# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Oct 31 12:18:33 2019
#
#   Ligand name: 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: O[C@H]1[C@H](O)[C@@](O)(CO[P](O)(O)=O)O[C@@H]1CO[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
FBP        FBP '1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose' saccharide 30 20 .
2019-10-31 2019-10-31
;
CIF prepared directly in eLBOW
;
#
data_comp_FBP
#
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
FBP         P1     P   P      0    .       0.6176    4.1626    2.0845
FBP         O1P    O   O      0    .       0.9091    3.9441    3.5500
FBP         O2P    O   OP    -1    .      -0.4326    5.2397    1.9354
FBP         O3P    O   OP    -1    .       1.8840    4.5921    1.3764
FBP         O1     O   O2     0    .       0.0595    2.7486    1.4125
FBP         C1     C   CH2    0    .       0.8396    1.5515    1.5786
FBP         C2     C   CT     0    .       0.1841    0.3958    0.7824
FBP         O2     O   OH1    0    .      -1.1108    0.1274    1.2739
FBP         C3     C   CH1    0    .       1.0803   -0.9062    0.8698
FBP         O3     O   OH1    0    .       0.4660   -1.8493    1.6322
FBP         C4     C   CH1    0    .       1.2232   -1.3955   -0.5475
FBP         O4     O   OH1    0    .       2.5977   -1.1203   -1.0455
FBP         C5     C   CH1    0    .       0.3247   -0.6932   -1.2620
FBP         O5     O   O2     0    .       0.1294    0.6950   -0.4749
FBP         C6     C   CH2    0    .      -0.9749   -1.4327   -1.3319
FBP         O6     O   O2     0    .      -1.8723   -0.7252   -2.1643
FBP         P2     P   P      0    .      -3.0099   -1.5802   -3.0047
FBP         O4P    O   O      0    .      -4.1616   -0.6621   -3.3757
FBP         O5P    O   OP    -1    .      -3.5223   -2.7093   -2.1488
FBP         O6P    O   OP    -1    .      -2.3902   -2.1438   -4.2627
FBP         H11    H   HCH2   0    .       0.8795    1.2879    2.6339
FBP         H12    H   HCH2   0    .       1.8483    1.7203    1.2086
FBP         HO2    H   HOH1   0    .      -1.1958    0.4780    2.1375
FBP         H3     H   HCH1   0    .       2.0497   -0.6629    1.2763
FBP         HO3    H   HOH1   0    .       1.0993   -2.2423    2.2211
FBP         H4     H   HCH1   0    .       1.0010   -2.4574   -0.6025
FBP         HO4    H   HOH1   0    .       2.9684   -1.9142   -1.4063
FBP         H5     H   HCH1   0    .       0.7093   -0.5041   -2.2625
FBP         H61    H   HCH2   0    .      -1.3936   -1.5181   -0.3425
FBP         H62    H   HCH2   0    .      -0.8066   -2.4264   -1.7412
#
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
FBP   P1      O1P   deloc         1.510 0.020     1.510
FBP   P1      O2P   deloc         1.512 0.020     1.512
FBP   P1      O3P   deloc         1.513 0.020     1.513
FBP   P1      O1    single        1.662 0.020     1.662
FBP   O1      C1    single        1.438 0.020     1.438
FBP   C1      C2    single        1.549 0.020     1.549
FBP   C1      H11   single        0.970 0.020     1.090
FBP   C1      H12   single        0.970 0.020     1.090
FBP   C2      O2    single        1.411 0.020     1.411
FBP   C2      C3    single        1.583 0.020     1.583
FBP   C2      O5    single        1.294 0.020     1.294
FBP   O2      HO2   single        0.850 0.020     0.980
FBP   C3      O3    single        1.359 0.020     1.359
FBP   C3      C4    single        1.506 0.020     1.506
FBP   C3      H3    single        0.970 0.020     1.090
FBP   O3      HO3   single        0.850 0.020     0.980
FBP   C4      O4    single        1.488 0.020     1.488
FBP   C4      C5    single        1.346 0.020     1.346
FBP   C4      H4    single        0.970 0.020     1.090
FBP   O4      HO4   single        0.850 0.020     0.980
FBP   C5      O5    single        1.608 0.020     1.608
FBP   C5      C6    single        1.497 0.020     1.497
FBP   C5      H5    single        0.970 0.020     1.090
FBP   C6      O6    single        1.414 0.020     1.414
FBP   C6      H61   single        0.970 0.020     1.090
FBP   C6      H62   single        0.970 0.020     1.090
FBP   O6      P2    single        1.653 0.020     1.653
FBP   P2      O4P   deloc         1.519 0.020     1.519
FBP   P2      O5P   deloc         1.507 0.020     1.507
FBP   P2      O6P   deloc         1.511 0.020     1.511
#
loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
FBP   O1      P1      O3P         109.47 3.000
FBP   O1      P1      O2P         109.45 3.000
FBP   O3P     P1      O2P         109.45 3.000
FBP   O1      P1      O1P         109.52 3.000
FBP   O3P     P1      O1P         109.49 3.000
FBP   O2P     P1      O1P         109.44 3.000
FBP   C1      O1      P1          118.63 3.000
FBP   H12     C1      H11         109.47 3.000
FBP   H12     C1      C2          109.48 3.000
FBP   H11     C1      C2          109.46 3.000
FBP   H12     C1      O1          109.54 3.000
FBP   H11     C1      O1          109.48 3.000
FBP   C2      C1      O1          109.39 3.000
FBP   O5      C2      C3          105.54 3.000
FBP   O5      C2      O2          110.11 3.000
FBP   C3      C2      O2          110.12 3.000
FBP   O5      C2      C1          110.18 3.000
FBP   C3      C2      C1          110.22 3.000
FBP   O2      C2      C1          110.57 3.000
FBP   HO2     O2      C2          109.48 3.000
FBP   H3      C3      C4          110.03 3.000
FBP   H3      C3      O3          110.56 3.000
FBP   C4      C3      O3          110.19 3.000
FBP   H3      C3      C2          110.12 3.000
FBP   C4      C3      C2          105.60 3.000
FBP   O3      C3      C2          110.23 3.000
FBP   HO3     O3      C3          109.48 3.000
FBP   H4      C4      C5          110.29 3.000
FBP   H4      C4      O4          110.66 3.000
FBP   C5      C4      O4          110.04 3.000
FBP   H4      C4      C3          110.23 3.000
FBP   C5      C4      C3          105.47 3.000
FBP   O4      C4      C3          110.03 3.000
FBP   HO4     O4      C4          109.50 3.000
FBP   H5      C5      C6          110.47 3.000
FBP   H5      C5      O5          110.06 3.000
FBP   C6      C5      O5          110.12 3.000
FBP   H5      C5      C4          110.04 3.000
FBP   C6      C5      C4          110.28 3.000
FBP   O5      C5      C4          105.77 3.000
FBP   C5      O5      C2          105.72 3.000
FBP   H62     C6      H61         109.46 3.000
FBP   H62     C6      O6          109.50 3.000
FBP   H61     C6      O6          109.48 3.000
FBP   H62     C6      C5          109.55 3.000
FBP   H61     C6      C5          109.48 3.000
FBP   O6      C6      C5          109.35 3.000
FBP   P2      O6      C6          118.52 3.000
FBP   O6P     P2      O5P         109.44 3.000
FBP   O6P     P2      O4P         109.45 3.000
FBP   O5P     P2      O4P         109.50 3.000
FBP   O6P     P2      O6          109.51 3.000
FBP   O5P     P2      O6          109.44 3.000
FBP   O4P     P2      O6          109.48 3.000
#
loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
FBP Var_01         C2      C1      O1      P1         -175.69  30.0 3
FBP Var_02         O4P     P2      O6      C6          158.07  30.0 3
#
loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
FBP chir_01   C2      O2      C3      O5    negativ
FBP chir_02   C3      O3      C4      C2    negativ
FBP chir_03   C4      O4      C5      C3    positiv
FBP chir_04   C5      O5      C4      C6    negativ
