# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 11 18:03:44 2022
#   Inital geometry file: a 67 line input string
#   Ligand name: 4-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 GQ1  GQ1  4-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose  D-saccharide  27  16  .  2019-10-31  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_GQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 GQ1  SA   S  S      0   1.570  33.6078  -20.5776  42.0270
 GQ1  C1   C  CH1    0   0.251  33.1525  -25.0194  40.2342
 GQ1  O1S  O  OS     0  -0.719  34.8010  -19.7579  42.2154
 GQ1  C2   C  CH1    0  -0.027  32.0676  -24.8356  41.2843
 GQ1  O2S  O  OS    -1  -0.735  32.8064  -20.7705  43.2454
 GQ1  C3   C  CH1    0  -0.016  32.2527  -23.4881  41.9656
 GQ1  O3S  O  OS     0  -0.727  32.8187  -20.2324  40.8443
 GQ1  C4   C  CH1    0  -0.009  33.7320  -23.2129  42.3329
 GQ1  C5   C  CH1    0  -0.021  34.6865  -24.3678  42.0216
 GQ1  C6   C  CH2    0  -0.184  34.7595  -25.3561  43.1870
 GQ1  O1   O  OH1    0  -0.659  33.0582  -23.9742  39.3205
 GQ1  O2   O  OH1    0  -0.663  30.8167  -24.9438  40.6567
 GQ1  O3   O  OH1    0  -0.678  31.4068  -23.4646  43.0903
 GQ1  O4   O  OC2    0  -0.633  34.2469  -22.0602  41.6736
 GQ1  O5   O  O2     0  -0.507  34.4187  -25.0871  40.8285
 GQ1  H1   H  HCH1   0   0.230  33.0247  -25.9867  39.7330
 GQ1  H2   H  HCH1   0   0.221  32.1962  -25.6391  42.0229
 GQ1  H3   H  HCH1   0   0.228  31.9443  -22.7307  41.2366
 GQ1  H4   H  HCH1   0   0.254  33.7870  -23.0625  43.4152
 GQ1  H5   H  HCH1   0   0.251  35.6894  -23.9426  41.9069
 GQ1  H61  H  HCH2   0   0.209  33.7580  -25.7026  43.4698
 GQ1  H62  H  HCH2   0   0.215  35.3203  -26.2374  42.8512
 GQ1  HO2  H  HOH1   0   0.450  30.1385  -24.8510  41.3335
 GQ1  HO3  H  HOH1   0   0.448  31.4330  -22.5632  43.4348
 GQ1  HO6  H  HOH1   0   0.458  35.2565  -25.2283  45.0581
 GQ1  HO1  H  HOH1   0   0.458  33.6225  -24.1670  38.5640
 GQ1  O6   O  OH1    0  -0.664  35.4023  -24.7112  44.2614

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 GQ1  SA  O1S  deloc   1.460  0.020  1.460
 GQ1  SA  O2S  deloc   1.471  0.020  1.471
 GQ1  SA  O3S  deloc   1.463  0.020  1.463
 GQ1  SA  O4   single  1.653  0.020  1.653
 GQ1  C1  C2   single  1.521  0.020  1.521
 GQ1  C1  O1   single  1.392  0.020  1.392
 GQ1  C1  O5   single  1.400  0.020  1.400
 GQ1  C2  C3   single  1.521  0.020  1.521
 GQ1  C2  O2   single  1.404  0.020  1.404
 GQ1  C3  C4   single  1.549  0.020  1.549
 GQ1  C3  O3   single  1.407  0.020  1.407
 GQ1  C4  C5   single  1.530  0.020  1.530
 GQ1  C4  O4   single  1.424  0.020  1.424
 GQ1  C5  C6   single  1.530  0.020  1.530
 GQ1  C5  O5   single  1.419  0.020  1.419
 GQ1  C6  O6   single  1.408  0.020  1.408
 GQ1  C1  H1   single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  C2  H2   single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  C3  H3   single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  C4  H4   single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  C5  H5   single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  C6  H61  single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  C6  H62  single  0.970  0.020  1.090
 GQ1  O2  HO2  single  0.850  0.020  0.980
 GQ1  O3  HO3  single  0.850  0.020  0.980
 GQ1  O6  HO6  single  0.850  0.020  0.980
 GQ1  O1  HO1  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 GQ1  O4   SA  O3S  104.32  3.000
 GQ1  O4   SA  O2S  105.67  3.000
 GQ1  O3S  SA  O2S  114.00  3.000
 GQ1  O4   SA  O1S  102.42  3.000
 GQ1  O3S  SA  O1S  114.37  3.000
 GQ1  O2S  SA  O1S  114.33  3.000
 GQ1  H1   C1  O5   104.87  3.000
 GQ1  H1   C1  O1   110.76  3.000
 GQ1  O5   C1  O1   112.10  3.000
 GQ1  H1   C1  C2   109.81  3.000
 GQ1  O5   C1  C2   110.96  3.000
 GQ1  O1   C1  C2   108.31  3.000
 GQ1  H2   C2  O2   110.39  3.000
 GQ1  H2   C2  C3   109.41  3.000
 GQ1  O2   C2  C3   112.15  3.000
 GQ1  H2   C2  C1   106.99  3.000
 GQ1  O2   C2  C1   108.52  3.000
 GQ1  C3   C2  C1   109.24  3.000
 GQ1  H3   C3  O3   110.54  3.000
 GQ1  H3   C3  C4   107.69  3.000
 GQ1  O3   C3  C4   112.43  3.000
 GQ1  H3   C3  C2   106.27  3.000
 GQ1  O3   C3  C2   107.44  3.000
 GQ1  C4   C3  C2   112.32  3.000
 GQ1  H4   C4  O4   109.17  3.000
 GQ1  H4   C4  C5   105.88  3.000
 GQ1  O4   C4  C5   106.92  3.000
 GQ1  H4   C4  C3   107.88  3.000
 GQ1  O4   C4  C3   112.30  3.000
 GQ1  C5   C4  C3   114.42  3.000
 GQ1  H5   C5  O5   106.36  3.000
 GQ1  H5   C5  C6   106.67  3.000
 GQ1  O5   C5  C6   108.79  3.000
 GQ1  H5   C5  C4   107.43  3.000
 GQ1  O5   C5  C4   115.85  3.000
 GQ1  C6   C5  C4   111.24  3.000
 GQ1  H62  C6  H61  106.97  3.000
 GQ1  H62  C6  O6   111.59  3.000
 GQ1  H61  C6  O6   111.39  3.000
 GQ1  H62  C6  C5   108.07  3.000
 GQ1  H61  C6  C5   110.91  3.000
 GQ1  O6   C6  C5   107.88  3.000
 GQ1  HO1  O1  C1   109.00  3.000
 GQ1  HO2  O2  C2   107.82  3.000
 GQ1  HO3  O3  C3   106.53  3.000
 GQ1  C4   O4  SA   119.16  3.000
 GQ1  C5   O5  C1   120.21  3.000
 GQ1  HO6  O6  C6   108.47  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 GQ1  chir_01  C1  C2  O1  O5  negativ
 GQ1  chir_02  C2  O2  C1  C3  negativ
 GQ1  chir_03  C3  O3  C2  C4  positiv
 GQ1  chir_04  C4  O4  C3  C5  negativ
 GQ1  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

