# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Mar 11 03:35:59 2022
#   Inital geometry file: a 87 line input string
#   Ligand name: (3S)-3-amino-4-oxo-7-phenylheptanoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: N[C@@H](CC(O)=O)C(=O)CCCc1ccccc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FPR  FPR  '(3S)-3-amino-4-oxo-7-phenylheptanoic acid'  L-peptide  33  17  .  2019-03-22  2022-03-18
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_FPR
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FPR  N     N  NH2    0  -0.815  35.2778  93.5633  19.2731
 FPR  C     C  C      0   0.401  35.1248  92.7303  16.9653
 FPR  O     O  O      0  -0.411  34.5753  92.7701  15.8848
 FPR  C5    C  CR16   0  -0.311  37.7642  87.9637  15.0269
 FPR  C6    C  CR16   0  -0.237  37.7772  86.9433  14.0852
 FPR  C7    C  CR16   0  -0.273  36.7735  85.9833  14.0829
 FPR  C8    C  CR16   0  -0.237  35.7596  86.0531  15.0294
 FPR  C9    C  CR16   0  -0.312  35.7517  87.0759  15.9685
 FPR  C11   C  CH2    0  -0.560  35.8877  91.5158  17.4259
 FPR  OD2   O  OC    -1  -0.596  35.4176  96.5007  19.0224
 FPR  C21   C  CH2    0  -0.409  35.9644  90.3922  16.4072
 FPR  OD1   O  O      0  -0.605  37.0812  97.0730  17.6534
 FPR  C31   C  CH2    0  -0.504  36.7111  89.1792  16.9665
 FPR  C41   C  CR6    0   0.139  36.7526  88.0454  15.9815
 FPR  CA    C  CH1    0  -0.172  35.0982  93.9425  17.8832
 FPR  CB    C  CH2    0  -0.596  36.2266  94.8801  17.4427
 FPR  CG    C  C      0   0.428  36.2360  96.2793  18.1053
 FPR  H     H  HNH2   0   0.351  35.3300  94.4231  19.8060
 FPR  H2    H  HNH2   0   0.340  34.4532  93.0785  19.6062
 FPR  H7    H  HCR6   0   0.250  36.7827  85.1855  13.3514
 FPR  H8    H  HCR6   0   0.249  34.9742  85.3079  15.0394
 FPR  H9    H  HCR6   0   0.242  34.9575  87.1207  16.7052
 FPR  H11   H  HCH2   0   0.262  36.8879  91.8390  17.7348
 FPR  H11A  H  HCH2   0   0.262  35.4242  91.1569  18.3505
 FPR  H21   H  HCH2   0   0.228  34.9580  90.0858  16.1114
 FPR  H21A  H  HCH2   0   0.229  36.4643  90.7345  15.4974
 FPR  H31   H  HCH2   0   0.238  37.7280  89.4748  17.2388
 FPR  H31A  H  HCH2   0   0.238  36.2225  88.8508  17.8878
 FPR  HA    H  HCH1   0   0.220  34.1437  94.4537  17.6904
 FPR  HB2   H  HCH2   0   0.234  37.1911  94.3990  17.6421
 FPR  HB3   H  HCH2   0   0.237  36.1810  95.0244  16.3599
 FPR  H5    H  HCR6   0   0.243  38.5544  88.7063  15.0215
 FPR  H6    H  HCR6   0   0.249  38.5739  86.8960  13.3536

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FPR  N    H     single    0.860  0.020  0.860
 FPR  N    H2    single    0.890  0.020  1.040
 FPR  C    C11   single    1.506  0.020  1.506
 FPR  C    CA    single    1.525  0.021  1.525
 FPR  O    C     double    1.231  0.020  1.231
 FPR  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 FPR  C6   C5    aromatic  1.389  0.020  1.389
 FPR  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 FPR  C7   C6    aromatic  1.389  0.020  1.389
 FPR  C7   H7    single    0.930  0.020  1.080
 FPR  C8   C7    aromatic  1.389  0.020  1.389
 FPR  C8   C9    aromatic  1.389  0.020  1.389
 FPR  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 FPR  C9   C41   aromatic  1.393  0.020  1.393
 FPR  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 FPR  C11  H11   single    0.970  0.020  1.090
 FPR  C11  H11A  single    0.970  0.020  1.090
 FPR  C21  C11   single    1.519  0.020  1.519
 FPR  C21  C31   single    1.530  0.020  1.530
 FPR  C21  H21   single    0.970  0.020  1.090
 FPR  C21  H21A  single    0.970  0.020  1.090
 FPR  OD1  CG    deloc     1.244  0.020  1.244
 FPR  C31  H31   single    0.970  0.020  1.090
 FPR  C31  H31A  single    0.970  0.020  1.090
 FPR  C41  C5    aromatic  1.393  0.020  1.393
 FPR  C41  C31   single    1.502  0.020  1.502
 FPR  CA   N     single    1.458  0.019  1.458
 FPR  CA   HA    single    0.970  0.020  0.970
 FPR  CB   CA    single    1.521  0.033  1.521
 FPR  CB   CG    single    1.548  0.020  1.548
 FPR  CB   HB2   single    0.970  0.020  1.090
 FPR  CB   HB3   single    0.970  0.020  1.090
 FPR  CG   OD2   deloc     1.249  0.020  1.249

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FPR  H2    N    H    105.98  3.000
 FPR  H2    N    CA   109.82  3.000
 FPR  H     N    CA   114.00  3.000
 FPR  CA    C    C11  117.84  3.000
 FPR  CA    C    O    120.80  1.700
 FPR  C11   C    O    121.89  3.000
 FPR  H5    C5   C41  119.50  3.000
 FPR  C41   C5   C6   120.96  3.000
 FPR  H5    C5   C6   119.54  3.000
 FPR  H6    C6   C7   120.03  3.000
 FPR  C7    C6   C5   120.15  3.000
 FPR  H6    C6   C5   119.82  3.000
 FPR  H7    C7   C8   120.25  3.000
 FPR  C8    C7   C6   119.45  3.000
 FPR  H7    C7   C6   120.30  3.000
 FPR  H8    C8   C9   119.77  3.000
 FPR  H8    C8   C7   120.09  3.000
 FPR  C9    C8   C7   120.14  3.000
 FPR  H9    C9   C41  119.41  3.000
 FPR  H9    C9   C8   119.62  3.000
 FPR  C41   C9   C8   120.97  3.000
 FPR  H11A  C11  H11  104.19  3.000
 FPR  H11A  C11  C21  110.21  3.000
 FPR  H11   C11  C21  111.18  3.000
 FPR  C21   C11  C    114.64  3.000
 FPR  H11A  C11  C    107.94  3.000
 FPR  H11   C11  C    108.10  3.000
 FPR  H21A  C21  H21  106.48  3.000
 FPR  H21A  C21  C31  109.23  3.000
 FPR  H21   C21  C31  109.03  3.000
 FPR  H21A  C21  C11  110.47  3.000
 FPR  H21   C21  C11  110.03  3.000
 FPR  C31   C21  C11  111.47  3.000
 FPR  H31A  C31  H31  106.67  3.000
 FPR  H31A  C31  C41  109.76  3.000
 FPR  H31   C31  C41  109.98  3.000
 FPR  C41   C31  C21  111.84  3.000
 FPR  H31A  C31  C21  109.15  3.000
 FPR  H31   C31  C21  109.30  3.000
 FPR  C31   C41  C9   120.75  3.000
 FPR  C31   C41  C5   120.89  3.000
 FPR  C9    C41  C5   118.32  3.000
 FPR  HA    CA   CB   109.00  3.000
 FPR  CB    CA   C    110.50  1.500
 FPR  HA    CA   C    110.00  3.000
 FPR  CB    CA   N    110.40  1.500
 FPR  HA    CA   N    110.00  3.000
 FPR  C     CA   N    111.00  2.800
 FPR  HB3   CB   HB2  105.95  3.000
 FPR  HB3   CB   CG   107.75  3.000
 FPR  HB2   CB   CG   108.27  3.000
 FPR  HB3   CB   CA   109.57  3.000
 FPR  HB2   CB   CA   109.10  3.000
 FPR  CG    CB   CA   115.76  3.000
 FPR  CB    CG   OD1  115.16  3.000
 FPR  CB    CG   OD2  118.07  3.000
 FPR  OD1   CG   OD2  126.78  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 FPR  CONST_01  C8   C7   C6   C5      0.00   0.0  0
 FPR  CONST_02  C8   C9   C41  C5      0.00   0.0  0
 FPR  CONST_03  C9   C41  C5   C6      0.00   0.0  0
 FPR  CONST_04  C9   C8   C7   C6      0.00   0.0  0
 FPR  CONST_05  C41  C5   C6   C7      0.00   0.0  0
 FPR  CONST_06  C41  C9   C8   C7      0.00   0.0  0
 FPR  CONST_07  C31  C41  C5   C6    180.00   0.0  0
 FPR  CONST_08  C31  C41  C9   C8    180.00   0.0  0
 FPR  CONST_09  H7   C7   C6   C5    180.00   0.0  0
 FPR  CONST_10  H9   C9   C41  C5    180.00   0.0  0
 FPR  CONST_11  H8   C8   C7   C6    180.00   0.0  0
 FPR  CONST_12  H5   C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 FPR  CONST_13  H6   C6   C7   C8    180.00   0.0  0
 FPR  Var_01    C21  C31  C41  C5     87.08  30.0  2
 FPR  Var_02    C41  C31  C21  C11   178.12  30.0  3
 FPR  Var_03    C31  C21  C11  C    -178.01  30.0  1
 FPR  Var_04    C21  C11  C    O       2.85  30.0  3
 FPR  Var_05    CA   CB   CG   OD2     6.35  30.0  2

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 FPR  chir_01  CA  C  N  CB  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FPR  plan-1  C5   0.020
 FPR  plan-1  C6   0.020
 FPR  plan-1  C7   0.020
 FPR  plan-1  C8   0.020
 FPR  plan-1  C9   0.020
 FPR  plan-1  C31  0.020
 FPR  plan-1  C41  0.020
 FPR  plan-1  H7   0.020
 FPR  plan-1  H8   0.020
 FPR  plan-1  H9   0.020
 FPR  plan-1  H5   0.020
 FPR  plan-1  H6   0.020
 FPR  plan-2  C    0.020
 FPR  plan-2  O    0.020
 FPR  plan-2  C11  0.020
 FPR  plan-2  CA   0.020
 FPR  plan-3  OD2  0.020
 FPR  plan-3  OD1  0.020
 FPR  plan-3  CB   0.020
 FPR  plan-3  CG   0.020

