# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 10 11:15:43 2022
#   Inital geometry file: a 210 line input string
#   Ligand name: N-{[4-(1,1-dioxido-3-oxo-2,3-dihydroisothiazol-5-yl)phenyl]acetyl}-L-phenylalanyl-4-(1,1-dioxido-3-oxo-2,3-dihydroisothiazol-5-yl)-L-phenylalaninamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC(=O)[C@H](Cc1ccc(cc1)C2=CC(=O)N[S]2(=O)=O)NC(=O)[C@H](Cc3ccccc3)NC(=O)Cc4ccc(cc4)C5=CC(=O)N[S]5(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 F17  F17  N-{[4-(1,1-dioxido-3-oxo-2,3-dihydroisothiazol-5-yl)phenyl]acetyl}-L-phenylalanyl-4-(1,1-dioxido-3-oxo-2,3-dihydroisothiazol-5-yl)-L-phenylalaninamide  ligand  77  48  .  2022-03-18  2022-03-18
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_F17
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 F17  C1    C  CR16  0  -0.292  -4.1081  -1.3825   1.7503
 F17  C2    C  CR6   0   0.142  -4.8389  -0.7017   0.7723
 F17  C3    C  CR16  0  -0.294  -4.5399   0.6410   0.5289
 F17  C4    C  CR16  0  -0.250  -3.5345   1.2733   1.2358
 F17  C5    C  CR6   0   0.125  -2.7987   0.5936   2.2019
 F17  C6    C  CR16  0  -0.286  -3.1002  -0.7440   2.4482
 F17  C20   C  CH2   0  -0.663  -1.6628   1.2794   2.9133
 F17  C21   C  C     0   0.537  -0.4951   1.3684   1.9457
 F17  O24   O  O     0  -0.475   0.2455   0.4232   1.7318
 F17  N25   N  NH1   0  -0.614  -0.3988   2.5346   1.2856
 F17  C26   C  CH1   0  -0.210   0.5101   2.7242   0.1916
 F17  C27   C  C     0   0.577   1.9152   3.0471   0.6901
 F17  O30   O  O     0  -0.474   2.1162   3.6313   1.7397
 F17  N31   N  NH1   0  -0.634   2.9015   2.6677  -0.1397
 F17  C32   C  CH1   0  -0.181   4.2485   3.1277   0.0486
 F17  C33   C  C     0   0.517   4.3284   4.6471  -0.1495
 F17  O34   O  O     0  -0.472   3.5322   5.2405  -0.8560
 F17  C35   C  CH2   0  -0.567   5.1865   2.4295  -0.9462
 F17  N40   N  NH2   0  -0.799   5.3575   5.2293   0.4760
 F17  C43   C  CR6   0   0.145  -1.3773   3.5958  -1.2237
 F17  C46   C  CR16  0  -0.330  -2.4569   4.3521  -0.7786
 F17  C47   C  CR16  0  -0.242  -3.7484   4.0765  -1.2146
 F17  C48   C  CR16  0  -0.268  -3.9750   3.0348  -2.1021
 F17  C49   C  CR16  0  -0.234  -2.9023   2.2766  -2.5571
 F17  C50   C  CR16  0  -0.295  -1.6160   2.5574  -2.1226
 F17  C7    C  CH2   0  -0.549   0.0138   3.8623  -0.7154
 F17  C71   C  CR5   0  -0.150   5.0855  -3.2860  -0.2234
 F17  C72   C  CR15  0  -0.360   4.1877  -4.1719  -0.6507
 F17  C73   C  CR5   0   0.608   4.5329  -5.5835  -0.3693
 F17  N74   N  NR15  0  -0.831   5.7669  -5.6357   0.2361
 F17  S75   S  S     0   1.428   6.4385  -4.1446   0.5676
 F17  O67   O  OS    0  -0.612   7.6582  -3.9445  -0.1855
 F17  O77   O  OS    0  -0.617   6.4695  -3.9182   1.9995
 F17  O78   O  O     0  -0.405   3.8535  -6.5445  -0.6280
 F17  C61   C  CR6   0   0.106   5.1395  -1.8418  -0.3929
 F17  C62   C  CR16  0  -0.276   4.5142  -1.2650  -1.4994
 F17  C63   C  CR16  0  -0.305   4.5359   0.1066  -1.6790
 F17  C64   C  CR6   0   0.157   5.1805   0.9381  -0.7676
 F17  C65   C  CR16  0  -0.279   5.8122   0.3572   0.3296
 F17  C66   C  CR16  0  -0.285   5.7972  -1.0124   0.5196
 F17  C8    C  CR5   0   0.612  -7.3227  -3.0479  -0.8752
 F17  C9    C  CR15  0  -0.384  -6.1423  -2.7119  -0.0506
 F17  C10   C  CR5   0  -0.147  -5.8719  -1.4088   0.0322
 F17  S1    S  S     0   1.433  -7.0710  -0.4964  -0.9330
 F17  N1    N  NR15  0  -0.832  -7.8886  -1.8878  -1.3490
 F17  O2    O  OS    0  -0.615  -7.8838   0.3397  -0.0747
 F17  O3    O  OS    0  -0.615  -6.4655   0.1046  -2.1060
 F17  H1    H  HCR6  0   0.271  -4.3299  -2.4171   1.9756
 F17  H3    H  HCR6  0   0.261  -5.0578   1.2151  -0.2266
 F17  H4    H  HCR6  0   0.263  -3.3193   2.3106   1.0107
 F17  H6    H  HCR6  0   0.267  -2.5460  -1.2931   3.1984
 F17  H201  H  HCH2  0   0.294  -1.3550   0.7072   3.7879
 F17  H202  H  HCH2  0   0.291  -1.9709   2.2701   3.2532
 F17  H25   H  HNH1  0   0.407  -0.9961   3.2994   1.5558
 F17  H26   H  HCH1  0   0.283   0.5405   1.8012  -0.3945
 F17  H31   H  HNH1  0   0.403   2.6512   2.2759  -1.0342
 F17  H32   H  HCH1  0   0.290   4.5699   2.8823   1.0651
 F17  H351  H  HCH2  0   0.282   4.8936   2.6905  -1.9659
 F17  H352  H  HCH2  0   0.291   6.1970   2.8142  -0.7977
 F17  H401  H  HNH2  0   0.406   5.5345   6.2147   0.3662
 F17  H402  H  HNH2  0   0.410   5.9720   4.7169   1.0856
 F17  H46   H  HCR6  0   0.255  -2.2890   5.1656  -0.0820
 F17  H47   H  HCR6  0   0.257  -4.5756   4.6755  -0.8556
 F17  H48   H  HCR6  0   0.257  -4.9802   2.8094  -2.4345
 F17  H49   H  HCR6  0   0.255  -3.0675   1.4638  -3.2524
 F17  H50   H  HCR6  0   0.250  -0.7885   1.9590  -2.4870
 F17  H7C1  H  HCH2  0   0.273   0.0377   4.8045  -0.1618
 F17  H7C2  H  HCH2  0   0.281   0.7148   3.9697  -1.5452
 F17  H72   H  HCR5  0   0.315   3.2672  -3.9258  -1.1610
 F17  H74   H  HNR5  0   0.457   6.1561  -6.4844   0.6320
 F17  H62   H  HCR6  0   0.272   4.0269  -1.8886  -2.2376
 F17  H63   H  HCR6  0   0.268   4.0587   0.5306  -2.5540
 F17  H65   H  HCR6  0   0.265   6.3276   0.9809   1.0500
 F17  H66   H  HCR6  0   0.269   6.2830  -1.4182   1.3967
 F17  H9    H  HCR5  0   0.314  -5.5748  -3.4983   0.4268
 F17  HA    H  HNR5  0   0.458  -8.6622  -1.8676  -2.0044
 F17  O1    O  O     0  -0.407  -7.7371  -4.1567  -1.1020

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 F17  C1   C2    aromatic  1.398  0.020  1.398
 F17  C1   C6    aromatic  1.382  0.020  1.382
 F17  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 F17  C2   C3    aromatic  1.397  0.020  1.397
 F17  C2   C10   single    1.454  0.020  1.454
 F17  C3   C4    aromatic  1.382  0.020  1.382
 F17  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 F17  C4   C5    aromatic  1.392  0.020  1.392
 F17  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 F17  C5   C6    aromatic  1.393  0.020  1.393
 F17  C5   C20   single    1.506  0.020  1.506
 F17  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 F17  C20  C21   single    1.519  0.020  1.519
 F17  C20  H201  single    0.970  0.020  1.090
 F17  C20  H202  single    0.970  0.020  1.090
 F17  C21  O24   double    1.220  0.020  1.220
 F17  C21  N25   single    1.344  0.020  1.344
 F17  N25  C26   single    1.435  0.020  1.435
 F17  N25  H25   single    0.860  0.020  1.020
 F17  C26  C27   single    1.525  0.020  1.525
 F17  C26  C7    single    1.538  0.020  1.538
 F17  C26  H26   single    0.970  0.020  1.090
 F17  C27  O30   double    1.218  0.020  1.218
 F17  C27  N31   single    1.344  0.020  1.344
 F17  N31  C32   single    1.436  0.020  1.436
 F17  N31  H31   single    0.860  0.020  1.020
 F17  C32  C33   single    1.534  0.020  1.534
 F17  C32  C35   single    1.535  0.020  1.535
 F17  C32  H32   single    0.970  0.020  1.090
 F17  C33  O34   double    1.219  0.020  1.219
 F17  C33  N40   single    1.338  0.020  1.338
 F17  C35  C64   single    1.502  0.020  1.502
 F17  C35  H351  single    0.970  0.020  1.090
 F17  C35  H352  single    0.970  0.020  1.090
 F17  N40  H401  single    0.860  0.020  1.020
 F17  N40  H402  single    0.860  0.020  1.020
 F17  C43  C46   aromatic  1.391  0.020  1.391
 F17  C43  C50   aromatic  1.394  0.020  1.394
 F17  C43  C7    single    1.505  0.020  1.505
 F17  C46  C47   aromatic  1.391  0.020  1.391
 F17  C46  H46   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C47  C48   aromatic  1.387  0.020  1.387
 F17  C47  H47   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C48  C49   aromatic  1.390  0.020  1.390
 F17  C48  H48   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C49  C50   aromatic  1.386  0.020  1.386
 F17  C49  H49   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C50  H50   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C7   H7C1  single    0.970  0.020  1.090
 F17  C7   H7C2  single    0.970  0.020  1.090
 F17  C71  C72   double    1.332  0.020  1.332
 F17  C71  S75   single    1.787  0.020  1.787
 F17  C71  C61   single    1.455  0.020  1.455
 F17  C72  C73   single    1.480  0.020  1.480
 F17  C72  H72   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C73  N74   single    1.375  0.020  1.375
 F17  C73  O78   double    1.205  0.020  1.205
 F17  N74  S75   single    1.669  0.020  1.669
 F17  N74  H74   single    0.860  0.020  1.020
 F17  S75  O67   double    1.447  0.020  1.447
 F17  S75  O77   double    1.450  0.020  1.450
 F17  C61  C62   aromatic  1.396  0.020  1.396
 F17  C61  C66   aromatic  1.398  0.020  1.398
 F17  C62  C63   aromatic  1.383  0.020  1.383
 F17  C62  H62   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C63  C64   aromatic  1.392  0.020  1.392
 F17  C63  H63   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C64  C65   aromatic  1.393  0.020  1.393
 F17  C65  C66   aromatic  1.383  0.020  1.383
 F17  C65  H65   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C66  H66   single    0.930  0.020  1.080
 F17  C8   C9    single    1.479  0.020  1.479
 F17  C8   N1    single    1.375  0.020  1.375
 F17  C8   O1    double    1.205  0.020  1.205
 F17  C9   C10   double    1.333  0.020  1.333
 F17  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 F17  C10  S1    single    1.789  0.020  1.789
 F17  S1   N1    single    1.667  0.020  1.667
 F17  S1   O2    double    1.448  0.020  1.448
 F17  S1   O3    double    1.450  0.020  1.450
 F17  N1   HA    single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 F17  H1    C1   C6    119.08  3.000
 F17  H1    C1   C2    120.28  3.000
 F17  C6    C1   C2    120.63  3.000
 F17  C10   C2   C3    122.05  3.000
 F17  C10   C2   C1    119.38  3.000
 F17  C3    C2   C1    118.56  3.000
 F17  H3    C3   C4    117.58  3.000
 F17  H3    C3   C2    121.98  3.000
 F17  C4    C3   C2    120.42  3.000
 F17  H4    C4   C5    120.47  3.000
 F17  H4    C4   C3    118.45  3.000
 F17  C5    C4   C3    121.08  3.000
 F17  C20   C5   C6    121.14  3.000
 F17  C20   C5   C4    120.29  3.000
 F17  C6    C5   C4    118.51  3.000
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 F17  C5    C6   C1    120.80  3.000
 F17  H202  C20  H201  107.84  3.000
 F17  H202  C20  C21   111.23  3.000
 F17  H201  C20  C21   108.95  3.000
 F17  H202  C20  C5    110.34  3.000
 F17  H201  C20  C5    110.68  3.000
 F17  C21   C20  C5    107.80  3.000
 F17  N25   C21  O24   122.89  3.000
 F17  N25   C21  C20   114.76  3.000
 F17  O24   C21  C20   122.22  3.000
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 F17  H25   N25  C21   119.00  3.000
 F17  C26   N25  C21   122.32  3.000
 F17  H26   C26  C7    108.51  3.000
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 F17  C7    C26  C27   109.48  3.000
 F17  H26   C26  N25   108.33  3.000
 F17  C7    C26  N25   110.06  3.000
 F17  C27   C26  N25   111.24  3.000
 F17  N31   C27  O30   123.13  3.000
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 F17  O30   C27  C26   122.36  3.000
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 F17  H32   C32  C35   108.70  3.000
 F17  H32   C32  C33   109.07  3.000
 F17  C35   C32  C33   109.57  3.000
 F17  H32   C32  N31   109.01  3.000
 F17  C35   C32  N31   110.03  3.000
 F17  C33   C32  N31   110.44  3.000
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 F17  C50   C49  C48   120.19  3.000
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 F17  H50   C50  C43   119.81  3.000
 F17  C49   C50  C43   120.78  3.000
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 F17  H7C2  C7   C43   110.75  3.000
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 F17  H7C1  C7   C26   109.40  3.000
 F17  C43   C7   C26   111.51  3.000
 F17  C61   C71  S75   120.02  3.000
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 F17  S75   C71  C72   109.44  3.000
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 F17  C73   C72  C71   114.59  3.000
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 F17  O78   C73  C72   126.03  3.000
 F17  N74   C73  C72   109.21  3.000
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 F17  S75   N74  C73   114.50  3.000
 F17  O77   S75  O67   118.31  3.000
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 F17  C66   C61  C71   122.03  3.000
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 F17  H62   C62  C63   119.33  3.000
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 F17  C64   C63  C62   120.96  3.000
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 F17  C63   C64  C35   121.14  3.000
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 F17  H65   C65  C64   119.96  3.000
 F17  C66   C65  C64   121.09  3.000
 F17  H66   C66  C65   118.57  3.000
 F17  H66   C66  C61   121.21  3.000
 F17  C65   C66  C61   120.21  3.000
 F17  O1    C8   N1    124.74  3.000
 F17  O1    C8   C9    126.05  3.000
 F17  N1    C8   C9    109.21  3.000
 F17  H9    C9   C10   125.25  3.000
 F17  H9    C9   C8    120.01  3.000
 F17  C10   C9   C8    114.74  3.000
 F17  S1    C10  C9    109.21  3.000
 F17  S1    C10  C2    120.17  3.000
 F17  C9    C10  C2    130.60  3.000
 F17  O3    S1   O2    118.33  3.000
 F17  O3    S1   N1    110.42  3.000
 F17  O2    S1   N1    110.78  3.000
 F17  O3    S1   C10   111.58  3.000
 F17  O2    S1   C10   110.54  3.000
 F17  N1    S1   C10    92.16  3.000
 F17  HA    N1   S1    121.26  3.000
 F17  HA    N1   C8    123.61  3.000
 F17  S1    N1   C8    114.61  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 F17  CONST_01  C4    C3   C2   C1      0.00   0.0  0
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 F17  CONST_03  C5    C6   C1   C2      0.00   0.0  0
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 F17  CONST_09  C49   C50  C43  C46     0.00   0.0  0
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 F17  CONST_26  C20   C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 F17  CONST_27  C62   C63  C64  C35   180.00   0.0  0
 F17  CONST_28  C66   C65  C64  C35   180.00   0.0  0
 F17  CONST_29  C7    C43  C46  C47   180.00   0.0  0
 F17  CONST_30  C7    C43  C50  C49   180.00   0.0  0
 F17  CONST_31  O78   C73  N74  S75   180.00   0.0  0
 F17  CONST_32  O1    C8   N1   S1    180.00   0.0  0
 F17  CONST_33  H3    C3   C2   C1    180.00   0.0  0
 F17  CONST_34  H6    C6   C1   C2    180.00   0.0  0
 F17  CONST_35  H4    C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 F17  CONST_36  H1    C1   C2   C3    180.00   0.0  0
 F17  CONST_37  H47   C47  C46  C43   180.00   0.0  0
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 F17  CONST_39  H50   C50  C43  C46   180.00   0.0  0
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 F17  CONST_41  H46   C46  C47  C48   180.00   0.0  0
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 F17  CONST_46  H74   N74  C73  C72   180.00   0.0  0
 F17  CONST_47  HA    N1   C8   C9    180.00   0.0  0
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 F17  CONST_49  C26   N25  C21  O24     0.00   0.0  0
 F17  CONST_50  C32   N31  C27  C26   180.00   0.0  0
 F17  CONST_51  C32   N31  C27  O30     0.00   0.0  0
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 F17  CONST_54  H401  N40  C33  C32   180.00   0.0  0
 F17  CONST_55  H402  N40  C33  C32     0.00   0.0  0
 F17  Var_01    C9    C10  C2   C1    -12.55  30.0  2
 F17  Var_02    C8    C9   C10  C2    177.73  30.0  1
 F17  Var_03    N1    S1   C10  C2   -176.75  30.0  1
 F17  Var_04    N74   C73  C72  C71    -2.58  30.0  1
 F17  Var_05    C73   N74  S75  C71    -3.69  30.0  1
 F17  Var_06    N74   S75  C71  C72     2.03  30.0  1
 F17  Var_07    C62   C61  C71  C72   -26.41  30.0  2
 F17  Var_08    S75   C71  C72  C73    -0.01  30.0  1
 F17  Var_09    C10   S1   N1   C8     -2.58  30.0  1
 F17  Var_10    N1    C8   C9   C10    -1.28  30.0  1
 F17  Var_11    C21   C20  C5   C4    -74.59  30.0  2
 F17  Var_12    C46   C43  C7   C26   110.22  30.0  2
 F17  Var_13    C63   C64  C35  C32   106.12  30.0  2
 F17  Var_14    O24   C21  C20  C5    -79.93  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 F17  chir_01  C26  N25  C27  C7   positiv
 F17  chir_02  C32  N31  C33  C35  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 F17  plan-1  C72   0.020
 F17  plan-1  C73   0.020
 F17  plan-1  N74   0.020
 F17  plan-1  S75   0.020
 F17  plan-1  O78   0.020
 F17  plan-1  H74   0.020
 F17  plan-2  C8    0.020
 F17  plan-2  C9    0.020
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