0.228   1.5590   2.6592  -3.3638
 IU5  HOA1  H  HOH1   0   0.443  -3.9885   0.3363  -2.2840
 IU5  HOB1  H  HOH1   0   0.445   1.6890  -1.6643  -6.8679
 IU5  HC21  H  HCH2   0   0.223   1.9718  -1.7777  -3.3675
 IU5  HC22  H  HCH2   0   0.233   2.9070  -1.6017  -4.8286
 IU5  H201  H  HCH1   0   0.197   0.2269   1.1976   3.7373
 IU5  H211  H  HCH3   0   0.207   2.5440  -0.7050   3.1172
 IU5  H212  H  HCH3   0   0.226   2.4839   1.0162   2.7496
 IU5  H213  H  HCH3   0   0.232   2.5529   0.4877   4.4117
 IU5  H221  H  HCH2   0   0.222  -0.9405  -0.8286   4.6148
 IU5  H222  H  HCH2   0   0.192   0.5213  -1.7563   4.4133
 IU5  H231  H  HCH2   0   0.218   1.6572  -0.3400   6.1331
 IU5  H232  H  HCH2   0   0.214   0.2838   0.7231   6.1892
 IU5  HC31  H  HCH1   0   0.206   0.8133  -2.9586  -5.1124
 IU5  HC41  H  HCH2   0   0.223  -0.6649  -1.8990  -3.6055
 IU5  HC42  H  HCH2   0   0.232  -1.3542  -1.7074  -5.1918
 IU5  HC51  H  HCH1   0   0.218  -0.5542   0.5796  -5.3843
 IU5  HC61  H  HCH2   0   0.225  -2.7530   0.1265  -4.3269
 IU5  HC62  H  HCH2   0   0.227  -2.0390   1.6450  -3.8202
 IU5  HC71  H  HCH1   0   0.180  -2.0805  -0.9528  -2.2296
 IU5  HC81  H  HCH1   0   0.205  -0.9777   1.7287  -1.3773
 IU5  HC91  H  HCH1   0   0.210   0.5298  -0.8197  -2.0792

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IU5  C1   C10   single  1.539  0.020  1.539
 IU5  C1   C2    single  1.522  0.020  1.522
 IU5  C1   HC11  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C1   HC12  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C10  C19   single  1.533  0.020  1.533
 IU5  C10  C5    single  1.544  0.020  1.544
 IU5  C10  C9    single  1.548  0.020  1.548
 IU5  C11  C12   single  1.526  0.020  1.526
 IU5  C11  C9    single  1.530  0.020  1.530
 IU5  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C12  C13   single  1.527  0.020  1.527
 IU5  C12  H121  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C12  H122  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C13  C14   single  1.546  0.020  1.546
 IU5  C13  C17   single  1.549  0.020  1.549
 IU5  C13  C18   single  1.532  0.020  1.532
 IU5  C14  C15   single  1.526  0.020  1.526
 IU5  C14  C8    single  1.532  0.020  1.532
 IU5  C14  H141  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C15  C16   single  1.540  0.020  1.540
 IU5  C15  H151  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C15  H152  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C16  C17   single  1.551  0.020  1.551
 IU5  C16  H161  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C16  H162  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C17  C20   single  1.537  0.020  1.537
 IU5  C17  H171  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C18  H181  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C18  H182  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C18  H183  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C19  H191  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C19  H192  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C19  H193  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  O1A  C7    single  1.418  0.020  1.418
 IU5  O1A  HOA1  single  0.850  0.020  0.980
 IU5  O1B  C3    single  1.418  0.020  1.418
 IU5  O1B  HOB1  single  0.850  0.020  0.980
 IU5  C2   C3    single  1.525  0.020  1.525
 IU5  C2   HC21  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C2   HC22  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C20  C21   single  1.527  0.020  1.527
 IU5  C20  C22   single  1.536  0.020  1.536
 IU5  C20  H201  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C21  H211  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C21  H212  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C21  H213  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C22  C23   single  1.521  0.020  1.521
 IU5  C22  H221  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C22  H222  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C23  C24   single  1.541  0.020  1.541
 IU5  C23  H231  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C23  H232  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C24  O4    deloc   1.247  0.020  1.247
 IU5  C24  O4A   deloc   1.250  0.020  1.250
 IU5  C3   C4    single  1.520  0.020  1.520
 IU5  C3   HC31  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C4   C5    single  1.534  0.020  1.534
 IU5  C4   HC41  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C4   HC42  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C5   C6    single  1.523  0.020  1.523
 IU5  C5   HC51  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C6   C7    single  1.525  0.020  1.525
 IU5  C6   HC61  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C6   HC62  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C7   C8    single  1.528  0.020  1.528
 IU5  C7   HC71  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C8   C9    single  1.550  0.020  1.550
 IU5  C8   HC81  single  0.970  0.020  1.090
 IU5  C9   HC91  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IU5  HC12  C1   HC11  105.15  3.000
 IU5  HC12  C1   C2    108.64  3.000
 IU5  HC11  C1   C2    110.12  3.000
 IU5  HC12  C1   C10   108.04  3.000
 IU5  HC11  C1   C10   110.41  3.000
 IU5  C2    C1   C10   114.06  3.000
 IU5  C9    C10  C5    109.20  3.000
 IU5  C9    C10  C19   110.73  3.000
 IU5  C5    C10  C19   109.99  3.000
 IU5  C9    C10  C1    111.93  3.000
 IU5  C5    C10  C1    107.82  3.000
 IU5  C19   C10  C1    107.12  3.000
 IU5  H112  C11  H111  105.72  3.000
 IU5  H112  C11  C9    109.96  3.000
 IU5  H111  C11  C9    109.88  3.000
 IU5  H112  C11  C12   110.03  3.000
 IU5  H111  C11  C12   107.66  3.000
 IU5  C9    C11  C12   113.29  3.000
 IU5  H122  C12  H121  106.40  3.000
 IU5  H122  C12  C13   111.76  3.000
 IU5  H121  C12  C13   108.55  3.000
 IU5  H122  C12  C11   108.63  3.000
 IU5  H121  C12  C11   109.05  3.000
 IU5  C13   C12  C11   112.25  3.000
 IU5  C18   C13  C17   110.02  3.000
 IU5  C18   C13  C14   112.09  3.000
 IU5  C17   C13  C14   100.48  3.000
 IU5  C18   C13  C12   110.64  3.000
 IU5  C17   C13  C12   115.61  3.000
 IU5  C14   C13  C12   107.61  3.000
 IU5  H141  C14  C8    105.44  3.000
 IU5  H141  C14  C15   106.52  3.000
 IU5  C8    C14  C15   120.68  3.000
 IU5  H141  C14  C13   105.42  3.000
 IU5  C8    C14  C13   114.44  3.000
 IU5  C15   C14  C13   103.22  3.000
 IU5  H152  C15  H151  106.54  3.000
 IU5  H152  C15  C16   111.01  3.000
 IU5  H151  C15  C16   112.22  3.000
 IU5  H152  C15  C14   110.79  3.000
 IU5  H151  C15  C14   112.72  3.000
 IU5  C16   C15  C14   103.67  3.000
 IU5  H162  C16  H161  106.11  3.000
 IU5  H162  C16  C17   110.44  3.000
 IU5  H161  C16  C17   111.07  3.000
 IU5  H162  C16  C15   110.81  3.000
 IU5  H161  C16  C15   111.17  3.000
 IU5  C17   C16  C15   107.30  3.000
 IU5  H171  C17  C20   106.79  3.000
 IU5  H171  C17  C16   108.43  3.000
 IU5  C20   C17  C16   112.01  3.000
 IU5  H171  C17  C13   106.46  3.000
 IU5  C20   C17  C13   119.43  3.000
 IU5  C16   C17  C13   103.22  3.000
 IU5  H183  C18  H182  106.94  3.000
 IU5  H183  C18  H181  106.58  3.000
 IU5  H182  C18  H181  107.11  3.000
 IU5  H183  C18  C13   110.74  3.000
 IU5  H182  C18  C13   112.38  3.000
 IU5  H181  C18  C13   112.73  3.000
 IU5  H193  C19  H192  107.12  3.000
 IU5  H193  C19  H191  107.02  3.000
 IU5  H192  C19  H191  107.55  3.000
 IU5  H193  C19  C10   111.16  3.000
 IU5  H192  C19  C10   113.04  3.000
 IU5  H191  C19  C10   110.67  3.000
 IU5  HOA1  O1A  C7    107.71  3.000
 IU5  HOB1  O1B  C3    108.05  3.000
 IU5  HC22  C2   HC21  105.59  3.000
 IU5  HC22  C2   C3    109.90  3.000
 IU5  HC21  C2   C3    108.89  3.000
 IU5  HC22  C2   C1    110.19  3.000
 IU5  HC21  C2   C1    110.73  3.000
 IU5  C3    C2   C1    111.38  3.000
 IU5  H201  C20  C22   107.49  3.000
 IU5  H201  C20  C21   108.15  3.000
 IU5  C22   C20  C21   110.40  3.000
 IU5  H201  C20  C17   107.85  3.000
 IU5  C22   C20  C17   109.52  3.000
 IU5  C21   C20  C17   113.24  3.000
 IU5  H213  C21  H212  106.47  3.000
 IU5  H213  C21  H211  107.40  3.000
 IU5  H212  C21  H211  107.65  3.000
 IU5  H213  C21  C20   111.38  3.000
 IU5  H212  C21  C20   112.55  3.000
 IU5  H211  C21  C20   111.12  3.000
 IU5  H222  C22  H221  105.67  3.000
 IU5  H222  C22  C23   109.92  3.000
 IU5  H221  C22  C23   107.86  3.000
 IU5  H222  C22  C20   108.62  3.000
 IU5  H221  C22  C20   109.36  3.000
 IU5  C23   C22  C20   115.00  3.000
 IU5  H232  C23  H231  104.92  3.000
 IU5  H232  C23  C24   107.89  3.000
 IU5  H231  C23  C24   107.25  3.000
 IU5  H232  C23  C22   109.35  3.000
 IU5  H231  C23  C22   111.23  3.000
 IU5  C24   C23  C22   115.60  3.000
 IU5  O4A   C24  O4    126.05  3.000
 IU5  O4A   C24  C23   115.73  3.000
 IU5  O4    C24  C23   118.21  3.000
 IU5  HC31  C3   C4    108.62  3.000
 IU5  HC31  C3   C2    108.90  3.000
 IU5  C4    C3   C2    110.20  3.000
 IU5  HC31  C3   O1B   109.79  3.000
 IU5  C4    C3   O1B   107.68  3.000
 IU5  C2    C3   O1B   111.60  3.000
 IU5  HC42  C4   HC41  105.40  3.000
 IU5  HC42  C4   C5    109.00  3.000
 IU5  HC41  C4   C5    111.35  3.000
 IU5  HC42  C4   C3    109.44  3.000
 IU5  HC41  C4   C3    107.74  3.000
 IU5  C5    C4   C3    113.58  3.000
 IU5  HC51  C5   C6    107.59  3.000
 IU5  HC51  C5   C4    106.83  3.000
 IU5  C6    C5   C4    111.16  3.000
 IU5  HC51  C5   C10   107.07  3.000
 IU5  C6    C5   C10   110.73  3.000
 IU5  C4    C5   C10   113.14  3.000
 IU5  HC62  C6   HC61  106.23  3.000
 IU5  HC62  C6   C7    108.43  3.000
 IU5  HC61  C6   C7    109.11  3.000
 IU5  HC62  C6   C5    109.81  3.000
 IU5  HC61  C6   C5    109.62  3.000
 IU5  C7    C6   C5    113.38  3.000
 IU5  HC71  C7   C8    107.74  3.000
 IU5  HC71  C7   C6    109.03  3.000
 IU5  C8    C7   C6    112.25  3.000
 IU5  HC71  C7   O1A   109.66  3.000
 IU5  C8    C7   O1A   108.68  3.000
 IU5  C6    C7   O1A   109.44  3.000
 IU5  HC81  C8   C9    109.26  3.000
 IU5  HC81  C8   C7    106.73  3.000
 IU5  C9    C8   C7    111.12  3.000
 IU5  HC81  C8   C14   109.66  3.000
 IU5  C9    C8   C14   107.34  3.000
 IU5  C7    C8   C14   112.71  3.000
 IU5  HC91  C9   C8    105.65  3.000
 IU5  HC91  C9   C11   105.81  3.000
 IU5  C8    C9   C11   110.12  3.000
 IU5  HC91  C9   C10   107.48  3.000
 IU5  C8    C9   C10   114.04  3.000
 IU5  C11   C9   C10   113.08  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IU5  Var_01  C3   C2   C1   C10   57.50  30.0  1
 IU5  Var_02  C9   C11  C12  C13  -55.01  30.0  1
 IU5  Var_03  C17  C16  C15  C14   11.22  30.0  1
 IU5  Var_04  C24  C23  C22  C20  172.99  30.0  3
 IU5  Var_05  O4   C24  C23  C22   -2.88  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 IU5  chir_01  C10  C1   C5   C9   negativ
 IU5  chir_02  C13  C17  C14  C12  positiv
 IU5  chir_03  C14  C13  C15  C8   negativ
 IU5  chir_04  C17  C13  C16  C20  positiv
 IU5  chir_05  C20  C17  C21  C22  positiv
 IU5  chir_06  C3   O1B  C2   C4   negativ
 IU5  chir_07  C5   C6   C4   C10  positiv
 IU5  chir_08  C7   O1A  C6   C8   negativ
 IU5  chir_09  C8   C9   C7   C14  negativ
 IU5  chir_10  C9   C8   C11  C10  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IU5  plan-1  C23  0.020
 IU5  plan-1  C24  0.020
 IU5  plan-1  O4   0.020
 IU5  plan-1  O4A  0.020

