# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 08:43:12 2020
#   Inital geometry file: a 50 line input string
#   Ligand name: N-(diaminomethyl)-N-methylglycine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(CC(O)=O)C(N)N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IOM  IOM  N-(diaminomethyl)-N-methylglycine  ligand  20  9  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_IOM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IOM  NA    N  NH2   0  -0.806  -1.2708   0.4615  -2.2793
 IOM  CA    C  CH1   0   0.184  -0.3173  -0.4626  -1.6929
 IOM  NB    N  NH2   0  -0.797   0.6629  -0.7508  -2.7033
 IOM  NC    N  NT    0  -0.419   0.2419   0.0523  -0.4481
 IOM  CB    C  CH3   0  -0.530   0.8830   1.3473  -0.5425
 IOM  CC    C  CH2   0  -0.417  -0.6611  -0.0307   0.6650
 IOM  CD    C  C     0   0.533   0.0593  -0.2484   1.9783
 IOM  O1    O  O     0  -0.436   1.2160  -0.5559   2.0993
 IOM  O2    O  OH1   0  -0.597  -0.7679  -0.0844   3.0062
 IOM  HNA1  H  HNH2  0   0.349  -1.6701   0.0444  -3.1109
 IOM  HNA2  H  HNH2  0   0.351  -2.0430   0.6151  -1.6425
 IOM  HCA   H  HCH1  0   0.213  -0.7746  -1.4230  -1.4133
 IOM  HNB1  H  HNH2  0   0.342   1.0838   0.1026  -3.0500
 IOM  HNB2  H  HNH2  0   0.347   1.4036  -1.3217  -2.3171
 IOM  HCB1  H  HCH3  0   0.226   1.5791   1.3647  -1.3801
 IOM  HCB2  H  HCH3  0   0.203   0.1799   2.1800  -0.6682
 IOM  HCB3  H  HCH3  0   0.235   1.4690   1.5364   0.3572
 IOM  HCC1  H  HCH2  0   0.246  -1.3246   0.8420   0.7705
 IOM  HCC2  H  HCH2  0   0.289  -1.3258  -0.8935   0.5375
 IOM  HO2   H  HOH1  0   0.481  -0.3048  -0.2648   3.8377

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IOM  NA  CA    single  1.451  0.020  1.451
 IOM  NA  HNA1  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  NA  HNA2  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  CA  NB    single  1.437  0.020  1.437
 IOM  CA  NC    single  1.458  0.020  1.458
 IOM  CA  HCA   single  0.970  0.020  1.090
 IOM  NB  HNB1  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  NB  HNB2  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  NC  CB    single  1.448  0.020  1.448
 IOM  NC  CC    single  1.436  0.020  1.436
 IOM  CB  HCB1  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CB  HCB2  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CB  HCB3  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CC  CD    single  1.514  0.020  1.514
 IOM  CC  HCC1  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CC  HCC2  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CD  O1    double  1.203  0.020  1.203
 IOM  CD  O2    single  1.330  0.020  1.330
 IOM  O2  HO2   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IOM  HNA2  NA  HNA1  106.16  3.000
 IOM  HNA2  NA  CA    110.09  3.000
 IOM  HNA1  NA  CA    109.19  3.000
 IOM  HCA   CA  NC    104.52  3.000
 IOM  HCA   CA  NB    106.69  3.000
 IOM  NC    CA  NB    114.17  3.000
 IOM  HCA   CA  NA    112.67  3.000
 IOM  NC    CA  NA    111.84  3.000
 IOM  NB    CA  NA    106.96  3.000
 IOM  HNB2  NB  HNB1  107.57  3.000
 IOM  HNB2  NB  CA    110.13  3.000
 IOM  HNB1  NB  CA    110.80  3.000
 IOM  CC    NC  CB    112.37  3.000
 IOM  CC    NC  CA    113.59  3.000
 IOM  CB    NC  CA    115.45  3.000
 IOM  HCB3  CB  HCB2  107.90  3.000
 IOM  HCB3  CB  HCB1  106.76  3.000
 IOM  HCB2  CB  HCB1  108.02  3.000
 IOM  HCB3  CB  NC    109.83  3.000
 IOM  HCB2  CB  NC    113.74  3.000
 IOM  HCB1  CB  NC    110.32  3.000
 IOM  HCC2  CC  HCC1  105.63  3.000
 IOM  HCC2  CC  CD    106.04  3.000
 IOM  HCC1  CC  CD    108.52  3.000
 IOM  HCC2  CC  NC    109.67  3.000
 IOM  HCC1  CC  NC    114.04  3.000
 IOM  CD    CC  NC    112.44  3.000
 IOM  O2    CD  O1    123.50  3.000
 IOM  O2    CD  CC    110.92  3.000
 IOM  O1    CD  CC    125.56  3.000
 IOM  HO2   O2  CD    110.08  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IOM  CONST_01  HO2   O2  CD  CC  180.00   0.0  0
 IOM  Var_01    CB    NC  CA  NA  -56.33  30.0  3
 IOM  Var_02    CD    CC  NC  CA  148.15  30.0  3
 IOM  Var_03    O1    CD  CC  NC  -12.52  30.0  3
 IOM  Var_04    HNB1  NB  CA  NA   55.59  30.0  3
 IOM  Var_05    HCB1  CB  NC  CA  -49.06  30.0  3
 IOM  Var_06    HNA1  NA  CA  NB   57.37  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IOM  plan-1  CC   0.020
 IOM  plan-1  CD   0.020
 IOM  plan-1  O1   0.020
 IOM  plan-1  O2   0.020
 IOM  plan-1  HO2  0.020

