# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu May  7 21:49:49 2020
#   Inital geometry file: a 111 line input string
#   Ligand name: 3-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-(trifluoromethyl)quinoxalin-5-yl]phenol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN1CCN(CC1)c2cnc3cc(cc(c4cccc(O)c4)c3n2)C(F)(F)F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IHX  IHX  3-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)-7-(trifluoromethyl)quinoxalin-5-yl]phenol  ligand  47  28  .  2021-08-11  2021-08-11  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_IHX
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IHX  C1    C  CR16  0  -0.235  -0.2853   3.5101  -1.6387
 IHX  C2    C  CR16  0  -0.300   0.0348   2.1751  -1.4412
 IHX  C3    C  CR16  0  -0.348   0.1880   4.4961  -0.7862
 IHX  C4    C  CR6   0   0.100   0.8550   1.8139  -0.3735
 IHX  C5    C  CR6   0   0.375   1.0033   4.1392   0.2839
 IHX  C6    C  CR16  0  -0.442   1.3352   2.8021   0.4840
 IHX  C7    C  CR6   0   0.025   1.2645   0.4111  -0.1511
 IHX  C8    C  CR66  0   0.218   0.3077  -0.6423  -0.0884
 IHX  C11   C  CR16  0  -0.343   2.5927   0.1042   0.0267
 IHX  C12   C  CR6   0  -0.193   3.0285  -1.2150   0.2603
 IHX  C18   C  CR6   0   0.505  -1.8681  -1.3591  -0.1512
 IHX  C19   C  CR16  0  -0.162  -1.3935  -2.7072   0.0728
 IHX  N22   N  NT    0  -0.514  -3.1818  -1.0794  -0.2830
 IHX  C24   C  CH2   0  -0.284  -4.8429   0.6957  -0.0137
 IHX  C27   C  CH2   0  -0.313  -4.2379  -2.0750  -0.2546
 IHX  F17   F  F     0  -0.316   5.0079  -0.7257   1.4247
 IHX  C14   C  CT    0   1.058   4.4927  -1.4559   0.4236
 IHX  F15   F  F     0  -0.301   4.7806  -2.7337   0.6840
 IHX  F16   F  F     0  -0.316   5.1780  -1.1166  -0.6797
 IHX  O13   O  OH1   0  -0.634   1.4408   5.1198   1.0998
 IHX  C10   C  CR16  0  -0.367   2.1212  -2.2405   0.3193
 IHX  C9    C  CR66  0   0.237   0.7580  -1.9578   0.1503
 IHX  N21   N  N     0  -0.380  -0.1401  -2.9767   0.2168
 IHX  N20   N  N     0  -0.471  -0.9998  -0.3756  -0.2331
 IHX  C25   C  CH2   0  -0.276  -5.4483  -1.5400   0.4920
 IHX  N23   N  NT    0  -0.415  -5.9014  -0.2897  -0.0759
 IHX  C28   C  CH3   0  -0.518  -7.1139   0.1815   0.5530
 IHX  C26   C  CH2   0  -0.319  -3.6193   0.2186  -0.7712
 IHX  H1    H  HCR6  0   0.257  -0.9133   3.7912  -2.4744
 IHX  H2    H  HCR6  0   0.245  -0.3430   1.4220  -2.1177
 IHX  H3    H  HCR6  0   0.263  -0.0724   5.5350  -0.9446
 IHX  H6    H  HCR6  0   0.269   1.9587   2.5243   1.3276
 IHX  H11   H  HCR6  0   0.276   3.3204   0.9047  -0.0302
 IHX  H19   H  HCR6  0   0.283  -2.0747  -3.5467   0.1141
 IHX  H24   H  HCH2  0   0.245  -5.1883   1.6263  -0.4699
 IHX  H24A  H  HCH2  0   0.199  -4.5586   0.9287   1.0270
 IHX  H27   H  HCH2  0   0.242  -4.5231  -2.3468  -1.2770
 IHX  H27A  H  HCH2  0   0.268  -3.9117  -2.9796   0.2502
 IHX  HO13  H  HOH1  0   0.474   1.9811   4.7512   1.8074
 IHX  H10   H  HCR6  0   0.277   2.4123  -3.2675   0.4950
 IHX  H25   H  HCH2  0   0.248  -6.2476  -2.2808   0.4205
 IHX  H25A  H  HCH2  0   0.199  -5.1925  -1.4395   1.5611
 IHX  H28   H  HCH3  0   0.235  -7.4555   1.0935   0.0617
 IHX  H28A  H  HCH3  0   0.235  -7.9008  -0.5675   0.4539
 IHX  H28B  H  HCH3  0   0.195  -6.9923   0.4022   1.6247
 IHX  H26   H  HCH2  0   0.282  -2.8114   0.9365  -0.6654
 IHX  H26A  H  HCH2  0   0.237  -3.8586   0.1367  -1.8382

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IHX  C1   C2    aromatic  1.387  0.020  1.387
 IHX  C1   C3    aromatic  1.387  0.020  1.387
 IHX  C2   C4    aromatic  1.394  0.020  1.394
 IHX  C3   C5    aromatic  1.392  0.020  1.392
 IHX  C4   C6    aromatic  1.394  0.020  1.394
 IHX  C4   C7    single    1.478  0.020  1.478
 IHX  C5   C6    aromatic  1.392  0.020  1.392
 IHX  C5   O13   single    1.349  0.020  1.349
 IHX  C7   C8    aromatic  1.424  0.020  1.424
 IHX  C7   C11   aromatic  1.375  0.020  1.375
 IHX  C8   C9    aromatic  1.411  0.020  1.411
 IHX  C8   N20   aromatic  1.342  0.020  1.342
 IHX  C11  C12   aromatic  1.409  0.020  1.409
 IHX  C12  C14   single    1.493  0.020  1.493
 IHX  C12  C10   aromatic  1.371  0.020  1.371
 IHX  C18  C19   aromatic  1.447  0.020  1.447
 IHX  C18  N22   single    1.350  0.020  1.350
 IHX  C18  N20   aromatic  1.314  0.020  1.314
 IHX  C19  N21   aromatic  1.290  0.020  1.290
 IHX  N22  C27   single    1.452  0.020  1.452
 IHX  N22  C26   single    1.454  0.020  1.454
 IHX  C24  N23   single    1.447  0.020  1.447
 IHX  C24  C26   single    1.516  0.020  1.516
 IHX  C27  C25   single    1.519  0.020  1.519
 IHX  F17  C14   single    1.342  0.020  1.342
 IHX  C14  F15   single    1.335  0.020  1.335
 IHX  C14  F16   single    1.342  0.020  1.342
 IHX  C10  C9    aromatic  1.402  0.020  1.402
 IHX  C9   N21   aromatic  1.360  0.020  1.360
 IHX  C25  N23   single    1.446  0.020  1.446
 IHX  N23  C28   single    1.445  0.020  1.445
 IHX  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C24  H24   single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C24  H24A  single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C27  H27   single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C27  H27A  single    0.970  0.020  1.090
 IHX  O13  HO13  single    0.850  0.020  0.980
 IHX  C10  H10   single    0.930  0.020  1.080
 IHX  C25  H25   single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C25  H25A  single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C28  H28   single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C28  H28A  single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C28  H28B  single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C26  H26   single    0.970  0.020  1.090
 IHX  C26  H26A  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IHX  H1    C1   C3    119.21  3.000
 IHX  H1    C1   C2    119.59  3.000
 IHX  C3    C1   C2    121.20  3.000
 IHX  H2    C2   C4    120.31  3.000
 IHX  H2    C2   C1    120.07  3.000
 IHX  C4    C2   C1    119.62  3.000
 IHX  H3    C3   C5    119.96  3.000
 IHX  H3    C3   C1    120.68  3.000
 IHX  C5    C3   C1    119.36  3.000
 IHX  C7    C4   C6    119.00  3.000
 IHX  C7    C4   C2    121.61  3.000
 IHX  C6    C4   C2    119.36  3.000
 IHX  O13   C5   C6    122.28  3.000
 IHX  O13   C5   C3    117.95  3.000
 IHX  C6    C5   C3    119.76  3.000
 IHX  H6    C6   C5    119.64  3.000
 IHX  H6    C6   C4    119.65  3.000
 IHX  C5    C6   C4    120.70  3.000
 IHX  C11   C7   C8    118.56  3.000
 IHX  C11   C7   C4    119.93  3.000
 IHX  C8    C7   C4    121.49  3.000
 IHX  N20   C8   C9    120.96  3.000
 IHX  N20   C8   C7    120.17  3.000
 IHX  C9    C8   C7    118.86  3.000
 IHX  H11   C11  C12   119.53  3.000
 IHX  H11   C11  C7    118.50  3.000
 IHX  C12   C11  C7    121.96  3.000
 IHX  C10   C12  C14   121.59  3.000
 IHX  C10   C12  C11   120.20  3.000
 IHX  C14   C12  C11   118.20  3.000
 IHX  N20   C18  N22   118.81  3.000
 IHX  N20   C18  C19   119.35  3.000
 IHX  N22   C18  C19   121.84  3.000
 IHX  H19   C19  N21   116.45  3.000
 IHX  H19   C19  C18   121.50  3.000
 IHX  N21   C19  C18   122.05  3.000
 IHX  C26   N22  C27   113.57  3.000
 IHX  C26   N22  C18   120.70  3.000
 IHX  C27   N22  C18   124.34  3.000
 IHX  H24A  C24  H24   107.18  3.000
 IHX  H24A  C24  C26   109.24  3.000
 IHX  H24   C24  C26   108.34  3.000
 IHX  H24A  C24  N23   111.88  3.000
 IHX  H24   C24  N23   109.32  3.000
 IHX  C26   C24  N23   110.76  3.000
 IHX  H27A  C27  H27   107.78  3.000
 IHX  H27A  C27  C25   107.71  3.000
 IHX  H27   C27  C25   109.78  3.000
 IHX  H27A  C27  N22   111.21  3.000
 IHX  H27   C27  N22   109.96  3.000
 IHX  C25   C27  N22   110.35  3.000
 IHX  F16   C14  F15   106.98  3.000
 IHX  F16   C14  F17   106.24  3.000
 IHX  F15   C14  F17   107.01  3.000
 IHX  F16   C14  C12   111.72  3.000
 IHX  F15   C14  C12   112.78  3.000
 IHX  F17   C14  C12   111.74  3.000
 IHX  HO13  O13  C5    110.37  3.000
 IHX  H10   C10  C9    118.20  3.000
 IHX  H10   C10  C12   122.63  3.000
 IHX  C9    C10  C12   119.17  3.000
 IHX  N21   C9   C10   119.01  3.000
 IHX  N21   C9   C8    119.74  3.000
 IHX  C10   C9   C8    121.24  3.000
 IHX  C9    N21  C19   118.66  3.000
 IHX  C18   N20  C8    119.21  3.000
 IHX  H25A  C25  H25   107.14  3.000
 IHX  H25A  C25  N23   111.98  3.000
 IHX  H25   C25  N23   109.36  3.000
 IHX  H25A  C25  C27   108.86  3.000
 IHX  H25   C25  C27   108.18  3.000
 IHX  N23   C25  C27   111.16  3.000
 IHX  C28   N23  C25   111.96  3.000
 IHX  C28   N23  C24   111.89  3.000
 IHX  C25   N23  C24   110.04  3.000
 IHX  H28B  C28  H28A  107.80  3.000
 IHX  H28B  C28  H28   107.79  3.000
 IHX  H28A  C28  H28   107.90  3.000
 IHX  H28B  C28  N23   113.35  3.000
 IHX  H28A  C28  N23   109.99  3.000
 IHX  H28   C28  N23   109.84  3.000
 IHX  H26A  C26  H26   107.85  3.000
 IHX  H26A  C26  C24   109.48  3.000
 IHX  H26   C26  C24   110.10  3.000
 IHX  H26A  C26  N22   109.01  3.000
 IHX  H26   C26  N22   109.48  3.000
 IHX  C24   C26  N22   110.85  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IHX  CONST_01  C6   C4   C2   C1      0.00   0.0  0
 IHX  CONST_02  C7   C4   C2   C1    180.00   0.0  0
 IHX  CONST_03  C6   C5   C3   C1      0.00   0.0  0
 IHX  CONST_04  C5   C3   C1   C2      0.00   0.0  0
 IHX  CONST_05  C5   C6   C4   C2      0.00   0.0  0
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 IHX  Var_09    H28  C28  N23  C24    59.16  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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