# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 20:16:14 2020
#   Inital geometry file: a 94 line input string
#   Ligand name: N-(2,5-difluorobenzyl)-4-sulfamoylbenzamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[S](=O)(=O)c1ccc(cc1)C(=O)NCc2cc(F)ccc2F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IOA  IOA  N-(2,5-difluorobenzyl)-4-sulfamoylbenzamide  ligand  34  22  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_IOA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IOA  C01   C  CR16  0  -0.258  -1.0861   0.8497   1.7153
 IOA  C02   C  CR16  0  -0.222  -0.4768   0.8989   2.9588
 IOA  C03   C  CR6   0  -0.208   0.3001  -0.1730   3.3694
 IOA  C04   C  CR16  0  -0.202   0.4823  -1.2864   2.5610
 IOA  C05   C  CR16  0  -0.279  -0.1144  -1.3151   1.3126
 IOA  C06   C  CR6   0  -0.023  -0.8946  -0.2447   0.8792
 IOA  C07   C  C     0   0.540  -1.5724  -0.2324  -0.4578
 IOA  O08   O  O     0  -0.477  -2.6506   0.3212  -0.6024
 IOA  N09   N  NH1   0  -0.635  -0.9062  -0.8569  -1.4432
 IOA  C10   C  CH2   0  -0.357  -1.3515  -0.9037  -2.8169
 IOA  S11   S  S     0   1.363   1.0999  -0.1270   4.9506
 IOA  NP2   N  NC2   0  -0.886   0.1609  -1.1796   5.8074
 IOA  O13   O  OS    0  -0.648   1.0263   1.2405   5.4462
 IOA  O14   O  OS    0  -0.663   2.4090  -0.7539   4.8477
 IOA  C15   C  CR6   0  -0.075  -0.4127  -0.1758  -3.7432
 IOA  C16   C  CR16  0  -0.453   0.2372  -0.8508  -4.7699
 IOA  C17   C  CR6   0   0.537   1.0915  -0.1637  -5.6116
 IOA  C18   C  CR16  0  -0.406   1.3386   1.1857  -5.4639
 IOA  C19   C  CR16  0  -0.385   0.6970   1.8691  -4.4402
 IOA  C20   C  CR6   0   0.532  -0.1635   1.1832  -3.6082
 IOA  F21   F  F     0  -0.307  -0.7880   1.8579  -2.6303
 IOA  F22   F  F     0  -0.315   1.7011  -0.8336  -6.6023
 IOA  H011  H  HCR6  0   0.276  -1.7013   1.6786   1.3931
 IOA  H021  H  HCR6  0   0.290  -0.6135   1.7641   3.5923
 IOA  H041  H  HCR6  0   0.292   1.0790  -2.1264   2.8898
 IOA  H051  H  HCR6  0   0.280   0.0206  -2.1923   0.6935
 IOA  H091  H  HNH1  0   0.413   0.0157  -1.2178  -1.2557
 IOA  H101  H  HCH2  0   0.282  -1.4276  -1.9442  -3.1368
 IOA  H102  H  HCH2  0   0.281  -2.3544  -0.4829  -2.8697
 IOA  HP21  H  HNC2  0   0.422   0.6329  -1.4885   6.6526
 IOA  HP22  H  HNC2  0   0.417  -0.7503  -0.7959   6.0374
 IOA  H161  H  HCR6  0   0.289   0.0702  -1.9115  -4.9124
 IOA  H181  H  HCR6  0   0.292   2.0170   1.7015  -6.1299
 IOA  H191  H  HCR6  0   0.292   0.8652   2.9281  -4.2966

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IOA  C01  C02   aromatic  1.386  0.020  1.386
 IOA  C01  C06   aromatic  1.390  0.020  1.390
 IOA  C01  H011  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C02  C03   aromatic  1.386  0.020  1.386
 IOA  C02  H021  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C03  C04   aromatic  1.388  0.020  1.388
 IOA  C03  S11   single    1.773  0.020  1.773
 IOA  C04  C05   aromatic  1.384  0.020  1.384
 IOA  C04  H041  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C05  C06   aromatic  1.394  0.020  1.394
 IOA  C05  H051  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C06  C07   single    1.499  0.020  1.499
 IOA  C07  O08   double    1.221  0.020  1.221
 IOA  C07  N09   single    1.343  0.020  1.343
 IOA  N09  C10   single    1.445  0.020  1.445
 IOA  N09  H091  single    0.860  0.020  1.020
 IOA  C10  C15   single    1.506  0.020  1.506
 IOA  C10  H101  single    0.970  0.020  1.090
 IOA  C10  H102  single    0.970  0.020  1.090
 IOA  S11  NP2   single    1.650  0.020  1.650
 IOA  S11  O13   double    1.456  0.020  1.456
 IOA  S11  O14   double    1.455  0.020  1.455
 IOA  NP2  HP21  single    0.890  0.020  1.040
 IOA  NP2  HP22  single    0.890  0.020  1.040
 IOA  C15  C16   aromatic  1.390  0.020  1.390
 IOA  C15  C20   aromatic  1.388  0.020  1.388
 IOA  C16  C17   aromatic  1.382  0.020  1.382
 IOA  C16  H161  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C17  C18   aromatic  1.380  0.020  1.380
 IOA  C17  F22   single    1.342  0.020  1.342
 IOA  C18  C19   aromatic  1.388  0.020  1.388
 IOA  C18  H181  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C19  C20   aromatic  1.379  0.020  1.379
 IOA  C19  H191  single    0.930  0.020  1.080
 IOA  C20  F21   single    1.342  0.020  1.342

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IOA  H011  C01  C06   120.17  3.000
 IOA  H011  C01  C02   119.36  3.000
 IOA  C06   C01  C02   120.47  3.000
 IOA  H021  C02  C03   121.08  3.000
 IOA  H021  C02  C01   119.92  3.000
 IOA  C03   C02  C01   119.00  3.000
 IOA  S11   C03  C04   118.76  3.000
 IOA  S11   C03  C02   119.81  3.000
 IOA  C04   C03  C02   121.43  3.000
 IOA  H041  C04  C05   119.73  3.000
 IOA  H041  C04  C03   121.22  3.000
 IOA  C05   C04  C03   119.04  3.000
 IOA  H051  C05  C06   120.97  3.000
 IOA  H051  C05  C04   118.62  3.000
 IOA  C06   C05  C04   120.39  3.000
 IOA  C07   C06  C05   122.46  3.000
 IOA  C07   C06  C01   117.88  3.000
 IOA  C05   C06  C01   119.64  3.000
 IOA  N09   C07  O08   124.19  3.000
 IOA  N09   C07  C06   115.23  3.000
 IOA  O08   C07  C06   120.59  3.000
 IOA  H091  N09  C10   116.57  3.000
 IOA  H091  N09  C07   118.92  3.000
 IOA  C10   N09  C07   124.03  3.000
 IOA  H102  C10  H101  106.86  3.000
 IOA  H102  C10  C15   110.95  3.000
 IOA  H101  C10  C15   108.90  3.000
 IOA  H102  C10  N09   108.51  3.000
 IOA  H101  C10  N09   109.33  3.000
 IOA  C15   C10  N09   112.14  3.000
 IOA  O14   S11  O13   118.30  3.000
 IOA  O14   S11  NP2   105.89  3.000
 IOA  O13   S11  NP2   113.17  3.000
 IOA  O14   S11  C03   109.37  3.000
 IOA  O13   S11  C03   107.76  3.000
 IOA  NP2   S11  C03   100.94  3.000
 IOA  HP22  NP2  HP21  110.09  3.000
 IOA  HP22  NP2  S11   112.79  3.000
 IOA  HP21  NP2  S11   111.18  3.000
 IOA  C20   C15  C16   117.60  3.000
 IOA  C20   C15  C10   121.67  3.000
 IOA  C16   C15  C10   120.73  3.000
 IOA  H161  C16  C17   120.13  3.000
 IOA  H161  C16  C15   120.04  3.000
 IOA  C17   C16  C15   119.82  3.000
 IOA  F22   C17  C18   119.06  3.000
 IOA  F22   C17  C16   118.82  3.000
 IOA  C18   C17  C16   122.12  3.000
 IOA  H181  C18  C19   120.62  3.000
 IOA  H181  C18  C17   120.85  3.000
 IOA  C19   C18  C17   118.53  3.000
 IOA  H191  C19  C20   120.24  3.000
 IOA  H191  C19  C18   120.53  3.000
 IOA  C20   C19  C18   119.23  3.000
 IOA  F21   C20  C19   118.67  3.000
 IOA  F21   C20  C15   118.65  3.000
 IOA  C19   C20  C15   122.68  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IOA  CONST_01  C04   C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_02  C04   C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_03  C05   C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_04  C05   C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_05  C06   C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_06  C06   C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_07  C18   C17  C16  C15    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_08  C18   C19  C20  C15    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_09  C19   C20  C15  C16    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_10  C19   C18  C17  C16    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_11  C20   C15  C16  C17    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_12  C20   C19  C18  C17    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_13  S11   C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_14  C07   C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_15  C07   C06  C05  C04  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_16  S11   C03  C04  C05  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_17  C17   C16  C15  C10  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_18  C19   C20  C15  C10  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_19  F22   C17  C16  C15  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_20  F21   C20  C15  C16  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_21  F21   C20  C19  C18  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_22  F22   C17  C18  C19  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_23  H051  C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_24  H041  C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_25  H011  C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_26  H021  C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_27  H191  C19  C20  C15  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_28  H181  C18  C17  C16  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_29  H161  C16  C17  C18  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_30  C10   N09  C07  C06  180.00   0.0  0
 IOA  CONST_31  H091  N09  C07  C06    0.00   0.0  0
 IOA  CONST_32  C10   N09  C07  O08    0.00   0.0  0
 IOA  Var_01    O08   C07  C06  C01  -32.01  30.0  2
 IOA  Var_02    NP2   S11  C03  C02  105.92  30.0  2
 IOA  Var_03    C16   C15  C10  N09  118.62  30.0  2
 IOA  Var_04    C15   C10  N09  C07  115.02  30.0  3
 IOA  Var_05    HP21  NP2  S11  C03  162.91  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IOA  plan-1  C01   0.020
 IOA  plan-1  C02   0.020
 IOA  plan-1  C03   0.020
 IOA  plan-1  C04   0.020
 IOA  plan-1  C05   0.020
 IOA  plan-1  C06   0.020
 IOA  plan-1  C07   0.020
 IOA  plan-1  S11   0.020
 IOA  plan-1  H011  0.020
 IOA  plan-1  H021  0.020
 IOA  plan-1  H041  0.020
 IOA  plan-1  H051  0.020
 IOA  plan-2  C10   0.020
 IOA  plan-2  C15   0.020
 IOA  plan-2  C16   0.020
 IOA  plan-2  C17   0.020
 IOA  plan-2  C18   0.020
 IOA  plan-2  C19   0.020
 IOA  plan-2  C20   0.020
 IOA  plan-2  F21   0.020
 IOA  plan-2  F22   0.020
 IOA  plan-2  H161  0.020
 IOA  plan-2  H181  0.020
 IOA  plan-2  H191  0.020
 IOA  plan-3  C06   0.020
 IOA  plan-3  C07   0.020
 IOA  plan-3  O08   0.020
 IOA  plan-3  N09   0.020
 IOA  plan-3  C10   0.020
 IOA  plan-3  H091  0.020

