# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 12:53:26 2020
#   Inital geometry file: a 73 line input string
#   Ligand name: N-carbamoyl-L-phenylalanine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ING  ING  N-carbamoyl-L-phenylalanine  ligand  26  15  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ING
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ING  N     N  NH1    0  -0.633   0.8493   0.3192  -0.8896
 ING  CA    C  CH1    0  -0.186  -0.5038  -0.1794  -0.9144
 ING  C     C  C      0   0.409  -1.1787  -0.0659  -2.3081
 ING  O     O  O      0  -0.616  -2.3271  -0.5480  -2.3795
 ING  CG    C  CR6    0   0.167  -0.8225   0.3022   1.5456
 ING  CB    C  CH2    0  -0.552  -1.3335   0.5431   0.1541
 ING  CD1   C  CR16   0  -0.318   0.0174   1.2137   2.1802
 ING  CD2   C  CR16   0  -0.310  -1.1600  -0.8682   2.2239
 ING  CE1   C  CR16   0  -0.242   0.5077   0.9655   3.4562
 ING  CE2   C  CR16   0  -0.241  -0.6729  -1.1226   3.4985
 ING  CZ    C  CR16   0  -0.276   0.1652  -0.2050   4.1200
 ING  OXT   O  OC    -1  -0.593  -0.5342   0.4828  -3.2177
 ING  C1    C  C      0   0.657   1.8526  -0.3747  -1.4887
 ING  N1    N  NH2    0  -0.846   2.9844   0.3501  -1.7381
 ING  O1    O  O      0  -0.548   1.7655  -1.5631  -1.7801
 ING  H     H  HNH1   0   0.373   0.9312   1.3247  -0.9095
 ING  HA    H  HCH1   0   0.244  -0.4755  -1.2393  -0.6490
 ING  HB1   H  HCH2   0   0.243  -1.3495   1.6169  -0.0590
 ING  HB2   H  HCH2   0   0.257  -2.3623   0.1932   0.0688
 ING  HD1   H  HCR6   0   0.240   0.2885   2.1333   1.6745
 ING  HD2   H  HCR6   0   0.244  -1.8164  -1.5889   1.7483
 ING  HE1   H  HCR6   0   0.251   1.1582   1.6881   3.9324
 ING  HE2   H  HCR6   0   0.251  -0.9518  -2.0362   4.0087
 ING  HZ    H  HCR6   0   0.251   0.5447  -0.3997   5.1148
 ING  HN11  H  HNH2   0   0.388   3.8217  -0.1818  -1.9068
 ING  HN12  H  HNH2   0   0.388   3.1376   1.2148  -1.2456

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ING  N    CA    single    1.442  0.020  1.442
 ING  N    C1    single    1.359  0.020  1.359
 ING  N    H     single    0.860  0.020  1.020
 ING  CA   C     single    1.553  0.020  1.553
 ING  CA   CB    single    1.534  0.020  1.534
 ING  CA   HA    single    0.970  0.020  1.090
 ING  C    O     deloc     1.247  0.020  1.247
 ING  C    OXT   deloc     1.243  0.020  1.243
 ING  CG   CB    single    1.502  0.020  1.502
 ING  CG   CD1   aromatic  1.393  0.020  1.393
 ING  CG   CD2   aromatic  1.394  0.020  1.394
 ING  CB   HB1   single    0.970  0.020  1.090
 ING  CB   HB2   single    0.970  0.020  1.090
 ING  CD1  CE1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 ING  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CD2  CE2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 ING  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CE1  CZ    aromatic  1.388  0.020  1.388
 ING  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CE2  CZ    aromatic  1.390  0.020  1.390
 ING  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 ING  CZ   HZ    single    0.930  0.020  1.080
 ING  C1   N1    single    1.367  0.020  1.367
 ING  C1   O1    double    1.227  0.020  1.227
 ING  N1   HN11  single    0.890  0.020  1.040
 ING  N1   HN12  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ING  H     N    C1    116.12  3.000
 ING  H     N    CA    114.85  3.000
 ING  C1    N    CA    120.57  3.000
 ING  HA    CA   CB    107.55  3.000
 ING  HA    CA   C     107.46  3.000
 ING  CB    CA   C     110.84  3.000
 ING  HA    CA   N     107.87  3.000
 ING  CB    CA   N     109.44  3.000
 ING  C     CA   N     113.45  3.000
 ING  OXT   C    O     127.32  3.000
 ING  OXT   C    CA    117.64  3.000
 ING  O     C    CA    115.04  3.000
 ING  CD2   CG   CD1   118.28  3.000
 ING  CD2   CG   CB    120.21  3.000
 ING  CD1   CG   CB    121.50  3.000
 ING  HB2   CB   HB1   106.61  3.000
 ING  HB2   CB   CG    110.01  3.000
 ING  HB1   CB   CG    110.04  3.000
 ING  HB2   CB   CA    107.75  3.000
 ING  HB1   CB   CA    109.54  3.000
 ING  CG    CB   CA    112.70  3.000
 ING  HD1   CD1  CE1   119.46  3.000
 ING  HD1   CD1  CG    119.57  3.000
 ING  CE1   CD1  CG    120.97  3.000
 ING  HD2   CD2  CE2   119.55  3.000
 ING  HD2   CD2  CG    119.40  3.000
 ING  CE2   CD2  CG    121.04  3.000
 ING  HE1   CE1  CZ    120.04  3.000
 ING  HE1   CE1  CD1   119.79  3.000
 ING  CZ    CE1  CD1   120.17  3.000
 ING  HE2   CE2  CZ    120.12  3.000
 ING  HE2   CE2  CD2   119.79  3.000
 ING  CZ    CE2  CD2   120.09  3.000
 ING  HZ    CZ   CE2   120.25  3.000
 ING  HZ    CZ   CE1   120.31  3.000
 ING  CE2   CZ   CE1   119.45  3.000
 ING  O1    C1   N1    121.94  3.000
 ING  O1    C1   N     123.16  3.000
 ING  N1    C1   N     114.90  3.000
 ING  HN12  N1   HN11  114.16  3.000
 ING  HN12  N1   C1    119.48  3.000
 ING  HN11  N1   C1    116.06  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ING  CONST_01  CZ   CE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 ING  CONST_02  CZ   CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 ING  CONST_03  CE2  CD2  CG   CD1    0.00   0.0  0
 ING  CONST_04  CE2  CZ   CE1  CD1    0.00   0.0  0
 ING  CONST_05  CE1  CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 ING  CONST_06  CE1  CZ   CE2  CD2    0.00   0.0  0
 ING  CONST_07  CE1  CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 ING  CONST_08  CE2  CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 ING  CONST_09  HE1  CE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 ING  CONST_10  HE2  CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 ING  CONST_11  HD2  CD2  CG   CD1  180.00   0.0  0
 ING  CONST_12  HZ   CZ   CE1  CD1  180.00   0.0  0
 ING  CONST_13  HD1  CD1  CG   CD2  180.00   0.0  0
 ING  Var_01    CD1  CG   CB   CA    97.15  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ING  chir_01  CA  N  C  CB  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ING  plan-1  CG    0.020
 ING  plan-1  CB    0.020
 ING  plan-1  CD1   0.020
 ING  plan-1  CD2   0.020
 ING  plan-1  CE1   0.020
 ING  plan-1  CE2   0.020
 ING  plan-1  CZ    0.020
 ING  plan-1  HD1   0.020
 ING  plan-1  HD2   0.020
 ING  plan-1  HE1   0.020
 ING  plan-1  HE2   0.020
 ING  plan-1  HZ    0.020
 ING  plan-2  N     0.020
 ING  plan-2  CA    0.020
 ING  plan-2  C1    0.020
 ING  plan-2  N1    0.020
 ING  plan-2  O1    0.020
 ING  plan-2  H     0.020
 ING  plan-2  HN11  0.020
 ING  plan-2  HN12  0.020
 ING  plan-3  CA    0.020
 ING  plan-3  C     0.020
 ING  plan-3  O     0.020
 ING  plan-3  OXT   0.020

