# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 10 22:42:44 2022
#   Inital geometry file: a 89 line input string
#   Ligand name: O,O-diethyl O-{4-[(R)-methylsulfinyl]phenyl} phosphorothioate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCO[P](=S)(OCC)Oc1ccc(cc1)[S@@](C)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FST  FST  'O,O-diethyl O-{4-[(R)-methylsulfinyl]phenyl} phosphorothioate'  ligand  35  18  .  2022-03-18  2022-03-18
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_FST
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FST  C1    C  CH3   0  -0.799   5.3001  -0.7710  -0.9431
 FST  S2    S  S3    0   0.766   4.6074   0.4029   0.2433
 FST  O3    O  O     0  -0.765   4.8221   1.7722  -0.3496
 FST  C4    C  CR6   0  -0.220   2.8841  -0.0223  -0.0082
 FST  C5    C  CR16  0  -0.228   2.3456  -1.0955   0.6871
 FST  C6    C  CR16  0  -0.293   1.0111  -1.4235   0.5117
 FST  C7    C  CR6   0   0.359   0.2378  -0.6623  -0.3530
 FST  C8    C  CR16  0  -0.299   0.7691   0.4231  -1.0339
 FST  C9    C  CR16  0  -0.218   2.1060   0.7465  -0.8572
 FST  O10   O  O2    0  -0.584  -1.0777  -1.0114  -0.5605
 FST  P11   P  P     0   1.198  -2.2438  -0.3606   0.3531
 FST  S12   S  S1    0  -0.492  -2.1264  -0.6731   2.2454
 FST  O13   O  O2    0  -0.572  -2.2619   1.1676  -0.0909
 FST  C14   C  CH2   0  -0.170  -2.1285   2.2836   0.8145
 FST  C15   C  CH3   0  -0.681  -1.8662   3.5200  -0.0069
 FST  O16   O  O2    0  -0.550  -3.4455  -1.0328  -0.4352
 FST  C17   C  CH2   0  -0.175  -4.8096  -0.8013  -0.0247
 FST  C18   C  CH3   0  -0.686  -5.7051  -1.7056  -0.8325
 FST  H1    H  HCH3  0   0.295   6.3824  -0.6527  -0.9262
 FST  H1A   H  HCH3  0   0.282   5.0406  -1.7863  -0.6504
 FST  H5    H  HCR6  0   0.285   2.9552  -1.6785   1.3667
 FST  H6    H  HCR6  0   0.286   0.5767  -2.2627   1.0375
 FST  H8    H  HCR6  0   0.284   0.1514   1.0022  -1.7071
 FST  H9    H  HCR6  0   0.284   2.5323   1.5921  -1.3804
 FST  H14   H  HCH2  0   0.243  -3.0491   2.3800   1.3916
 FST  H14A  H  HCH2  0   0.238  -1.3114   2.0981   1.5128
 FST  H15   H  HCH3  0   0.242  -1.7908   4.3789   0.6594
 FST  H15A  H  HCH3  0   0.236  -0.9295   3.4405  -0.5589
 FST  H15B  H  HCH3  0   0.240  -2.6739   3.7125  -0.7127
 FST  H17   H  HCH2  0   0.239  -4.9077  -1.0082   1.0432
 FST  H17A  H  HCH2  0   0.243  -5.0610   0.2476  -0.1950
 FST  H18   H  HCH3  0   0.241  -5.6115  -1.5115  -1.9007
 FST  H18A  H  HCH3  0   0.240  -5.4855  -2.7562  -0.6444
 FST  H18B  H  HCH3  0   0.243  -6.7411  -1.5232  -0.5485
 FST  H1B   H  HCH3  0   0.288   4.9110  -0.5477  -1.9354

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FST  C1   S2    single    1.807  0.020  1.807
 FST  S2   O3    double    1.507  0.020  1.507
 FST  S2   C4    single    1.793  0.020  1.793
 FST  C4   C5    aromatic  1.388  0.020  1.388
 FST  C4   C9    aromatic  1.385  0.020  1.385
 FST  C5   C6    aromatic  1.385  0.020  1.385
 FST  C6   C7    aromatic  1.387  0.020  1.387
 FST  C7   C8    aromatic  1.387  0.020  1.387
 FST  C7   O10   single    1.377  0.020  1.377
 FST  C8   C9    aromatic  1.387  0.020  1.387
 FST  O10  P11   single    1.618  0.020  1.618
 FST  P11  S12   double    1.921  0.020  1.921
 FST  P11  O13   single    1.591  0.020  1.591
 FST  P11  O16   single    1.587  0.020  1.587
 FST  O13  C14   single    1.443  0.020  1.443
 FST  C14  C15   single    1.507  0.020  1.507
 FST  O16  C17   single    1.443  0.020  1.443
 FST  C17  C18   single    1.507  0.020  1.507
 FST  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 FST  C1   H1A   single    0.970  0.020  1.090
 FST  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 FST  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 FST  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 FST  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 FST  C14  H14   single    0.970  0.020  1.090
 FST  C14  H14A  single    0.970  0.020  1.090
 FST  C15  H15   single    0.970  0.020  1.090
 FST  C15  H15A  single    0.970  0.020  1.090
 FST  C15  H15B  single    0.970  0.020  1.090
 FST  C17  H17   single    0.970  0.020  1.090
 FST  C17  H17A  single    0.970  0.020  1.090
 FST  C18  H18   single    0.970  0.020  1.090
 FST  C18  H18A  single    0.970  0.020  1.090
 FST  C18  H18B  single    0.970  0.020  1.090
 FST  C1   H1B   single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FST  H1B   C1   H1A   110.56  3.000
 FST  H1B   C1   H1    110.31  3.000
 FST  H1A   C1   H1    109.53  3.000
 FST  H1B   C1   S2    109.15  3.000
 FST  H1A   C1   S2    109.76  3.000
 FST  H1    C1   S2    107.48  3.000
 FST  C4    S2   O3    107.29  3.000
 FST  C4    S2   C1     97.03  3.000
 FST  O3    S2   C1    106.10  3.000
 FST  C9    C4   C5    121.24  3.000
 FST  C9    C4   S2    119.64  3.000
 FST  C5    C4   S2    119.09  3.000
 FST  H5    C5   C6    119.61  3.000
 FST  H5    C5   C4    120.82  3.000
 FST  C6    C5   C4    119.57  3.000
 FST  H6    C6   C7    120.33  3.000
 FST  H6    C6   C5    120.60  3.000
 FST  C7    C6   C5    119.07  3.000
 FST  O10   C7   C8    119.37  3.000
 FST  O10   C7   C6    119.17  3.000
 FST  C8    C7   C6    121.45  3.000
 FST  H8    C8   C9    120.32  3.000
 FST  H8    C8   C7    120.38  3.000
 FST  C9    C8   C7    119.29  3.000
 FST  H9    C9   C8    120.03  3.000
 FST  H9    C9   C4    120.61  3.000
 FST  C8    C9   C4    119.36  3.000
 FST  P11   O10  C7    120.11  3.000
 FST  O16   P11  O13   105.04  3.000
 FST  O16   P11  S12   117.82  3.000
 FST  O13   P11  S12   115.57  3.000
 FST  O16   P11  O10    95.45  3.000
 FST  O13   P11  O10   103.70  3.000
 FST  S12   P11  O10   116.53  3.000
 FST  C14   O13  P11   124.50  3.000
 FST  H14A  C14  H14   107.98  3.000
 FST  H14A  C14  C15   110.98  3.000
 FST  H14   C14  C15   111.27  3.000
 FST  H14A  C14  O13   109.84  3.000
 FST  H14   C14  O13   108.79  3.000
 FST  C15   C14  O13   107.96  3.000
 FST  H15B  C15  H15A  108.77  3.000
 FST  H15B  C15  H15   107.94  3.000
 FST  H15A  C15  H15   107.91  3.000
 FST  H15B  C15  C14   111.64  3.000
 FST  H15A  C15  C14   111.45  3.000
 FST  H15   C15  C14   108.98  3.000
 FST  C17   O16  P11   120.44  3.000
 FST  H17A  C17  H17   108.28  3.000
 FST  H17A  C17  C18   110.85  3.000
 FST  H17   C17  C18   110.92  3.000
 FST  H17A  C17  O16   109.11  3.000
 FST  H17   C17  O16   109.43  3.000
 FST  C18   C17  O16   108.23  3.000
 FST  H18B  C18  H18A  107.94  3.000
 FST  H18B  C18  H18   107.90  3.000
 FST  H18A  C18  H18   108.89  3.000
 FST  H18B  C18  C17   108.94  3.000
 FST  H18A  C18  C17   111.48  3.000
 FST  H18   C18  C17   111.55  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 FST  CONST_01  C7   C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 FST  CONST_02  C7   C8   C9   C4      0.00   0.0  0
 FST  CONST_03  C8   C9   C4   C5      0.00   0.0  0
 FST  CONST_04  C8   C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 FST  CONST_05  C9   C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 FST  CONST_06  C9   C8   C7   C6      0.00   0.0  0
 FST  CONST_07  C6   C5   C4   S2    180.00   0.0  0
 FST  CONST_08  C8   C9   C4   S2    180.00   0.0  0
 FST  CONST_09  O10  C7   C6   C5    180.00   0.0  0
 FST  CONST_10  O10  C7   C8   C9    180.00   0.0  0
 FST  CONST_11  H6   C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 FST  CONST_12  H8   C8   C9   C4    180.00   0.0  0
 FST  CONST_13  H9   C9   C4   C5    180.00   0.0  0
 FST  CONST_14  H5   C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 FST  Var_01    C5   C4   S2   C1     84.44  30.0  2
 FST  Var_02    S12  P11  O10  C7    -59.79  30.0  3
 FST  Var_03    H1   C1   S2   C4   -179.95  30.0  3
 FST  Var_04    C15  C14  O13  P11   166.71  30.0  3
 FST  Var_05    C18  C17  O16  P11  -172.49  30.0  3
 FST  Var_06    H15  C15  C14  O13   178.40  30.0  3
 FST  Var_07    H18  C18  C17  O16   -59.65  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FST  plan-1  S2   0.020
 FST  plan-1  C4   0.020
 FST  plan-1  C5   0.020
 FST  plan-1  C6   0.020
 FST  plan-1  C7   0.020
 FST  plan-1  C8   0.020
 FST  plan-1  C9   0.020
 FST  plan-1  O10  0.020
 FST  plan-1  H5   0.020
 FST  plan-1  H6   0.020
 FST  plan-1  H8   0.020
 FST  plan-1  H9   0.020
 FST  plan-2  C1   0.020
 FST  plan-2  S2   0.020
 FST  plan-2  O3   0.020
 FST  plan-2  C4   0.020

