# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 29 11:26:24 2020
#   Inital geometry file: a 101 line input string
#   Ligand name: N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]-2,2-dimethylpropanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc2[nH]cc(CCNC(=O)C(C)(C)C)c2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 F1V  F1V  N-[2-(5-methoxy-1H-indol-3-yl)ethyl]-2,2-dimethylpropanamide  ligand  42  20  .  2021-08-09  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_F1V
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 F1V  C1   C  CR6   0   0.387   3.4071  -1.1758  -0.0067
 F1V  C2   C  CR16  0  -0.406   4.4953  -0.3654   0.3683
 F1V  C3   C  CR16  0  -0.291   4.3722   1.0126   0.4199
 F1V  O1   O  O     0  -0.496  -3.1446  -0.6133   1.7242
 F1V  C11  C  CH3   0  -0.629  -5.6943  -1.2929   0.9814
 F1V  C12  C  CH3   0  -0.639  -4.6007  -1.6203  -1.2346
 F1V  C13  C  CH3   0  -0.641  -5.4319   0.6516  -0.5606
 F1V  C14  C  CR56  0   0.054   2.0439   0.7798  -0.2815
 F1V  C15  C  CR16  0  -0.491   2.1840  -0.6094  -0.3313
 F1V  C9   C  C     0   0.600  -3.4206  -0.3384   0.5638
 F1V  C10  C  CT    0  -0.249  -4.7858  -0.6477  -0.0618
 F1V  N1   N  NH1   0  -0.649  -2.5285   0.2584  -0.2438
 F1V  C8   C  CH2   0  -0.229  -1.1986   0.6296   0.1922
 F1V  C6   C  CR5   0   0.006   0.9521   1.6703  -0.5470
 F1V  O    O  O2    0  -0.484   3.4747  -2.5293  -0.0717
 F1V  C    C  CH3   0  -0.432   4.6923  -3.1647   0.2482
 F1V  C4   C  CR56  0   0.338   3.1464   1.5783   0.0943
 F1V  N    N  NR15  0  -0.690   2.7397   2.8837   0.0563
 F1V  C5   C  CR15  0  -0.081   1.4315   2.9318  -0.3258
 F1V  H1   H  HCR6  0   0.273   5.4494  -0.8040   0.6260
 F1V  H2   H  HCR6  0   0.263   5.2183   1.6229   0.7091
 F1V  H3   H  HCH3  0   0.229  -5.2874  -2.2363   1.3460
 F1V  H4   H  HCH3  0   0.229  -5.8585  -0.6422   1.8404
 F1V  H5   H  HCH3  0   0.225  -6.6662  -1.5034   0.5317
 F1V  H6   H  HCH3  0   0.236  -5.5743  -1.8905  -1.6469
 F1V  H7   H  HCH3  0   0.227  -4.0109  -1.1927  -2.0471
 F1V  H8   H  HCH3  0   0.237  -4.1088  -2.5403  -0.9139
 F1V  H9   H  HCH3  0   0.237  -5.5142   1.3908   0.2379
 F1V  H10  H  HCH3  0   0.227  -4.8784   1.1074  -1.3825
 F1V  H11  H  HCH3  0   0.237  -6.4388   0.4458  -0.9271
 F1V  H12  H  HCR6  0   0.244   1.3544  -1.2464  -0.6162
 F1V  H13  H  HNH1  0   0.396  -2.7867   0.4742  -1.1926
 F1V  H14  H  HCH2  0   0.234  -1.2561   1.3175   1.0395
 F1V  H15  H  HCH2  0   0.234  -0.6574  -0.2553   0.5374
 F1V  H16  H  HCH2  0   0.244  -0.4081   0.6152  -1.8073
 F1V  H17  H  HCH2  0   0.255  -0.9766   2.1876  -1.2742
 F1V  H18  H  HCH3  0   0.222   5.0090  -2.9614   1.2754
 F1V  H19  H  HCH3  0   0.255   4.5207  -4.2338   0.1442
 F1V  H20  H  HCH3  0   0.222   5.5011  -2.8755  -0.4291
 F1V  H21  H  HNR5  0   0.407   3.3094   3.6847   0.2693
 F1V  H22  H  HCR5  0   0.281   0.9215   3.8783  -0.4199
 F1V  C7   C  CH2   0  -0.592  -0.4346   1.2954  -0.9491

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 F1V  C12  C10  single    1.535  0.020  1.535
 F1V  C11  C10  single    1.526  0.020  1.526
 F1V  C10  C9   single    1.533  0.020  1.533
 F1V  C10  C13  single    1.534  0.020  1.534
 F1V  N1   C9   single    1.343  0.020  1.343
 F1V  N1   C8   single    1.448  0.020  1.448
 F1V  C9   O1   double    1.224  0.020  1.224
 F1V  C8   C7   single    1.526  0.020  1.526
 F1V  C5   N    aromatic  1.364  0.020  1.364
 F1V  C5   C6   aromatic  1.368  0.020  1.368
 F1V  C7   C6   single    1.492  0.020  1.492
 F1V  N    C4   aromatic  1.368  0.020  1.368
 F1V  C6   C14  aromatic  1.434  0.020  1.434
 F1V  C4   C14  aromatic  1.412  0.020  1.412
 F1V  C4   C3   aromatic  1.389  0.020  1.389
 F1V  C14  C15  aromatic  1.397  0.020  1.397
 F1V  C3   C2   aromatic  1.384  0.020  1.384
 F1V  C15  C1   aromatic  1.386  0.020  1.386
 F1V  C2   C1   aromatic  1.408  0.020  1.408
 F1V  C1   O    single    1.357  0.020  1.357
 F1V  O    C    single    1.410  0.020  1.410
 F1V  C2   H1   single    0.930  0.020  1.080
 F1V  C3   H2   single    0.930  0.020  1.080
 F1V  C11  H3   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C11  H4   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C11  H5   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C12  H6   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C12  H7   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C12  H8   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C13  H9   single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C13  H10  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C13  H11  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C15  H12  single    0.930  0.020  1.080
 F1V  N1   H13  single    0.860  0.020  1.020
 F1V  C8   H14  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C8   H15  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C7   H16  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C7   H17  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C    H18  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C    H19  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  C    H20  single    0.970  0.020  1.090
 F1V  N    H21  single    0.860  0.020  1.020
 F1V  C5   H22  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 F1V  O    C1   C15  116.13  3.000
 F1V  O    C1   C2   123.27  3.000
 F1V  C15  C1   C2   120.60  3.000
 F1V  H1   C2   C3   118.25  3.000
 F1V  H1   C2   C1   120.80  3.000
 F1V  C3   C2   C1   120.94  3.000
 F1V  H2   C3   C4   121.53  3.000
 F1V  H2   C3   C2   120.10  3.000
 F1V  C4   C3   C2   118.37  3.000
 F1V  H5   C11  H4   107.80  3.000
 F1V  H5   C11  H3   107.65  3.000
 F1V  H4   C11  H3   108.01  3.000
 F1V  H5   C11  C10  109.26  3.000
 F1V  H4   C11  C10  112.08  3.000
 F1V  H3   C11  C10  111.85  3.000
 F1V  H8   C12  H7   107.79  3.000
 F1V  H8   C12  H6   107.72  3.000
 F1V  H7   C12  H6   107.34  3.000
 F1V  H8   C12  C10  111.34  3.000
 F1V  H7   C12  C10  112.70  3.000
 F1V  H6   C12  C10  109.76  3.000
 F1V  H11  C13  H10  107.10  3.000
 F1V  H11  C13  H9   107.70  3.000
 F1V  H10  C13  H9   107.85  3.000
 F1V  H11  C13  C10  109.76  3.000
 F1V  H10  C13  C10  112.65  3.000
 F1V  H9   C13  C10  111.56  3.000
 F1V  C4   C14  C6   107.02  3.000
 F1V  C4   C14  C15  119.56  3.000
 F1V  C6   C14  C15  133.42  3.000
 F1V  H12  C15  C14  121.12  3.000
 F1V  H12  C15  C1   119.77  3.000
 F1V  C14  C15  C1   119.11  3.000
 F1V  N1   C9   C10  115.83  3.000
 F1V  N1   C9   O1   121.34  3.000
 F1V  C10  C9   O1   122.84  3.000
 F1V  C9   C10  C13  109.68  3.000
 F1V  C13  C10  C12  109.81  3.000
 F1V  C9   C10  C12  109.41  3.000
 F1V  C13  C10  C11  109.23  3.000
 F1V  C9   C10  C11  109.66  3.000
 F1V  C12  C10  C11  109.04  3.000
 F1V  H13  N1   C8   117.67  3.000
 F1V  H13  N1   C9   119.45  3.000
 F1V  C8   N1   C9   122.88  3.000
 F1V  H15  C8   H14  106.90  3.000
 F1V  H15  C8   C7   109.97  3.000
 F1V  H14  C8   C7   109.36  3.000
 F1V  H15  C8   N1   110.01  3.000
 F1V  H14  C8   N1   110.27  3.000
 F1V  C7   C8   N1   110.27  3.000
 F1V  C5   C6   C7   126.96  3.000
 F1V  C7   C6   C14  127.00  3.000
 F1V  C5   C6   C14  106.03  3.000
 F1V  C    O    C1   118.79  3.000
 F1V  H20  C    H19  108.50  3.000
 F1V  H20  C    H18  108.55  3.000
 F1V  H19  C    H18  108.55  3.000
 F1V  H20  C    O    112.26  3.000
 F1V  H19  C    O    106.56  3.000
 F1V  H18  C    O    112.29  3.000
 F1V  N    C4   C14  107.46  3.000
 F1V  C14  C4   C3   121.41  3.000
 F1V  N    C4   C3   131.12  3.000
 F1V  H21  N    C5   125.07  3.000
 F1V  H21  N    C4   125.86  3.000
 F1V  C5   N    C4   109.06  3.000
 F1V  H22  C5   N    120.57  3.000
 F1V  H22  C5   C6   129.00  3.000
 F1V  N    C5   C6   110.43  3.000
 F1V  H17  C7   H16  106.61  3.000
 F1V  H17  C7   C6   109.62  3.000
 F1V  H16  C7   C6   110.17  3.000
 F1V  H17  C7   C8   109.28  3.000
 F1V  H16  C7   C8   109.09  3.000
 F1V  C6   C7   C8   111.92  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 F1V  CONST_01  C6   C14  C15  C1    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_02  C4   C14  C15  C1      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_03  C4   C3   C2   C1      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_04  N    C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_05  C14  C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_06  C14  C15  C1   C2      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_07  C5   N    C4   C3    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_08  C6   C14  C4   C3    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_09  C15  C14  C4   C3      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_10  C15  C1   C2   C3      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_11  N    C5   C6   C14     0.00   0.0  0
 F1V  CONST_12  C5   N    C4   C14     0.00   0.0  0
 F1V  CONST_13  C5   C6   C14  C15   180.00   0.0  0
 F1V  CONST_14  N    C4   C14  C15   180.00   0.0  0
 F1V  CONST_15  C4   N    C5   C6      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_16  N    C4   C14  C6      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_17  C5   C6   C14  C4      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_18  O    C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_19  O    C1   C15  C14   180.00   0.0  0
 F1V  CONST_20  C7   C6   C14  C15     0.00   0.0  0
 F1V  CONST_21  N    C5   C6   C7    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_22  C4   C14  C6   C7    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_23  H2   C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_24  H12  C15  C1   C2    180.00   0.0  0
 F1V  CONST_25  H21  N    C4   C3      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_26  H22  C5   C6   C14   180.00   0.0  0
 F1V  CONST_27  H1   C2   C1   C15   180.00   0.0  0
 F1V  CONST_28  C8   N1   C9   O1      0.00   0.0  0
 F1V  CONST_29  C8   N1   C9   C10   180.00   0.0  0
 F1V  CONST_30  H13  N1   C9   O1    180.00   0.0  0
 F1V  Var_01    C8   C7   C6   C14    70.04  30.0  2
 F1V  Var_02    C6   C7   C8   N1   -178.92  30.0  3
 F1V  Var_03    H18  C    O    C1     60.56  30.0  3
 F1V  Var_04    C12  C10  C9   O1   -118.22  30.0  3
 F1V  Var_05    C7   C8   N1   C9   -179.55  30.0  3
 F1V  Var_06    H6   C12  C10  C11    56.75  30.0  3
 F1V  Var_07    H9   C13  C10  C11    64.38  30.0  3
 F1V  Var_08    H3   C11  C10  C12    58.44  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 F1V  plan-1  C1   0.020
 F1V  plan-1  C2   0.020
 F1V  plan-1  C3   0.020
 F1V  plan-1  C14  0.020
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 F1V  plan-1  O    0.020
 F1V  plan-1  C4   0.020
 F1V  plan-1  N    0.020
 F1V  plan-1  C5   0.020
 F1V  plan-1  H1   0.020
 F1V  plan-1  H2   0.020
 F1V  plan-1  H12  0.020
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 F1V  plan-1  H22  0.020
 F1V  plan-1  C7   0.020
 F1V  plan-2  O1   0.020
 F1V  plan-2  C9   0.020
 F1V  plan-2  C10  0.020
 F1V  plan-2  N1   0.020
 F1V  plan-2  C8   0.020
 F1V  plan-2  H13  0.020

