# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed May  6 15:09:02 2020
#   Inital geometry file: a 145 line input string
#   Ligand name: N-[(4S)-2-[(E)-N-[3-[bis(fluoranyl)methoxy]phenyl]-N'-cyano-carbamimidoyl]-5-(3,4-dichlorophenyl)-3,4-dihydropyrazol-4-yl]-N-ethyl-2-oxidanyl-ethanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCN([C@H]1CN(N=C1c2ccc(Cl)c(Cl)c2)C(Nc3cccc(OC(F)F)c3)=NC#N)C(=O)CO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 H41  H41  N-[(4S)-2-[(E)-N-[3-[bis(fluoranyl)methoxy]phenyl]-N'-cyano-carbamimidoyl]-5-(3,4-dichlorophenyl)-3,4-dihydropyrazol-4-yl]-N-ethyl-2-oxidanyl-ethanamide  ligand  55  35  .  2022-07-25  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_H41
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 H41  C4    C   CR16  0  -0.247   2.1918  -2.0100  -0.2715
 H41  C5    C   CR6   0   0.026   3.0779  -3.0447  -0.4984
 H41  CL10  CL  CL    0  -0.087   2.4943  -4.5248  -1.1537
 H41  C6    C   CR6   0  -0.012   4.4307  -2.8879  -0.2003
 H41  CL7   CL  CL    0  -0.082   5.5427  -4.1670  -0.4780
 H41  C8    C   CR16  0  -0.193   4.8822  -1.6886   0.3260
 H41  C9    C   CR16  0  -0.312   3.9952  -0.6509   0.5531
 H41  C3    C   CR6   0   0.064   2.6413  -0.8003   0.2587
 H41  C2    C   CR5   0   0.303   1.7067   0.2907   0.5015
 H41  N11   N   N     0  -0.242   0.4451   0.1541   0.3577
 H41  C1    C   CR15  0  -0.284   2.1080   1.6962   0.8944
 H41  N29   N   NT    0  -0.468   2.8703   2.3549  -0.1504
 H41  C34   C   CH2   0  -0.351   2.4414   2.2456  -1.5413
 H41  C35   C   CH3   0  -0.660   1.3644   3.2367  -1.9640
 H41  C30   C   C     0   0.542   3.8829   3.1791   0.2370
 H41  O33   O   O     0  -0.481   4.1767   3.3494   1.4057
 H41  C31   C   CH2   0  -0.281   4.6636   3.8717  -0.8688
 H41  O32   O   OH1   0  -0.656   5.6024   4.7133  -0.2702
 H41  C13   C   CH2   0  -0.266   0.7368   2.3112   1.2144
 H41  N12   N   NR5   0  -0.376  -0.1686   1.3258   0.6345
 H41  C14   C   C     0   0.760  -1.5147   1.4291   0.5827
 H41  N26   N   N     0  -0.514  -1.9984   2.6105   0.8625
 H41  C27   C   CSP   0   0.199  -3.2610   2.8747   1.0513
 H41  N28   N   NS    0  -0.380  -4.3398   3.2503   1.2665
 H41  N15   N   NH1   0  -0.746  -2.1907   0.3174   0.2556
 H41  C16   C   CR6   0   0.280  -3.5369   0.2952  -0.1763
 H41  C21   C   CR16  0  -0.327  -4.4558  -0.4704   0.5275
 H41  C17   C   CR16  0  -0.247  -3.9239   1.0071  -1.3042
 H41  C18   C   CR16  0  -0.252  -5.2493   0.9765  -1.7069
 H41  C19   C   CR16  0  -0.303  -6.1815   0.2190  -1.0136
 H41  C20   C   CR6   0   0.344  -5.7707  -0.5033   0.0957
 H41  O22   O   O2    0  -0.512  -6.7035  -1.2104   0.8319
 H41  C23   C   CH1   0   0.667  -6.9166  -2.5083   0.5059
 H41  F25   F   F     0  -0.332  -7.3113  -2.6316  -0.7830
 H41  F24   F   F     0  -0.332  -5.7771  -3.2327   0.6071
 H41  H4    H   HCR6  0   0.292   1.1456  -2.1458  -0.5094
 H41  H8    H   HCR6  0   0.298   5.9303  -1.5651   0.5595
 H41  H9    H   HCR6  0   0.272   4.3778   0.2684   0.9740
 H41  H1    H   HCR5  0   0.322   2.7227   1.6895   1.7924
 H41  H131  H   HCH2  0   0.303   0.5758   2.3693   2.2917
 H41  H132  H   HCH2  0   0.293   0.5916   3.2996   0.7880
 H41  H341  H   HCH2  0   0.275   3.3123   2.3492  -2.1853
 H41  H342  H   HCH2  0   0.274   2.0913   1.2287  -1.7191
 H41  H351  H   HCH3  0   0.249   1.2180   3.1681  -3.0418
 H41  H352  H   HCH3  0   0.231   0.4033   3.0303  -1.4946
 H41  H353  H   HCH3  0   0.235   1.6436   4.2643  -1.7295
 H41  H311  H   HCH2  0   0.245   5.1368   3.1044  -1.4970
 H41  H312  H   HCH2  0   0.240   3.9696   4.4199  -1.5183
 H41  H32   H   HOH1  0   0.462   6.0983   5.1388  -0.9756
 H41  H15   H   HNH1  0   0.432  -1.6570  -0.5394   0.1906
 H41  H21   H   HCR6  0   0.286  -4.1497  -1.0034   1.4181
 H41  H17   H   HCR6  0   0.278  -3.1979   1.5877  -1.8583
 H41  H18   H   HCR6  0   0.274  -5.5588   1.5384  -2.5775
 H41  H19   H   HCR6  0   0.280  -7.2173   0.2038  -1.3244
 H41  H23   H   HCH1  0   0.216  -7.6760  -2.9162   1.1684

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 H41  C4   C5    aromatic  1.381  0.020  1.381
 H41  C4   C3    aromatic  1.395  0.020  1.395
 H41  C5   CL10  single    1.721  0.020  1.721
 H41  C5   C6    aromatic  1.394  0.020  1.394
 H41  C6   CL7   single    1.718  0.020  1.718
 H41  C6   C8    aromatic  1.385  0.020  1.385
 H41  C8   C9    aromatic  1.384  0.020  1.384
 H41  C9   C3    aromatic  1.394  0.020  1.394
 H41  C3   C2    single    1.457  0.020  1.457
 H41  C2   N11   double    1.277  0.020  1.277
 H41  C2   C1    single    1.513  0.020  1.513
 H41  N11  N12   single    1.351  0.020  1.351
 H41  C1   N29   single    1.451  0.020  1.451
 H41  C1   C13   single    1.536  0.020  1.536
 H41  N29  C34   single    1.460  0.020  1.460
 H41  N29  C30   single    1.362  0.020  1.362
 H41  C34  C35   single    1.523  0.020  1.523
 H41  C30  O33   double    1.217  0.020  1.217
 H41  C30  C31   single    1.520  0.020  1.520
 H41  C31  O32   single    1.396  0.020  1.396
 H41  C13  N12   single    1.458  0.020  1.458
 H41  N12  C14   single    1.351  0.020  1.351
 H41  C14  N26   double    1.307  0.020  1.307
 H41  C14  N15   single    1.342  0.020  1.342
 H41  N26  C27   single    1.304  0.020  1.304
 H41  C27  N28   triple    1.162  0.020  1.162
 H41  N15  C16   single    1.414  0.020  1.414
 H41  C16  C21   aromatic  1.388  0.020  1.388
 H41  C16  C17   aromatic  1.389  0.020  1.389
 H41  C21  C20   aromatic  1.384  0.020  1.384
 H41  C17  C18   aromatic  1.385  0.020  1.385
 H41  C18  C19   aromatic  1.387  0.020  1.387
 H41  C19  C20   aromatic  1.386  0.020  1.386
 H41  C20  O22   single    1.383  0.020  1.383
 H41  O22  C23   single    1.355  0.020  1.355
 H41  C23  F25   single    1.354  0.020  1.354
 H41  C23  F24   single    1.354  0.020  1.354
 H41  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 H41  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 H41  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 H41  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 H41  C13  H131  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C13  H132  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C34  H341  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C34  H342  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C35  H351  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C35  H352  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C35  H353  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C31  H311  single    0.970  0.020  1.090
 H41  C31  H312  single    0.970  0.020  1.090
 H41  O32  H32   single    0.850  0.020  0.980
 H41  N15  H15   single    0.860  0.020  1.020
 H41  C21  H21   single    0.930  0.020  1.080
 H41  C17  H17   single    0.930  0.020  1.080
 H41  C18  H18   single    0.930  0.020  1.080
 H41  C19  H19   single    0.930  0.020  1.080
 H41  C23  H23   single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 H41  H4    C4   C3    120.27  3.000
 H41  H4    C4   C5    119.38  3.000
 H41  C3    C4   C5    120.35  3.000
 H41  C6    C5   CL10  120.48  3.000
 H41  C6    C5   C4    120.22  3.000
 H41  CL10  C5   C4    119.30  3.000
 H41  C8    C6   CL7   119.68  3.000
 H41  C8    C6   C5    119.66  3.000
 H41  CL7   C6   C5    120.66  3.000
 H41  H8    C8   C9    120.02  3.000
 H41  H8    C8   C6    119.80  3.000
 H41  C9    C8   C6    120.17  3.000
 H41  H9    C9   C3    121.15  3.000
 H41  H9    C9   C8    118.34  3.000
 H41  C3    C9   C8    120.51  3.000
 H41  C2    C3   C9    120.52  3.000
 H41  C2    C3   C4    120.39  3.000
 H41  C9    C3   C4    119.09  3.000
 H41  C1    C2   N11   112.99  3.000
 H41  C1    C2   C3    124.65  3.000
 H41  N11   C2   C3    122.33  3.000
 H41  N12   N11  C2    109.44  3.000
 H41  H1    C1   C13   109.55  3.000
 H41  H1    C1   N29   107.46  3.000
 H41  C13   C1   N29   115.91  3.000
 H41  H1    C1   C2    110.99  3.000
 H41  C13   C1   C2    100.90  3.000
 H41  N29   C1   C2    111.96  3.000
 H41  C30   N29  C34   122.34  3.000
 H41  C30   N29  C1    117.42  3.000
 H41  C34   N29  C1    119.84  3.000
 H41  H342  C34  H341  104.44  3.000
 H41  H342  C34  C35   109.55  3.000
 H41  H341  C34  C35   109.86  3.000
 H41  H342  C34  N29   108.65  3.000
 H41  H341  C34  N29   108.76  3.000
 H41  C35   C34  N29   115.05  3.000
 H41  H353  C35  H352  108.17  3.000
 H41  H353  C35  H351  107.84  3.000
 H41  H352  C35  H351  107.20  3.000
 H41  H353  C35  C34   111.87  3.000
 H41  H352  C35  C34   112.39  3.000
 H41  H351  C35  C34   109.17  3.000
 H41  C31   C30  O33   120.71  3.000
 H41  C31   C30  N29   116.78  3.000
 H41  O33   C30  N29   122.50  3.000
 H41  H312  C31  H311  106.43  3.000
 H41  H312  C31  O32   112.21  3.000
 H41  H311  C31  O32   112.13  3.000
 H41  H312  C31  C30   109.47  3.000
 H41  H311  C31  C30   108.59  3.000
 H41  O32   C31  C30   107.94  3.000
 H41  H32   O32  C31   107.40  3.000
 H41  H132  C13  H131  108.63  3.000
 H41  H132  C13  N12   112.07  3.000
 H41  H131  C13  N12   109.70  3.000
 H41  H132  C13  C1    113.69  3.000
 H41  H131  C13  C1    111.02  3.000
 H41  N12   C13  C1    101.58  3.000
 H41  C14   N12  C13   125.60  3.000
 H41  C14   N12  N11   120.72  3.000
 H41  C13   N12  N11   112.67  3.000
 H41  N15   C14  N26   127.94  3.000
 H41  N15   C14  N12   116.62  3.000
 H41  N26   C14  N12   115.45  3.000
 H41  C27   N26  C14   124.93  3.000
 H41  N28   C27  N26   180.00  3.000
 H41  H15   N15  C16   118.00  3.000
 H41  H15   N15  C14   116.85  3.000
 H41  C16   N15  C14   124.56  3.000
 H41  C17   C16  C21   120.68  3.000
 H41  C17   C16  N15   120.35  3.000
 H41  C21   C16  N15   118.96  3.000
 H41  H21   C21  C20   120.91  3.000
 H41  H21   C21  C16   120.12  3.000
 H41  C20   C21  C16   118.93  3.000
 H41  H17   C17  C18   120.31  3.000
 H41  H17   C17  C16   120.26  3.000
 H41  C18   C17  C16   119.43  3.000
 H41  H18   C18  C19   119.60  3.000
 H41  H18   C18  C17   119.75  3.000
 H41  C19   C18  C17   120.64  3.000
 H41  H19   C19  C20   120.44  3.000
 H41  H19   C19  C18   120.51  3.000
 H41  C20   C19  C18   119.05  3.000
 H41  O22   C20  C19   119.52  3.000
 H41  O22   C20  C21   119.13  3.000
 H41  C19   C20  C21   121.25  3.000
 H41  C23   O22  C20   117.89  3.000
 H41  H23   C23  F24   109.97  3.000
 H41  H23   C23  F25   110.02  3.000
 H41  F24   C23  F25   105.53  3.000
 H41  H23   C23  O22   108.82  3.000
 H41  F24   C23  O22   111.23  3.000
 H41  F25   C23  O22   111.23  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 H41  CONST_01  C8    C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 H41  CONST_02  C8    C9   C3   C4      0.00   0.0  0
 H41  CONST_03  C9    C3   C4   C5      0.00   0.0  0
 H41  CONST_04  C9    C8   C6   C5      0.00   0.0  0
 H41  CONST_05  C3    C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 H41  CONST_06  C3    C9   C8   C6      0.00   0.0  0
 H41  CONST_07  C19   C20  C21  C16     0.00   0.0  0
 H41  CONST_08  C19   C18  C17  C16     0.00   0.0  0
 H41  CONST_09  C18   C17  C16  C21     0.00   0.0  0
 H41  CONST_10  C18   C19  C20  C21     0.00   0.0  0
 H41  CONST_11  C20   C21  C16  C17     0.00   0.0  0
 H41  CONST_12  C20   C19  C18  C17     0.00   0.0  0
 H41  CONST_13  C2    C3   C4   C5    180.00   0.0  0
 H41  CONST_14  C2    C3   C9   C8    180.00   0.0  0
 H41  CONST_15  CL7   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 H41  CONST_16  C3    C4   C5   CL10  180.00   0.0  0
 H41  CONST_17  C8    C6   C5   CL10  180.00   0.0  0
 H41  CONST_18  C9    C8   C6   CL7   180.00   0.0  0
 H41  CONST_19  C20   C21  C16  N15   180.00   0.0  0
 H41  CONST_20  C18   C17  C16  N15   180.00   0.0  0
 H41  CONST_21  O22   C20  C21  C16   180.00   0.0  0
 H41  CONST_22  O22   C20  C19  C18   180.00   0.0  0
 H41  CONST_23  H9    C9   C3   C4    180.00   0.0  0
 H41  CONST_24  H8    C8   C6   C5    180.00   0.0  0
 H41  CONST_25  H4    C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 H41  CONST_26  H18   C18  C17  C16   180.00   0.0  0
 H41  CONST_27  H17   C17  C16  C21   180.00   0.0  0
 H41  CONST_28  H19   C19  C20  C21   180.00   0.0  0
 H41  CONST_29  H21   C21  C16  C17   180.00   0.0  0
 H41  CONST_33  N26   C14  N12  N11   180.00   0.0  0
 H41  CONST_34  N15   C14  N12  N11     0.00   0.0  0
 H41  CONST_35  N26   C14  N12  C13     0.00   0.0  0
 H41  CONST_36  N15   C14  N12  C13   180.00   0.0  0
 H41  CONST_38  O33   C30  N29  C1      0.00   0.0  0
 H41  CONST_39  C31   C30  N29  C1    180.00   0.0  0
 H41  CONST_41  C27   N26  C14  N12   180.00   0.0  0
 H41  CONST_42  O33   C30  N29  C34   180.00   0.0  0
 H41  CONST_43  C31   C30  N29  C34     0.00   0.0  0
 H41  CONST_44  N15   C14  N26  C27     0.00   0.0  0
 H41  Var_01    N11   C2   C3   C4      6.33  30.0  2
 H41  Var_02    C13   N12  N11  C2     -9.37  30.0  1
 H41  Var_03    C1    C13  N12  N11    15.20  30.0  1
 H41  Var_04    C35   C34  N29  C1     83.65  30.0  3
 H41  Var_05    F25   C23  O22  C20   -58.28  30.0  3
 H41  Var_06    O32   C31  C30  N29   177.10  30.0  3
 H41  Var_07    H351  C35  C34  N29   172.07  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 H41  chir_01  C1  C2  N29  C13  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 H41  plan-1  C4    0.020
 H41  plan-1  C5    0.020
 H41  plan-1  CL10  0.020
 H41  plan-1  C6    0.020
 H41  plan-1  CL7   0.020
 H41  plan-1  C8    0.020
 H41  plan-1  C9    0.020
 H41  plan-1  C3    0.020
 H41  plan-1  C2    0.020
 H41  plan-1  H4    0.020
 H41  plan-1  H8    0.020
 H41  plan-1  H9    0.020
 H41  plan-2  N15   0.020
 H41  plan-2  C16   0.020
 H41  plan-2  C21   0.020
 H41  plan-2  C17   0.020
 H41  plan-2  C18   0.020
 H41  plan-2  C19   0.020
 H41  plan-2  C20   0.020
 H41  plan-2  O22   0.020
 H41  plan-2  H21   0.020
 H41  plan-2  H17   0.020
 H41  plan-2  H18   0.020
 H41  plan-2  H19   0.020
 H41  plan-3  N11   0.020
 H41  plan-3  C13   0.020
 H41  plan-3  N12   0.020
 H41  plan-3  C14   0.020
 H41  plan-3  N26   0.020
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 H41  plan-3  N15   0.020
 H41  plan-3  C16   0.020
 H41  plan-3  H15   0.020
 H41  plan-4  C1    0.020
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 H41  plan-4  C30   0.020
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 H41  plan-4  C31   0.020

