# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 20:15:48 2020
#   Inital geometry file: a 92 line input string
#   Ligand name: 5-{[(2S)-2-methylpiperazin-1-yl]sulfonyl}isoquinoline
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@H]1CNCCN1[S](=O)(=O)c2cccc3cnccc23
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IQP  IQP  5-{[(2S)-2-methylpiperazin-1-yl]sulfonyl}isoquinoline  ligand  37  20  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_IQP
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IQP  C1    C  CR6   0  -0.239  -0.8055   0.3831   0.8095
 IQP  C2    C  CR16  0  -0.240  -2.1361   0.2826   1.1184
 IQP  C3    C  CR16  0  -0.251  -2.5526  -0.1744   2.3822
 IQP  C4    C  CR16  0  -0.284  -1.6221  -0.5226   3.3182
 IQP  C5    C  CR66  0  -0.019  -0.2453  -0.4164   3.0260
 IQP  C6    C  CR16  0  -0.077   0.7278  -0.7693   3.9903
 IQP  N7    N  N     0  -0.403   2.0138  -0.6915   3.7927
 IQP  C8    C  CR16  0  -0.072   2.4302  -0.2411   2.5901
 IQP  C9    C  CR16  0  -0.392   1.5937   0.1309   1.5746
 IQP  C10   C  CR66  0   0.298   0.1955   0.0490   1.7631
 IQP  S     S  S     0   1.361  -0.3799   1.0363  -0.7872
 IQP  O1    O  OS    0  -0.655   0.4578   2.2081  -0.5658
 IQP  O2    O  OS    0  -0.637  -1.6207   1.2286  -1.5277
 IQP  N1'   N  N     0  -0.582   0.5808  -0.1329  -1.4534
 IQP  C2'   C  CH1   0  -0.089  -0.0190  -1.3253  -2.0967
 IQP  CM2   C  CH3   0  -0.701  -1.1822  -1.9546  -1.3517
 IQP  C3'   C  CH2   0  -0.267  -0.3477  -1.0333  -3.5579
 IQP  N4'   N  NH1   0  -0.603   0.8434  -0.5786  -4.2551
 IQP  C5'   C  CH2   0  -0.290   1.4053   0.6153  -3.6534
 IQP  C6'   C  CH2   0  -0.332   1.7578   0.3233  -2.2071
 IQP  H2    H  HCR6  0   0.295  -2.8861   0.5392   0.3831
 IQP  H3    H  HCR6  0   0.280  -3.6092  -0.2485   2.5966
 IQP  H4    H  HCR6  0   0.277  -1.9271  -0.8821   4.2931
 IQP  H6    H  HCR6  0   0.277   0.3918  -1.1287   4.9588
 IQP  H8    H  HCR6  0   0.274   3.5029  -0.1812   2.4510
 IQP  H9    H  HCR6  0   0.276   2.0297   0.4826   0.6540
 IQP  H2'   H  HCH1  0   0.262   0.7984  -2.0531  -2.0848
 IQP  HM21  H  HCH3  0   0.257  -1.4193  -2.9006  -1.8379
 IQP  HM22  H  HCH3  0   0.251  -0.9248  -2.1741  -0.3166
 IQP  HM23  H  HCH3  0   0.237  -2.0855  -1.3472  -1.3696
 IQP  H3'1  H  HCH2  0   0.238  -0.6936  -1.9577  -4.0254
 IQP  H3'2  H  HCH2  0   0.207  -1.1789  -0.3145  -3.6040
 IQP  HN4   H  HNH1  0   0.359   0.6183  -0.4000  -5.2244
 IQP  H5'1  H  HCH2  0   0.246   2.3115   0.8973  -4.1928
 IQP  H5'2  H  HCH2  0   0.200   0.7258   1.4827  -3.6864
 IQP  H6'1  H  HCH2  0   0.261   2.4859  -0.4896  -2.1559
 IQP  H6'2  H  HCH2  0   0.278   2.2072   1.1895  -1.7292

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IQP  C1   C2    aromatic  1.370  0.020  1.370
 IQP  C1   C10   aromatic  1.422  0.020  1.422
 IQP  C1   S     single    1.777  0.020  1.777
 IQP  C2   C3    aromatic  1.407  0.020  1.407
 IQP  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 IQP  C3   C4    aromatic  1.365  0.020  1.365
 IQP  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 IQP  C4   C5    aromatic  1.411  0.020  1.411
 IQP  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 IQP  C5   C6    aromatic  1.415  0.020  1.415
 IQP  C5   C10   aromatic  1.416  0.020  1.416
 IQP  C6   N7    aromatic  1.303  0.020  1.303
 IQP  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 IQP  N7   C8    aromatic  1.350  0.020  1.350
 IQP  C8   C9    aromatic  1.367  0.020  1.367
 IQP  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 IQP  C9   C10   aromatic  1.413  0.020  1.413
 IQP  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 IQP  S    O1    double    1.457  0.020  1.457
 IQP  S    O2    double    1.458  0.020  1.458
 IQP  S    N1'   single    1.653  0.020  1.653
 IQP  N1'  C2'   single    1.482  0.020  1.482
 IQP  N1'  C6'   single    1.470  0.020  1.470
 IQP  C2'  CM2   single    1.518  0.020  1.518
 IQP  C2'  C3'   single    1.526  0.020  1.526
 IQP  C2'  H2'   single    0.970  0.020  1.090
 IQP  CM2  HM21  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  CM2  HM22  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  CM2  HM23  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  C3'  N4'   single    1.453  0.020  1.453
 IQP  C3'  H3'1  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  C3'  H3'2  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  N4'  C5'   single    1.450  0.020  1.450
 IQP  N4'  HN4   single    0.890  0.020  1.040
 IQP  C5'  C6'   single    1.517  0.020  1.517
 IQP  C5'  H5'1  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  C5'  H5'2  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  C6'  H6'1  single    0.970  0.020  1.090
 IQP  C6'  H6'2  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IQP  S     C1   C10   121.35  3.000
 IQP  S     C1   C2    117.54  3.000
 IQP  C10   C1   C2    121.02  3.000
 IQP  H2    C2   C3    118.86  3.000
 IQP  H2    C2   C1    120.20  3.000
 IQP  C3    C2   C1    120.93  3.000
 IQP  H3    C3   C4    120.86  3.000
 IQP  H3    C3   C2    119.34  3.000
 IQP  C4    C3   C2    119.81  3.000
 IQP  H4    C4   C5    119.08  3.000
 IQP  H4    C4   C3    120.67  3.000
 IQP  C5    C4   C3    120.25  3.000
 IQP  C10   C5   C6    118.40  3.000
 IQP  C10   C5   C4    120.86  3.000
 IQP  C6    C5   C4    120.74  3.000
 IQP  H6    C6   N7    117.39  3.000
 IQP  H6    C6   C5    118.52  3.000
 IQP  N7    C6   C5    124.09  3.000
 IQP  C8    N7   C6    117.34  3.000
 IQP  H8    C8   C9    119.70  3.000
 IQP  H8    C8   N7    115.99  3.000
 IQP  C9    C8   N7    124.31  3.000
 IQP  H9    C9   C10   122.22  3.000
 IQP  H9    C9   C8    118.41  3.000
 IQP  C10   C9   C8    119.37  3.000
 IQP  C9    C10  C5    116.48  3.000
 IQP  C9    C10  C1    126.39  3.000
 IQP  C5    C10  C1    117.13  3.000
 IQP  N1'   S    O2    112.53  3.000
 IQP  N1'   S    O1    107.21  3.000
 IQP  O2    S    O1    117.41  3.000
 IQP  N1'   S    C1    103.96  3.000
 IQP  O2    S    C1    107.52  3.000
 IQP  O1    S    C1    107.26  3.000
 IQP  C6'   N1'  C2'   110.56  3.000
 IQP  C6'   N1'  S     116.89  3.000
 IQP  C2'   N1'  S     120.58  3.000
 IQP  H2'   C2'  C3'   107.37  3.000
 IQP  H2'   C2'  CM2   106.93  3.000
 IQP  C3'   C2'  CM2   112.60  3.000
 IQP  H2'   C2'  N1'   103.18  3.000
 IQP  C3'   C2'  N1'   110.42  3.000
 IQP  CM2   C2'  N1'   115.51  3.000
 IQP  HM23  CM2  HM22  108.91  3.000
 IQP  HM23  CM2  HM21  107.24  3.000
 IQP  HM22  CM2  HM21  107.48  3.000
 IQP  HM23  CM2  C2'   113.36  3.000
 IQP  HM22  CM2  C2'   111.66  3.000
 IQP  HM21  CM2  C2'   107.92  3.000
 IQP  H3'2  C3'  H3'1  107.21  3.000
 IQP  H3'2  C3'  N4'   113.26  3.000
 IQP  H3'1  C3'  N4'   108.61  3.000
 IQP  H3'2  C3'  C2'   109.14  3.000
 IQP  H3'1  C3'  C2'   108.43  3.000
 IQP  N4'   C3'  C2'   110.05  3.000
 IQP  HN4   N4'  C5'   109.80  3.000
 IQP  HN4   N4'  C3'   109.44  3.000
 IQP  C5'   N4'  C3'   112.10  3.000
 IQP  H5'2  C5'  H5'1  107.08  3.000
 IQP  H5'2  C5'  C6'   108.86  3.000
 IQP  H5'1  C5'  C6'   109.15  3.000
 IQP  H5'2  C5'  N4'   113.36  3.000
 IQP  H5'1  C5'  N4'   109.22  3.000
 IQP  C6'   C5'  N4'   109.10  3.000
 IQP  H6'2  C6'  H6'1  107.27  3.000
 IQP  H6'2  C6'  C5'   111.23  3.000
 IQP  H6'1  C6'  C5'   110.04  3.000
 IQP  H6'2  C6'  N1'   110.67  3.000
 IQP  H6'1  C6'  N1'   106.18  3.000
 IQP  C5'   C6'  N1'   111.25  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IQP  CONST_01  C4   C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_02  C4   C5   C10  C1      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_03  C6   C5   C10  C1    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_04  C8   C9   C10  C1    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_05  C5   C10  C1   C2      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_06  C9   C10  C1   C2    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_07  C5   C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_08  C10  C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_09  C6   C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_10  C10  C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_11  N7   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_12  C9   C10  C5   C4    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_13  C8   N7   C6   C5      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_14  C8   C9   C10  C5      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_15  C9   C10  C5   C6      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_16  C9   C8   N7   C6      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_17  C10  C5   C6   N7      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_18  C10  C9   C8   N7      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_19  S    C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_20  S    C1   C10  C5    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_21  S    C1   C10  C9      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_22  H3   C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_23  H9   C9   C10  C1      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_24  H4   C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_25  H2   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 IQP  CONST_26  H6   C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 IQP  CONST_27  H8   C8   N7   C6    180.00   0.0  0
 IQP  Var_01    N4'  C5'  C6'  N1'   -57.63  30.0  1
 IQP  Var_02    C5'  C6'  N1'  C2'    56.60  30.0  1
 IQP  Var_03    C5'  N4'  C3'  C2'   -58.70  30.0  1
 IQP  Var_04    C6'  C5'  N4'  C3'    59.05  30.0  1
 IQP  Var_05    C2'  N1'  S    C1     81.37  30.0  3
 IQP  Var_06    N1'  S    C1   C2   -124.87  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 IQP  chir_01  C2'  N1'  CM2  C3'  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IQP  plan-1  C1   0.020
 IQP  plan-1  C2   0.020
 IQP  plan-1  C3   0.020
 IQP  plan-1  C4   0.020
 IQP  plan-1  C5   0.020
 IQP  plan-1  C6   0.020
 IQP  plan-1  N7   0.020
 IQP  plan-1  C8   0.020
 IQP  plan-1  C9   0.020
 IQP  plan-1  C10  0.020
 IQP  plan-1  S    0.020
 IQP  plan-1  H2   0.020
 IQP  plan-1  H3   0.020
 IQP  plan-1  H4   0.020
 IQP  plan-1  H6   0.020
 IQP  plan-1  H8   0.020
 IQP  plan-1  H9   0.020

