# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  2 21:44:20 2020
#   Inital geometry file: a 85 line input string
#   Ligand name: 2-aminoethyl (4-bromophenyl)phenylborinate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NCCOB(c1ccccc1)c2ccc(Br)cc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FYY  FYY  '2-aminoethyl (4-bromophenyl)phenylborinate'  ligand  33  18  .  2021-08-09  2021-08-09  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_FYY
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FYY  B01  B   B     0   0.609   1.7193  -0.3387   0.4806
 FYY  C02  C   CR6   0  -0.140   2.5878   0.9217   0.1320
 FYY  C03  C   CR16  0  -0.318   3.5152   1.4460   1.0386
 FYY  C04  C   CR16  0  -0.242   4.2539   2.5818   0.7371
 FYY  C05  C   CR16  0  -0.269   4.0957   3.2064  -0.4937
 FYY  C06  C   CR16  0  -0.238   3.1876   2.6974  -1.4129
 FYY  C07  C   CR16  0  -0.321   2.4338   1.5757  -1.0940
 FYY  C08  C   CR6   0  -0.093   0.1566  -0.3148   0.3249
 FYY  C09  C   CR16  0  -0.315  -0.5833  -1.5014   0.2870
 FYY  C10  C   CR16  0  -0.208  -1.9627  -1.4991   0.1491
 FYY  C11  C   CR6   0  -0.128  -2.6241  -0.2818   0.0602
 FYY  C12  C   CR16  0  -0.204  -1.9312   0.9184   0.1024
 FYY  C13  C   CR16  0  -0.322  -0.5493   0.8868   0.2287
 FYY  C15  C   CH2   0  -0.171   3.6064  -1.8648   0.9537
 FYY  C16  C   CH2   0  -0.313   3.8050  -3.0694   0.0589
 FYY  N17  N   NH2   0  -0.799   3.4816  -2.7501  -1.3218
 FYY  O14  O   O2    0  -0.428   2.2361  -1.4926   0.9488
 FYY  BR1  BR  BR    0  -0.044  -4.5038  -0.2615  -0.1218
 FYY  H1   H   HCR6  0   0.257   3.6586   0.9721   2.0032
 FYY  H2   H   HCR6  0   0.255   4.9558   2.9784   1.4594
 FYY  H3   H   HCR6  0   0.258   4.6755   4.0885  -0.7336
 FYY  H4   H   HCR6  0   0.255   3.0612   3.1784  -2.3744
 FYY  H5   H   HCR6  0   0.253   1.7194   1.2006  -1.8178
 FYY  H6   H   HCR6  0   0.260  -0.0788  -2.4567   0.3617
 FYY  H7   H   HCR6  0   0.277  -2.5064  -2.4338   0.1131
 FYY  H8   H   HCR6  0   0.278  -2.4490   1.8660   0.0364
 FYY  H9   H   HCR6  0   0.264  -0.0157   1.8290   0.2590
 FYY  H10  H   HCH2  0   0.232   3.8898  -2.1103   1.9796
 FYY  H11  H   HCH2  0   0.218   4.2398  -1.0440   0.6107
 FYY  H12  H   HCH2  0   0.233   4.8616  -3.3403   0.1181
 FYY  H13  H   HCH2  0   0.205   3.2419  -3.9209   0.4650
 FYY  H14  H   HNH2  0   0.353   3.7860  -3.5052  -1.9221
 FYY  H15  H   HNH2  0   0.349   2.4773  -2.7060  -1.4367

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FYY  C15  C16  single    1.514  0.020  1.514
 FYY  C15  O14  single    1.420  0.020  1.420
 FYY  N17  C16  single    1.454  0.020  1.454
 FYY  O14  B01  single    1.348  0.020  1.348
 FYY  C06  C07  aromatic  1.389  0.020  1.389
 FYY  C06  C05  aromatic  1.389  0.020  1.389
 FYY  C07  C02  aromatic  1.398  0.020  1.398
 FYY  C05  C04  aromatic  1.389  0.020  1.389
 FYY  C02  B01  single    1.570  0.020  1.570
 FYY  C02  C03  aromatic  1.399  0.020  1.399
 FYY  B01  C08  single    1.571  0.020  1.571
 FYY  C04  C03  aromatic  1.388  0.020  1.388
 FYY  C08  C09  aromatic  1.399  0.020  1.399
 FYY  C08  C13  aromatic  1.397  0.020  1.397
 FYY  C09  C10  aromatic  1.386  0.020  1.386
 FYY  C13  C12  aromatic  1.388  0.020  1.388
 FYY  C10  C11  aromatic  1.388  0.020  1.388
 FYY  C12  C11  aromatic  1.386  0.020  1.386
 FYY  C11  BR1  single    1.889  0.020  1.889
 FYY  C03  H1   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C04  H2   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C05  H3   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C07  H5   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C09  H6   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C10  H7   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C12  H8   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C13  H9   single    0.930  0.020  1.080
 FYY  C15  H10  single    0.970  0.020  1.090
 FYY  C15  H11  single    0.970  0.020  1.090
 FYY  C16  H12  single    0.970  0.020  1.090
 FYY  C16  H13  single    0.970  0.020  1.090
 FYY  N17  H14  single    0.890  0.020  1.040
 FYY  N17  H15  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FYY  O14  B01  C08  115.39  3.000
 FYY  C08  B01  C02  121.08  3.000
 FYY  O14  B01  C02  123.52  3.000
 FYY  C07  C02  C03  117.78  3.000
 FYY  C03  C02  B01  121.58  3.000
 FYY  C07  C02  B01  120.62  3.000
 FYY  H1   C03  C04  118.72  3.000
 FYY  H1   C03  C02  120.03  3.000
 FYY  C04  C03  C02  121.25  3.000
 FYY  H2   C04  C05  120.02  3.000
 FYY  H2   C04  C03  120.00  3.000
 FYY  C05  C04  C03  119.98  3.000
 FYY  H3   C05  C06  120.15  3.000
 FYY  H3   C05  C04  120.11  3.000
 FYY  C06  C05  C04  119.74  3.000
 FYY  H4   C06  C07  119.97  3.000
 FYY  H4   C06  C05  120.09  3.000
 FYY  C07  C06  C05  119.94  3.000
 FYY  H5   C07  C06  118.94  3.000
 FYY  H5   C07  C02  119.76  3.000
 FYY  C06  C07  C02  121.30  3.000
 FYY  C13  C08  C09  117.42  3.000
 FYY  C13  C08  B01  121.51  3.000
 FYY  C09  C08  B01  121.07  3.000
 FYY  H6   C09  C10  118.15  3.000
 FYY  H6   C09  C08  120.00  3.000
 FYY  C10  C09  C08  121.84  3.000
 FYY  H7   C10  C11  121.06  3.000
 FYY  H7   C10  C09  120.13  3.000
 FYY  C11  C10  C09  118.81  3.000
 FYY  BR1  C11  C12  119.41  3.000
 FYY  BR1  C11  C10  119.33  3.000
 FYY  C12  C11  C10  121.26  3.000
 FYY  H8   C12  C13  120.13  3.000
 FYY  H8   C12  C11  121.14  3.000
 FYY  C13  C12  C11  118.73  3.000
 FYY  H9   C13  C12  118.24  3.000
 FYY  H9   C13  C08  119.83  3.000
 FYY  C12  C13  C08  121.93  3.000
 FYY  H11  C15  H10  108.27  3.000
 FYY  H11  C15  O14  111.20  3.000
 FYY  H10  C15  O14  108.21  3.000
 FYY  H11  C15  C16  109.65  3.000
 FYY  H10  C15  C16  110.02  3.000
 FYY  O14  C15  C16  109.46  3.000
 FYY  H13  C16  H12  106.47  3.000
 FYY  H13  C16  N17  114.04  3.000
 FYY  H12  C16  N17  108.74  3.000
 FYY  H13  C16  C15  109.33  3.000
 FYY  H12  C16  C15  106.99  3.000
 FYY  N17  C16  C15  110.95  3.000
 FYY  H15  N17  H14  105.30  3.000
 FYY  H15  N17  C16  109.77  3.000
 FYY  H14  N17  C16  109.44  3.000
 FYY  C15  O14  B01  126.54  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 FYY  CONST_01  C05  C06  C07  C02     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_02  C05  C04  C03  C02     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_03  C06  C07  C02  C03     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_04  C06  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_05  C07  C06  C05  C04     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_06  C07  C02  C03  C04     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_07  C11  C10  C09  C08     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_08  C11  C12  C13  C08     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_09  C12  C13  C08  C09     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_10  C12  C11  C10  C09     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_11  C13  C08  C09  C10     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_12  C13  C12  C11  C10     0.00   0.0  0
 FYY  CONST_13  C06  C07  C02  B01   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_14  C04  C03  C02  B01   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_15  C10  C09  C08  B01   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_16  C12  C13  C08  B01   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_17  BR1  C11  C10  C09   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_18  BR1  C11  C12  C13   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_19  H4   C06  C07  C02   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_20  H2   C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_21  H5   C07  C02  C03   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_22  H3   C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_23  H1   C03  C04  C05   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_24  H7   C10  C09  C08   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_25  H8   C12  C13  C08   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_26  H9   C13  C08  C09   180.00   0.0  0
 FYY  CONST_27  H6   C09  C10  C11   180.00   0.0  0
 FYY  Var_01    C09  C08  B01  C02   162.92  30.0  2
 FYY  Var_02    C08  B01  C02  C03   127.86  30.0  2
 FYY  Var_03    C16  C15  O14  B01  -115.63  30.0  1
 FYY  Var_04    O14  C15  C16  N17    63.37  30.0  1
 FYY  Var_05    H14  N17  C16  C15   169.32  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FYY  plan-1  B01  0.020
 FYY  plan-1  C02  0.020
 FYY  plan-1  C03  0.020
 FYY  plan-1  C04  0.020
 FYY  plan-1  C05  0.020
 FYY  plan-1  C06  0.020
 FYY  plan-1  C07  0.020
 FYY  plan-1  H1   0.020
 FYY  plan-1  H2   0.020
 FYY  plan-1  H3   0.020
 FYY  plan-1  H4   0.020
 FYY  plan-1  H5   0.020
 FYY  plan-2  B01  0.020
 FYY  plan-2  C08  0.020
 FYY  plan-2  C09  0.020
 FYY  plan-2  C10  0.020
 FYY  plan-2  C11  0.020
 FYY  plan-2  C12  0.020
 FYY  plan-2  C13  0.020
 FYY  plan-2  BR1  0.020
 FYY  plan-2  H6   0.020
 FYY  plan-2  H7   0.020
 FYY  plan-2  H8   0.020
 FYY  plan-2  H9   0.020

