# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Jul 31 13:51:25 2022
#   Inital geometry file: a 57 line input string
#   Ligand name: 5-azanyl-3,6-dimethyl-1~{H}-pyrimidine-2,4-dione
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN1C(=O)NC(=C(N)C1=O)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 IGT  IGT  "5-azanyl-3,6-dimethyl-1H-pyrimidine-2,4-dione"
  ligand  20  11  .  2022-08-10  2022-08-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_IGT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 IGT  C10  C  CR6   0   0.562  18.2769  -25.8804  11.8004
 IGT  C01  C  CH3   0  -0.528  19.4636  -23.7297  11.6969
 IGT  C03  C  CR6   0   0.703  17.1487  -23.8406  11.0447
 IGT  C06  C  CR6   0   0.339  15.9698  -25.9602  11.0709
 IGT  C07  C  CH3   0  -0.729  14.6652  -26.6157  10.7819
 IGT  C08  C  CR6   0   0.027  17.0450  -26.6140  11.5613
 IGT  N02  N  NR6   0  -0.576  18.2597  -24.5246  11.4952
 IGT  N05  N  NR16  0  -0.722  16.0424  -24.6059  10.8527
 IGT  N09  N  NH2   0  -0.856  17.0364  -27.9913  11.8199
 IGT  O04  O  O     0  -0.490  17.1630  -22.6420  10.8332
 IGT  O11  O  O     0  -0.471  19.2837  -26.4183  12.2338
 IGT  H1   H  HCH3  0   0.266  20.2778  -24.3885  11.9715
 IGT  H2   H  HCH3  0   0.255  19.7271  -23.2046  10.7819
 IGT  H3   H  HCH3  0   0.254  19.3145  -23.0006  12.4913
 IGT  H4   H  HCH3  0   0.265  14.8112  -27.6714  10.5627
 IGT  H5   H  HCH3  0   0.272  13.9929  -26.5445  11.6395
 IGT  H6   H  HCH3  0   0.263  14.1667  -26.1486   9.9321
 IGT  H8   H  HNH2  0   0.368  17.9437  -28.3067  12.1318
 IGT  H9   H  HNH2  0   0.372  16.3518  -28.2574  12.5138
 IGT  H7   H  HNR6  0   0.425  15.2212  -24.1201  10.5212

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 IGT  C07  C06  single  1.488  0.020  1.488
 IGT  N05  C03  single  1.359  0.020  1.359
 IGT  N05  C06  single  1.374  0.020  1.374
 IGT  O04  C03  double  1.217  0.020  1.217
 IGT  C03  N02  single  1.380  0.020  1.380
 IGT  C06  C08  double  1.351  0.020  1.351
 IGT  C08  N09  single  1.401  0.020  1.401
 IGT  C08  C10  single  1.454  0.020  1.454
 IGT  N02  C01  single  1.457  0.020  1.457
 IGT  N02  C10  single  1.390  0.020  1.390
 IGT  C10  O11  double  1.221  0.020  1.221
 IGT  C01  H1   single  0.970  0.020  1.090
 IGT  C01  H2   single  0.970  0.020  1.090
 IGT  C01  H3   single  0.970  0.020  1.090
 IGT  C07  H4   single  0.970  0.020  1.090
 IGT  C07  H5   single  0.970  0.020  1.090
 IGT  C07  H6   single  0.970  0.020  1.090
 IGT  N09  H8   single  0.890  0.020  1.040
 IGT  N09  H9   single  0.890  0.020  1.040
 IGT  N05  H7   single  0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 IGT  O11  C10  N02  121.19  3.000
 IGT  O11  C10  C08  122.33  3.000
 IGT  N02  C10  C08  116.47  3.000
 IGT  H3   C01  H2   108.89  3.000
 IGT  H3   C01  H1   108.99  3.000
 IGT  H2   C01  H1   108.97  3.000
 IGT  H3   C01  N02  110.69  3.000
 IGT  H2   C01  N02  110.32  3.000
 IGT  H1   C01  N02  108.94  3.000
 IGT  O04  C03  N05  122.65  3.000
 IGT  O04  C03  N02  122.36  3.000
 IGT  N05  C03  N02  114.98  3.000
 IGT  N05  C06  C08  119.53  3.000
 IGT  C08  C06  C07  123.72  3.000
 IGT  N05  C06  C07  116.73  3.000
 IGT  H6   C07  H5   107.61  3.000
 IGT  H6   C07  H4   108.66  3.000
 IGT  H5   C07  H4   107.71  3.000
 IGT  H6   C07  C06  111.31  3.000
 IGT  H5   C07  C06  111.00  3.000
 IGT  H4   C07  C06  110.42  3.000
 IGT  N09  C08  C06  122.54  3.000
 IGT  N09  C08  C10  118.09  3.000
 IGT  C06  C08  C10  119.34  3.000
 IGT  C03  N02  C01  116.11  3.000
 IGT  C01  N02  C10  119.45  3.000
 IGT  C03  N02  C10  124.41  3.000
 IGT  H7   N05  C06  118.90  3.000
 IGT  H7   N05  C03  115.94  3.000
 IGT  C06  N05  C03  125.16  3.000
 IGT  H9   N09  H8   108.32  3.000
 IGT  H9   N09  C08  112.94  3.000
 IGT  H8   N09  C08  111.00  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 IGT  CONST_01  N05  C03  N02  C10     0.00   0.0  0
 IGT  CONST_02  C08  C10  N02  C03     0.00   0.0  0
 IGT  CONST_03  N02  C03  N05  C06     0.00   0.0  0
 IGT  CONST_04  O04  C03  N02  C10   180.00   0.0  0
 IGT  CONST_05  N05  C03  N02  C01   180.00   0.0  0
 IGT  CONST_06  C08  C10  N02  C01   180.00   0.0  0
 IGT  CONST_07  O11  C10  N02  C03   180.00   0.0  0
 IGT  CONST_08  O04  C03  N05  C06   180.00   0.0  0
 IGT  CONST_09  H7   N05  C03  N02   180.00   0.0  0
 IGT  CONST_10  O04  C03  N02  C01     0.00   0.0  0
 IGT  CONST_11  O11  C10  N02  C01     0.00   0.0  0
 IGT  CONST_12  H7   N05  C03  O04     0.00   0.0  0
 IGT  Var_01    C07  C06  C08  C10   179.59  30.0  1
 IGT  Var_02    C07  C06  N05  C03  -179.23  30.0  1
 IGT  Var_03    N09  C08  C10  N02   178.15  30.0  1
 IGT  Var_04    N09  C08  C06  N05   179.36  30.0  1
 IGT  Var_05    N09  C08  C06  C07     1.33  30.0  1
 IGT  Var_06    O11  C10  C08  N09    -1.17  30.0  1
 IGT  Var_07    H8   N09  C08  C10    -1.52  30.0  2
 IGT  Var_08    H9   N09  C08  C10   120.36  30.0  2
 IGT  Var_09    H1   C01  N02  C10     6.61  30.0  3
 IGT  Var_10    H2   C01  N02  C10   126.19  30.0  3
 IGT  Var_11    H3   C01  N02  C10  -113.22  30.0  3
 IGT  Var_12    H1   C01  N02  C03  -175.51  30.0  3
 IGT  Var_13    H2   C01  N02  C03   -55.93  30.0  3
 IGT  Var_14    H3   C01  N02  C03    64.66  30.0  3
 IGT  Var_15    H8   N09  C08  C06   176.76  30.0  2
 IGT  Var_16    H9   N09  C08  C06   -61.36  30.0  2
 IGT  Var_17    H7   N05  C06  C07     0.62  30.0  1
 IGT  Var_18    H4   C07  C06  C08   -26.60  30.0  3
 IGT  Var_19    H5   C07  C06  C08    92.78  30.0  3
 IGT  Var_20    H6   C07  C06  C08  -147.38  30.0  3
 IGT  Var_21    H4   C07  C06  N05   155.32  30.0  3
 IGT  Var_22    H5   C07  C06  N05   -85.30  30.0  3
 IGT  Var_23    H6   C07  C06  N05    34.54  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 IGT  plan-1  C10  0.020
 IGT  plan-1  C01  0.020
 IGT  plan-1  C03  0.020
 IGT  plan-1  C06  0.020
 IGT  plan-1  C08  0.020
 IGT  plan-1  N02  0.020
 IGT  plan-1  N05  0.020
 IGT  plan-1  O04  0.020
 IGT  plan-1  O11  0.020
 IGT  plan-1  H7   0.020

