# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 11 03:14:11 2022
#   Inital geometry file: a 74 line input string
#   Ligand name: 2-oxidanyl-4-phenyl-benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)c1ccc(cc1O)c2ccccc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FYR  FYR  '2-oxidanyl-4-phenyl-benzoic acid'  ligand  25  16  .  2022-03-18  2022-03-18
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_FYR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FYR  C01  C  CR16   0  -0.337  10.9661  24.0685  25.6481
 FYR  C02  C  CR6    0   0.100  10.3053  23.0234  24.9922
 FYR  C03  C  CR16   0  -0.420   8.9503  22.8248  25.2324
 FYR  C04  C  CR6    0   0.383   8.2443  23.6520  26.1096
 FYR  C05  C  CR6    0  -0.294   8.9113  24.7059  26.7646
 FYR  C06  C  CR16   0  -0.269  10.2681  24.8864  26.5179
 FYR  C07  C  C      0   0.486   8.1554  25.6102  27.7045
 FYR  O08  O  OH1    0  -0.656   6.9474  23.4415  26.3090
 FYR  O09  O  OC    -1  -0.543   8.7515  26.5300  28.2691
 FYR  O10  O  O      0  -0.627   6.9186  25.3408  27.8412
 FYR  C11  C  CR6    0   0.086  11.0317  22.1450  24.0512
 FYR  C12  C  CR16   0  -0.309  12.0172  22.6630  23.2079
 FYR  C13  C  CR16   0  -0.238  12.6949  21.8444  22.3162
 FYR  C14  C  CR16   0  -0.266  12.4028  20.4885  22.2507
 FYR  C15  C  CR16   0  -0.238  11.4272  19.9598  23.0857
 FYR  C16  C  CR16   0  -0.309  10.7482  20.7797  23.9751
 FYR  H1   H  HCR6   0   0.240  12.0261  24.2255  25.4950
 FYR  H2   H  HCR6   0   0.244   8.4119  22.0358  24.7202
 FYR  H3   H  HCR6   0   0.244  10.7874  25.6878  27.0281
 FYR  H4   H  HOH1   0   0.457   6.6900  24.1870  26.9728
 FYR  H6   H  HCR6   0   0.252  12.2442  23.7216  23.2318
 FYR  H7   H  HCR6   0   0.254  13.4479  22.2698  21.6652
 FYR  H8   H  HCR6   0   0.255  12.9307  19.8492  21.5550
 FYR  H9   H  HCR6   0   0.254  11.1959  18.9030  23.0490
 FYR  H10  H  HCR6   0   0.251  10.0026  20.3472  24.6308

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FYR  C14  C13  aromatic  1.389  0.020  1.389
 FYR  C14  C15  aromatic  1.389  0.020  1.389
 FYR  C13  C12  aromatic  1.387  0.020  1.387
 FYR  C15  C16  aromatic  1.387  0.020  1.387
 FYR  C12  C11  aromatic  1.397  0.020  1.397
 FYR  C16  C11  aromatic  1.397  0.020  1.397
 FYR  C11  C02  single    1.478  0.020  1.478
 FYR  C02  C03  aromatic  1.390  0.020  1.390
 FYR  C02  C01  aromatic  1.400  0.020  1.400
 FYR  C03  C04  aromatic  1.397  0.020  1.397
 FYR  C01  C06  aromatic  1.383  0.020  1.383
 FYR  C04  O08  single    1.329  0.020  1.329
 FYR  C04  C05  aromatic  1.409  0.020  1.409
 FYR  C06  C05  aromatic  1.391  0.020  1.391
 FYR  C05  C07  single    1.507  0.020  1.507
 FYR  C07  O10  deloc     1.273  0.020  1.273
 FYR  C07  O09  deloc     1.233  0.020  1.233
 FYR  C01  H1   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  C06  H3   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  O08  H4   single    0.850  0.020  0.980
 FYR  C12  H6   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  C13  H7   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  C14  H8   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  C15  H9   single    0.930  0.020  1.080
 FYR  C16  H10  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FYR  H1   C01  C06  119.83  3.000
 FYR  H1   C01  C02  120.29  3.000
 FYR  C06  C01  C02  119.87  3.000
 FYR  C11  C02  C03  120.27  3.000
 FYR  C03  C02  C01  119.07  3.000
 FYR  C11  C02  C01  120.66  3.000
 FYR  H2   C03  C04  118.47  3.000
 FYR  H2   C03  C02  120.43  3.000
 FYR  C04  C03  C02  121.09  3.000
 FYR  O08  C04  C05  120.72  3.000
 FYR  C05  C04  C03  119.71  3.000
 FYR  O08  C04  C03  119.58  3.000
 FYR  C07  C05  C06  121.46  3.000
 FYR  C07  C05  C04  120.08  3.000
 FYR  C06  C05  C04  118.46  3.000
 FYR  H3   C06  C05  118.71  3.000
 FYR  H3   C06  C01  119.47  3.000
 FYR  C05  C06  C01  121.81  3.000
 FYR  O10  C07  O09  125.33  3.000
 FYR  O09  C07  C05  119.38  3.000
 FYR  O10  C07  C05  115.29  3.000
 FYR  H4   O08  C04  103.05  3.000
 FYR  C16  C11  C12  118.22  3.000
 FYR  C16  C11  C02  121.06  3.000
 FYR  C12  C11  C02  120.72  3.000
 FYR  H6   C12  C13  119.24  3.000
 FYR  H6   C12  C11  119.81  3.000
 FYR  C13  C12  C11  120.93  3.000
 FYR  H7   C13  C14  120.11  3.000
 FYR  H7   C13  C12  119.64  3.000
 FYR  C14  C13  C12  120.24  3.000
 FYR  H8   C14  C15  120.29  3.000
 FYR  H8   C14  C13  120.30  3.000
 FYR  C15  C14  C13  119.42  3.000
 FYR  H9   C15  C16  119.62  3.000
 FYR  H9   C15  C14  120.09  3.000
 FYR  C16  C15  C14  120.29  3.000
 FYR  H10  C16  C15  119.28  3.000
 FYR  H10  C16  C11  119.81  3.000
 FYR  C15  C16  C11  120.89  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 FYR  CONST_03  C04  C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_04  C04  C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_05  C13  C12  C11  C02  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_06  C15  C16  C11  C02  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_07  C05  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_08  C05  C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_11  C06  C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_12  C06  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_13  C11  C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_14  C11  C02  C01  C06  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_15  C14  C13  C12  C11    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_16  C14  C15  C16  C11    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_17  C15  C14  C13  C12    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_18  C15  C16  C11  C12    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_19  C16  C15  C14  C13    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_20  C16  C11  C12  C13    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_21  C07  C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_22  O08  C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_23  C07  C05  C04  C03  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_24  O08  C04  C05  C06  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_25  H2   C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_26  H6   C12  C11  C02    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_27  H10  C16  C11  C02    0.00   0.0  0
 FYR  CONST_28  H3   C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_29  H1   C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_30  H7   C13  C12  C11  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_31  H9   C15  C16  C11  180.00   0.0  0
 FYR  CONST_32  H8   C14  C13  C12  180.00   0.0  0
 FYR  Var_01    O10  C07  C05  C04    0.03  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FYR  plan-1  C01  0.020
 FYR  plan-1  C02  0.020
 FYR  plan-1  C03  0.020
 FYR  plan-1  C04  0.020
 FYR  plan-1  C05  0.020
 FYR  plan-1  C06  0.020
 FYR  plan-1  C07  0.020
 FYR  plan-1  O08  0.020
 FYR  plan-1  C11  0.020
 FYR  plan-1  H1   0.020
 FYR  plan-1  H2   0.020
 FYR  plan-1  H3   0.020
 FYR  plan-2  C02  0.020
 FYR  plan-2  C11  0.020
 FYR  plan-2  C12  0.020
 FYR  plan-2  C13  0.020
 FYR  plan-2  C14  0.020
 FYR  plan-2  C15  0.020
 FYR  plan-2  C16  0.020
 FYR  plan-2  H6   0.020
 FYR  plan-2  H7   0.020
 FYR  plan-2  H8   0.020
 FYR  plan-2  H9   0.020
 FYR  plan-2  H10  0.020
 FYR  plan-3  C05  0.020
 FYR  plan-3  C07  0.020
 FYR  plan-3  O09  0.020
 FYR  plan-3  O10  0.020

