# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Apr 29 06:10:27 2020
#   Inital geometry file: a 160 line input string
#   Ligand name: 5-[(4-methylphenyl)methylcarbamoyl]-2-(3-oxidanyl-6-oxidanylidene-xanthen-9-yl)benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1ccc(CNC(=O)c2ccc(c(c2)C(O)=O)C3=C4C=CC(=O)C=C4Oc5cc(O)ccc35)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ETW  ETW  '5-[(4-methylphenyl)methylcarbamoyl]-2-(3-oxidanyl-6-oxidanylidene-xanthen-9-yl)benzoic acid'  ligand  56  36  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ETW
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ETW  C07  C  CH3    0  -0.724  -8.6760  -1.5386  -2.7896
 ETW  C08  C  CR6    0   0.085  -7.8225  -0.8015  -1.7988
 ETW  C09  C  CR16   0  -0.280  -6.7917  -1.4558  -1.1216
 ETW  C10  C  CR16   0  -0.276  -6.0088  -0.7910  -0.1928
 ETW  C11  C  CR6    0   0.084  -6.2295   0.5560   0.0904
 ETW  C12  C  CR16   0  -0.297  -7.2493   1.2127  -0.5847
 ETW  C13  C  CR16   0  -0.289  -8.0362   0.5426  -1.5148
 ETW  C14  C  CH2    0  -0.348  -5.3901   1.2800   1.1114
 ETW  N15  N  NH1    0  -0.640  -3.9773   1.1196   0.8517
 ETW  C16  C  C      0   0.530  -3.0795   0.7158   1.7668
 ETW  O17  O  O      0  -0.485  -3.3559   0.5053   2.9398
 ETW  C18  C  CR6    0  -0.022  -1.6847   0.5278   1.2603
 ETW  C19  C  CR16   0  -0.285  -1.4148   0.1120  -0.0406
 ETW  C20  C  CR16   0  -0.261  -0.1060  -0.0898  -0.4452
 ETW  C21  C  CR6    0  -0.052   0.9484   0.1265   0.4371
 ETW  C22  C  CR6    0   0.312   2.3162  -0.1443  -0.0654
 ETW  C23  C  CR66   0   0.012   2.8887  -1.4400   0.1307
 ETW  C24  C  CR16   0  -0.320   2.3002  -2.4461   0.9133
 ETW  C25  C  CR16   0  -0.333   2.8984  -3.6689   1.0784
 ETW  C26  C  CR6    0   0.379   4.1301  -3.9307   0.4553
 ETW  O27  O  OH1    0  -0.613   4.6710  -5.1366   0.6503
 ETW  C28  C  CR16   0  -0.483   4.7387  -2.9594  -0.3266
 ETW  C29  C  CR66   0   0.374   4.1130  -1.7314  -0.4770
 ETW  O30  O  O      0  -0.475   4.7442  -0.8243  -1.2419
 ETW  C31  C  CR66   0   0.419   4.2182   0.3966  -1.4752
 ETW  C32  C  CR16   0  -0.547   4.9207   1.2421  -2.2751
 ETW  C33  C  CR6    0   0.373   4.4296   2.5641  -2.5714
 ETW  O34  O  O      0  -0.511   5.0450   3.3569  -3.2944
 ETW  C35  C  CR16   0  -0.397   3.1499   2.9203  -1.9618
 ETW  C36  C  CR16   0  -0.284   2.4691   2.0635  -1.1737
 ETW  C37  C  CR66   0  -0.074   2.9610   0.7492  -0.8869
 ETW  C38  C  CR6    0  -0.094   0.6903   0.5444   1.7425
 ETW  C39  C  CR16   0  -0.316  -0.6272   0.7274   2.1394
 ETW  C40  C  C      0   0.411   1.8347   0.7976   2.7114
 ETW  O41  O  OC    -1  -0.574   1.5350   1.1712   3.8576
 ETW  O42  O  O      0  -0.560   2.9741   0.6013   2.2481
 ETW  H1   H  HCH3   0   0.244  -8.0708  -2.1495  -3.4600
 ETW  H2   H  HCH3   0   0.248  -9.3718  -2.2113  -2.2838
 ETW  H3   H  HCH3   0   0.244  -9.2658  -0.8545  -3.3980
 ETW  H4   H  HCR6   0   0.247  -6.5981  -2.5023  -1.3280
 ETW  H5   H  HCR6   0   0.247  -5.2146  -1.3280   0.3129
 ETW  H6   H  HCR6   0   0.251  -7.4333   2.2627  -0.3881
 ETW  H7   H  HCR6   0   0.247  -8.8224   1.0818  -2.0298
 ETW  H8   H  HCH2   0   0.262  -5.6536   2.3407   1.1218
 ETW  H9   H  HCH2   0   0.269  -5.5918   0.8958   2.1110
 ETW  H10  H  HNH1   0   0.408  -3.6520   1.3951  -0.0613
 ETW  H11  H  HCR6   0   0.263  -2.2130  -0.0877  -0.7444
 ETW  H12  H  HCR6   0   0.265   0.0952  -0.4271  -1.4542
 ETW  H13  H  HCR6   0   0.270   1.3522  -2.2524   1.3969
 ETW  H14  H  HCR6   0   0.278   2.4326  -4.4326   1.6866
 ETW  H15  H  HOH1   0   0.484   5.5078  -5.2207   0.1776
 ETW  H16  H  HCR6   0   0.296   5.6887  -3.1446  -0.8139
 ETW  H17  H  HCR6   0   0.261   5.8658   0.9269  -2.7002
 ETW  H19  H  HCR6   0   0.257   2.7569   3.9101  -2.1599
 ETW  H20  H  HCR6   0   0.266   1.5264   2.3631  -0.7346
 ETW  H21  H  HCR6   0   0.255  -0.8234   1.0418   3.1557

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ETW  O42  C40  deloc     1.246  0.020  1.246
 ETW  O34  C33  double    1.237  0.020  1.237
 ETW  C35  C33  single    1.462  0.020  1.462
 ETW  C35  C36  double    1.349  0.020  1.349
 ETW  C40  O41  deloc     1.242  0.020  1.242
 ETW  C40  C38  single    1.521  0.020  1.521
 ETW  C33  C32  single    1.441  0.020  1.441
 ETW  O17  C16  double    1.223  0.020  1.223
 ETW  C09  C10  aromatic  1.385  0.020  1.385
 ETW  C09  C08  aromatic  1.396  0.020  1.396
 ETW  C36  C37  single    1.432  0.020  1.432
 ETW  C10  C11  aromatic  1.394  0.020  1.394
 ETW  C39  C38  aromatic  1.388  0.020  1.388
 ETW  C39  C18  aromatic  1.390  0.020  1.390
 ETW  C07  C08  single    1.501  0.020  1.501
 ETW  C38  C21  aromatic  1.395  0.020  1.395
 ETW  C08  C13  aromatic  1.390  0.020  1.390
 ETW  C16  C18  single    1.496  0.020  1.496
 ETW  C16  N15  single    1.344  0.020  1.344
 ETW  C32  C31  double    1.359  0.020  1.359
 ETW  C18  C19  aromatic  1.392  0.020  1.392
 ETW  C37  C31  single    1.432  0.020  1.432
 ETW  C37  C22  double    1.374  0.020  1.374
 ETW  C11  C14  single    1.507  0.020  1.507
 ETW  C11  C12  aromatic  1.388  0.020  1.388
 ETW  C14  N15  single    1.445  0.020  1.445
 ETW  C13  C12  aromatic  1.390  0.020  1.390
 ETW  C31  O30  single    1.350  0.020  1.350
 ETW  C21  C22  single    1.482  0.020  1.482
 ETW  C21  C20  aromatic  1.392  0.020  1.392
 ETW  C22  C23  single    1.430  0.020  1.430
 ETW  C19  C20  aromatic  1.385  0.020  1.385
 ETW  O30  C29  single    1.344  0.020  1.344
 ETW  C23  C29  aromatic  1.398  0.020  1.398
 ETW  C23  C24  aromatic  1.404  0.020  1.404
 ETW  C29  C28  aromatic  1.386  0.020  1.386
 ETW  C24  C25  aromatic  1.371  0.020  1.371
 ETW  C28  C26  aromatic  1.388  0.020  1.388
 ETW  C25  C26  aromatic  1.405  0.020  1.405
 ETW  C26  O27  single    1.336  0.020  1.336
 ETW  C07  H1   single    0.970  0.020  1.090
 ETW  C07  H2   single    0.970  0.020  1.090
 ETW  C07  H3   single    0.970  0.020  1.090
 ETW  C09  H4   single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C10  H5   single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C12  H6   single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C13  H7   single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C14  H8   single    0.970  0.020  1.090
 ETW  C14  H9   single    0.970  0.020  1.090
 ETW  N15  H10  single    0.860  0.020  1.020
 ETW  C19  H11  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C20  H12  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C24  H13  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C25  H14  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  O27  H15  single    0.850  0.020  0.980
 ETW  C28  H16  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C32  H17  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C35  H19  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C36  H20  single    0.930  0.020  1.080
 ETW  C39  H21  single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ETW  H3   C07  H2   107.49  3.000
 ETW  H3   C07  H1   108.00  3.000
 ETW  H2   C07  H1   107.06  3.000
 ETW  H3   C07  C08  111.60  3.000
 ETW  H2   C07  C08  111.04  3.000
 ETW  H1   C07  C08  111.43  3.000
 ETW  C13  C08  C09  117.87  3.000
 ETW  C13  C08  C07  121.48  3.000
 ETW  C09  C08  C07  120.65  3.000
 ETW  H4   C09  C10  119.36  3.000
 ETW  H4   C09  C08  119.46  3.000
 ETW  C10  C09  C08  121.18  3.000
 ETW  H5   C10  C11  119.99  3.000
 ETW  H5   C10  C09  119.30  3.000
 ETW  C11  C10  C09  120.71  3.000
 ETW  C14  C11  C12  120.76  3.000
 ETW  C12  C11  C10  118.33  3.000
 ETW  C14  C11  C10  120.91  3.000
 ETW  H6   C12  C13  119.48  3.000
 ETW  H6   C12  C11  119.65  3.000
 ETW  C13  C12  C11  120.87  3.000
 ETW  H7   C13  C12  119.26  3.000
 ETW  H7   C13  C08  119.70  3.000
 ETW  C12  C13  C08  121.04  3.000
 ETW  H9   C14  H8   106.79  3.000
 ETW  H9   C14  N15  107.86  3.000
 ETW  H8   C14  N15  110.19  3.000
 ETW  H9   C14  C11  110.42  3.000
 ETW  H8   C14  C11  109.78  3.000
 ETW  N15  C14  C11  111.68  3.000
 ETW  H10  N15  C16  118.90  3.000
 ETW  H10  N15  C14  116.62  3.000
 ETW  C16  N15  C14  124.33  3.000
 ETW  C18  C16  O17  120.91  3.000
 ETW  C18  C16  N15  115.48  3.000
 ETW  O17  C16  N15  123.61  3.000
 ETW  C39  C18  C19  119.11  3.000
 ETW  C19  C18  C16  122.33  3.000
 ETW  C39  C18  C16  118.51  3.000
 ETW  H11  C19  C20  118.68  3.000
 ETW  H11  C19  C18  121.31  3.000
 ETW  C20  C19  C18  119.99  3.000
 ETW  H12  C20  C21  119.89  3.000
 ETW  H12  C20  C19  119.56  3.000
 ETW  C21  C20  C19  120.54  3.000
 ETW  C38  C21  C22  122.87  3.000
 ETW  C22  C21  C20  117.12  3.000
 ETW  C38  C21  C20  119.98  3.000
 ETW  C37  C22  C23  118.89  3.000
 ETW  C23  C22  C21  119.24  3.000
 ETW  C37  C22  C21  121.12  3.000
 ETW  C29  C23  C24  117.40  3.000
 ETW  C24  C23  C22  123.91  3.000
 ETW  C29  C23  C22  118.69  3.000
 ETW  H13  C24  C25  119.23  3.000
 ETW  H13  C24  C23  119.22  3.000
 ETW  C25  C24  C23  121.55  3.000
 ETW  H14  C25  C26  119.69  3.000
 ETW  H14  C25  C24  120.63  3.000
 ETW  C26  C25  C24  119.68  3.000
 ETW  C28  C26  O27  122.45  3.000
 ETW  O27  C26  C25  117.28  3.000
 ETW  C28  C26  C25  120.26  3.000
 ETW  H15  O27  C26  111.00  3.000
 ETW  H16  C28  C29  119.89  3.000
 ETW  H16  C28  C26  121.21  3.000
 ETW  C29  C28  C26  118.90  3.000
 ETW  O30  C29  C28  116.59  3.000
 ETW  C28  C29  C23  122.20  3.000
 ETW  O30  C29  C23  121.21  3.000
 ETW  C31  O30  C29  121.73  3.000
 ETW  C37  C31  C32  122.84  3.000
 ETW  C37  C31  O30  119.58  3.000
 ETW  C32  C31  O30  117.58  3.000
 ETW  H17  C32  C33  118.92  3.000
 ETW  H17  C32  C31  120.05  3.000
 ETW  C33  C32  C31  121.02  3.000
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loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
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_chem_comp_tor.value_angle_esd
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loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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