# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 08:53:10 2020
#   Inital geometry file: a 51 line input string
#   Ligand name: 3,5-dimethylphenol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1cc(C)cc(O)c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ERH  ERH  '3,5-dimethylphenol       '  ligand  19  9  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_ERH
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ERH  O01   O  OH1   0  -0.637   0.1600   2.7222  -0.1665
 ERH  C02   C  CR6   0   0.126   1.2637  -0.7250  -0.0215
 ERH  C03   C  CR6   0   0.127  -1.1620  -0.6902  -0.0448
 ERH  C04   C  CR16  0  -0.386   0.0388  -1.3910  -0.0067
 ERH  C05   C  CR16  0  -0.400   1.2789   0.6631  -0.0732
 ERH  C06   C  CR16  0  -0.446  -1.1332   0.7008  -0.1014
 ERH  C07   C  CR6   0   0.382   0.0828   1.3752  -0.1150
 ERH  C08   C  CH3   0  -0.724   2.5532  -1.4945  -0.0091
 ERH  C09   C  CH3   0  -0.725  -2.4778  -1.4127  -0.0081
 ERH  H01   H  HOH1  0   0.472  -0.7239   3.1044  -0.1954
 ERH  H04   H  HCR6  0   0.236   0.0215  -2.4743   0.0350
 ERH  H05   H  HCR6  0   0.249   2.2194   1.2026  -0.0825
 ERH  H081  H  HCH3  0   0.247   2.9681  -1.5754  -1.0161
 ERH  H082  H  HCH3  0   0.243   3.3059  -1.0066   0.6100
 ERH  H083  H  HCH3  0   0.242   2.4108  -2.5074   0.3659
 ERH  H06   H  HCR6  0   0.258  -2.0632   1.2607  -0.1331
 ERH  H091  H  HCH3  0   0.247  -2.9874  -1.2522   0.9436
 ERH  H092  H  HCH3  0   0.244  -3.1484  -1.0604  -0.7925
 ERH  H093  H  HCH3  0   0.243  -2.3460  -2.4865  -0.1337

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ERH  O01  C07   single    1.350  0.020  1.350
 ERH  C02  C04   aromatic  1.394  0.020  1.394
 ERH  C02  C05   aromatic  1.389  0.020  1.389
 ERH  C02  C08   single    1.502  0.020  1.502
 ERH  C03  C04   aromatic  1.391  0.020  1.391
 ERH  C03  C06   aromatic  1.392  0.020  1.392
 ERH  C03  C09   single    1.502  0.020  1.502
 ERH  C05  C07   aromatic  1.393  0.020  1.393
 ERH  C06  C07   aromatic  1.391  0.020  1.391
 ERH  O01  H01   single    0.850  0.020  0.980
 ERH  C04  H04   single    0.930  0.020  1.080
 ERH  C05  H05   single    0.930  0.020  1.080
 ERH  C08  H081  single    0.970  0.020  1.090
 ERH  C08  H082  single    0.970  0.020  1.090
 ERH  C08  H083  single    0.970  0.020  1.090
 ERH  C06  H06   single    0.930  0.020  1.080
 ERH  C09  H091  single    0.970  0.020  1.090
 ERH  C09  H092  single    0.970  0.020  1.090
 ERH  C09  H093  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ERH  H01   O01  C07   110.15  3.000
 ERH  C08   C02  C05   120.19  3.000
 ERH  C08   C02  C04   120.63  3.000
 ERH  C05   C02  C04   119.16  3.000
 ERH  C09   C03  C06   119.99  3.000
 ERH  C09   C03  C04   120.89  3.000
 ERH  C06   C03  C04   119.12  3.000
 ERH  H04   C04  C03   119.39  3.000
 ERH  H04   C04  C02   119.45  3.000
 ERH  C03   C04  C02   121.16  3.000
 ERH  H05   C05  C07   119.36  3.000
 ERH  H05   C05  C02   120.47  3.000
 ERH  C07   C05  C02   120.17  3.000
 ERH  H06   C06  C07   119.90  3.000
 ERH  H06   C06  C03   119.90  3.000
 ERH  C07   C06  C03   120.19  3.000
 ERH  C06   C07  C05   120.19  3.000
 ERH  C06   C07  O01   122.29  3.000
 ERH  C05   C07  O01   117.53  3.000
 ERH  H083  C08  H082  108.12  3.000
 ERH  H083  C08  H081  107.35  3.000
 ERH  H082  C08  H081  107.13  3.000
 ERH  H083  C08  C02   111.53  3.000
 ERH  H082  C08  C02   111.61  3.000
 ERH  H081  C08  C02   110.89  3.000
 ERH  H093  C09  H092  108.06  3.000
 ERH  H093  C09  H091  107.58  3.000
 ERH  H092  C09  H091  107.01  3.000
 ERH  H093  C09  C03   111.45  3.000
 ERH  H092  C09  C03   111.46  3.000
 ERH  H091  C09  C03   111.08  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ERH  CONST_01  C06   C03  C04  C02    0.00   0.0  0
 ERH  CONST_02  C06   C07  C05  C02    0.00   0.0  0
 ERH  CONST_03  C05   C02  C04  C03    0.00   0.0  0
 ERH  CONST_04  C05   C07  C06  C03    0.00   0.0  0
 ERH  CONST_05  C07   C05  C02  C04    0.00   0.0  0
 ERH  CONST_06  C07   C06  C03  C04    0.00   0.0  0
 ERH  CONST_07  C02   C05  C07  O01  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_08  C03   C06  C07  O01  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_09  C09   C03  C04  C02  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_10  C08   C02  C04  C03  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_11  C08   C02  C05  C07  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_12  C09   C03  C06  C07  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_13  H05   C05  C02  C04  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_14  H06   C06  C03  C04  180.00   0.0  0
 ERH  CONST_15  H04   C04  C02  C05  180.00   0.0  0
 ERH  Var_01    H081  C08  C02  C04   99.05  30.0  2
 ERH  Var_02    H091  C09  C03  C04  109.60  30.0  2

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ERH  plan-1  O01  0.020
 ERH  plan-1  C02  0.020
 ERH  plan-1  C03  0.020
 ERH  plan-1  C04  0.020
 ERH  plan-1  C05  0.020
 ERH  plan-1  C06  0.020
 ERH  plan-1  C07  0.020
 ERH  plan-1  C08  0.020
 ERH  plan-1  C09  0.020
 ERH  plan-1  H04  0.020
 ERH  plan-1  H05  0.020
 ERH  plan-1  H06  0.020

