# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 13:45:18 2020
#   Inital geometry file: a 50 line input string
#   Ligand name: N-(diaminomethyl)-N-methylglycine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(CC(O)=O)C(N)N
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IOM  IOM  N-(diaminomethyl)-N-methylglycine  ligand  19  9  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_IOM
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IOM  NA    N  NH2    0  -0.810  -1.3039   0.4927  -2.2623
 IOM  CA    C  CH1    0   0.188  -0.3452  -0.4619  -1.7286
 IOM  NB    N  NH2    0  -0.801   0.5997  -0.7351  -2.7817
 IOM  NC    N  NT     0  -0.408   0.2546  -0.0039  -0.4863
 IOM  CB    C  CH3    0  -0.527   0.9256   1.2741  -0.5661
 IOM  CC    C  CH2    0  -0.426  -0.6460  -0.0672   0.6411
 IOM  CD    C  C      0   0.394   0.0302  -0.1605   2.0270
 IOM  O1    O  O      0  -0.600   1.2330  -0.4674   2.0845
 IOM  O2    O  OC    -1  -0.631  -0.7328   0.0553   2.9932
 IOM  HNA1  H  HNH2   0   0.344  -1.7620   0.0896  -3.0704
 IOM  HNA2  H  HNH2   0   0.348  -2.0334   0.6601  -1.5802
 IOM  HCA   H  HCH1   0   0.201  -0.8143  -1.4237  -1.4712
 IOM  HNB1  H  HNH2   0   0.338   1.0202   0.1255  -3.1118
 IOM  HNB2  H  HNH2   0   0.342   1.3481  -1.3163  -2.4260
 IOM  HCB1  H  HCH3   0   0.213   1.6097   1.2994  -1.4148
 IOM  HCB2  H  HCH3   0   0.187   0.2432   2.1302  -0.6615
 IOM  HCB3  H  HCH3   0   0.230   1.5238   1.4208   0.3322
 IOM  HCC1  H  HCH2   0   0.185  -1.3541   0.7787   0.6678
 IOM  HCC2  H  HCH2   0   0.232  -1.2661  -0.9670   0.5388

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IOM  NA  CA    single  1.454  0.020  1.454
 IOM  NA  HNA1  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  NA  HNA2  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  CA  NB    single  1.441  0.020  1.441
 IOM  CA  NC    single  1.454  0.020  1.454
 IOM  CA  HCA   single  0.970  0.020  1.090
 IOM  NB  HNB1  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  NB  HNB2  single  0.890  0.020  1.040
 IOM  NC  CB    single  1.446  0.020  1.446
 IOM  NC  CC    single  1.444  0.020  1.444
 IOM  CB  HCB1  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CB  HCB2  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CB  HCB3  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CC  CD    single  1.545  0.020  1.545
 IOM  CC  HCC1  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CC  HCC2  single  0.970  0.020  1.090
 IOM  CD  O1    deloc   1.243  0.020  1.243
 IOM  CD  O2    deloc   1.250  0.020  1.250

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IOM  HNA2  NA  HNA1  106.11  3.000
 IOM  HNA2  NA  CA    109.64  3.000
 IOM  HNA1  NA  CA    109.26  3.000
 IOM  HCA   CA  NC    104.56  3.000
 IOM  HCA   CA  NB    106.54  3.000
 IOM  NC    CA  NB    114.44  3.000
 IOM  HCA   CA  NA    112.24  3.000
 IOM  NC    CA  NA    112.26  3.000
 IOM  NB    CA  NA    106.77  3.000
 IOM  HNB2  NB  HNB1  107.18  3.000
 IOM  HNB2  NB  CA    109.69  3.000
 IOM  HNB1  NB  CA    110.44  3.000
 IOM  CC    NC  CB    111.79  3.000
 IOM  CC    NC  CA    113.33  3.000
 IOM  CB    NC  CA    115.02  3.000
 IOM  HCB3  CB  HCB2  107.92  3.000
 IOM  HCB3  CB  HCB1  107.11  3.000
 IOM  HCB2  CB  HCB1  107.69  3.000
 IOM  HCB3  CB  NC    109.18  3.000
 IOM  HCB2  CB  NC    113.91  3.000
 IOM  HCB1  CB  NC    110.77  3.000
 IOM  HCC2  CC  HCC1  105.55  3.000
 IOM  HCC2  CC  CD    106.35  3.000
 IOM  HCC1  CC  CD    107.79  3.000
 IOM  HCC2  CC  NC    108.39  3.000
 IOM  HCC1  CC  NC    112.66  3.000
 IOM  CD    CC  NC    115.47  3.000
 IOM  O2    CD  O1    126.71  3.000
 IOM  O2    CD  CC    114.58  3.000
 IOM  O1    CD  CC    118.69  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IOM  Var_01  CB    NC  CA  NA  -57.16  30.0  3
 IOM  Var_02  CD    CC  NC  CA  156.12  30.0  3
 IOM  Var_03  O1    CD  CC  NC  -15.55  30.0  3
 IOM  Var_04  HNB1  NB  CA  NA   55.80  30.0  3
 IOM  Var_05  HCB1  CB  NC  CA  -49.61  30.0  3
 IOM  Var_06  HNA1  NA  CA  NB   59.62  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IOM  plan-1  CC  0.020
 IOM  plan-1  CD  0.020
 IOM  plan-1  O1  0.020
 IOM  plan-1  O2  0.020

