# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Fri May 22 17:39:55 2020
#   Inital geometry file: a 222 line input string
#   Ligand name: N-(tert-butoxycarbonyl)-O-tert-butyl-L-threonyl-N-[(1R)-4-ethoxy-4-oxo-1-{[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]methyl}butyl]-L-phenylalaninamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCOC(=O)CC[C@H](C[C@@H]1CCNC1=O)NC(=O)[C@H](Cc2ccccc2)NC(=O)[C@@H](NC(=O)OC(C)(C)C)[C@@H](C)OC(C)(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 G86  G86  N-(tert-butoxycarbonyl)-O-tert-butyl-L-threonyl-N-[(1R)-4-ethoxy-4-oxo-1-{[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]methyl}butyl]-L-phenylalaninamide  ligand  97  45  .  2021-08-10  2021-08-10  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_G86
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 G86  C1    C  CH3   0  -0.682  -7.2629   1.5752   1.7543
 G86  C2    C  CH3   0  -0.669  -8.3590  -0.2111   0.3481
 G86  C3    C  CH2   0  -0.181   7.7295   4.1953   0.1898
 G86  C4    C  CH3   0  -0.658  -8.1795   2.1270  -0.4974
 G86  C5    C  CH3   0  -0.689   7.7220   5.3061   1.2115
 G86  C7    C  CR16  0  -0.233  -3.3569   3.3445   0.9667
 G86  C9    C  CR16  0  -0.274  -3.3297   4.3339  -0.0060
 G86  C11   C  CR16  0  -0.243  -2.1298   4.6444  -0.6338
 G86  C12   C  CH3   0  -0.663  -2.4397  -4.9684  -0.2787
 G86  C13   C  CT    0   0.190  -7.5040   1.0502   0.3436
 G86  C14   C  CH3   0  -0.674  -3.0728  -2.0377  -2.5634
 G86  O15   O  O2    0  -0.501  -6.2496   0.8290  -0.3536
 G86  C17   C  C     0   0.764  -5.3240  -0.0185   0.0890
 G86  O19   O  O     0  -0.516  -5.4271  -0.7396   1.0621
 G86  N21   N  NH1   0  -0.660  -4.2348   0.0211  -0.7073
 G86  C23   C  CH1   0  -0.212  -3.0301  -0.6910  -0.3746
 G86  C25   C  CH1   0   0.047  -2.9594  -2.0801  -1.0499
 G86  O27   O  O2    0  -0.505  -1.7339  -2.6829  -0.7023
 G86  C29   C  CT    0   0.197  -1.7253  -3.7329   0.2670
 G86  C31   C  C     0   0.584  -1.8390   0.1816  -0.7539
 G86  N33   N  NH1   0  -0.625  -0.8066   0.1149   0.0980
 G86  O35   O  O     0  -0.480  -1.8537   0.8748  -1.7587
 G86  C37   C  CH1   0  -0.209   0.3657   0.9487   0.0208
 G86  C39   C  C     0   0.577   1.5613   0.0944   0.4276
 G86  C41   C  CH2   0  -0.510   0.2456   2.1600   0.9692
 G86  C43   C  CH3   0  -0.695  -2.3459  -3.2929   1.5932
 G86  C45   C  CH3   0  -0.669  -0.2470  -4.0392   0.4782
 G86  O47   O  O     0  -0.493   1.5075  -0.5944   1.4376
 G86  N49   N  NH1   0  -0.635   2.6328   0.1799  -0.3662
 G86  C51   C  CR6   0   0.135  -0.9882   2.9601   0.6711
 G86  C53   C  CR16  0  -0.308  -2.1928   2.6688   1.3064
 G86  C55   C  CR16  0  -0.293  -0.9709   3.9593  -0.2984
 G86  C57   C  CH1   0  -0.088   3.8390  -0.6092  -0.1716
 G86  C59   C  CH2   0  -0.418   3.6752  -1.9514  -0.8921
 G86  C61   C  CR15  0  -0.414   4.8095  -2.9697  -0.7209
 G86  C63   C  CH2   0  -0.447   5.0516   0.1836  -0.6458
 G86  C65   C  CR5   0   0.543   5.0153  -3.3068   0.7499
 G86  O66   O  O     0  -0.494   5.6006  -2.6242   1.5770
 G86  N69   N  NR15  0  -0.614   4.4074  -4.4813   0.9833
 G86  C71   C  CH2   0  -0.271   3.7643  -5.0712  -0.1704
 G86  C73   C  CH2   0  -0.465   4.4348  -4.3253  -1.3273
 G86  C82   C  CH2   0  -0.580   5.2470   1.4614   0.1530
 G86  C84   C  C     0   0.607   6.4514   2.2538  -0.2798
 G86  O86   O  O2    0  -0.460   6.6185   3.3310   0.4755
 G86  O88   O  O     0  -0.455   7.1806   1.9634  -1.1959
 G86  H1    H  HCH3  0   0.247  -6.8531   0.8171   2.4176
 G86  H1A   H  HCH3  0   0.238  -6.5872   2.4324   1.7422
 G86  H1B   H  HCH3  0   0.237  -8.2097   1.9128   2.1770
 G86  H2    H  HCH3  0   0.233  -9.3446   0.0267   0.7507
 G86  H2A   H  HCH3  0   0.234  -8.5007  -0.5910  -0.6652
 G86  H2B   H  HCH3  0   0.246  -7.9305  -1.0011   0.9606
 G86  H3    H  HCH2  0   0.234   7.6336   4.5945  -0.8220
 G86  H3A   H  HCH2  0   0.234   8.6606   3.6274   0.2390
 G86  H4    H  HCH3  0   0.236  -7.5743   3.0336  -0.5447
 G86  H4A   H  HCH3  0   0.238  -8.3625   1.7796  -1.5153
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 G86  H5    H  HCH3  0   0.236   6.8077   5.8972   1.1575
 G86  H5A   H  HCH3  0   0.236   7.8269   4.9189   2.2249
 G86  H5B   H  HCH3  0   0.239   8.5617   5.9739   1.0212
 G86  H9    H  HCR6  0   0.249  -4.2355   4.8654  -0.2688
 G86  H11   H  HCR6  0   0.252  -2.0977   5.4202  -1.3879
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 G86  H12B  H  HCH3  0   0.232  -3.4968  -4.7826  -0.4782
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 G86  H14A  H  HCH3  0   0.238  -3.1338  -3.0539  -2.9539
 G86  H14B  H  HCH3  0   0.227  -3.9737  -1.5110  -2.8762
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 G86  H41   H  HCH2  0   0.260   0.2218   1.7953   1.9986
 G86  H41A  H  HCH2  0   0.264   1.1418   2.7761   0.8637
 G86  H43   H  HCH3  0   0.246  -2.2687  -4.0981   2.3243
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 G86  H45   H  HCH3  0   0.229   0.2261  -4.3510  -0.4552
 G86  H45A  H  HCH3  0   0.234   0.2850  -3.1631   0.8541
 G86  H45B  H  HCH3  0   0.225  -0.1242  -4.8449   1.2024
 G86  HN49  H  HNH1  0   0.403   2.5515   0.7028  -1.2254
 G86  H53   H  HCR6  0   0.246  -2.2252   1.9033   2.0728
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 G86  H57   H  HCH1  0   0.255   3.9345  -0.7812   0.9010
 G86  H59   H  HCH2  0   0.244   2.7384  -2.4036  -0.5506
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 G86  H63   H  HCH2  0   0.256   5.9366  -0.4462  -0.5462
 G86  H63A  H  HCH2  0   0.238   4.9503   0.4087  -1.7118
 G86  HN69  H  HNR5  0   0.397   4.3090  -4.8582   1.9133
 G86  H71   H  HCH2  0   0.257   3.9350  -6.1463  -0.2102
 G86  H71A  H  HCH2  0   0.238   2.6822  -4.9074  -0.1479
 G86  H73   H  HCH2  0   0.254   3.7848  -4.2436  -2.1980
 G86  H73A  H  HCH2  0   0.260   5.3357  -4.8586  -1.6342
 G86  H82   H  HCH2  0   0.279   4.3710   2.1125   0.0767
 G86  H82A  H  HCH2  0   0.277   5.3507   1.2326   1.2182
 G86  H7    H  HCR6  0   0.252  -4.2852   3.1019   1.4688

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 G86  C1   C13   single    1.524  0.020  1.524
 G86  C2   C13   single    1.524  0.020  1.524
 G86  C3   C5    single    1.509  0.020  1.509
 G86  C3   O86   single    1.436  0.020  1.436
 G86  C4   C13   single    1.524  0.020  1.524
 G86  C7   C9    aromatic  1.388  0.020  1.388
 G86  C7   C53   aromatic  1.388  0.020  1.388
 G86  C9   C11   aromatic  1.389  0.020  1.389
 G86  C11  C55   aromatic  1.387  0.020  1.387
 G86  C12  C29   single    1.528  0.020  1.528
 G86  C13  O15   single    1.452  0.020  1.452
 G86  C14  C25   single    1.518  0.020  1.518
 G86  O15  C17   single    1.331  0.020  1.331
 G86  C17  O19   double    1.216  0.020  1.216
 G86  C17  N21   single    1.350  0.020  1.350
 G86  N21  C23   single    1.438  0.020  1.438
 G86  C23  C25   single    1.546  0.020  1.546
 G86  C23  C31   single    1.524  0.020  1.524
 G86  C25  O27   single    1.409  0.020  1.409
 G86  O27  C29   single    1.429  0.020  1.429
 G86  C29  C43   single    1.529  0.020  1.529
 G86  C29  C45   single    1.524  0.020  1.524
 G86  C31  N33   single    1.340  0.020  1.340
 G86  C31  O35   double    1.221  0.020  1.221
 G86  N33  C37   single    1.441  0.020  1.441
 G86  C37  C39   single    1.525  0.020  1.525
 G86  C37  C41   single    1.543  0.020  1.543
 G86  C39  O47   double    1.224  0.020  1.224
 G86  C39  N49   single    1.336  0.020  1.336
 G86  C41  C51   single    1.500  0.020  1.500
 G86  N49  C57   single    1.454  0.020  1.454
 G86  C51  C53   aromatic  1.393  0.020  1.393
 G86  C51  C55   aromatic  1.392  0.020  1.392
 G86  C57  C59   single    1.532  0.020  1.532
 G86  C57  C63   single    1.524  0.020  1.524
 G86  C59  C61   single    1.534  0.020  1.534
 G86  C61  C65   single    1.523  0.020  1.523
 G86  C61  C73   single    1.532  0.020  1.532
 G86  C63  C82   single    1.520  0.020  1.520
 G86  C65  O66   double    1.222  0.020  1.222
 G86  C65  N69   single    1.343  0.020  1.343
 G86  N69  C71   single    1.447  0.020  1.447
 G86  C71  C73   single    1.531  0.020  1.531
 G86  C82  C84   single    1.505  0.020  1.505
 G86  C84  O86   single    1.326  0.020  1.326
 G86  C84  O88   double    1.206  0.020  1.206
 G86  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 G86  C1   H1A   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C1   H1B   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C2   H2    single    0.970  0.020  1.090
 G86  C2   H2A   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C2   H2B   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C3   H3    single    0.970  0.020  1.090
 G86  C3   H3A   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C4   H4    single    0.970  0.020  1.090
 G86  C4   H4A   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C4   H4B   single    0.970  0.020  1.090
 G86  C5   H5    single    0.970  0.020  1.090
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 G86  CONST_07  C71   N69  C65  C61     0.00   0.0  0
 G86  CONST_08  C41   C51  C53  C7    180.00   0.0  0
 G86  CONST_09  C41   C51  C55  C11   180.00   0.0  0
 G86  CONST_10  C71   N69  C65  O66   180.00   0.0  0
 G86  CONST_11  H11   C11  C9   C7    180.00   0.0  0
 G86  CONST_12  H53   C53  C7   C9    180.00   0.0  0
 G86  CONST_13  H55   C55  C11  C9    180.00   0.0  0
 G86  CONST_14  H7    C7   C9   C11   180.00   0.0  0
 G86  CONST_15  H9    C9   C7   C53   180.00   0.0  0
 G86  CONST_16  HN69  N69  C65  C61   180.00   0.0  0
 G86  CONST_17  C37   N33  C31  C23   180.00   0.0  0
 G86  CONST_18  C37   N33  C31  O35     0.00   0.0  0
 G86  CONST_19  C57   N49  C39  C37   180.00   0.0  0
 G86  CONST_20  C57   N49  C39  O47     0.00   0.0  0
 G86  CONST_21  HN33  N33  C31  C23     0.00   0.0  0
 G86  CONST_22  HN49  N49  C39  C37     0.00   0.0  0
 G86  Var_01    N69   C71  C73  C61   -28.36  30.0  1
 G86  Var_02    C73   C71  N69  C65    18.19  30.0  1
 G86  Var_03    C53   C51  C41  C37    90.01  30.0  2
 G86  Var_04    C82   C84  O86  C3    179.97  30.0  1
 G86  Var_05    O19   C17  O15  C13     3.62  30.0  3
 G86  Var_06    C23   N21  C17  O15   173.23  30.0  2
 G86  Var_07    C43   C29  O27  C25   -56.72  30.0  3
 G86  Var_08    C84   C82  C63  C57   179.07  30.0  3
 G86  Var_09    O86   C84  C82  C63  -177.43  30.0  3
 G86  Var_10    H2    C2   C13  C1     63.23  30.0  3
 G86  Var_11    H4    C4   C13  C1     58.57  30.0  3
 G86  Var_12    H1    C1   C13  C2     53.51  30.0  3
 G86  Var_13    H43   C43  C29  C12    59.65  30.0  3
 G86  Var_14    H45   C45  C29  C12    58.70  30.0  3
 G86  Var_15    H12   C12  C29  O27    57.53  30.0  3
 G86  Var_16    H3    C3   O86  C84    61.10  30.0  1
 G86  Var_17    H5    C5   C3   O86   -61.29  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 G86  chir_01  C23  N21  C25  C31  negativ
 G86  chir_02  C25  O27  C23  C14  negativ
 G86  chir_03  C37  N33  C41  C39  negativ
 G86  chir_04  C57  N49  C59  C63  negativ
 G86  chir_05  C61  C73  C65  C59  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 G86  plan-1  C82   0.020
 G86  plan-1  C84   0.020
 G86  plan-1  O86   0.020
 G86  plan-1  O88   0.020
 G86  plan-2  C7    0.020
 G86  plan-2  C9    0.020
 G86  plan-2  C11   0.020
 G86  plan-2  C41   0.020
 G86  plan-2  C51   0.020
 G86  plan-2  C53   0.020
 G86  plan-2  C55   0.020
 G86  plan-2  H9    0.020
 G86  plan-2  H11   0.020
 G86  plan-2  H53   0.020
 G86  plan-2  H55   0.020
 G86  plan-2  H7    0.020
 G86  plan-3  C37   0.020
 G86  plan-3  C39   0.020
 G86  plan-3  O47   0.020
 G86  plan-3  N49   0.020
 G86  plan-3  C57   0.020
 G86  plan-3  HN49  0.020
 G86  plan-4  C23   0.020
 G86  plan-4  C31   0.020
 G86  plan-4  N33   0.020
 G86  plan-4  O35   0.020
 G86  plan-4  C37   0.020
 G86  plan-4  HN33  0.020
 G86  plan-5  C61   0.020
 G86  plan-5  C65   0.020
 G86  plan-5  O66   0.020
 G86  plan-5  N69   0.020
 G86  plan-5  C71   0.020
 G86  plan-5  HN69  0.020
 G86  plan-6  O15   0.020
 G86  plan-6  C17   0.020
 G86  plan-6  O19   0.020
 G86  plan-6  N21   0.020

