# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri May  1 19:09:31 2020
#   Inital geometry file: a 44 line input string
#   Ligand name: (4R,6R)-5-fluoro-4,6-dihydroxytetrahydropyrimidin-2(1H)-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[C@H]1NC(=O)N[C@H](O)C1F
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 FOU  FOU  (4R,6R)-5-fluoro-4,6-dihydroxytetrahydropyrimidin-2(1H)-one  ligand  17  10  .  2021-08-09  2021-08-09  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_FOU
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 FOU  O1  O  OH1   0  -0.654   0.3591  -1.7736   1.0649
 FOU  C1  C  CR16  0   0.093   0.1715  -1.3748  -0.2627
 FOU  N1  N  NR16  0  -0.679  -1.1790  -1.0071  -0.5792
 FOU  C2  C  CR6   0   0.656  -1.7532   0.1246  -0.0720
 FOU  O2  O  O     0  -0.528  -2.9655   0.2894  -0.0496
 FOU  N2  N  NR16  0  -0.693  -0.8861   1.0684   0.3777
 FOU  C3  C  CR16  0   0.184   0.5598   1.0148   0.3795
 FOU  O3  O  OH1   0  -0.659   1.1086   2.1898  -0.1344
 FOU  C4  C  CR16  0   0.140   1.0112  -0.1376  -0.5020
 FOU  F1  F  F     0  -0.363   2.3412  -0.4004  -0.2317
 FOU  H1  H  HOH1  0   0.463  -0.0658  -2.6281   1.1949
 FOU  H2  H  HCR6  0   0.270   0.4635  -2.1633  -0.9635
 FOU  H3  H  HNR6  0   0.406  -1.8208  -1.7428  -0.8321
 FOU  H4  H  HNR6  0   0.404  -1.3114   1.8518   0.8504
 FOU  H5  H  HCR6  0   0.245   0.9146   0.8455   1.4027
 FOU  H6  H  HOH1  0   0.467   1.2627   2.8090   0.5857
 FOU  H7  H  HCR6  0   0.248   0.9249   0.1443  -1.5548

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 FOU  O2  C2  double  1.224  0.020  1.224
 FOU  N2  C2  single  1.358  0.020  1.358
 FOU  N2  C3  single  1.447  0.020  1.447
 FOU  C2  N1  single  1.367  0.020  1.367
 FOU  O3  C3  single  1.395  0.020  1.395
 FOU  C3  C4  single  1.519  0.020  1.519
 FOU  N1  C1  single  1.435  0.020  1.435
 FOU  C4  C1  single  1.514  0.020  1.514
 FOU  C4  F1  single  1.382  0.020  1.382
 FOU  C1  O1  single  1.399  0.020  1.399
 FOU  O1  H1  single  0.850  0.020  0.980
 FOU  C1  H2  single  0.970  0.020  1.090
 FOU  N1  H3  single  0.890  0.020  1.040
 FOU  N2  H4  single  0.860  0.020  1.020
 FOU  C3  H5  single  0.970  0.020  1.090
 FOU  O3  H6  single  0.850  0.020  0.980
 FOU  C4  H7  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 FOU  H1  O1  C1  108.78  3.000
 FOU  H2  C1  C4  109.84  3.000
 FOU  H2  C1  N1  107.12  3.000
 FOU  C4  C1  N1  106.12  3.000
 FOU  H2  C1  O1  111.50  3.000
 FOU  C4  C1  O1  107.97  3.000
 FOU  N1  C1  O1  114.12  3.000
 FOU  H3  N1  C2  115.46  3.000
 FOU  H3  N1  C1  117.86  3.000
 FOU  C2  N1  C1  121.71  3.000
 FOU  N2  C2  O2  122.20  3.000
 FOU  N2  C2  N1  115.48  3.000
 FOU  O2  C2  N1  122.31  3.000
 FOU  H4  N2  C3  116.70  3.000
 FOU  H4  N2  C2  115.19  3.000
 FOU  C3  N2  C2  127.78  3.000
 FOU  H5  C3  C4  109.16  3.000
 FOU  H5  C3  O3  110.29  3.000
 FOU  C4  C3  O3  107.95  3.000
 FOU  H5  C3  N2  109.29  3.000
 FOU  C4  C3  N2  108.92  3.000
 FOU  O3  C3  N2  111.19  3.000
 FOU  H6  O3  C3  109.23  3.000
 FOU  H7  C4  F1  108.25  3.000
 FOU  H7  C4  C3  109.85  3.000
 FOU  F1  C4  C3  108.46  3.000
 FOU  H7  C4  C1  108.61  3.000
 FOU  F1  C4  C1  110.32  3.000
 FOU  C3  C4  C1  111.30  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 FOU  CONST_02  C3  N2  C2  N1    0.00  0.0  0
 FOU  CONST_04  C3  N2  C2  O2  180.00  0.0  0
 FOU  CONST_05  H4  N2  C2  N1  180.00  0.0  0
 FOU  CONST_06  H3  N1  C2  N2  180.00  0.0  0

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 FOU  chir_01  C1  N1  C4  O1  negativ
 FOU  chir_02  C3  O3  N2  C4  negativ
 FOU  chir_03  C4  F1  C3  C1  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 FOU  plan-1  C1  0.020
 FOU  plan-1  N1  0.020
 FOU  plan-1  C2  0.020
 FOU  plan-1  O2  0.020
 FOU  plan-1  N2  0.020
 FOU  plan-1  C3  0.020
 FOU  plan-1  H3  0.020
 FOU  plan-1  H4  0.020

