# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun May  3 16:07:04 2020
#   Inital geometry file: a 182 line input string
#   Ligand name: 2-[[(2~{R},5~{R})-1-[2-[6-[(4-fluorophenyl)methyl]-3,3-dimethyl-2~{H}-pyrrolo[3,2-b]pyridin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-5-methyl-piperazin-2-yl]methyl]-3~{H}-isoindol-1-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@@H]1CN(CC(=O)N2CC(C)(C)c3ncc(Cc4ccc(F)cc4)cc23)[C@H](CN1)CN5Cc6ccccc6C5=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FUE  FUE  2-[[(2~{R},5~{R})-1-[2-[6-[(4-fluorophenyl)methyl]-3,3-dimethyl-2~{H}-pyrrolo[3,2-b]pyridin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethyl]-5-methyl-piperazin-2-yl]methyl]-3~{H}-isoindol-1-one  ligand  76  40  .  2022-07-25  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_FUE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FUE  C1   C  CH3   0  -0.672  -4.0458   2.7508  -3.6794
 FUE  C2   C  CH1   0  -0.099  -3.6177   1.6542  -2.7209
 FUE  C3   C  CH2   0  -0.253  -2.1835   1.8616  -2.2715
 FUE  N4   N  NT    0  -0.424  -1.7258   0.8160  -1.3635
 FUE  C5   C  CH2   0  -0.440  -0.3721   1.0883  -0.9565
 FUE  C6   C  C     0   0.551  -0.2727   2.1956   0.0765
 FUE  C10  C  CR5   0  -0.169   2.5923   4.1592   1.3050
 FUE  C11  C  CH3   0  -0.642   2.7429   5.3899   0.4045
 FUE  C12  C  CH3   0  -0.647   3.1844   4.4292   2.6821
 FUE  C13  C  CR56  0   0.182   3.2208   2.9752   0.6195
 FUE  C15  C  CR16  0  -0.180   4.9058   1.6856  -0.1666
 FUE  C16  C  CR6   0   0.068   4.0259   0.8042  -0.7707
 FUE  C19  C  CR16  0  -0.309   2.8208  -2.2821  -1.6276
 FUE  C21  C  CR6   0   0.512   2.6837  -3.9199   0.0933
 FUE  C23  C  CR16  0  -0.396   3.7547  -3.3506   0.7571
 FUE  C24  C  CR16  0  -0.273   4.3513  -2.2249   0.2103
 FUE  C25  C  CR16  0  -0.226   2.6545   1.0428  -0.6584
 FUE  C26  C  CR56  0   0.368   2.2395   2.1504   0.0558
 FUE  C27  C  CH1   0  -0.055  -1.8846  -0.5103  -1.9647
 FUE  C28  C  CH2   0  -0.360  -1.5171  -1.6672  -1.0288
 FUE  C31  C  CR56  0   0.095  -3.1722  -1.4243   2.2631
 FUE  C35  C  CR16  0  -0.302  -4.7559  -3.2524   2.3950
 FUE  C36  C  CR56  0  -0.070  -3.7898  -2.5333   1.7101
 FUE  C37  C  CR5   0   0.546  -3.2402  -2.7611   0.3578
 FUE  C39  C  CH2   0  -0.282  -3.3252  -0.6865  -2.4326
 FUE  O7   O  O     0  -0.459  -1.2482   2.6770   0.6204
 FUE  N8   N  NR5   0  -0.604   0.9767   2.6444   0.3912
 FUE  C9   C  CH2   0  -0.261   1.1206   3.7170   1.3886
 FUE  N14  N  N     0  -0.398   4.5090   2.7631   0.5164
 FUE  C18  C  CR6   0   0.122   3.8944  -1.6736  -0.9847
 FUE  C20  C  CR16  0  -0.399   2.2034  -3.4075  -1.0945
 FUE  N29  N  NR5   0  -0.493  -2.3270  -1.7786   0.1559
 FUE  C30  C  CH2   0  -0.290  -2.1923  -0.8715   1.2795
 FUE  C32  C  CR16  0  -0.322  -3.5065  -0.9944   3.5359
 FUE  C33  C  CR16  0  -0.242  -4.4745  -1.7089   4.2326
 FUE  C34  C  CR16  0  -0.261  -5.0948  -2.8258   3.6710
 FUE  N40  N  NH1   0  -0.600  -3.6937   0.3563  -3.3664
 FUE  H41  H  HCH3  0   0.234  -5.0663   2.5865  -4.0297
 FUE  H42  H  HCH3  0   0.229  -4.0184   3.7261  -3.1924
 FUE  H43  H  HCH3  0   0.221  -3.3916   2.7853  -4.5524
 FUE  H44  H  HCH1  0   0.198  -4.2587   1.6932  -1.8233
 FUE  H46  H  HCH2  0   0.190  -1.5397   1.9046  -3.1676
 FUE  H45  H  HCH2  0   0.243  -2.1091   2.8265  -1.7700
 FUE  H48  H  HCH2  0   0.267   0.0610   0.2027  -0.4875
 FUE  H47  H  HCH2  0   0.265   0.2756   1.3306  -1.8154
 FUE  H53  H  HCH3  0   0.239   2.2525   6.2543   0.8554
 FUE  H51  H  HCH3  0   0.238   3.7960   5.6332   0.2591
 FUE  H52  H  HCH3  0   0.236   2.2969   5.2259  -0.5783
 FUE  H55  H  HCH3  0   0.235   3.1042   3.5538   3.3276
 FUE  H56  H  HCH3  0   0.237   4.2376   4.6988   2.6034
 FUE  H54  H  HCH3  0   0.238   2.6621   5.2556   3.1674
 FUE  H57  H  HCR6  0   0.256   5.9759   1.5187  -0.2329
 FUE  H60  H  HCR6  0   0.268   2.4545  -1.8761  -2.5634
 FUE  H62  H  HCR6  0   0.280   4.1142  -3.7760   1.6848
 FUE  H63  H  HCR6  0   0.261   5.1851  -1.7682   0.7302
 FUE  H64  H  HCR6  0   0.259   1.9773   0.3465  -1.1265
 FUE  H65  H  HCH1  0   0.214  -1.2273  -0.6145  -2.8471
 FUE  H67  H  HCH2  0   0.280  -1.6273  -2.5904  -1.5982
 FUE  H66  H  HCH2  0   0.252  -0.4644  -1.6328  -0.7342
 FUE  H73  H  HCR6  0   0.259  -5.2296  -4.1180   1.9495
 FUE  H74  H  HCH2  0   0.238  -3.4164  -1.6587  -2.9206
 FUE  H75  H  HCH2  0   0.199  -3.9797  -0.6958  -1.5477
 FUE  H50  H  HCH2  0   0.262   0.8799   3.3243   2.3803
 FUE  H49  H  HCH2  0   0.264   0.4308   4.5313   1.1738
 FUE  H61  H  HCR6  0   0.280   1.3693  -3.8764  -1.6004
 FUE  H69  H  HCH2  0   0.284  -2.4280   0.1530   0.9840
 FUE  H68  H  HCH2  0   0.265  -1.1687  -0.8808   1.6687
 FUE  H70  H  HCR6  0   0.259  -3.0312  -0.1302   3.9824
 FUE  H71  H  HCR6  0   0.265  -4.7522  -1.3952   5.2304
 FUE  H72  H  HCR6  0   0.263  -5.8444  -3.3604   4.2391
 FUE  H77  H  HNH1  0   0.350  -4.6391   0.1922  -3.6906
 FUE  C17  C  CH2   0  -0.599   4.5107  -0.4085  -1.5244
 FUE  O38  O  O     0  -0.483  -3.5374  -3.6499  -0.4242
 FUE  F22  F  F     0  -0.316   2.0945  -5.0057   0.6220
 FUE  H59  H  HCH2  0   0.278   4.2594  -0.3021  -2.5826
 FUE  H58  H  HCH2  0   0.274   5.5995  -0.4608  -1.4649

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FUE  C20  C19  aromatic  1.390  0.020  1.390
 FUE  C20  C21  aromatic  1.380  0.020  1.380
 FUE  C19  C18  aromatic  1.392  0.020  1.392
 FUE  N14  C15  aromatic  1.336  0.020  1.336
 FUE  N14  C13  aromatic  1.310  0.020  1.310
 FUE  C15  C16  aromatic  1.384  0.020  1.384
 FUE  C12  C10  single    1.523  0.020  1.523
 FUE  F22  C21  single    1.344  0.020  1.344
 FUE  C11  C10  single    1.532  0.020  1.532
 FUE  C21  C23  aromatic  1.383  0.020  1.383
 FUE  C13  C10  single    1.506  0.020  1.506
 FUE  C13  C26  aromatic  1.400  0.020  1.400
 FUE  C18  C17  single    1.507  0.020  1.507
 FUE  C18  C24  aromatic  1.393  0.020  1.393
 FUE  C10  C9   single    1.539  0.020  1.539
 FUE  C16  C17  single    1.508  0.020  1.508
 FUE  C16  C25  aromatic  1.397  0.020  1.397
 FUE  C34  C33  aromatic  1.396  0.020  1.396
 FUE  C34  C35  aromatic  1.387  0.020  1.387
 FUE  C23  C24  aromatic  1.386  0.020  1.386
 FUE  C26  C25  aromatic  1.382  0.020  1.382
 FUE  C26  N8   single    1.397  0.020  1.397
 FUE  C33  C32  aromatic  1.390  0.020  1.390
 FUE  C35  C36  aromatic  1.385  0.020  1.385
 FUE  C9   N8   single    1.472  0.020  1.472
 FUE  N8   C6   single    1.364  0.020  1.364
 FUE  C32  C31  aromatic  1.384  0.020  1.384
 FUE  C36  C31  aromatic  1.385  0.020  1.385
 FUE  C36  C37  single    1.477  0.020  1.477
 FUE  C31  C30  single    1.494  0.020  1.494
 FUE  O38  C37  double    1.221  0.020  1.221
 FUE  C6   O7   double    1.216  0.020  1.216
 FUE  C6   C5   single    1.518  0.020  1.518
 FUE  C37  N29  single    1.357  0.020  1.357
 FUE  C5   N4   single    1.440  0.020  1.440
 FUE  C30  N29  single    1.450  0.020  1.450
 FUE  N29  C28  single    1.439  0.020  1.439
 FUE  N4   C3   single    1.459  0.020  1.459
 FUE  N4   C27  single    1.465  0.020  1.465
 FUE  C28  C27  single    1.533  0.020  1.533
 FUE  C3   C2   single    1.517  0.020  1.517
 FUE  C27  C39  single    1.525  0.020  1.525
 FUE  C2   C1   single    1.518  0.020  1.518
 FUE  C2   N40  single    1.452  0.020  1.452
 FUE  C39  N40  single    1.447  0.020  1.447
 FUE  C1   H41  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C1   H42  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C1   H43  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C2   H44  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C3   H46  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C3   H45  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C5   H48  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C5   H47  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C11  H53  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C11  H51  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C11  H52  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C12  H55  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C12  H56  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C12  H54  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C15  H57  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C19  H60  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C23  H62  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C24  H63  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C25  H64  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C27  H65  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C28  H67  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C28  H66  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C35  H73  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C39  H74  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C39  H75  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C9   H50  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C9   H49  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C17  H59  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C17  H58  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C20  H61  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C30  H69  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C30  H68  single    0.970  0.020  1.090
 FUE  C32  H70  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C33  H71  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  C34  H72  single    0.930  0.020  1.080
 FUE  N40  H77  single    0.890  0.020  1.040

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FUE  H43  C1   H42  108.29  3.000
 FUE  H43  C1   H41  107.97  3.000
 FUE  H42  C1   H41  107.55  3.000
 FUE  H43  C1   C2   111.03  3.000
 FUE  H42  C1   C2   110.91  3.000
 FUE  H41  C1   C2   110.95  3.000
 FUE  H44  C2   N40  111.27  3.000
 FUE  H44  C2   C3   107.65  3.000
 FUE  N40  C2   C3   107.67  3.000
 FUE  H44  C2   C1   108.92  3.000
 FUE  N40  C2   C1   110.51  3.000
 FUE  C3   C2   C1   110.78  3.000
 FUE  H45  C3   H46  107.40  3.000
 FUE  H45  C3   N4   109.07  3.000
 FUE  H46  C3   N4   110.50  3.000
 FUE  H45  C3   C2   108.78  3.000
 FUE  H46  C3   C2   108.43  3.000
 FUE  N4   C3   C2   112.53  3.000
 FUE  C27  N4   C5   112.91  3.000
 FUE  C27  N4   C3   111.07  3.000
 FUE  C5   N4   C3   109.61  3.000
 FUE  H47  C5   H48  106.25  3.000
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 FUE  C6   C5   N4   113.08  3.000
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 FUE  C9   C10  C13  101.42  3.000
 FUE  C9   C10  C12  111.94  3.000
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 FUE  H54  C12  H56  107.89  3.000
 FUE  H54  C12  H55  108.02  3.000
 FUE  H56  C12  H55  108.20  3.000
 FUE  H54  C12  C10  110.50  3.000
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 FUE  F22  C21  C20  119.09  3.000
 FUE  F22  C21  C23  118.91  3.000
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 FUE  H62  C23  C24  120.96  3.000
 FUE  H62  C23  C21  120.47  3.000
 FUE  C24  C23  C21  118.57  3.000
 FUE  H63  C24  C18  119.81  3.000
 FUE  H63  C24  C23  118.95  3.000
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 FUE  H64  C25  C26  123.61  3.000
 FUE  H64  C25  C16  118.13  3.000
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 FUE  N8   C26  C25  132.78  3.000
 FUE  N8   C26  C13  109.18  3.000
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 FUE  H65  C27  C39  107.81  3.000
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 FUE  H65  C27  N4   110.40  3.000
 FUE  C39  C27  N4   109.45  3.000
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 FUE  C32  C31  C36  120.54  3.000
 FUE  H73  C35  C34  121.15  3.000
 FUE  H73  C35  C36  121.11  3.000
 FUE  C34  C35  C36  117.74  3.000
 FUE  C37  C36  C35  129.19  3.000
 FUE  C37  C36  C31  108.85  3.000
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 FUE  O38  C37  N29  126.58  3.000
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 FUE  O38  C37  C36  127.46  3.000
 FUE  H75  C39  H74  107.59  3.000
 FUE  H75  C39  N40  111.92  3.000
 FUE  H74  C39  N40  109.39  3.000
 FUE  H75  C39  C27  108.42  3.000
 FUE  H74  C39  C27  108.60  3.000
 FUE  N40  C39  C27  110.81  3.000
 FUE  C9   N8   C26  109.40  3.000
 FUE  C9   N8   C6   119.05  3.000
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 FUE  H49  C9   H50  107.94  3.000
 FUE  H49  C9   N8   110.45  3.000
 FUE  H50  C9   N8   109.35  3.000
 FUE  H49  C9   C10  112.36  3.000
 FUE  H50  C9   C10  111.28  3.000
 FUE  N8   C9   C10  105.43  3.000
 FUE  C15  N14  C13  117.58  3.000
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 FUE  C24  C18  C19  118.44  3.000
 FUE  C17  C18  C19  121.14  3.000
 FUE  H61  C20  C21  120.64  3.000
 FUE  H61  C20  C19  120.92  3.000
 FUE  C21  C20  C19  118.44  3.000
 FUE  C30  N29  C37  113.59  3.000
 FUE  C30  N29  C28  122.48  3.000
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 FUE  H68  C30  N29  110.91  3.000
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 FUE  H68  C30  C31  112.07  3.000
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 FUE  H70  C32  C33  120.61  3.000
 FUE  H70  C32  C31  121.40  3.000
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 FUE  H71  C33  C32  119.45  3.000
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 FUE  H72  C34  C35  120.02  3.000
 FUE  C33  C34  C35  120.50  3.000
 FUE  H77  N40  C39  109.11  3.000
 FUE  H77  N40  C2   109.64  3.000
 FUE  C39  N40  C2   110.12  3.000
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 FUE  H58  C17  C18  110.37  3.000
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 FUE  H58  C17  C16  109.38  3.000
 FUE  H59  C17  C16  109.37  3.000
 FUE  C18  C17  C16  111.38  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 FUE  CONST_26  C36  C37  N29  C28   180.00   0.0  0
 FUE  CONST_27  O38  C37  N29  C30   180.00   0.0  0
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 FUE  CONST_30  H63  C24  C18  C19   180.00   0.0  0
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 FUE  CONST_39  C9   N8   C6   C5    180.00   0.0  0
 FUE  CONST_40  O7   C6   N8   C26   180.00   0.0  0
 FUE  CONST_41  C9   N8   C6   O7      0.00   0.0  0
 FUE  CONST_42  O38  C37  N29  C28     0.00   0.0  0
 FUE  Var_01    C27  N4   C3   C2     55.71  30.0  1
 FUE  Var_02    C27  C39  N40  C2    -62.05  30.0  1
 FUE  Var_03    C26  N8   C9   C10    18.08  30.0  1
 FUE  Var_04    N8   C9   C10  C13   -18.96  30.0  1
 FUE  Var_05    C9   N8   C26  C13    -9.09  30.0  1
 FUE  Var_06    C9   C10  C13  C26    14.50  30.0  1
 FUE  Var_07    C18  C17  C16  C15   124.31  30.0  2
 FUE  Var_08    C19  C18  C17  C16   100.56  30.0  2
 FUE  Var_09    C37  N29  C28  C27   108.53  30.0  2
 FUE  Var_10    H69  C30  C31  C36   118.91  30.0  1
 FUE  Var_11    C6   C5   N4   C3     75.96  30.0  1
 FUE  Var_12    N8   C6   C5   N4   -171.57  30.0  1
 FUE  Var_13    H55  C12  C10  C13   -56.57  30.0  3
 FUE  Var_14    H53  C11  C10  C13   177.24  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 FUE  chir_01  C2   C3  C1   N40  negativ
 FUE  chir_02  C27  N4  C28  C39  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FUE  plan-1  C19  0.020
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 FUE  plan-1  H60  0.020
 FUE  plan-1  H62  0.020
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 FUE  plan-2  H57  0.020
 FUE  plan-2  H64  0.020
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 FUE  plan-3  C5   0.020
 FUE  plan-3  C6   0.020
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 FUE  plan-4  C28  0.020
 FUE  plan-4  C31  0.020
 FUE  plan-4  C35  0.020
 FUE  plan-4  C36  0.020
 FUE  plan-4  C37  0.020
 FUE  plan-4  N29  0.020
 FUE  plan-4  C30  0.020
 FUE  plan-4  C32  0.020
 FUE  plan-4  C33  0.020
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 FUE  plan-4  H73  0.020
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 FUE  plan-4  H71  0.020
 FUE  plan-4  H72  0.020
 FUE  plan-4  O38  0.020

