# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Aug  3 00:55:44 2021
#   Inital geometry file: a 141 line input string
#   Ligand name: a 3 line input string
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(=O)N[C@@H]1[C@@H](O)C(=C(O[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)CO)C(O)=O)C/C=C/c2ccc(C)cc2
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ETT  ETT  '5-(acetylamino)-2,6-anhydro-3,5-dideoxy-3-[(2E)-3-(4-methylphenyl)prop-2-en-1-yl]-D-glycero-D-galacto-non-2-enonic acid'  D-saccharide  57  30  .  2023-02-16  2023-02-16
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ETT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ETT  C01   C  CR6   0   0.079  -15.8904  -19.9469  -16.3370
 ETT  C02   C  CR16  0  -0.316  -17.7370  -20.3091  -14.8090
 ETT  C03   C  CH2   0  -0.580  -18.9532  -21.0598  -10.5060
 ETT  O1B   O  OH1   0  -0.584  -22.6418  -23.3324  -10.6029
 ETT  O1A   O  O     0  -0.427  -21.6177  -21.5838  -11.5306
 ETT  O8    O  OH1   0  -0.674  -22.1252  -25.7664   -7.6663
 ETT  O4    O  OH1   0  -0.643  -16.8556  -22.9117  -10.1679
 ETT  CAI   C  C1    0  -0.203  -18.5447  -20.8957  -11.9401
 ETT  O7    O  OH1   0  -0.698  -19.5802  -27.2029   -9.7925
 ETT  CAJ   C  C1    0  -0.273  -17.3328  -20.4972  -12.3264
 ETT  C9    C  CH2   0  -0.174  -21.7968  -28.0906   -8.0259
 ETT  CAL   C  CR16  0  -0.289  -15.0344  -19.9304  -15.2409
 ETT  CAM   C  CR16  0  -0.271  -17.2520  -20.1387  -16.0929
 ETT  N5    N  NH1   0  -0.637  -17.2875  -25.1484   -8.2614
 ETT  CAN   C  CR16  0  -0.305  -15.5181  -20.0998  -13.9508
 ETT  O6    O  O2    0  -0.491  -20.5242  -24.4560   -9.8918
 ETT  C10   C  C     0   0.549  -16.6557  -26.3335   -8.3074
 ETT  C3    C  C     0   0.043  -19.1899  -22.5017  -10.1261
 ETT  C2    C  C     0   0.199  -20.3382  -23.1747  -10.2831
 ETT  C8    C  CH1   0   0.013  -21.5148  -26.6919   -8.5399
 ETT  C4    C  CH1   0   0.019  -18.0267  -23.1721   -9.4378
 ETT  C7    C  CH1   0  -0.028  -20.0031  -26.4381   -8.6925
 ETT  C5    C  CH1   0  -0.174  -18.2326  -24.6764   -9.2492
 ETT  C6    C  CH1   0   0.034  -19.6828  -24.9547   -8.8645
 ETT  CAX   C  CR6   0   0.129  -16.8767  -20.3006  -13.7053
 ETT  CBD   C  CH3   0  -0.723  -15.3806  -19.7436  -17.7333
 ETT  H02   H  HCR6  0   0.244  -18.8024  -20.4424  -14.6673
 ETT  H03   H  HCH2  0   0.265  -19.8483  -20.4667  -10.3175
 ETT  H03A  H  HCH2  0   0.267  -18.1711  -20.6584   -9.8589
 ETT  H111  H  HCH3  0   0.272  -14.8018  -27.0826   -7.5672
 ETT  H112  H  HCH3  0   0.256  -15.4178  -25.7114   -6.6295
 ETT  H113  H  HCH3  0   0.277  -16.1652  -27.3038   -6.4805
 ETT  HO1B  H  HOH1  0   0.488  -23.4238  -22.9310  -11.0114
 ETT  HO9   H  HOH1  0   0.457  -21.2948  -29.1698   -6.4971
 ETT  HO8   H  HOH1  0   0.450  -22.3098  -24.9638   -8.1632
 ETT  HO4   H  HOH1  0   0.457  -16.1008  -23.0901   -9.5978
 ETT  HAI   H  H     0   0.247  -19.3095  -21.1200  -12.6757
 ETT  HO7   H  HOH1  0   0.459  -18.6146  -27.3036   -9.7311
 ETT  HAJ   H  H     0   0.232  -16.5825  -20.3146  -11.5622
 ETT  H91   H  HCH2  0   0.208  -21.3728  -28.8100   -8.7347
 ETT  H92   H  HCH2  0   0.207  -22.8842  -28.2451   -8.0240
 ETT  HAL   H  HCR6  0   0.246  -13.9711  -19.7868  -15.3938
 ETT  HAM   H  HCR6  0   0.247  -17.9466  -20.1516  -16.9248
 ETT  HN5   H  HNH1  0   0.410  -17.1379  -24.5658   -7.4507
 ETT  HAN   H  HCR6  0   0.248  -14.8234  -20.0845  -13.1190
 ETT  H8    H  HCH1  0   0.224  -21.9614  -26.6380   -9.5411
 ETT  H4    H  HCH1  0   0.244  -17.9598  -22.7089   -8.4391
 ETT  H7    H  HCH1  0   0.225  -19.5039  -26.7536   -7.7669
 ETT  H5    H  HCH1  0   0.283  -18.0135  -25.1650  -10.2019
 ETT  H6    H  HCH1  0   0.249  -19.9096  -24.4314   -7.9253
 ETT  HBD   H  HCH3  0   0.247  -15.6251  -18.7445  -18.1005
 ETT  HBDA  H  HCH3  0   0.243  -14.2979  -19.8541  -17.7846
 ETT  HBDB  H  HCH3  0   0.244  -15.8244  -20.4567  -18.4288
 ETT  O9    O  OH1   0  -0.675  -21.2527  -28.2398   -6.7340
 ETT  C1    C  C     0   0.491  -21.5747  -22.5981  -10.8784
 ETT  C11   C  CH3   0  -0.773  -15.7003  -26.6066   -7.1793
 ETT  O10   O  O     0  -0.515  -16.8524  -27.1586   -9.1976

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ETT  C01  CAM   aromatic  1.397  0.020  1.397
 ETT  C01  CAL   aromatic  1.391  0.020  1.391
 ETT  C02  CAX   aromatic  1.399  0.020  1.399
 ETT  C03  C3    single    1.510  0.020  1.510
 ETT  O10  C10   double    1.230  0.020  1.230
 ETT  O1A  C1    double    1.207  0.020  1.207
 ETT  O4   C4    single    1.404  0.020  1.404
 ETT  CAI  C03   single    1.500  0.020  1.500
 ETT  O7   C7    single    1.405  0.020  1.405
 ETT  CAJ  CAI   double    1.333  0.020  1.333
 ETT  C9   O9    single    1.410  0.020  1.410
 ETT  C9   C8    single    1.517  0.020  1.517
 ETT  CAL  CAN   aromatic  1.388  0.020  1.388
 ETT  CAM  C02   aromatic  1.383  0.020  1.383
 ETT  CAN  CAX   aromatic  1.395  0.020  1.395
 ETT  O6   C6    single    1.418  0.020  1.418
 ETT  C10  C11   single    1.503  0.020  1.503
 ETT  C10  N5    single    1.344  0.020  1.344
 ETT  C1   O1B   single    1.324  0.020  1.324
 ETT  C1   C2    single    1.489  0.020  1.489
 ETT  C3   C4    single    1.509  0.020  1.509
 ETT  C2   O6    single    1.353  0.020  1.353
 ETT  C2   C3    double    1.340  0.020  1.340
 ETT  C8   O8    single    1.411  0.020  1.411
 ETT  C4   C5    single    1.530  0.020  1.530
 ETT  C7   C8    single    1.540  0.020  1.540
 ETT  C7   C6    single    1.527  0.020  1.527
 ETT  C5   N5    single    1.446  0.020  1.446
 ETT  C5   C6    single    1.526  0.020  1.526
 ETT  CAX  CAJ   single    1.466  0.020  1.466
 ETT  CBD  C01   single    1.500  0.020  1.500
 ETT  C02  H02   single    0.930  0.020  1.080
 ETT  C03  H03   single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C03  H03A  single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C11  H113  single    0.970  0.020  1.090
 ETT  O1B  HO1B  single    0.850  0.020  0.980
 ETT  O9   HO9   single    0.850  0.020  0.980
 ETT  O8   HO8   single    0.850  0.020  0.980
 ETT  O4   HO4   single    0.850  0.020  0.980
 ETT  CAI  HAI   single    0.930  0.020  1.080
 ETT  O7   HO7   single    0.850  0.020  0.980
 ETT  CAJ  HAJ   single    0.930  0.020  1.080
 ETT  C9   H91   single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C9   H92   single    0.970  0.020  1.090
 ETT  CAL  HAL   single    0.930  0.020  1.080
 ETT  CAM  HAM   single    0.930  0.020  1.080
 ETT  N5   HN5   single    0.860  0.020  1.020
 ETT  CAN  HAN   single    0.930  0.020  1.080
 ETT  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C4   H4    single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C7   H7    single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C5   H5    single    0.970  0.020  1.090
 ETT  C6   H6    single    0.970  0.020  1.090
 ETT  CBD  HBD   single    0.970  0.020  1.090
 ETT  CBD  HBDA  single    0.970  0.020  1.090
 ETT  CBD  HBDB  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ETT  CBD   C01  CAM   120.84  3.000
 ETT  CBD   C01  CAL   121.51  3.000
 ETT  CAM   C01  CAL   117.65  3.000
 ETT  H02   C02  CAX   120.15  3.000
 ETT  H02   C02  CAM   118.79  3.000
 ETT  CAX   C02  CAM   121.05  3.000
 ETT  H03A  C03  H03   106.60  3.000
 ETT  H03A  C03  C3    108.32  3.000
 ETT  H03   C03  C3    110.33  3.000
 ETT  H03A  C03  CAI   109.35  3.000
 ETT  H03   C03  CAI   109.23  3.000
 ETT  C3    C03  CAI   112.81  3.000
 ETT  HO1B  O1B  C1    109.44  3.000
 ETT  HO8   O8   C8    108.08  3.000
 ETT  HO4   O4   C4    108.16  3.000
 ETT  HAI   CAI  CAJ   120.43  3.000
 ETT  HAI   CAI  C03   115.70  3.000
 ETT  CAJ   CAI  C03   123.87  3.000
 ETT  HO7   O7   C7    107.80  3.000
 ETT  HAJ   CAJ  CAX   115.11  3.000
 ETT  HAJ   CAJ  CAI   118.31  3.000
 ETT  CAX   CAJ  CAI   126.56  3.000
 ETT  H92   C9   H91   106.98  3.000
 ETT  H92   C9   C8    108.32  3.000
 ETT  H91   C9   C8    108.33  3.000
 ETT  H92   C9   O9    111.45  3.000
 ETT  H91   C9   O9    111.97  3.000
 ETT  C8    C9   O9    109.66  3.000
 ETT  HAL   CAL  CAN   119.28  3.000
 ETT  HAL   CAL  C01   119.62  3.000
 ETT  CAN   CAL  C01   121.09  3.000
 ETT  HAM   CAM  C02   119.10  3.000
 ETT  HAM   CAM  C01   119.49  3.000
 ETT  C02   CAM  C01   121.40  3.000
 ETT  HN5   N5   C5    117.19  3.000
 ETT  HN5   N5   C10   117.83  3.000
 ETT  C5    N5   C10   124.87  3.000
 ETT  HAN   CAN  CAX   119.42  3.000
 ETT  HAN   CAN  CAL   119.22  3.000
 ETT  CAX   CAN  CAL   121.36  3.000
 ETT  C6    O6   C2    117.45  3.000
 ETT  N5    C10  O10   122.78  3.000
 ETT  N5    C10  C11   115.68  3.000
 ETT  O10   C10  C11   121.53  3.000
 ETT  C4    C3   C2    119.40  3.000
 ETT  C2    C3   C03   125.76  3.000
 ETT  C4    C3   C03   114.73  3.000
 ETT  C3    C2   C1    124.34  3.000
 ETT  C3    C2   O6    124.03  3.000
 ETT  C1    C2   O6    111.61  3.000
 ETT  H8    C8   C7    107.51  3.000
 ETT  H8    C8   C9    106.19  3.000
 ETT  C7    C8   C9    111.59  3.000
 ETT  H8    C8   O8    110.88  3.000
 ETT  C7    C8   O8    112.19  3.000
 ETT  C9    C8   O8    108.34  3.000
 ETT  H4    C4   C5    108.03  3.000
 ETT  H4    C4   C3    105.86  3.000
 ETT  C5    C4   C3    112.91  3.000
 ETT  H4    C4   O4    110.02  3.000
 ETT  C5    C4   O4    111.02  3.000
 ETT  C3    C4   O4    108.86  3.000
 ETT  H7    C7   C6    106.18  3.000
 ETT  H7    C7   C8    108.38  3.000
 ETT  C6    C7   C8    112.15  3.000
 ETT  H7    C7   O7    111.52  3.000
 ETT  C6    C7   O7    112.17  3.000
 ETT  C8    C7   O7    106.45  3.000
 ETT  H5    C5   C6    109.19  3.000
 ETT  H5    C5   C4    107.77  3.000
 ETT  C6    C5   C4    109.78  3.000
 ETT  H5    C5   N5    108.57  3.000
 ETT  C6    C5   N5    112.92  3.000
 ETT  C4    C5   N5    108.49  3.000
 ETT  H6    C6   C5    108.95  3.000
 ETT  H6    C6   C7    108.84  3.000
 ETT  C5    C6   C7    113.88  3.000
 ETT  H6    C6   O6    109.21  3.000
 ETT  C5    C6   O6    108.48  3.000
 ETT  C7    C6   O6    107.38  3.000
 ETT  CAN   CAX  CAJ   119.21  3.000
 ETT  CAJ   CAX  C02   123.36  3.000
 ETT  CAN   CAX  C02   117.43  3.000
 ETT  HBDB  CBD  HBDA  107.94  3.000
 ETT  HBDB  CBD  HBD   107.01  3.000
 ETT  HBDA  CBD  HBD   107.42  3.000
 ETT  HBDB  CBD  C01   111.51  3.000
 ETT  HBDA  CBD  C01   111.58  3.000
 ETT  HBD   CBD  C01   111.15  3.000
 ETT  HO9   O9   C9    108.15  3.000
 ETT  C2    C1   O1A   124.84  3.000
 ETT  C2    C1   O1B   111.80  3.000
 ETT  O1A   C1   O1B   123.36  3.000
 ETT  H113  C11  H112  108.23  3.000
 ETT  H113  C11  H111  107.50  3.000
 ETT  H112  C11  H111  109.01  3.000
 ETT  H113  C11  C10   109.02  3.000
 ETT  H112  C11  C10   113.25  3.000
 ETT  H111  C11  C10   109.68  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ETT  CONST_01  CAX   C02  CAM  C01     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_02  CAX   CAN  CAL  C01     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_03  CAL   CAN  CAX  C02     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_04  CAL   C01  CAM  C02     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_05  CAN   CAL  C01  CAM     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_06  CAN   CAX  C02  CAM     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_07  CBD   C01  CAM  C02   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_08  CAM   C02  CAX  CAJ   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_09  CAL   CAN  CAX  CAJ   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_10  CBD   C01  CAL  CAN   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_11  H02   C02  CAM  C01   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_12  HAN   CAN  CAL  C01   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_13  HAM   CAM  C01  CAL   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_14  HAL   CAL  C01  CAM   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_15  C5    N5   C10  C11   180.00   0.0  0
 ETT  CONST_16  C5    N5   C10  O10     0.00   0.0  0
 ETT  CONST_17  HO1B  O1B  C1   C2    180.00   0.0  0
 ETT  CONST_18  HN5   N5   C10  C11     0.00   0.0  0
 ETT  Var_01    C4    C3   C2   O6     -1.90  30.0  1
 ETT  Var_02    CAI   CAJ  CAX  C02    10.44  30.0  2
 ETT  Var_03    HBD   CBD  C01  CAL  -104.82  30.0  2
 ETT  Var_04    CAX   CAJ  CAI  C03  -179.14   0.0  2
 ETT  Var_05    C3    C03  CAI  CAJ  -111.85  30.0  3
 ETT  Var_06    H111  C11  C10  O10    42.09  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ETT  chir_01  C8  C9  O8  C7  negativ
 ETT  chir_02  C4  O4  C3  C5  negativ
 ETT  chir_03  C7  O7  C6  C8  negativ
 ETT  chir_04  C5  N5  C6  C4  negativ
 ETT  chir_05  C6  O6  C5  C7  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ETT  plan-1  C01   0.020
 ETT  plan-1  C02   0.020
 ETT  plan-1  CAJ   0.020
 ETT  plan-1  CAL   0.020
 ETT  plan-1  CAM   0.020
 ETT  plan-1  CAN   0.020
 ETT  plan-1  CAX   0.020
 ETT  plan-1  CBD   0.020
 ETT  plan-1  H02   0.020
 ETT  plan-1  HAL   0.020
 ETT  plan-1  HAM   0.020
 ETT  plan-1  HAN   0.020
 ETT  plan-2  N5    0.020
 ETT  plan-2  C10   0.020
 ETT  plan-2  C5    0.020
 ETT  plan-2  HN5   0.020
 ETT  plan-2  C11   0.020
 ETT  plan-2  O10   0.020
 ETT  plan-3  O1B   0.020
 ETT  plan-3  O1A   0.020
 ETT  plan-3  C2    0.020
 ETT  plan-3  HO1B  0.020
 ETT  plan-3  C1    0.020
 ETT  plan-4  C03   0.020
 ETT  plan-4  CAI   0.020
 ETT  plan-4  CAJ   0.020
 ETT  plan-4  CAX   0.020
 ETT  plan-4  HAI   0.020
 ETT  plan-4  HAJ   0.020

