# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Jul 21 06:26:54 2021
#   Inital geometry file: a 74 line input string
#   Ligand name: (2~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-~{N}-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]propanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@H](CO)C(=O)Nc1cccc(OC(F)(F)F)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FZ6  FZ6  (2~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-~{N}-[3-(trifluoromethyloxy)phenyl]propanamide  ligand  29  18  .  2022-03-18  2022-07-25
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_FZ6
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FZ6  C01  C  CR6   0   0.334   -8.5271  6.4513   -9.7545
 FZ6  C02  C  CR16  0  -0.406   -8.3332  6.3940   -8.3893
 FZ6  C03  C  CR6   0   0.393   -7.6680  5.3001   -7.8302
 FZ6  C04  C  CR16  0  -0.312   -7.2149  4.2795   -8.6686
 FZ6  C05  C  CR16  0  -0.243   -7.4238  4.3740  -10.0369
 FZ6  C06  C  CR16  0  -0.318   -8.0801  5.4551  -10.6042
 FZ6  O07  O  O2    0  -0.525   -9.1383  7.5824  -10.2853
 FZ6  N08  N  NH1   0  -0.746   -7.5008  5.3189   -6.4454
 FZ6  C09  C  C     0   0.529   -6.9278  4.3913   -5.6330
 FZ6  O10  O  O     0  -0.453   -6.4306  3.3543   -6.0273
 FZ6  C11  C  CH1   0  -0.266   -7.0181  4.7357   -4.1513
 FZ6  C12  C  CT    0   1.072  -10.4628  7.5492  -10.4751
 FZ6  N16  N  NH2   0  -0.780   -5.9323  4.0876   -3.4488
 FZ6  C17  C  CH2   0  -0.182   -8.4223  4.3813   -3.6279
 FZ6  O18  O  OH1   0  -0.659   -8.6898  3.0010   -3.6663
 FZ6  F13  F  F     0  -0.299  -10.8370  6.6169  -11.3535
 FZ6  F14  F  F     0  -0.299  -11.1398  7.3117   -9.3504
 FZ6  F15  F  F     0  -0.277  -10.8307  8.7315  -10.9422
 FZ6  H1   H  HCR6  0   0.292   -8.6834  7.2035   -7.7600
 FZ6  H2   H  HCR6  0   0.289   -6.6987  3.4226   -8.2710
 FZ6  H3   H  HCR6  0   0.272   -7.0606  3.5801  -10.6756
 FZ6  H4   H  HCR6  0   0.280   -8.2218  5.5242  -11.6740
 FZ6  H5   H  HNH1  0   0.422   -7.8556  6.1465   -5.9903
 FZ6  H6   H  HCH1  0   0.272   -6.9019  5.8181   -4.0331
 FZ6  H7   H  HNH2  0   0.355   -5.9578  4.3726   -2.4775
 FZ6  H8   H  HNH2  0   0.344   -6.0769  3.0853   -3.4495
 FZ6  H10  H  HCH2  0   0.242   -8.4691  4.6836   -2.5794
 FZ6  H11  H  HCH2  0   0.213   -9.1859  4.9628   -4.1587
 FZ6  H12  H  HOH1  0   0.453   -8.8807  2.7384   -4.5715

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FZ6  F15  C12  single    1.323  0.020  1.323
 FZ6  C06  C05  aromatic  1.386  0.020  1.386
 FZ6  C06  C01  aromatic  1.384  0.020  1.384
 FZ6  O07  C12  single    1.338  0.020  1.338
 FZ6  O07  C01  single    1.391  0.020  1.391
 FZ6  C12  F13  single    1.334  0.020  1.334
 FZ6  C12  F14  single    1.334  0.020  1.334
 FZ6  C05  C04  aromatic  1.387  0.020  1.387
 FZ6  C01  C02  aromatic  1.380  0.020  1.380
 FZ6  C04  C03  aromatic  1.396  0.020  1.396
 FZ6  C02  C03  aromatic  1.397  0.020  1.397
 FZ6  C03  N08  single    1.395  0.020  1.395
 FZ6  N08  C09  single    1.360  0.020  1.360
 FZ6  O10  C09  double    1.216  0.020  1.216
 FZ6  C09  C11  single    1.524  0.020  1.524
 FZ6  C11  N16  single    1.447  0.020  1.447
 FZ6  C11  C17  single    1.540  0.020  1.540
 FZ6  O18  C17  single    1.406  0.020  1.406
 FZ6  C02  H1   single    0.930  0.020  1.080
 FZ6  C04  H2   single    0.930  0.020  1.080
 FZ6  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 FZ6  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 FZ6  N08  H5   single    0.860  0.020  1.020
 FZ6  C11  H6   single    0.970  0.020  1.090
 FZ6  N16  H7   single    0.890  0.020  1.040
 FZ6  N16  H8   single    0.890  0.020  1.040
 FZ6  C17  H10  single    0.970  0.020  1.090
 FZ6  C17  H11  single    0.970  0.020  1.090
 FZ6  O18  H12  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FZ6  O07  C01  C06  119.54  3.000
 FZ6  O07  C01  C02  118.23  3.000
 FZ6  C06  C01  C02  122.16  3.000
 FZ6  H1   C02  C03  120.43  3.000
 FZ6  H1   C02  C01  119.88  3.000
 FZ6  C03  C02  C01  119.69  3.000
 FZ6  N08  C03  C04  124.54  3.000
 FZ6  N08  C03  C02  116.35  3.000
 FZ6  C04  C03  C02  119.11  3.000
 FZ6  H2   C04  C05  119.39  3.000
 FZ6  H2   C04  C03  121.04  3.000
 FZ6  C05  C04  C03  119.57  3.000
 FZ6  H3   C05  C06  119.32  3.000
 FZ6  H3   C05  C04  118.80  3.000
 FZ6  C06  C05  C04  121.88  3.000
 FZ6  H4   C06  C05  121.12  3.000
 FZ6  H4   C06  C01  121.28  3.000
 FZ6  C05  C06  C01  117.59  3.000
 FZ6  C12  O07  C01  117.96  3.000
 FZ6  H5   N08  C09  116.00  3.000
 FZ6  H5   N08  C03  114.62  3.000
 FZ6  C09  N08  C03  129.38  3.000
 FZ6  C11  C09  O10  122.16  3.000
 FZ6  C11  C09  N08  113.69  3.000
 FZ6  O10  C09  N08  124.09  3.000
 FZ6  H6   C11  C17  106.71  3.000
 FZ6  H6   C11  N16  108.11  3.000
 FZ6  C17  C11  N16  114.60  3.000
 FZ6  H6   C11  C09  108.79  3.000
 FZ6  C17  C11  C09  109.42  3.000
 FZ6  N16  C11  C09  109.06  3.000
 FZ6  F15  C12  F14  108.39  3.000
 FZ6  F14  C12  F13  106.76  3.000
 FZ6  F15  C12  F13  108.29  3.000
 FZ6  F14  C12  O07  112.77  3.000
 FZ6  F13  C12  O07  112.84  3.000
 FZ6  F15  C12  O07  107.64  3.000
 FZ6  H8   N16  H7   106.00  3.000
 FZ6  H8   N16  C11  109.63  3.000
 FZ6  H7   N16  C11  108.72  3.000
 FZ6  H11  C17  H10  106.74  3.000
 FZ6  H11  C17  O18  112.01  3.000
 FZ6  H10  C17  O18  106.84  3.000
 FZ6  H11  C17  C11  110.39  3.000
 FZ6  H10  C17  C11  107.56  3.000
 FZ6  O18  C17  C11  112.96  3.000
 FZ6  H12  O18  C17  109.35  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 FZ6  CONST_01  C04  C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_02  C04  C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_03  C05  C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_04  C05  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_05  C06  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_06  C06  C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_07  N08  C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_08  O07  C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_09  O07  C01  C06  C05  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_10  N08  C03  C04  C05  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_11  H3   C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_12  H4   C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_13  H2   C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_14  H1   C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_15  C09  N08  C03  C02  180.00   0.0  0
 FZ6  CONST_16  C09  N08  C03  C04    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_17  H5   N08  C03  C02    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_18  O10  C09  N08  C03    0.00   0.0  0
 FZ6  CONST_19  C11  C09  N08  C03  180.00   0.0  0
 FZ6  Var_01    F15  C12  O07  C01  178.06  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 FZ6  chir_01  C11  C09  N16  C17  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FZ6  plan-1  C01  0.020
 FZ6  plan-1  C02  0.020
 FZ6  plan-1  C03  0.020
 FZ6  plan-1  C04  0.020
 FZ6  plan-1  C05  0.020
 FZ6  plan-1  C06  0.020
 FZ6  plan-1  O07  0.020
 FZ6  plan-1  N08  0.020
 FZ6  plan-1  H1   0.020
 FZ6  plan-1  H2   0.020
 FZ6  plan-1  H3   0.020
 FZ6  plan-1  H4   0.020
 FZ6  plan-2  C03  0.020
 FZ6  plan-2  N08  0.020
 FZ6  plan-2  C09  0.020
 FZ6  plan-2  O10  0.020
 FZ6  plan-2  C11  0.020
 FZ6  plan-2  H5   0.020

