# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 23:06:48 2020
#   Inital geometry file: a 68 line input string
#   Ligand name: (3S,4R,5S)-4-amino-3-hydroxy-5-methylheptanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC[C@H](C)[C@@H](N)[C@@H](O)CC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IST  IST  '(3S,4R,5S)-4-amino-3-hydroxy-5-methylheptanoic acid'  ligand  29  12  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_IST
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IST  C2    C  CH3   0  -0.644   0.3699  -2.5338   1.9493
 IST  C5    C  CH2   0  -0.416   1.2625  -1.7301   2.8841
 IST  C8    C  CH1   0  -0.190   1.5808  -0.2969   2.4298
 IST  C10   C  CH3   0  -0.692   2.4847   0.3716   3.4643
 IST  CA1   C  CH1   0  -0.061   0.3095   0.5133   2.1130
 IST  C16   C  CH1   0   0.035   0.6558   1.8218   1.3870
 IST  O18   O  OH1   0  -0.649   1.1078   1.4706   0.0954
 IST  CA2   C  CH2   0  -0.594  -0.4794   2.8484   1.2919
 IST  C23   C  C     0   0.561  -1.6231   2.3994   0.4274
 IST  O24   O  OH1   0  -0.652  -1.9072   3.2647  -0.5408
 IST  O25   O  O     0  -0.477  -2.2509   1.3810   0.5942
 IST  N11   N  NH2   0  -0.824  -0.4358   0.8028   3.3334
 IST  H21   H  HCH3  0   0.175  -0.6444  -2.1372   1.8990
 IST  H23   H  HCH3  0   0.236   0.7694  -2.5491   0.9332
 IST  H22   H  HCH3  0   0.200   0.2929  -3.5680   2.2869
 IST  H51   H  HCH2  0   0.231   2.2147  -2.2557   2.9991
 IST  H52   H  HCH2  0   0.172   0.8227  -1.7192   3.8876
 IST  H8    H  HCH1  0   0.249   2.1396  -0.3778   1.4923
 IST  H101  H  HCH3  0   0.167   2.8594   1.3413   3.1337
 IST  H102  H  HCH3  0   0.238   3.3582  -0.2506   3.6669
 IST  H103  H  HCH3  0   0.252   1.9680   0.5272   4.4126
 IST  HA1   H  HCH1  0   0.193  -0.2801  -0.0859   1.4078
 IST  H16   H  HCH1  0   0.231   1.4512   2.3243   1.9510
 IST  H18   H  HOH1  0   0.443   1.6126   2.2064  -0.2638
 IST  HA21  H  HCH2  0   0.331  -0.0753   3.7924   0.9231
 IST  HA22  H  HCH2  0   0.297  -0.8700   3.0468   2.2934
 IST  H24   H  HOH1  0   0.466  -2.6621   2.9414  -1.0566
 IST  H11   H  HNH2  0   0.356  -1.4191   0.8996   3.1157
 IST  H12   H  HNH2  0   0.368  -0.3807   0.0164   3.9676

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IST  C2   C5    single  1.522  0.020  1.522
 IST  C2   H21   single  0.970  0.020  1.090
 IST  C2   H23   single  0.970  0.020  1.090
 IST  C2   H22   single  0.970  0.020  1.090
 IST  C5   C8    single  1.537  0.020  1.537
 IST  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 IST  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 IST  C8   C10   single  1.528  0.020  1.528
 IST  C8   CA1   single  1.541  0.020  1.541
 IST  C8   H8    single  0.970  0.020  1.090
 IST  C10  H101  single  0.970  0.020  1.090
 IST  C10  H102  single  0.970  0.020  1.090
 IST  C10  H103  single  0.970  0.020  1.090
 IST  CA1  C16   single  1.536  0.020  1.536
 IST  CA1  N11   single  1.459  0.020  1.459
 IST  CA1  HA1   single  0.970  0.020  1.090
 IST  C16  O18   single  1.413  0.020  1.413
 IST  C16  CA2   single  1.533  0.020  1.533
 IST  C16  H16   single  0.970  0.020  1.090
 IST  O18  H18   single  0.850  0.020  0.980
 IST  CA2  C23   single  1.502  0.020  1.502
 IST  CA2  HA21  single  0.970  0.020  1.090
 IST  CA2  HA22  single  0.970  0.020  1.090
 IST  C23  O24   single  1.329  0.020  1.329
 IST  C23  O25   double  1.208  0.020  1.208
 IST  O24  H24   single  0.850  0.020  0.980
 IST  N11  H11   single  0.890  0.020  1.040
 IST  N11  H12   single  0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IST  H22   C2   H23   107.50  3.000
 IST  H22   C2   H21   107.07  3.000
 IST  H23   C2   H21   107.61  3.000
 IST  H22   C2   C5    110.61  3.000
 IST  H23   C2   C5    111.37  3.000
 IST  H21   C2   C5    112.44  3.000
 IST  H52   C5   H51   104.95  3.000
 IST  H52   C5   C8    110.15  3.000
 IST  H51   C5   C8    107.39  3.000
 IST  H52   C5   C2    109.42  3.000
 IST  H51   C5   C2    108.74  3.000
 IST  C8    C5   C2    115.62  3.000
 IST  H8    C8   CA1   106.50  3.000
 IST  H8    C8   C10   108.08  3.000
 IST  CA1   C8   C10   113.42  3.000
 IST  H8    C8   C5    106.86  3.000
 IST  CA1   C8   C5    112.36  3.000
 IST  C10   C8   C5    109.30  3.000
 IST  H103  C10  H102  107.40  3.000
 IST  H103  C10  H101  107.42  3.000
 IST  H102  C10  H101  106.74  3.000
 IST  H103  C10  C8    111.76  3.000
 IST  H102  C10  C8    110.47  3.000
 IST  H101  C10  C8    112.77  3.000
 IST  HA1   CA1  N11   111.80  3.000
 IST  HA1   CA1  C16   106.42  3.000
 IST  N11   CA1  C16   109.97  3.000
 IST  HA1   CA1  C8    106.76  3.000
 IST  N11   CA1  C8    110.72  3.000
 IST  C16   CA1  C8    111.05  3.000
 IST  H16   C16  CA2   105.19  3.000
 IST  H16   C16  O18   110.61  3.000
 IST  CA2   C16  O18   110.28  3.000
 IST  H16   C16  CA1   108.10  3.000
 IST  CA2   C16  CA1   115.64  3.000
 IST  O18   C16  CA1   107.00  3.000
 IST  H18   O18  C16   108.61  3.000
 IST  HA22  CA2  HA21  106.56  3.000
 IST  HA22  CA2  C23   108.02  3.000
 IST  HA21  CA2  C23   110.24  3.000
 IST  HA22  CA2  C16   109.22  3.000
 IST  HA21  CA2  C16   109.02  3.000
 IST  C23   CA2  C16   113.53  3.000
 IST  O25   C23  O24   122.57  3.000
 IST  O25   C23  CA2   124.63  3.000
 IST  O24   C23  CA2   112.79  3.000
 IST  H24   O24  C23   109.68  3.000
 IST  H12   N11  H11   105.20  3.000
 IST  H12   N11  CA1   110.02  3.000
 IST  H11   N11  CA1   109.60  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IST  CONST_01  H24  O24  C23  CA2   180.00   0.0  0
 IST  Var_01    O24  C23  CA2  C16  -124.97  30.0  3
 IST  Var_02    H21  C2   C5   C8    -67.03  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 IST  chir_01  C8   C5   C10  CA1  positiv
 IST  chir_02  CA1  N11  C8   C16  positiv
 IST  chir_03  C16  O18  CA1  CA2  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IST  plan-1  CA2  0.020
 IST  plan-1  C23  0.020
 IST  plan-1  O24  0.020
 IST  plan-1  O25  0.020
 IST  plan-1  H24  0.020

