# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 14:07:08 2020
#   Inital geometry file: a 93 line input string
#   Ligand name: (1S,3aR,5R,7aS)-5-(4-hydroxyphenyl)-7a-methyloctahydro-1H-inden-1-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: C[C@]12CC[C@H](C[C@H]1CC[C@@H]2O)c3ccc(O)cc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ESE  ESE  (1S,3aR,5R,7aS)-5-(4-hydroxyphenyl)-7a-methyloctahydro-1H-inden-1-ol  ligand  40  18  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ESE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ESE  C01  C  CR16  0  -0.368  -3.5831   1.0896   0.5571
 ESE  C02  C  CR6   0   0.332  -4.5451   0.2258   0.0395
 ESE  C03  C  CR16  0  -0.321  -4.1389  -0.9683  -0.5473
 ESE  C04  C  CR16  0  -0.331  -2.7893  -1.2829  -0.6082
 ESE  C05  C  CR6   0   0.182  -1.8103  -0.4356  -0.0952
 ESE  C06  C  CR16  0  -0.311  -2.2383   0.7565   0.4861
 ESE  C07  C  CH1   0  -0.330  -0.3499  -0.8027  -0.1721
 ESE  C08  C  CH2   0  -0.411   0.4334   0.1412  -1.0852
 ESE  C09  C  CR15  0  -0.226   1.9042  -0.2569  -1.2379
 ESE  C10  C  CR5   0  -0.100   2.6109  -0.5087   0.1085
 ESE  C11  C  CH2   0  -0.412   1.7601  -1.3236   1.0853
 ESE  C12  C  CH2   0  -0.424   0.3162  -0.8551   1.2030
 ESE  C13  C  CH2   0  -0.448   2.7189   0.8841  -1.8762
 ESE  C14  C  CH2   0  -0.487   3.3391   1.6628  -0.6965
 ESE  C15  C  CR15  0   0.087   2.8811   0.9285   0.5744
 ESE  C16  C  CH3   0  -0.654   3.9279  -1.2536  -0.1253
 ESE  O01  O  OH1   0  -0.637  -5.8681   0.4954   0.0830
 ESE  O02  O  OH1   0  -0.674   3.8058   0.9546   1.6366
 ESE  H1   H  HCR6  0   0.266  -3.8818   2.0247   1.0180
 ESE  H2   H  HCR6  0   0.257  -4.8782  -1.6500  -0.9503
 ESE  H3   H  HCR6  0   0.246  -2.4927  -2.2197  -1.0662
 ESE  H4   H  HCR6  0   0.246  -1.5162   1.4499   0.9022
 ESE  H5   H  HCH1  0   0.226  -0.2870  -1.8104  -0.6025
 ESE  H6   H  HCH2  0   0.236  -0.0254   0.1663  -2.0780
 ESE  H7   H  HCH2  0   0.215   0.3544   1.1641  -0.6987
 ESE  H8   H  HCR5  0   0.225   1.9425  -1.1625  -1.8527
 ESE  H9   H  HCH2  0   0.215   1.7541  -2.3669   0.7485
 ESE  H10  H  HCH2  0   0.226   2.2394  -1.3290   2.0689
 ESE  H11  H  HCH2  0   0.216   0.2694   0.1307   1.6774
 ESE  H12  H  HCH2  0   0.233  -0.2352  -1.5333   1.8597
 ESE  H13  H  HCH2  0   0.234   3.4991   0.4845  -2.5256
 ESE  H14  H  HCH2  0   0.230   2.0866   1.5159  -2.5030
 ESE  H15  H  HCH2  0   0.228   4.4300   1.6472  -0.7495
 ESE  H16  H  HCH2  0   0.233   3.0391   2.7120  -0.6853
 ESE  H17  H  HCR5  0   0.205   1.9311   1.3685   0.9087
 ESE  H18  H  HCH3  0   0.229   4.6219  -0.7024  -0.7622
 ESE  H19  H  HCH3  0   0.228   4.4386  -1.4622   0.8157
 ESE  H20  H  HCH3  0   0.221   3.7320  -2.2134  -0.6078
 ESE  H21  H  HOH1  0   0.472  -6.0224   1.3396   0.5205
 ESE  H22  H  HOH1  0   0.447   3.8686   1.8599   1.9546

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ESE  C14  C13  single    1.544  0.020  1.544
 ESE  C14  C15  single    1.538  0.020  1.538
 ESE  C13  C09  single    1.540  0.020  1.540
 ESE  C15  O02  single    1.409  0.020  1.409
 ESE  C15  C10  single    1.535  0.020  1.535
 ESE  C09  C08  single    1.531  0.020  1.531
 ESE  C09  C10  single    1.541  0.020  1.541
 ESE  C11  C12  single    1.523  0.020  1.523
 ESE  C11  C10  single    1.530  0.020  1.530
 ESE  C12  C07  single    1.529  0.020  1.529
 ESE  C08  C07  single    1.529  0.020  1.529
 ESE  C10  C16  single    1.531  0.020  1.531
 ESE  C06  C01  aromatic  1.387  0.020  1.387
 ESE  C06  C05  aromatic  1.394  0.020  1.394
 ESE  C01  C02  aromatic  1.393  0.020  1.393
 ESE  C07  C05  single    1.508  0.020  1.508
 ESE  C05  C04  aromatic  1.393  0.020  1.393
 ESE  C02  O01  single    1.351  0.020  1.351
 ESE  C02  C03  aromatic  1.391  0.020  1.391
 ESE  C04  C03  aromatic  1.387  0.020  1.387
 ESE  C01  H1   single    0.930  0.020  1.080
 ESE  C03  H2   single    0.930  0.020  1.080
 ESE  C04  H3   single    0.930  0.020  1.080
 ESE  C06  H4   single    0.930  0.020  1.080
 ESE  C07  H5   single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C08  H6   single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C08  H7   single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C09  H8   single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C11  H9   single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C11  H10  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C12  H11  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C13  H13  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C13  H14  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C14  H15  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C14  H16  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C15  H17  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C16  H18  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C16  H19  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  C16  H20  single    0.970  0.020  1.090
 ESE  O01  H21  single    0.850  0.020  0.980
 ESE  O02  H22  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ESE  H1   C01  C06  119.72  3.000
 ESE  H1   C01  C02  120.17  3.000
 ESE  C06  C01  C02  120.11  3.000
 ESE  O01  C02  C03  118.09  3.000
 ESE  C03  C02  C01  119.17  3.000
 ESE  O01  C02  C01  122.74  3.000
 ESE  H2   C03  C04  120.33  3.000
 ESE  H2   C03  C02  119.85  3.000
 ESE  C04  C03  C02  119.82  3.000
 ESE  H3   C04  C05  119.27  3.000
 ESE  H3   C04  C03  118.73  3.000
 ESE  C05  C04  C03  121.99  3.000
 ESE  C07  C05  C06  121.80  3.000
 ESE  C07  C05  C04  120.93  3.000
 ESE  C06  C05  C04  117.27  3.000
 ESE  H4   C06  C05  120.17  3.000
 ESE  H4   C06  C01  118.19  3.000
 ESE  C05  C06  C01  121.63  3.000
 ESE  H5   C07  C12  107.24  3.000
 ESE  H5   C07  C08  107.65  3.000
 ESE  C12  C07  C08  109.57  3.000
 ESE  H5   C07  C05  107.40  3.000
 ESE  C08  C07  C05  112.10  3.000
 ESE  C12  C07  C05  112.61  3.000
 ESE  H7   C08  H6   105.57  3.000
 ESE  H7   C08  C09  110.30  3.000
 ESE  H6   C08  C09  108.56  3.000
 ESE  H7   C08  C07  109.18  3.000
 ESE  H6   C08  C07  109.95  3.000
 ESE  C09  C08  C07  113.02  3.000
 ESE  H8   C09  C13  111.19  3.000
 ESE  H8   C09  C10  109.83  3.000
 ESE  C13  C09  C10  103.91  3.000
 ESE  H8   C09  C08  107.73  3.000
 ESE  C10  C09  C08  113.31  3.000
 ESE  C13  C09  C08  110.90  3.000
 ESE  C16  C10  C15  110.52  3.000
 ESE  C16  C10  C11  108.46  3.000
 ESE  C15  C10  C11  113.75  3.000
 ESE  C16  C10  C09  109.91  3.000
 ESE  C11  C10  C09  112.93  3.000
 ESE  C15  C10  C09  101.12  3.000
 ESE  H10  C11  H9   105.90  3.000
 ESE  H10  C11  C12  110.33  3.000
 ESE  H9   C11  C12  108.14  3.000
 ESE  H10  C11  C10  109.44  3.000
 ESE  H9   C11  C10  108.28  3.000
 ESE  C12  C11  C10  114.37  3.000
 ESE  H12  C12  H11  106.06  3.000
 ESE  H12  C12  C11  109.50  3.000
 ESE  H11  C12  C11  110.55  3.000
 ESE  H12  C12  C07  109.98  3.000
 ESE  H11  C12  C07  109.89  3.000
 ESE  C11  C12  C07  110.74  3.000
 ESE  H14  C13  H13  106.53  3.000
 ESE  H14  C13  C14  112.31  3.000
 ESE  H13  C13  C14  110.64  3.000
 ESE  H14  C13  C09  111.11  3.000
 ESE  H13  C13  C09  110.70  3.000
 ESE  C14  C13  C09  105.63  3.000
 ESE  H16  C14  H15  106.78  3.000
 ESE  H16  C14  C15  111.64  3.000
 ESE  H15  C14  C15  109.31  3.000
 ESE  H16  C14  C13  112.49  3.000
 ESE  H15  C14  C13  110.92  3.000
 ESE  C15  C14  C13  105.73  3.000
 ESE  H17  C15  O02  109.31  3.000
 ESE  H17  C15  C14  108.52  3.000
 ESE  O02  C15  C14  114.77  3.000
 ESE  H17  C15  C10  108.37  3.000
 ESE  O02  C15  C10  111.21  3.000
 ESE  C14  C15  C10  104.40  3.000
 ESE  H20  C16  H19  107.29  3.000
 ESE  H20  C16  H18  107.47  3.000
 ESE  H19  C16  H18  107.59  3.000
 ESE  H20  C16  C10  109.93  3.000
 ESE  H19  C16  C10  111.35  3.000
 ESE  H18  C16  C10  112.98  3.000
 ESE  H21  O01  C02  110.27  3.000
 ESE  H22  O02  C15  108.04  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ESE  CONST_01  C04  C05  C06  C01    0.00   0.0  0
 ESE  CONST_02  C04  C03  C02  C01    0.00   0.0  0
 ESE  CONST_03  C05  C06  C01  C02    0.00   0.0  0
 ESE  CONST_04  C05  C04  C03  C02    0.00   0.0  0
 ESE  CONST_05  C06  C01  C02  C03    0.00   0.0  0
 ESE  CONST_06  C06  C05  C04  C03    0.00   0.0  0
 ESE  CONST_07  C07  C05  C06  C01  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_08  C07  C05  C04  C03  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_09  O01  C02  C03  C04  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_10  O01  C02  C01  C06  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_11  H2   C03  C02  C01  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_12  H4   C06  C01  C02  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_13  H3   C04  C03  C02  180.00   0.0  0
 ESE  CONST_14  H1   C01  C02  C03  180.00   0.0  0
 ESE  Var_01    C10  C11  C12  C07   54.37  30.0  1
 ESE  Var_02    C15  C14  C13  C09    1.00  30.0  1

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ESE  chir_01  C07  C12  C08  C05  positiv
 ESE  chir_02  C09  C13  C08  C10  positiv
 ESE  chir_03  C10  C11  C09  C15  negativ
 ESE  chir_04  C15  O02  C10  C14  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ESE  plan-1  C01  0.020
 ESE  plan-1  C02  0.020
 ESE  plan-1  C03  0.020
 ESE  plan-1  C04  0.020
 ESE  plan-1  C05  0.020
 ESE  plan-1  C06  0.020
 ESE  plan-1  C07  0.020
 ESE  plan-1  O01  0.020
 ESE  plan-1  H1   0.020
 ESE  plan-1  H2   0.020
 ESE  plan-1  H3   0.020
 ESE  plan-1  H4   0.020

