# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Wed Jul 21 01:39:24 2021
#   Inital geometry file: a 71 line input string
#   Ligand name: phosphonooxy-[(4-thiophen-3-yl-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]borinic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OB(Cn1cc(nn1)c2cscc2)O[P](O)(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ERF  ERF  'phosphonooxy-[(4-thiophen-3-yl-1,2,3-triazol-1-yl)methyl]borinic acid'  ligand  27  18  .  2022-11-17  2022-11-17
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_ERF
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ERF  O4   O  OH1   0  -0.742  -16.8051  -14.2777  -41.8719
 ERF  P1   P  P     0   1.478  -15.6525  -13.1742  -41.8247
 ERF  O2   O  O     0  -0.688  -14.2711  -13.6823  -41.8571
 ERF  O3   O  OH1   0  -0.741  -16.1021  -12.1639  -42.9675
 ERF  O10  O  O2    0  -0.564  -15.9284  -12.3043  -40.5184
 ERF  B7   B  B     0   0.589  -17.0152  -11.6640  -39.9525
 ERF  O8   O  OH1   0  -0.592  -16.8225  -11.2375  -38.7002
 ERF  C6   C  CH2   0  -0.574  -18.3542  -11.4787  -40.7975
 ERF  N1   N  NR5   0  -0.236  -19.4156  -10.7284  -40.1470
 ERF  C2   C  CR15  0  -0.070  -20.5701  -10.3175  -40.6872
 ERF  C3   C  CR5   0   0.171  -21.2159   -9.6660  -39.6601
 ERF  N3   N  N     0  -0.299  -20.4171   -9.7261  -38.5735
 ERF  N2   N  N     0  -0.149  -19.3446  -10.3662  -38.8799
 ERF  C7   C  CR5   0   0.147  -22.5070   -8.9989  -39.6367
 ERF  C8   C  CR15  0  -0.594  -23.3391   -8.8726  -40.7139
 ERF  S1   S  S2    0   0.242  -24.7681   -8.0232  -40.3178
 ERF  C10  C  CR15  0  -0.469  -24.2690   -7.8236  -38.6909
 ERF  C11  C  CR15  0  -0.192  -23.0538   -8.3879  -38.4670
 ERF  H1   H  HOH1  0   0.503  -16.6004  -15.0860  -41.3816
 ERF  H2   H  HOH1  0   0.507  -15.9071  -12.4543  -43.8693
 ERF  H3   H  HOH1  0   0.498  -17.6327  -10.8123  -38.3560
 ERF  H4   H  HCH2  0   0.303  -18.1187  -10.9727  -41.7352
 ERF  H5   H  HCH2  0   0.302  -18.7504  -12.4597  -41.0717
 ERF  H6   H  HCR5  0   0.311  -20.8323  -10.5119  -41.7132
 ERF  H7   H  HCR5  0   0.291  -23.1851   -9.2339  -41.7197
 ERF  H8   H  HCR5  0   0.299  -24.8970   -7.3028  -37.9850
 ERF  H9   H  HCR5  0   0.267  -22.5596   -8.3775  -37.5065

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ERF  O2   P1   double    1.472  0.020  1.472
 ERF  O3   P1   single    1.590  0.020  1.590
 ERF  P1   O4   single    1.596  0.020  1.596
 ERF  P1   O10  single    1.593  0.020  1.593
 ERF  S1   C8   aromatic  1.709  0.020  1.709
 ERF  S1   C10  aromatic  1.713  0.020  1.713
 ERF  O10  B7   single    1.383  0.020  1.383
 ERF  C8   C7   aromatic  1.367  0.020  1.367
 ERF  C2   C3   aromatic  1.377  0.020  1.377
 ERF  C2   N1   aromatic  1.339  0.020  1.339
 ERF  C7   C3   single    1.453  0.020  1.453
 ERF  C7   C11  aromatic  1.429  0.020  1.429
 ERF  C10  C11  aromatic  1.358  0.020  1.358
 ERF  B7   C6   single    1.594  0.020  1.594
 ERF  B7   O8   single    1.337  0.020  1.337
 ERF  C6   N1   single    1.453  0.020  1.453
 ERF  C3   N3   aromatic  1.350  0.020  1.350
 ERF  N1   N2   aromatic  1.320  0.020  1.320
 ERF  N3   N2   aromatic  1.286  0.020  1.286
 ERF  O4   H1   single    0.850  0.020  0.980
 ERF  O3   H2   single    0.850  0.020  0.980
 ERF  O8   H3   single    0.850  0.020  0.980
 ERF  C6   H4   single    0.970  0.020  1.090
 ERF  C6   H5   single    0.970  0.020  1.090
 ERF  C2   H6   single    0.930  0.020  1.080
 ERF  C8   H7   single    0.930  0.020  1.080
 ERF  C10  H8   single    0.930  0.020  1.080
 ERF  C11  H9   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ERF  H1   O4   P1   114.20  3.000
 ERF  O10  P1   O3   101.15  3.000
 ERF  O10  P1   O2   111.65  3.000
 ERF  O3   P1   O2   117.95  3.000
 ERF  O10  P1   O4   106.06  3.000
 ERF  O3   P1   O4   102.35  3.000
 ERF  O2   P1   O4   115.99  3.000
 ERF  H2   O3   P1   114.98  3.000
 ERF  B7   O10  P1   136.42  3.000
 ERF  C6   B7   O8   125.49  3.000
 ERF  O8   B7   O10  114.70  3.000
 ERF  C6   B7   O10  119.81  3.000
 ERF  H3   O8   B7   110.44  3.000
 ERF  H5   C6   H4   106.19  3.000
 ERF  H5   C6   N1   108.11  3.000
 ERF  H4   C6   N1   107.63  3.000
 ERF  H5   C6   B7   109.46  3.000
 ERF  H4   C6   B7   109.15  3.000
 ERF  N1   C6   B7   115.86  3.000
 ERF  N2   N1   C2   110.45  3.000
 ERF  N2   N1   C6   122.15  3.000
 ERF  C2   N1   C6   127.40  3.000
 ERF  H6   C2   C3   133.00  3.000
 ERF  H6   C2   N1   122.61  3.000
 ERF  C3   C2   N1   104.39  3.000
 ERF  C7   C3   N3   122.22  3.000
 ERF  N3   C3   C2   107.56  3.000
 ERF  C7   C3   C2   130.22  3.000
 ERF  N2   N3   C3   108.90  3.000
 ERF  N3   N2   N1   108.69  3.000
 ERF  C11  C7   C8   111.88  3.000
 ERF  C11  C7   C3   123.33  3.000
 ERF  C8   C7   C3   124.78  3.000
 ERF  H7   C8   S1   120.10  3.000
 ERF  H7   C8   C7   128.04  3.000
 ERF  S1   C8   C7   111.86  3.000
 ERF  C10  S1   C8    91.97  3.000
 ERF  H8   C10  C11  127.84  3.000
 ERF  H8   C10  S1   120.52  3.000
 ERF  C11  C10  S1   111.64  3.000
 ERF  H9   C11  C10  123.49  3.000
 ERF  H9   C11  C7   123.85  3.000
 ERF  C10  C11  C7   112.65  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ERF  CONST_01  C7   C3   C2   N1    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_02  N3   C3   C2   N1      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_03  C3   N3   N2   N1      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_04  C8   C7   C3   C2      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_05  C11  C7   C3   C2    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_06  N2   N3   C3   C2      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_07  N3   N2   N1   C2      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_08  N2   N1   C2   C3      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_09  S1   C8   C7   C3    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_10  C10  C11  C7   C3    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_11  C8   C7   C3   N3    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_12  C11  C7   C3   N3      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_13  C7   C3   N3   N2    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_14  C10  S1   C8   C7      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_15  S1   C10  C11  C7      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_16  C11  C10  S1   C8      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_17  C10  C11  C7   C8      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_18  C11  C7   C8   S1      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_19  C3   C2   N1   C6    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_20  N3   N2   N1   C6    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_21  H7   C8   C7   C3      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_22  H9   C11  C7   C3      0.00   0.0  0
 ERF  CONST_23  H6   C2   C3   N3    180.00   0.0  0
 ERF  CONST_24  H8   C10  C11  C7    180.00   0.0  0
 ERF  Var_01    C2   N1   C6   B7    172.44  30.0  2
 ERF  Var_02    N1   C6   B7   O10  -176.68  30.0  3
 ERF  Var_03    C6   B7   O10  P1    -11.61  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ERF  plan-1  C6   0.020
 ERF  plan-1  N1   0.020
 ERF  plan-1  C2   0.020
 ERF  plan-1  C3   0.020
 ERF  plan-1  N3   0.020
 ERF  plan-1  N2   0.020
 ERF  plan-1  C7   0.020
 ERF  plan-1  H6   0.020
 ERF  plan-2  C3   0.020
 ERF  plan-2  C7   0.020
 ERF  plan-2  C8   0.020
 ERF  plan-2  S1   0.020
 ERF  plan-2  C10  0.020
 ERF  plan-2  C11  0.020
 ERF  plan-2  H7   0.020
 ERF  plan-2  H8   0.020
 ERF  plan-2  H9   0.020

