# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Tue May 19 06:00:16 2020
#   Inital geometry file: a 163 line input string
#   Ligand name: N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]methanesulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](OC[C@]1(C)O)O[C@@H]2[C@@H](O)[C@H](O[C@H]3OC(=CC[C@H]3N)CN)[C@@H](N)C[C@H]2N[S](C)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EUS  EUS  N-[(1R,2S,3S,4R,5S)-5-amino-4-{[(2S,3R)-3-amino-6-(aminomethyl)-3,4-dihydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-{[3-deoxy-4-C-methyl-3-(methylamino)-beta-L-arabinopyranosyl]oxy}-3-hydroxycyclohexyl]methanesulfonamide  saccharide  74  35  .  2023-02-15  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_EUS
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EUS  C6   C  CH3   0  -0.791  -2.3256   4.8689  -0.9946
 EUS  O1   O  OS    0  -0.675  -4.0928   2.9911  -1.3949
 EUS  C11  C  CR16  0   0.313   4.0718  -0.5562   0.4031
 EUS  C12  C  CH1   0  -0.094  -0.6745   1.7351  -0.1952
 EUS  C13  C  CH1   0   0.236  -2.4274  -1.0014  -1.0386
 EUS  C21  C  CR16  0  -0.197   4.7350  -1.6155   1.2727
 EUS  C22  C  CH2   0  -0.461   0.6104   2.5103  -0.4494
 EUS  C23  C  CH1   0   0.041  -3.8706  -1.1309  -0.5351
 EUS  C31  C  C     0  -0.460   5.8833  -2.2058   0.4384
 EUS  C32  C  CH1   0  -0.095   1.7559   2.0264   0.4319
 EUS  C33  C  CH1   0  -0.073  -3.9846  -2.1906   0.5614
 EUS  C41  C  CR16  0  -0.395   6.6573  -1.1224  -0.2544
 EUS  C42  C  CH1   0   0.046   1.9677   0.5418   0.1677
 EUS  C43  C  CT    0   0.133  -3.3542  -3.5138   0.0918
 EUS  C51  C  CR6   0   0.376   6.2023   0.1267  -0.3433
 EUS  C52  C  CH1   0   0.017   0.6957  -0.2673   0.4334
 EUS  C53  C  CH2   0  -0.179  -1.9567  -3.2377  -0.4571
 EUS  C61  C  CH2   0  -0.366   6.9188   1.3002  -0.9324
 EUS  C62  C  CH1   0   0.059  -0.4740   0.2312  -0.4085
 EUS  C83  C  CH3   0  -0.680  -3.2423  -4.5061   1.2449
 EUS  N12  N  NC1   0  -0.763  -1.7718   2.1736  -1.0416
 EUS  N21  N  NH2   0  -0.788   5.1222  -1.0545   2.5547
 EUS  N32  N  NH2   0  -0.800   2.9499   2.7896   0.1109
 EUS  N33  N  NH1   0  -0.605  -5.3688  -2.3386   0.9778
 EUS  N61  N  NH2   0  -0.806   6.1146   1.9249  -1.9775
 EUS  O11  O  O2    0  -0.514   2.9784   0.0099   1.0157
 EUS  O2   O  OS    0  -0.664  -3.0290   3.1621   0.8752
 EUS  O23  O  OH1   0  -0.665  -4.3638   0.0769  -0.0223
 EUS  O43  O  OH1   0  -0.678  -4.2005  -4.0197  -0.9284
 EUS  O51  O  O     0  -0.498   4.9897   0.4943   0.1462
 EUS  O52  O  OH1   0  -0.656   0.9125  -1.6228   0.1322
 EUS  O53  O  O2    0  -0.491  -1.9488  -2.2448  -1.4628
 EUS  O62  O  O2    0  -0.502  -1.6443  -0.4498  -0.0266
 EUS  S    S  S     0   1.357  -2.9141   3.2450  -0.5724
 EUS  H1   H  HCH3  0   0.292  -2.1436   4.9197  -2.0657
 EUS  H2   H  HCH3  0   0.303  -3.0938   5.5884  -0.7156
 EUS  H3   H  HCH3  0   0.288  -1.4098   5.0781  -0.4466
 EUS  H4   H  HCR6  0   0.218   3.7975  -1.0148  -0.5597
 EUS  H5   H  HCH1  0   0.272  -0.9855   1.8802   0.8418
 EUS  H6   H  HCH1  0   0.225  -2.4062  -0.3657  -1.9334
 EUS  H7   H  HCR6  0   0.252   3.9981  -2.4013   1.4588
 EUS  H8   H  HCH2  0   0.238   0.9043   2.4189  -1.5007
 EUS  H9   H  HCH2  0   0.257   0.4370   3.5729  -0.2607
 EUS  H10  H  HCH1  0   0.204  -4.4676  -1.4658  -1.3953
 EUS  H11  H  H     0   0.248   6.5396  -2.7850   1.0938
 EUS  H12  H  H     0   0.241   5.4871  -2.9183  -0.2926
 EUS  H13  H  HCH1  0   0.212   1.4497   2.1428   1.4851
 EUS  H14  H  HCH1  0   0.230  -3.3852  -1.8509   1.4167
 EUS  H15  H  HCR6  0   0.243   7.6251  -1.3523  -0.6812
 EUS  H16  H  HCH1  0   0.229   2.2543   0.4220  -0.8869
 EUS  H17  H  HCH1  0   0.222   0.4233  -0.1410   1.4923
 EUS  H18  H  HCH2  0   0.217  -1.2806  -2.9738   0.3610
 EUS  H19  H  HCH2  0   0.233  -1.5592  -4.1456  -0.9195
 EUS  H20  H  HCH2  0   0.215   7.1802   1.9887  -0.1145
 EUS  H21  H  HCH2  0   0.240   7.8612   0.9550  -1.3604
 EUS  H22  H  HCH1  0   0.232  -0.2376   0.0519  -1.4681
 EUS  H23  H  HCH3  0   0.240  -4.2228  -4.7590   1.6488
 EUS  H24  H  HCH3  0   0.237  -2.7721  -5.4353   0.9135
 EUS  H25  H  HCH3  0   0.233  -2.6367  -4.1039   2.0577
 EUS  H26  H  HCH3  0   0.223  -5.4341  -0.9402   2.5270
 EUS  H27  H  HCH3  0   0.226  -6.6818  -2.1759   2.5857
 EUS  H28  H  HCH3  0   0.191  -5.0337  -2.5648   3.0904
 EUS  H29  H  HNC1  0   0.416  -1.6121   2.1535  -2.0426
 EUS  H30  H  HNH2  0   0.351   5.5090  -1.7938   3.1281
 EUS  H31  H  HNH2  0   0.344   5.8735  -0.3856   2.4341
 EUS  H33  H  HNH2  0   0.346   2.7932   3.7608   0.3520
 EUS  H34  H  HNH2  0   0.352   3.7250   2.4823   0.6830
 EUS  H36  H  HNH1  0   0.346  -5.7106  -3.2664   0.7718
 EUS  H38  H  HNH2  0   0.341   5.2525   2.2716  -1.5723
 EUS  H39  H  HNH2  0   0.351   6.6052   2.7417  -2.3184
 EUS  H41  H  HOH1  0   0.435  -4.3700   0.7374  -0.7226
 EUS  H42  H  HOH1  0   0.448  -3.8982  -4.9022  -1.1681
 EUS  H43  H  HOH1  0   0.455   1.3307  -2.0403   0.8900
 EUS  C93  C  CH3   0  -0.527  -5.6295  -2.0000   2.3595

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 EUS  O43  C43  single  1.419  0.020  1.419
 EUS  N33  C93  single  1.446  0.020  1.446
 EUS  N33  C33  single  1.453  0.020  1.453
 EUS  C43  C83  single  1.525  0.020  1.525
 EUS  C43  C33  single  1.539  0.020  1.539
 EUS  C43  C53  single  1.527  0.020  1.527
 EUS  C23  C33  single  1.529  0.020  1.529
 EUS  C23  O23  single  1.402  0.020  1.402
 EUS  C23  C13  single  1.534  0.020  1.534
 EUS  C53  O53  single  1.413  0.020  1.413
 EUS  O53  C13  single  1.398  0.020  1.398
 EUS  C13  O62  single  1.393  0.020  1.393
 EUS  C6   S    single  1.778  0.020  1.778
 EUS  O62  C62  single  1.407  0.020  1.407
 EUS  N12  S    single  1.635  0.020  1.635
 EUS  N12  C12  single  1.454  0.020  1.454
 EUS  C62  C12  single  1.532  0.020  1.532
 EUS  C62  C52  single  1.525  0.020  1.525
 EUS  S    O2   double  1.455  0.020  1.455
 EUS  S    O1   double  1.460  0.020  1.460
 EUS  O52  C52  single  1.405  0.020  1.405
 EUS  C12  C22  single  1.522  0.020  1.522
 EUS  C52  C42  single  1.531  0.020  1.531
 EUS  C22  C32  single  1.524  0.020  1.524
 EUS  C42  C32  single  1.523  0.020  1.523
 EUS  C42  O11  single  1.423  0.020  1.423
 EUS  C32  N32  single  1.453  0.020  1.453
 EUS  C11  O11  single  1.375  0.020  1.375
 EUS  C11  O51  single  1.419  0.020  1.419
 EUS  C11  C21  single  1.522  0.020  1.522
 EUS  N21  C21  single  1.452  0.020  1.452
 EUS  O51  C51  single  1.358  0.020  1.358
 EUS  C21  C31  single  1.537  0.020  1.537
 EUS  C51  C61  single  1.496  0.020  1.496
 EUS  C51  C41  double  1.332  0.020  1.332
 EUS  C31  C41  single  1.501  0.020  1.501
 EUS  N61  C61  single  1.459  0.020  1.459
 EUS  C6   H1   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C6   H2   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C6   H3   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C11  H4   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C12  H5   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C13  H6   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C21  H7   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C22  H8   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C22  H9   single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C23  H10  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C31  H11  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C31  H12  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C32  H13  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C33  H14  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C41  H15  single  0.930  0.020  1.080
 EUS  C42  H16  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C52  H17  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C53  H18  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C53  H19  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C61  H20  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C61  H21  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C62  H22  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C83  H23  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C83  H24  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C83  H25  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C93  H26  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C93  H27  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  C93  H28  single  0.970  0.020  1.090
 EUS  N12  H29  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N21  H30  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N21  H31  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N32  H33  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N32  H34  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N33  H36  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N61  H38  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  N61  H39  single  0.890  0.020  1.040
 EUS  O23  H41  single  0.850  0.020  0.980
 EUS  O43  H42  single  0.850  0.020  0.980
 EUS  O52  H43  single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 EUS  H3   C6   H2   109.75  3.000
 EUS  H3   C6   H1   110.26  3.000
 EUS  H2   C6   H1   109.85  3.000
 EUS  H3   C6   S    109.56  3.000
 EUS  H2   C6   S    108.01  3.000
 EUS  H1   C6   S    109.38  3.000
 EUS  H4   C11  O51  108.14  3.000
 EUS  H4   C11  O11  111.28  3.000
 EUS  O51  C11  O11  106.87  3.000
 EUS  H4   C11  C21  108.55  3.000
 EUS  O51  C11  C21  109.69  3.000
 EUS  O11  C11  C21  112.23  3.000
 EUS  H5   C12  N12  107.32  3.000
 EUS  H5   C12  C62  107.45  3.000
 EUS  N12  C12  C62  108.29  3.000
 EUS  H5   C12  C22  109.34  3.000
 EUS  C62  C12  C22  111.48  3.000
 EUS  N12  C12  C22  112.73  3.000
 EUS  H6   C13  O62  110.61  3.000
 EUS  H6   C13  O53  105.13  3.000
 EUS  O62  C13  O53  112.33  3.000
 EUS  H6   C13  C23  109.55  3.000
 EUS  O62  C13  C23  108.89  3.000
 EUS  O53  C13  C23  110.28  3.000
 EUS  H7   C21  N21  107.89  3.000
 EUS  H7   C21  C31  108.66  3.000
 EUS  N21  C21  C31  115.36  3.000
 EUS  H7   C21  C11  107.68  3.000
 EUS  C31  C21  C11  106.41  3.000
 EUS  N21  C21  C11  110.59  3.000
 EUS  H9   C22  H8   106.82  3.000
 EUS  H9   C22  C32  109.15  3.000
 EUS  H8   C22  C32  109.07  3.000
 EUS  H9   C22  C12  109.42  3.000
 EUS  H8   C22  C12  110.14  3.000
 EUS  C32  C22  C12  112.10  3.000
 EUS  H10  C23  O23  110.96  3.000
 EUS  H10  C23  C33  108.03  3.000
 EUS  O23  C23  C33  107.97  3.000
 EUS  H10  C23  C13  106.24  3.000
 EUS  O23  C23  C13  112.23  3.000
 EUS  C33  C23  C13  111.35  3.000
 EUS  H12  C31  H11  105.82  3.000
 EUS  H12  C31  C41  110.37  3.000
 EUS  H11  C31  C41  110.45  3.000
 EUS  H12  C31  C21  109.99  3.000
 EUS  H11  C31  C21  109.05  3.000
 EUS  C41  C31  C21  111.01  3.000
 EUS  H13  C32  N32  112.56  3.000
 EUS  H13  C32  C42  107.89  3.000
 EUS  N32  C32  C42  111.07  3.000
 EUS  H13  C32  C22  108.06  3.000
 EUS  N32  C32  C22  108.85  3.000
 EUS  C42  C32  C22  108.28  3.000
 EUS  H14  C33  N33  109.16  3.000
 EUS  H14  C33  C43  106.25  3.000
 EUS  N33  C33  C43  112.96  3.000
 EUS  H14  C33  C23  107.66  3.000
 EUS  C43  C33  C23  110.28  3.000
 EUS  N33  C33  C23  110.31  3.000
 EUS  H15  C41  C51  118.56  3.000
 EUS  H15  C41  C31  119.33  3.000
 EUS  C51  C41  C31  122.10  3.000
 EUS  H16  C42  O11  110.23  3.000
 EUS  H16  C42  C52  109.00  3.000
 EUS  O11  C42  C52  106.82  3.000
 EUS  H16  C42  C32  107.99  3.000
 EUS  O11  C42  C32  111.09  3.000
 EUS  C52  C42  C32  111.69  3.000
 EUS  O43  C43  C83  110.82  3.000
 EUS  C83  C43  C53  108.80  3.000
 EUS  O43  C43  C53  110.61  3.000
 EUS  C53  C43  C33  109.22  3.000
 EUS  C83  C43  C33  111.02  3.000
 EUS  O43  C43  C33  106.35  3.000
 EUS  O51  C51  C61  110.93  3.000
 EUS  C61  C51  C41  126.74  3.000
 EUS  O51  C51  C41  122.31  3.000
 EUS  H17  C52  O52  110.80  3.000
 EUS  H17  C52  C62  107.69  3.000
 EUS  O52  C52  C62  108.38  3.000
 EUS  H17  C52  C42  108.18  3.000
 EUS  O52  C52  C42  110.14  3.000
 EUS  C62  C52  C42  111.64  3.000
 EUS  H19  C53  H18  106.97  3.000
 EUS  H19  C53  O53  106.29  3.000
 EUS  H18  C53  O53  111.06  3.000
 EUS  H19  C53  C43  109.55  3.000
 EUS  H18  C53  C43  109.91  3.000
 EUS  O53  C53  C43  112.83  3.000
 EUS  H21  C61  H20  106.52  3.000
 EUS  H21  C61  N61  109.30  3.000
 EUS  H20  C61  N61  113.29  3.000
 EUS  H21  C61  C51  108.66  3.000
 EUS  H20  C61  C51  108.17  3.000
 EUS  N61  C61  C51  110.72  3.000
 EUS  H22  C62  O62  111.18  3.000
 EUS  H22  C62  C52  108.28  3.000
 EUS  O62  C62  C52  109.26  3.000
 EUS  H22  C62  C12  108.79  3.000
 EUS  C52  C62  C12  110.14  3.000
 EUS  O62  C62  C12  109.18  3.000
 EUS  H25  C83  H24  107.50  3.000
 EUS  H25  C83  H23  108.00  3.000
 EUS  H24  C83  H23  107.58  3.000
 EUS  H25  C83  C43  111.36  3.000
 EUS  H24  C83  C43  110.82  3.000
 EUS  H23  C83  C43  111.40  3.000
 EUS  H29  N12  S    113.98  3.000
 EUS  H29  N12  C12  116.74  3.000
 EUS  S    N12  C12  123.92  3.000
 EUS  H31  N21  H30  105.44  3.000
 EUS  H31  N21  C21  110.35  3.000
 EUS  H30  N21  C21  108.65  3.000
 EUS  H34  N32  H33  105.98  3.000
 EUS  H34  N32  C32  110.20  3.000
 EUS  H33  N32  C32  108.90  3.000
 EUS  H36  N33  C93  110.42  3.000
 EUS  H36  N33  C33  110.95  3.000
 EUS  C93  N33  C33  114.94  3.000
 EUS  H39  N61  H38  105.72  3.000
 EUS  H39  N61  C61  108.64  3.000
 EUS  H38  N61  C61  109.20  3.000
 EUS  C42  O11  C11  116.96  3.000
 EUS  H41  O23  C23  109.10  3.000
 EUS  H42  O43  C43  108.57  3.000
 EUS  C51  O51  C11  116.26  3.000
 EUS  H43  O52  C52  108.49  3.000
 EUS  C53  O53  C13  114.02  3.000
 EUS  C62  O62  C13  117.51  3.000
 EUS  O2   S    N12  107.66  3.000
 EUS  O2   S    O1   119.15  3.000
 EUS  N12  S    O1   106.77  3.000
 EUS  O1   S    C6   107.00  3.000
 EUS  O2   S    C6   108.33  3.000
 EUS  N12  S    C6   107.41  3.000
 EUS  H28  C93  H27  107.60  3.000
 EUS  H28  C93  H26  107.46  3.000
 EUS  H27  C93  H26  107.33  3.000
 EUS  H28  C93  N33  114.66  3.000
 EUS  H27  C93  N33  109.53  3.000
 EUS  H26  C93  N33  109.99  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 EUS  Var_01  C41  C51  O51  C11  -17.73  30.0  1
 EUS  Var_02  C43  C53  O53  C13   60.11  30.0  1
 EUS  Var_03  C51  C41  C31  C21  -13.35  30.0  1
 EUS  Var_04  O51  C51  C41  C31   -2.26  30.0  1
 EUS  Var_05  N61  C61  C51  C41  124.61  30.0  3
 EUS  Var_06  C12  N12  S    C6    89.78  30.0  2
 EUS  Var_07  H26  C93  N33  C33   64.27  30.0  3
 EUS  Var_08  H38  N61  C61  C51   62.14  30.0  3
 EUS  Var_09  H1   C6   S    O1   -55.67  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 EUS  chir_01  C11  O11  O51  C21  negativ
 EUS  chir_02  C12  N12  C62  C22  negativ
 EUS  chir_03  C13  O53  O62  C23  positiv
 EUS  chir_04  C21  C11  N21  C31  positiv
 EUS  chir_05  C23  O23  C13  C33  negativ
 EUS  chir_06  C32  C22  C42  N32  negativ
 EUS  chir_07  C33  N33  C23  C43  positiv
 EUS  chir_08  C42  O11  C52  C32  negativ
 EUS  chir_09  C43  C83  C33  C53  negativ
 EUS  chir_10  C52  O52  C62  C42  positiv
 EUS  chir_11  C62  O62  C12  C52  negativ

