# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 09:08:05 2020
#   Inital geometry file: a 73 line input string
#   Ligand name: N-carbamoyl-L-phenylalanine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ING  ING  N-carbamoyl-L-phenylalanine  ligand  27  15  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_ING
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ING  N     N  NH1   0  -0.665   0.9072   0.2016  -0.8428
 ING  CA    C  CH1   0  -0.136  -0.4629  -0.2190  -0.8772
 ING  C     C  C     0   0.530  -1.1082  -0.0701  -2.2465
 ING  O     O  O     0  -0.444  -1.9955  -0.7879  -2.6352
 ING  CG    C  CR6   0   0.150  -0.8134   0.3359   1.5547
 ING  CB    C  CH2   0  -0.577  -1.2847   0.5796   0.1475
 ING  CD1   C  CR16  0  -0.325  -0.0516   1.2833   2.2318
 ING  CD2   C  CR16  0  -0.301  -1.1169  -0.8619   2.1995
 ING  CE1   C  CR16  0  -0.239   0.4017   1.0406   3.5229
 ING  CE2   C  CR16  0  -0.239  -0.6669  -1.1082   3.4882
 ING  CZ    C  CR16  0  -0.270   0.0967  -0.1567   4.1542
 ING  OXT   O  OH1   0  -0.585  -0.6408   0.9630  -2.9285
 ING  C1    C  C     0   0.685   1.8198  -0.3988  -1.6551
 ING  N1    N  NH2   0  -0.844   3.0759   0.1056  -1.5939
 ING  O1    O  O     0  -0.539   1.5156  -1.3605  -2.3543
 ING  H     H  HNH1  0   0.398   1.1292   1.0841  -0.4104
 ING  HA    H  HCH1  0   0.288  -0.5374  -1.2789  -0.6209
 ING  HB1   H  HCH2  0   0.274  -1.2320   1.6452  -0.0907
 ING  HB2   H  HCH2  0   0.285  -2.3311   0.2850   0.0490
 ING  HD1   H  HCR6  0   0.251   0.1851   2.2268   1.7527
 ING  HD2   H  HCR6  0   0.251  -1.7160  -1.6085   1.6903
 ING  HE1   H  HCR6  0   0.257   0.9929   1.7894   4.0341
 ING  HE2   H  HCR6  0   0.256  -0.9152  -2.0430   3.9746
 ING  HZ    H  HCR6  0   0.256   0.4478  -0.3480   5.1599
 ING  HXT   H  HOH1  0   0.484  -1.1062   1.0371  -3.7753
 ING  HN11  H  HNH2  0   0.399   3.7302  -0.1850  -2.3000
 ING  HN12  H  HNH2  0   0.398   3.2603   0.9964  -1.1645

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ING  N    CA    single    1.434  0.020  1.434
 ING  N    C1    single    1.361  0.020  1.361
 ING  N    H     single    0.860  0.020  1.020
 ING  CA   C     single    1.521  0.020  1.521
 ING  CA   CB    single    1.537  0.020  1.537
 ING  CA   HA    single    0.970  0.020  1.090
 ING  C    O     double    1.206  0.020  1.206
 ING  C    OXT   single    1.323  0.020  1.323
 ING  CG   CB    single    1.504  0.020  1.504
 ING  CG   CD1   aromatic  1.392  0.020  1.392
 ING  CG   CD2   aromatic  1.394  0.020  1.394
 ING  CB   HB1   single    0.970  0.020  1.090
 ING  CB   HB2   single    0.970  0.020  1.090
 ING  CD1  CE1   aromatic  1.390  0.020  1.390
 ING  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CD2  CE2   aromatic  1.387  0.020  1.387
 ING  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CE1  CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 ING  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CE2  CZ    aromatic  1.390  0.020  1.390
 ING  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CZ   HZ    single    0.930  0.020  1.080
 ING  OXT  HXT   single    0.850  0.020  0.980
 ING  C1   N1    single    1.355  0.020  1.355
 ING  C1   O1    double    1.227  0.020  1.227
 ING  N1   HN11  single    0.890  0.020  1.040
 ING  N1   HN12  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ING  H     N    C1    119.65  3.000
 ING  H     N    CA    118.55  3.000
 ING  C1    N    CA    119.80  3.000
 ING  HA    CA   CB    108.12  3.000
 ING  HA    CA   C     106.09  3.000
 ING  CB    CA   C     108.81  3.000
 ING  HA    CA   N     110.12  3.000
 ING  CB    CA   N     110.03  3.000
 ING  C     CA   N     113.47  3.000
 ING  OXT   C    O     123.96  3.000
 ING  OXT   C    CA    112.99  3.000
 ING  O     C    CA    122.96  3.000
 ING  CD2   CG   CD1   118.63  3.000
 ING  CD2   CG   CB    120.25  3.000
 ING  CD1   CG   CB    121.10  3.000
 ING  HB2   CB   HB1   106.83  3.000
 ING  HB2   CB   CG    109.95  3.000
 ING  HB1   CB   CG    110.29  3.000
 ING  HB2   CB   CA    108.18  3.000
 ING  HB1   CB   CA    109.60  3.000
 ING  CG    CB   CA    111.84  3.000
 ING  HD1   CD1  CE1   119.42  3.000
 ING  HD1   CD1  CG    119.80  3.000
 ING  CE1   CD1  CG    120.78  3.000
 ING  HD2   CD2  CE2   119.55  3.000
 ING  HD2   CD2  CG    119.66  3.000
 ING  CE2   CD2  CG    120.78  3.000
 ING  HE1   CE1  CZ    120.14  3.000
 ING  HE1   CE1  CD1   119.75  3.000
 ING  CZ    CE1  CD1   120.11  3.000
 ING  HE2   CE2  CZ    120.12  3.000
 ING  HE2   CE2  CD2   119.76  3.000
 ING  CZ    CE2  CD2   120.12  3.000
 ING  HZ    CZ   CE2   120.17  3.000
 ING  HZ    CZ   CE1   120.26  3.000
 ING  CE2   CZ   CE1   119.57  3.000
 ING  HXT   OXT  C     109.90  3.000
 ING  O1    C1   N1    123.18  3.000
 ING  O1    C1   N     121.29  3.000
 ING  N1    C1   N     115.49  3.000
 ING  HN12  N1   HN11  115.88  3.000
 ING  HN12  N1   C1    121.26  3.000
 ING  HN11  N1   C1    117.64  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ING  CONST_01  CZ    CE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 ING  CONST_02  CZ    CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 ING  CONST_03  CE2   CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 ING  CONST_04  CE2   CZ   CE1  CD1    0.00   0.0  0
 ING  CONST_05  CE1   CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 ING  CONST_06  CE1   CZ   CE2  CD2    0.00   0.0  0
 ING  CONST_07  CE1   CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 ING  CONST_08  CE2   CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 ING  CONST_09  HE1   CE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 ING  CONST_10  HE2   CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 ING  CONST_11  HD2   CD2  CG   CD1  180.00   0.0  0
 ING  CONST_12  HZ    CZ   CE1  CD1  180.00   0.0  0
 ING  CONST_13  HD1   CD1  CG   CD2  180.00   0.0  0
 ING  CONST_14  O1    C1   N    CA     0.00   0.0  0
 ING  CONST_15  N1    C1   N    CA   180.00   0.0  0
 ING  CONST_16  H     N    C1   O1   180.00   0.0  0
 ING  CONST_17  HN11  N1   C1   O1     0.00   0.0  0
 ING  CONST_18  HN12  N1   C1   O1   180.00   0.0  0
 ING  CONST_19  HXT   OXT  C    CA   180.00   0.0  0
 ING  Var_01    CD1   CG   CB   CA   104.07  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ING  chir_01  CA  N  C  CB  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ING  plan-1  CG    0.020
 ING  plan-1  CB    0.020
 ING  plan-1  CD1   0.020
 ING  plan-1  CD2   0.020
 ING  plan-1  CE1   0.020
 ING  plan-1  CE2   0.020
 ING  plan-1  CZ    0.020
 ING  plan-1  HD1   0.020
 ING  plan-1  HD2   0.020
 ING  plan-1  HE1   0.020
 ING  plan-1  HE2   0.020
 ING  plan-1  HZ    0.020
 ING  plan-2  N     0.020
 ING  plan-2  CA    0.020
 ING  plan-2  C1    0.020
 ING  plan-2  N1    0.020
 ING  plan-2  O1    0.020
 ING  plan-2  H     0.020
 ING  plan-2  HN11  0.020
 ING  plan-2  HN12  0.020
 ING  plan-3  CA    0.020
 ING  plan-3  C     0.020
 ING  plan-3  O     0.020
 ING  plan-3  OXT   0.020
 ING  plan-3  HXT   0.020

