# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Thu Mar 10 12:47:09 2022
#   Inital geometry file: a 101 line input string
#   Ligand name: (9beta,13alpha,14beta,17alpha)-estra-1,3,5(10)-triene-3,17-diol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@]12CC[C@H]3[C@@H](CCc4cc(O)ccc34)[C@@H]1CC[C@@H]2O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EST  EST  (9beta,13alpha,14beta,17alpha)-estra-1,3,5(10)-triene-3,17-diol  ligand  44  20  .  2022-03-18  2022-03-18
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_EST
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EST  C1    C  CR16  0  -0.310  13.0040   8.8400   -8.0489
 EST  C2    C  CR16  0  -0.340  12.7243   9.9057   -8.8855
 EST  C3    C  CR6   0   0.351  12.4979   9.6706  -10.2387
 EST  O3    O  OH1   0  -0.636  12.2302  10.7317  -11.0306
 EST  C4    C  CR16  0  -0.431  12.5639   8.3691  -10.7153
 EST  C5    C  CR6   0   0.074  12.8471   7.2979   -9.8687
 EST  C6    C  CH2   0  -0.507  12.8921   5.9145  -10.4672
 EST  C7    C  CH2   0  -0.428  13.5625   4.8918   -9.5639
 EST  C8    C  CH1   0  -0.231  13.0221   5.0183   -8.1478
 EST  C9    C  CH1   0  -0.263  13.4217   6.3832   -7.5655
 EST  C10   C  CR6   0   0.099  13.0648   7.5213   -8.5049
 EST  C11   C  CH2   0  -0.445  12.8794   6.5554   -6.1406
 EST  C12   C  CH2   0  -0.407  13.3016   5.4095   -5.2156
 EST  C13   C  CT    0  -0.102  12.9260   4.0484   -5.7936
 EST  C14   C  CH1   0  -0.192  13.5187   3.9372   -7.2062
 EST  C15   C  CH2   0  -0.448  13.3306   2.4634   -7.5697
 EST  C16   C  CH2   0  -0.485  13.4924   1.7306   -6.2171
 EST  C17   C  CH1   0   0.103  13.6136   2.8418   -5.1486
 EST  O17   O  OH1   0  -0.672  13.0638   2.5226   -3.8939
 EST  C18   C  CH3   0  -0.670  11.4038   3.8626   -5.7654
 EST  H1    H  HCR6  0   0.240  13.1866   9.0559   -7.0043
 EST  H2    H  HCR6  0   0.252  12.6858  10.9150   -8.4945
 EST  HO3   H  HOH1  0   0.469  12.1031  10.4450  -11.9419
 EST  H4    H  HCR6  0   0.254  12.3999   8.1744  -11.7715
 EST  H61   H  HCH2  0   0.241  11.8656   5.5899  -10.6698
 EST  H62   H  HCH2  0   0.245  13.3880   5.9540  -11.4401
 EST  H71   H  HCH2  0   0.238  13.3845   3.8888   -9.9585
 EST  H72   H  HCH2  0   0.215  14.6484   5.0381   -9.5585
 EST  H8    H  HCH1  0   0.215  11.9259   4.9697   -8.2093
 EST  H9    H  HCH1  0   0.224  14.5194   6.3694   -7.4809
 EST  H111  H  HCH2  0   0.235  13.2420   7.4885   -5.7052
 EST  H112  H  HCH2  0   0.220  11.7891   6.6433   -6.1731
 EST  H121  H  HCH2  0   0.213  14.3886   5.4517   -5.0783
 EST  H122  H  HCH2  0   0.224  12.8576   5.5558   -4.2265
 EST  H14   H  HCH1  0   0.212  14.6026   4.0961   -7.0954
 EST  H151  H  HCH2  0   0.221  12.3384   2.2890   -7.9934
 EST  H152  H  HCH2  0   0.231  14.0533   2.1283   -8.3141
 EST  H161  H  HCH2  0   0.227  12.6267   1.0999   -6.0022
 EST  H162  H  HCH2  0   0.231  14.3662   1.0774   -6.2065
 EST  H17   H  HCH1  0   0.193  14.6791   3.0964   -5.0343
 EST  HO7   H  HOH1  0   0.445  13.5410   1.7666   -3.5393
 EST  H181  H  HCH3  0   0.231  11.0872   2.9011   -6.1708
 EST  H182  H  HCH3  0   0.230  11.0332   3.9227   -4.7418
 EST  H183  H  HCH3  0   0.230  10.8856   4.6317   -6.3368

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 EST  C1   C2    aromatic  1.383  0.020  1.383
 EST  C1   C10   aromatic  1.397  0.020  1.397
 EST  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 EST  C2   C3    aromatic  1.392  0.020  1.392
 EST  C2   H2    single    0.930  0.020  1.080
 EST  C3   O3    single    1.351  0.020  1.351
 EST  C3   C4    aromatic  1.388  0.020  1.388
 EST  O3   HO3   single    0.850  0.020  0.980
 EST  C4   C5    aromatic  1.394  0.020  1.394
 EST  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 EST  C5   C6    single    1.508  0.020  1.508
 EST  C5   C10   aromatic  1.399  0.020  1.399
 EST  C6   C7    single    1.520  0.020  1.520
 EST  C6   H61   single    0.970  0.020  1.090
 EST  C6   H62   single    0.970  0.020  1.090
 EST  C7   C8    single    1.521  0.020  1.521
 EST  C7   H71   single    0.970  0.020  1.090
 EST  C7   H72   single    0.970  0.020  1.090
 EST  C8   C9    single    1.537  0.020  1.537
 EST  C8   C14   single    1.517  0.020  1.517
 EST  C8   H8    single    0.970  0.020  1.090
 EST  C9   C10   single    1.518  0.020  1.518
 EST  C9   C11   single    1.534  0.020  1.534
 EST  C9   H9    single    0.970  0.020  1.090
 EST  C11  C12   single    1.532  0.020  1.532
 EST  C11  H111  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C11  H112  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C12  C13   single    1.526  0.020  1.526
 EST  C12  H121  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C12  H122  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C13  C14   single    1.536  0.020  1.536
 EST  C13  C17   single    1.531  0.020  1.531
 EST  C13  C18   single    1.534  0.020  1.534
 EST  C14  C15   single    1.530  0.020  1.530
 EST  C14  H14   single    0.970  0.020  1.090
 EST  C15  C16   single    1.547  0.020  1.547
 EST  C15  H151  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C15  H152  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C16  C17   single    1.546  0.020  1.546
 EST  C16  H161  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C16  H162  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C17  O17   single    1.407  0.020  1.407
 EST  C17  H17   single    0.970  0.020  1.090
 EST  O17  HO7   single    0.850  0.020  0.980
 EST  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C18  H182  single    0.970  0.020  1.090
 EST  C18  H183  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 EST  H1    C1   C10   119.75  3.000
 EST  H1    C1   C2    117.65  3.000
 EST  C10   C1   C2    122.59  3.000
 EST  H2    C2   C3    120.17  3.000
 EST  H2    C2   C1    120.45  3.000
 EST  C3    C2   C1    119.38  3.000
 EST  C4    C3   O3    123.01  3.000
 EST  C4    C3   C2    118.99  3.000
 EST  O3    C3   C2    118.00  3.000
 EST  HO3   O3   C3    110.30  3.000
 EST  H4    C4   C5    118.90  3.000
 EST  H4    C4   C3    119.66  3.000
 EST  C5    C4   C3    121.44  3.000
 EST  C10   C5   C6    121.92  3.000
 EST  C10   C5   C4    120.05  3.000
 EST  C6    C5   C4    118.03  3.000
 EST  H62   C6   H61   105.75  3.000
 EST  H62   C6   C7    110.68  3.000
 EST  H61   C6   C7    108.89  3.000
 EST  H62   C6   C5    109.50  3.000
 EST  H61   C6   C5    108.50  3.000
 EST  C7    C6   C5    113.23  3.000
 EST  H72   C7   H71   106.60  3.000
 EST  H72   C7   C8    109.66  3.000
 EST  H71   C7   C8    110.78  3.000
 EST  H72   C7   C6    110.50  3.000
 EST  H71   C7   C6    109.34  3.000
 EST  C8    C7   C6    109.91  3.000
 EST  H8    C8   C14   109.25  3.000
 EST  H8    C8   C9    108.65  3.000
 EST  C14   C8   C9    108.22  3.000
 EST  H8    C8   C7    107.37  3.000
 EST  C14   C8   C7    113.72  3.000
 EST  C9    C8   C7    109.52  3.000
 EST  H9    C9   C11   106.40  3.000
 EST  H9    C9   C10   106.93  3.000
 EST  C11   C9   C10   114.04  3.000
 EST  H9    C9   C8    106.09  3.000
 EST  C11   C9   C8    111.08  3.000
 EST  C10   C9   C8    111.73  3.000
 EST  C9    C10  C5    121.33  3.000
 EST  C9    C10  C1    121.06  3.000
 EST  C5    C10  C1    117.54  3.000
 EST  H112  C11  H111  105.91  3.000
 EST  H112  C11  C12   110.64  3.000
 EST  H111  C11  C12   107.88  3.000
 EST  H112  C11  C9    109.48  3.000
 EST  H111  C11  C9    110.43  3.000
 EST  C12   C11  C9    112.30  3.000
 EST  H122  C12  H121  106.50  3.000
 EST  H122  C12  C13   111.22  3.000
 EST  H121  C12  C13   109.02  3.000
 EST  H122  C12  C11   109.51  3.000
 EST  H121  C12  C11   108.66  3.000
 EST  C13   C12  C11   111.76  3.000
 EST  C18   C13  C17   110.03  3.000
 EST  C18   C13  C14   113.02  3.000
 EST  C17   C13  C14    99.04  3.000
 EST  C18   C13  C12   110.21  3.000
 EST  C17   C13  C12   115.65  3.000
 EST  C14   C13  C12   108.54  3.000
 EST  H14   C14  C15   106.50  3.000
 EST  H14   C14  C13   106.08  3.000
 EST  C15   C14  C13   103.93  3.000
 EST  H14   C14  C8    106.37  3.000
 EST  C15   C14  C8    119.92  3.000
 EST  C13   C14  C8    113.14  3.000
 EST  H152  C15  H151  106.74  3.000
 EST  H152  C15  C16   112.47  3.000
 EST  H151  C15  C16   111.00  3.000
 EST  H152  C15  C14   112.14  3.000
 EST  H151  C15  C14   110.95  3.000
 EST  C16   C15  C14   103.64  3.000
 EST  H162  C16  H161  106.69  3.000
 EST  H162  C16  C17   111.14  3.000
 EST  H161  C16  C17   109.95  3.000
 EST  H162  C16  C15   112.08  3.000
 EST  H161  C16  C15   111.26  3.000
 EST  C17   C16  C15   105.78  3.000
 EST  H17   C17  O17   109.76  3.000
 EST  H17   C17  C16   108.28  3.000
 EST  O17   C17  C16   115.00  3.000
 EST  H17   C17  C13   107.22  3.000
 EST  O17   C17  C13   112.27  3.000
 EST  C16   C17  C13   103.88  3.000
 EST  HO7   O17  C17   108.26  3.000
 EST  H183  C18  H182  106.97  3.000
 EST  H183  C18  H181  106.83  3.000
 EST  H182  C18  H181  107.39  3.000
 EST  H183  C18  C13   112.15  3.000
 EST  H182  C18  C13   110.36  3.000
 EST  H181  C18  C13   112.83  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 EST  CONST_01  C4   C3   C2   C1     0.00   0.0  0
 EST  CONST_02  C4   C5   C10  C1     0.00   0.0  0
 EST  CONST_03  C5   C10  C1   C2     0.00   0.0  0
 EST  CONST_04  C5   C4   C3   C2     0.00   0.0  0
 EST  CONST_05  C10  C1   C2   C3     0.00   0.0  0
 EST  CONST_06  C10  C5   C4   C3     0.00   0.0  0
 EST  CONST_07  O3   C3   C2   C1   180.00   0.0  0
 EST  CONST_08  C5   C4   C3   O3   180.00   0.0  0
 EST  CONST_09  H4   C4   C3   C2   180.00   0.0  0
 EST  CONST_10  H1   C1   C2   C3   180.00   0.0  0
 EST  CONST_11  H2   C2   C3   C4   180.00   0.0  0
 EST  Var_01    C7   C6   C5   C4   164.51  30.0  1
 EST  Var_02    C8   C7   C6   C5    46.86  30.0  1
 EST  Var_03    C13  C12  C11  C9   -53.96  30.0  1
 EST  Var_04    C17  C16  C15  C14    5.79  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 EST  chir_01  C8   C7   C9   C14  positiv
 EST  chir_02  C9   C8   C10  C11  negativ
 EST  chir_03  C13  C17  C14  C12  positiv
 EST  chir_04  C14  C15  C13  C8   positiv
 EST  chir_05  C17  O17  C16  C13  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 EST  plan-1  C1   0.020
 EST  plan-1  C2   0.020
 EST  plan-1  C3   0.020
 EST  plan-1  O3   0.020
 EST  plan-1  C4   0.020
 EST  plan-1  C5   0.020
 EST  plan-1  C6   0.020
 EST  plan-1  C9   0.020
 EST  plan-1  C10  0.020
 EST  plan-1  H1   0.020
 EST  plan-1  H2   0.020
 EST  plan-1  H4   0.020

