# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Jul 31 08:44:45 2022
#   Inital geometry file: a 135 line input string
#   Ligand name: 6-ethyl-5-(4-{3-[3-(1H-tetrazol-5-yl)propyl]phenoxy}butoxy)pyrimidine-2,4-diamine
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCc1nc(N)nc(N)c1OCCCCOc2cccc(CCCc3[nH]nnn3)c2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 H4U  H4U  "6-ethyl-5-(4-{3-[3-(1H-tetrazol-5-yl)propyl]phenoxy}butoxy)pyrimidine-2,4-diamine"
  ligand  58  30  .  2022-08-10  2022-08-10
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_H4U
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 H4U  C10   C  CR6   0   0.119   3.1316  -2.5527  30.2503
 H4U  C13   C  CH2   0  -0.464   2.6316  -0.0523  27.6422
 H4U  C15   C  CH2   0  -0.218   3.6405   1.7921  29.1205
 H4U  C17   C  CR6   0   0.404   5.9836   1.8833  28.7375
 H4U  C20   C  CR16  0  -0.329   8.6157   1.9043  29.6449
 H4U  C21   C  CR6   0   0.148   8.3363   1.4543  28.3542
 H4U  C22   C  CH2   0  -0.515   9.4311   0.9103  27.4799
 H4U  C24   C  CH2   0  -0.530  10.7542  -1.1812  26.8606
 H4U  C01   C  CH3   0  -0.666   6.4790  -1.5524  30.6811
 H4U  C02   C  CH2   0  -0.522   5.1129  -1.4382  31.3557
 H4U  C03   C  CR6   0   0.233   4.2384  -2.6235  31.0684
 H4U  N04   N  N     0  -0.499   4.6036  -3.7737  31.6507
 H4U  C05   C  CR6   0   0.507   3.8549  -4.8410  31.4023
 H4U  N06   N  NH2   0  -0.824   4.2562  -6.0211  31.9454
 H4U  N07   N  N     0  -0.501   2.7591  -4.8786  30.6424
 H4U  C08   C  CR6   0   0.433   2.3947  -3.7438  30.0594
 H4U  N09   N  NH2   0  -0.822   1.3126  -3.7588  29.2562
 H4U  O11   O  O2    0  -0.494   2.7056  -1.4118  29.6304
 H4U  C12   C  CH2   0  -0.189   3.3659  -1.1429  28.3931
 H4U  C14   C  CH2   0  -0.460   2.4209   1.2617  28.3952
 H4U  O16   O  O2    0  -0.479   4.7380   1.8314  28.2206
 H4U  C18   C  CR16  0  -0.384   6.2692   2.3346  30.0241
 H4U  C19   C  CR16  0  -0.226   7.5875   2.3406  30.4638
 H4U  C23   C  CH2   0  -0.431   9.6023  -0.5969  27.6760
 H4U  C25   C  CR5   0   0.507  10.5446  -1.0570  25.3955
 H4U  N26   N  N     0  -0.345   9.4787  -1.3996  24.7090
 H4U  N27   N  N     0  -0.144   9.7422  -1.1133  23.4332
 H4U  N28   N  N     0  -0.081  10.9079  -0.6151  23.3043
 H4U  N29   N  NR15  0  -0.470  11.4251  -0.5702  24.5201
 H4U  C30   C  CR16  0  -0.408   7.0206   1.4495  27.9113
 H4U  H132  H  HCH2  0   0.237   3.1982   0.1321  26.7268
 H4U  H131  H  HCH2  0   0.238   1.6570  -0.4282  27.3200
 H4U  H152  H  HCH2  0   0.239   3.4320   2.7899  29.5217
 H4U  H151  H  HCH2  0   0.232   3.8807   1.1473  29.9716
 H4U  H201  H  HCR6  0   0.242   9.6382   1.9116  30.0029
 H4U  H221  H  HCH2  0   0.244  10.3749   1.4114  27.7109
 H4U  H222  H  HCH2  0   0.250   9.2077   1.1252  26.4317
 H4U  H242  H  HCH2  0   0.273  11.6930  -0.6942  27.1315
 H4U  H241  H  HCH2  0   0.290  10.8709  -2.2403  27.1025
 H4U  H012  H  HCH3  0   0.236   7.0964  -0.6864  30.9200
 H4U  H011  H  HCH3  0   0.228   7.0061  -2.4471  31.0112
 H4U  H013  H  HCH3  0   0.225   6.3827  -1.5993  29.5958
 H4U  H021  H  HCH2  0   0.250   5.2510  -1.3772  32.4379
 H4U  H022  H  HCH2  0   0.257   4.6264  -0.5126  31.0504
 H4U  H062  H  HNH2  0   0.383   4.9049  -5.9741  32.7125
 H4U  H061  H  HNH2  0   0.383   3.5753  -6.7593  32.0007
 H4U  H092  H  HNH2  0   0.391   0.7126  -4.5657  29.2889
 H4U  H091  H  HNH2  0   0.398   0.8810  -2.8892  28.9945
 H4U  H121  H  HCH2  0   0.227   4.4046  -0.8545  28.5867
 H4U  H122  H  HCH2  0   0.233   3.3952  -2.0493  27.7783
 H4U  H142  H  HCH2  0   0.241   2.0515   2.0102  27.6902
 H4U  H141  H  HCH2  0   0.238   1.6370   1.1446  29.1466
 H4U  H181  H  HCR6  0   0.273   5.4874   2.6854  30.6843
 H4U  H191  H  HCR6  0   0.253   7.8071   2.6947  31.4631
 H4U  H231  H  HCH2  0   0.251   9.7968  -0.8064  28.7299
 H4U  H232  H  HCH2  0   0.242   8.6724  -1.1108  27.4222
 H4U  H291  H  HNR5  0   0.445  12.3543  -0.2037  24.6786
 H4U  H301  H  HCR6  0   0.249   6.7859   1.0930  26.9141

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 H4U  C02  C01   single    1.528  0.020  1.528
 H4U  C03  C02   single    1.501  0.020  1.501
 H4U  N04  C03   aromatic  1.340  0.020  1.340
 H4U  C05  N04   aromatic  1.327  0.020  1.327
 H4U  N06  C05   single    1.360  0.020  1.360
 H4U  N07  C05   aromatic  1.334  0.020  1.334
 H4U  C08  N07   aromatic  1.327  0.020  1.327
 H4U  N09  C08   single    1.348  0.020  1.348
 H4U  C10  C08   aromatic  1.414  0.020  1.414
 H4U  O11  C10   single    1.367  0.020  1.367
 H4U  C12  O11   single    1.428  0.020  1.428
 H4U  C13  C12   single    1.514  0.020  1.514
 H4U  C14  C13   single    1.529  0.020  1.529
 H4U  C15  C14   single    1.515  0.020  1.515
 H4U  O16  C15   single    1.420  0.020  1.420
 H4U  C17  O16   single    1.350  0.020  1.350
 H4U  C18  C17   aromatic  1.393  0.020  1.393
 H4U  C19  C18   aromatic  1.390  0.020  1.390
 H4U  C20  C19   aromatic  1.385  0.020  1.385
 H4U  C21  C20   aromatic  1.395  0.020  1.395
 H4U  C23  C22   single    1.530  0.020  1.530
 H4U  C24  C23   single    1.527  0.020  1.527
 H4U  C25  C24   single    1.485  0.020  1.485
 H4U  N26  C25   aromatic  1.313  0.020  1.313
 H4U  N27  N26   aromatic  1.334  0.020  1.334
 H4U  N28  N27   aromatic  1.274  0.020  1.274
 H4U  N29  N28   aromatic  1.322  0.020  1.322
 H4U  C22  C21   single    1.503  0.020  1.503
 H4U  C30  C21   aromatic  1.388  0.020  1.388
 H4U  C03  C10   aromatic  1.378  0.020  1.378
 H4U  C17  C30   aromatic  1.395  0.020  1.395
 H4U  C25  N29   aromatic  1.334  0.020  1.334
 H4U  C13  H132  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C13  H131  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C15  H152  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C15  H151  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C20  H201  single    0.930  0.020  1.080
 H4U  C22  H221  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C22  H222  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C24  H242  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C24  H241  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C01  H012  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C01  H011  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C01  H013  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C02  H021  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C02  H022  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  N06  H062  single    0.890  0.020  1.040
 H4U  N06  H061  single    0.890  0.020  1.040
 H4U  N09  H092  single    0.890  0.020  1.040
 H4U  N09  H091  single    0.890  0.020  1.040
 H4U  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C12  H122  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C14  H142  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C14  H141  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C18  H181  single    0.930  0.020  1.080
 H4U  C19  H191  single    0.930  0.020  1.080
 H4U  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
 H4U  N29  H291  single    0.860  0.020  1.020
 H4U  C30  H301  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 H4U  O11   C10  C08   118.67  3.000
 H4U  O11   C10  C03   124.23  3.000
 H4U  C08   C10  C03   117.10  3.000
 H4U  H131  C13  H132  105.88  3.000
 H4U  H131  C13  C14   108.53  3.000
 H4U  H132  C13  C14   109.82  3.000
 H4U  H131  C13  C12   109.32  3.000
 H4U  H132  C13  C12   106.60  3.000
 H4U  C14   C13  C12   116.20  3.000
 H4U  H151  C15  H152  107.07  3.000
 H4U  H151  C15  O16   109.85  3.000
 H4U  H152  C15  O16   110.73  3.000
 H4U  H151  C15  C14   110.04  3.000
 H4U  H152  C15  C14   109.95  3.000
 H4U  O16   C15  C14   109.18  3.000
 H4U  C30   C17  C18   119.69  3.000
 H4U  C30   C17  O16   116.57  3.000
 H4U  C18   C17  O16   123.74  3.000
 H4U  H201  C20  C19   120.20  3.000
 H4U  H201  C20  C21   119.80  3.000
 H4U  C19   C20  C21   120.00  3.000
 H4U  C30   C21  C22   120.23  3.000
 H4U  C30   C21  C20   119.08  3.000
 H4U  C22   C21  C20   120.60  3.000
 H4U  H222  C22  H221  106.79  3.000
 H4U  H222  C22  C23   109.85  3.000
 H4U  H221  C22  C23   109.14  3.000
 H4U  H222  C22  C21   109.74  3.000
 H4U  H221  C22  C21   109.88  3.000
 H4U  C23   C22  C21   111.33  3.000
 H4U  H241  C24  H242  106.60  3.000
 H4U  H241  C24  C25   108.33  3.000
 H4U  H242  C24  C25   109.20  3.000
 H4U  H241  C24  C23   109.46  3.000
 H4U  H242  C24  C23   110.20  3.000
 H4U  C25   C24  C23   112.84  3.000
 H4U  H013  C01  H011  107.99  3.000
 H4U  H013  C01  H012  107.59  3.000
 H4U  H011  C01  H012  108.18  3.000
 H4U  H013  C01  C02   111.33  3.000
 H4U  H011  C01  C02   111.11  3.000
 H4U  H012  C01  C02   110.50  3.000
 H4U  H022  C02  H021  106.66  3.000
 H4U  H022  C02  C03   110.93  3.000
 H4U  H021  C02  C03   107.90  3.000
 H4U  H022  C02  C01   109.82  3.000
 H4U  H021  C02  C01   109.18  3.000
 H4U  C03   C02  C01   112.18  3.000
 H4U  N04   C03  C02   115.84  3.000
 H4U  N04   C03  C10   121.40  3.000
 H4U  C02   C03  C10   122.75  3.000
 H4U  C05   N04  C03   117.08  3.000
 H4U  N07   C05  N06   116.45  3.000
 H4U  N07   C05  N04   126.35  3.000
 H4U  N06   C05  N04   117.18  3.000
 H4U  H061  N06  H062  115.40  3.000
 H4U  H061  N06  C05   117.34  3.000
 H4U  H062  N06  C05   117.03  3.000
 H4U  C08   N07  C05   116.86  3.000
 H4U  N09   C08  N07   118.22  3.000
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_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
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