# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 12:45:06 2020
#   Inital geometry file: a 152 line input string
#   Ligand name: 4-[(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(2-phenylethynyl)-6H-naphthalen-2-yl]ethenyl]benzoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC1(C)CC=C(C#Cc2ccccc2)c3cc(/C=C/c4ccc(cc4)C(O)=O)ccc13
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EQO  EQO  '4-[(E)-2-[5,5-dimethyl-8-(2-phenylethynyl)-6H-naphthalen-2-yl]ethenyl]benzoic acid'  ligand  54  31  .  2021-08-08  2022-09-22
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_EQO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EQO  CAA   C  CH3    0  -0.627   4.2452   3.5958  -1.6088
 EQO  CAB   C  CH3    0  -0.661   3.8072   5.1525   0.2897
 EQO  OAC   O  O      0  -0.594  -8.5693  -0.7530  -0.2031
 EQO  OAD   O  OC    -1  -0.593  -7.4987  -2.6927   0.0397
 EQO  CAE   C  CSP    0   0.143   3.6460  -0.5808   0.2056
 EQO  CAF   C  CSP    0   0.107   3.5923  -1.7850   0.1245
 EQO  CAG   C  C1     0  -0.314  -2.4903   1.4063  -0.0096
 EQO  CAH   C  C1     0  -0.310  -1.2529   0.8994   0.0787
 EQO  CAI   C  C1     0  -0.315   4.8316   1.4777   0.5859
 EQO  CAJ   C  C1     0  -0.255   3.3295  -5.9814  -0.1281
 EQO  CAK   C  C1     0  -0.247   4.5171  -5.3822   0.2734
 EQO  CAL   C  C1     0  -0.247   2.2318  -5.1923  -0.4504
 EQO  CAM   C  C1     0  -0.300   4.6106  -4.0023   0.3555
 EQO  CAN   C  C1     0  -0.302   2.3167  -3.8119  -0.3715
 EQO  CAO   C  CR16   0  -0.306  -4.9466   1.3402  -0.1233
 EQO  CAP   C  CR16   0  -0.325  -3.7960  -0.7488   0.0792
 EQO  CAQ   C  CR16   0  -0.333   0.0630   3.0458  -0.0547
 EQO  CAR   C  CR16   0  -0.278  -6.1606   0.6719  -0.1423
 EQO  CAS   C  CR16   0  -0.264  -5.0101  -1.4105   0.0625
 EQO  CAT   C  CR16   0  -0.305   1.2870   3.6925  -0.0829
 EQO  CAU   C  CR16   0  -0.432   1.1993   0.9591   0.1741
 EQO  CAV   C  CH2    0  -0.449   4.8724   2.9583   0.7368
 EQO  CAW   C  C      0   0.396  -7.5461  -1.4526  -0.0727
 EQO  CAX   C  C      0  -0.067   3.6843   0.8375   0.3070
 EQO  CAY   C  C      0  -0.119   3.5088  -3.2024   0.0338
 EQO  CAZ   C  CR6    0   0.164  -3.7377   0.6467  -0.0146
 EQO  CBA   C  CR6    0   0.191  -0.0039   1.6565   0.0666
 EQO  CBB   C  CR6    0  -0.115  -6.2147  -0.7153  -0.0496
 EQO  CBC   C  CR6    0   0.108   2.4320   1.6026   0.1578
 EQO  CBD   C  CR6    0   0.129   2.4888   2.9977   0.0159
 EQO  CBE   C  CT     0  -0.198   3.8368   3.6842  -0.1301
 EQO  HAA   H  HCH3   0   0.229   5.2227   4.0577  -1.7647
 EQO  HAAA  H  HCH3   0   0.235   4.3054   2.5624  -1.9536
 EQO  HAAB  H  HCH3   0   0.233   3.5238   4.1165  -2.2402
 EQO  HAB   H  HCH3   0   0.237   3.1773   5.7575  -0.3627
 EQO  HABA  H  HCH3   0   0.234   3.4493   5.2715   1.3138
 EQO  HABB  H  HCH3   0   0.239   4.8151   5.5678   0.2388
 EQO  HAG   H  H      0   0.250  -2.6173   2.4816  -0.0914
 EQO  HAH   H  H      0   0.247  -1.1251  -0.1756   0.1621
 EQO  HAI   H  H      0   0.263   5.7411   0.9104   0.7415
 EQO  HAJ   H  H      0   0.263   3.2595  -7.0593  -0.1898
 EQO  HAK   H  H      0   0.263   5.3745  -5.9919   0.5262
 EQO  HAL   H  H      0   0.264   1.3052  -5.6536  -0.7653
 EQO  HAM   H  H      0   0.260   5.5352  -3.5376   0.6716
 EQO  HAN   H  H      0   0.259   1.4609  -3.1994  -0.6241
 EQO  HAO   H  HCR6   0   0.246  -4.9310   2.4219  -0.1949
 EQO  HAP   H  HCR6   0   0.243  -2.8875  -1.3316   0.1665
 EQO  HAQ   H  HCR6   0   0.252  -0.8391   3.6383  -0.1372
 EQO  HAR   H  HCR6   0   0.243  -7.0790   1.2367  -0.2323
 EQO  HAS   H  HCR6   0   0.244  -5.0272  -2.4899   0.1357
 EQO  HAT   H  HCR6   0   0.253   1.2936   4.7690  -0.1897
 EQO  HAU   H  HCR6   0   0.243   1.1667  -0.1200   0.2757
 EQO  HAV   H  HCH2   0   0.262   4.7098   3.2048   1.7954
 EQO  HAVA  H  HCH2   0   0.254   5.8706   3.3307   0.4953

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 EQO  CAA  CBE   single    1.537  0.020  1.537
 EQO  CAA  HAA   single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAA  HAAA  single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAA  HAAB  single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAB  CBE   single    1.527  0.020  1.527
 EQO  CAB  HAB   single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAB  HABA  single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAB  HABB  single    0.970  0.020  1.090
 EQO  OAC  CAW   deloc     1.246  0.020  1.246
 EQO  OAD  CAW   deloc     1.246  0.020  1.246
 EQO  CAE  CAF   triple    1.208  0.020  1.208
 EQO  CAE  CAX   single    1.422  0.020  1.422
 EQO  CAF  CAY   single    1.423  0.020  1.423
 EQO  CAG  CAH   double    1.340  0.020  1.340
 EQO  CAG  CAZ   single    1.460  0.020  1.460
 EQO  CAG  HAG   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAH  CBA   single    1.461  0.020  1.461
 EQO  CAH  HAH   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAI  CAV   single    1.489  0.020  1.489
 EQO  CAI  CAX   double    1.343  0.020  1.343
 EQO  CAI  HAI   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAJ  CAK   aromatic  1.389  0.020  1.389
 EQO  CAJ  CAL   aromatic  1.390  0.020  1.390
 EQO  CAJ  HAJ   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAK  CAM   aromatic  1.385  0.020  1.385
 EQO  CAK  HAK   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAL  CAN   aromatic  1.385  0.020  1.385
 EQO  CAL  HAL   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAM  CAY   aromatic  1.399  0.020  1.399
 EQO  CAM  HAM   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAN  CAY   aromatic  1.399  0.020  1.399
 EQO  CAN  HAN   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAO  CAR   aromatic  1.386  0.020  1.386
 EQO  CAO  CAZ   aromatic  1.398  0.020  1.398
 EQO  CAO  HAO   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAP  CAS   aromatic  1.383  0.020  1.383
 EQO  CAP  CAZ   aromatic  1.400  0.020  1.400
 EQO  CAP  HAP   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAQ  CAT   aromatic  1.385  0.020  1.385
 EQO  CAQ  CBA   aromatic  1.396  0.020  1.396
 EQO  CAQ  HAQ   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAR  CBB   aromatic  1.391  0.020  1.391
 EQO  CAR  HAR   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAS  CBB   aromatic  1.395  0.020  1.395
 EQO  CAS  HAS   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAT  CBD   aromatic  1.392  0.020  1.392
 EQO  CAT  HAT   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAU  CBA   aromatic  1.395  0.020  1.395
 EQO  CAU  CBC   aromatic  1.391  0.020  1.391
 EQO  CAU  HAU   single    0.930  0.020  1.080
 EQO  CAV  CBE   single    1.533  0.020  1.533
 EQO  CAV  HAV   single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAV  HAVA  single    0.970  0.020  1.090
 EQO  CAW  CBB   single    1.522  0.020  1.522
 EQO  CAX  CBC   single    1.475  0.020  1.475
 EQO  CBC  CBD   aromatic  1.403  0.020  1.403
 EQO  CBD  CBE   single    1.520  0.020  1.520

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 EQO  HAAB  CAA  HAAA  107.80  3.000
 EQO  HAAB  CAA  HAA   107.90  3.000
 EQO  HAAA  CAA  HAA   107.82  3.000
 EQO  HAAB  CAA  CBE   110.71  3.000
 EQO  HAAA  CAA  CBE   111.92  3.000
 EQO  HAA   CAA  CBE   110.54  3.000
 EQO  HABB  CAB  HABA  107.77  3.000
 EQO  HABB  CAB  HAB   107.13  3.000
 EQO  HABA  CAB  HAB   108.16  3.000
 EQO  HABB  CAB  CBE   109.57  3.000
 EQO  HABA  CAB  CBE   111.66  3.000
 EQO  HAB   CAB  CBE   112.35  3.000
 EQO  CAX   CAE  CAF   180.00  3.000
 EQO  CAY   CAF  CAE   180.00  3.000
 EQO  HAG   CAG  CAZ   114.51  3.000
 EQO  HAG   CAG  CAH   119.17  3.000
 EQO  CAZ   CAG  CAH   126.31  3.000
 EQO  HAH   CAH  CBA   114.41  3.000
 EQO  HAH   CAH  CAG   119.22  3.000
 EQO  CBA   CAH  CAG   126.37  3.000
 EQO  HAI   CAI  CAX   119.84  3.000
 EQO  HAI   CAI  CAV   118.90  3.000
 EQO  CAX   CAI  CAV   121.23  3.000
 EQO  HAJ   CAJ  CAL   120.09  3.000
 EQO  HAJ   CAJ  CAK   120.09  3.000
 EQO  CAL   CAJ  CAK   119.82  3.000
 EQO  HAK   CAK  CAM   119.59  3.000
 EQO  HAK   CAK  CAJ   120.12  3.000
 EQO  CAM   CAK  CAJ   120.29  3.000
 EQO  HAL   CAL  CAN   119.60  3.000
 EQO  HAL   CAL  CAJ   120.12  3.000
 EQO  CAN   CAL  CAJ   120.28  3.000
 EQO  HAM   CAM  CAY   119.64  3.000
 EQO  HAM   CAM  CAK   120.18  3.000
 EQO  CAY   CAM  CAK   120.18  3.000
 EQO  HAN   CAN  CAY   119.66  3.000
 EQO  HAN   CAN  CAL   120.14  3.000
 EQO  CAY   CAN  CAL   120.19  3.000
 EQO  HAO   CAO  CAZ   119.19  3.000
 EQO  HAO   CAO  CAR   119.52  3.000
 EQO  CAZ   CAO  CAR   121.29  3.000
 EQO  HAP   CAP  CAZ   120.47  3.000
 EQO  HAP   CAP  CAS   118.69  3.000
 EQO  CAZ   CAP  CAS   120.84  3.000
 EQO  HAQ   CAQ  CBA   120.75  3.000
 EQO  HAQ   CAQ  CAT   118.65  3.000
 EQO  CBA   CAQ  CAT   120.59  3.000
 EQO  HAR   CAR  CBB   119.53  3.000
 EQO  HAR   CAR  CAO   119.54  3.000
 EQO  CBB   CAR  CAO   120.93  3.000
 EQO  HAS   CAS  CBB   119.26  3.000
 EQO  HAS   CAS  CAP   119.37  3.000
 EQO  CBB   CAS  CAP   121.37  3.000
 EQO  HAT   CAT  CBD   119.91  3.000
 EQO  HAT   CAT  CAQ   118.17  3.000
 EQO  CBD   CAT  CAQ   121.92  3.000
 EQO  HAU   CAU  CBC   119.22  3.000
 EQO  HAU   CAU  CBA   118.61  3.000
 EQO  CBC   CAU  CBA   122.17  3.000
 EQO  HAVA  CAV  HAV   105.76  3.000
 EQO  HAVA  CAV  CBE   109.32  3.000
 EQO  HAV   CAV  CBE   109.78  3.000
 EQO  HAVA  CAV  CAI   109.98  3.000
 EQO  HAV   CAV  CAI   108.46  3.000
 EQO  CBE   CAV  CAI   113.27  3.000
 EQO  CBB   CAW  OAD   116.58  3.000
 EQO  CBB   CAW  OAC   116.60  3.000
 EQO  OAD   CAW  OAC   126.82  3.000
 EQO  CBC   CAX  CAI   119.93  3.000
 EQO  CBC   CAX  CAE   119.15  3.000
 EQO  CAI   CAX  CAE   120.87  3.000
 EQO  CAN   CAY  CAM   119.25  3.000
 EQO  CAN   CAY  CAF   120.17  3.000
 EQO  CAM   CAY  CAF   120.58  3.000
 EQO  CAP   CAZ  CAO   117.63  3.000
 EQO  CAP   CAZ  CAG   123.63  3.000
 EQO  CAO   CAZ  CAG   118.74  3.000
 EQO  CAU   CBA  CAQ   117.57  3.000
 EQO  CAU   CBA  CAH   118.54  3.000
 EQO  CAQ   CBA  CAH   123.89  3.000
 EQO  CAW   CBB  CAS   121.00  3.000
 EQO  CAW   CBB  CAR   121.06  3.000
 EQO  CAS   CBB  CAR   117.94  3.000
 EQO  CBD   CBC  CAX   119.44  3.000
 EQO  CBD   CBC  CAU   119.80  3.000
 EQO  CAX   CBC  CAU   120.75  3.000
 EQO  CBE   CBD  CBC   119.65  3.000
 EQO  CBE   CBD  CAT   122.25  3.000
 EQO  CBC   CBD  CAT   117.94  3.000
 EQO  CBD   CBE  CAV   109.32  3.000
 EQO  CBD   CBE  CAB   113.00  3.000
 EQO  CAV   CBE  CAB   108.23  3.000
 EQO  CBD   CBE  CAA   107.59  3.000
 EQO  CAV   CBE  CAA   109.71  3.000
 EQO  CAB   CBE  CAA   108.96  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 EQO  CONST_01  CAY  CAM  CAK  CAJ     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_02  CAY  CAN  CAL  CAJ     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_03  CAN  CAL  CAJ  CAK     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_04  CAN  CAY  CAM  CAK     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_05  CAM  CAK  CAJ  CAL     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_06  CAM  CAY  CAN  CAL     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_07  CAS  CBB  CAR  CAO     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_08  CAS  CAP  CAZ  CAO     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_09  CAR  CBB  CAS  CAP     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_10  CAR  CAO  CAZ  CAP     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_11  CBC  CBD  CAT  CAQ     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_12  CBC  CAU  CBA  CAQ     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_13  CAU  CBA  CAQ  CAT     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_14  CAU  CBC  CBD  CAT     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_15  CBB  CAR  CAO  CAZ     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_16  CBB  CAS  CAP  CAZ     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_17  CBD  CAT  CAQ  CBA     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_18  CBD  CBC  CAU  CBA     0.00   0.0  0
 EQO  CONST_19  CAK  CAM  CAY  CAF   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_20  CAL  CAN  CAY  CAF   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_21  CAR  CAO  CAZ  CAG   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_22  CAS  CAP  CAZ  CAG   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_23  CAT  CAQ  CBA  CAH   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_24  CBC  CAU  CBA  CAH   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_25  CAW  CBB  CAR  CAO   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_26  CAW  CBB  CAS  CAP   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_27  HAM  CAM  CAK  CAJ   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_28  HAN  CAN  CAL  CAJ   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_29  HAL  CAL  CAJ  CAK   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_30  HAK  CAK  CAJ  CAL   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_31  HAJ  CAJ  CAK  CAM   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_32  HAP  CAP  CAZ  CAO   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_33  HAO  CAO  CAZ  CAP   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_34  HAU  CAU  CBA  CAQ   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_35  HAS  CAS  CBB  CAR   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_36  HAR  CAR  CBB  CAS   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_37  HAQ  CAQ  CBA  CAU   180.00   0.0  0
 EQO  CONST_38  HAT  CAT  CAQ  CBA   180.00   0.0  0
 EQO  Var_01    CBD  CBE  CAV  CAI    46.70  30.0  1
 EQO  Var_02    CAU  CBC  CAX  CAI  -165.24  30.0  1
 EQO  Var_03    CAV  CBE  CBD  CAT   148.88  30.0  1
 EQO  Var_04    CBC  CAX  CAI  CAV    -0.59  30.0  1
 EQO  Var_05    CBE  CAV  CAI  CAX   -30.98  30.0  1
 EQO  Var_06    CBA  CAH  CAG  CAZ   179.15   0.0  2
 EQO  Var_07    CAR  CBB  CAW  OAC     1.29  30.0  2
 EQO  Var_08    CAI  CAX  CAE  CAF   154.98  30.0  3
 EQO  Var_09    CAQ  CBA  CAH  CAG    -0.64  30.0  2
 EQO  Var_10    CAO  CAZ  CAG  CAH  -179.57  30.0  2
 EQO  Var_11    HAA  CAA  CBE  CAV   -59.92  30.0  3
 EQO  Var_12    HAB  CAB  CBE  CAV   173.27  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 EQO  plan-1  CAE  0.020
 EQO  plan-1  CAF  0.020
 EQO  plan-1  CAJ  0.020
 EQO  plan-1  CAK  0.020
 EQO  plan-1  CAL  0.020
 EQO  plan-1  CAM  0.020
 EQO  plan-1  CAN  0.020
 EQO  plan-1  CAY  0.020
 EQO  plan-1  HAJ  0.020
 EQO  plan-1  HAK  0.020
 EQO  plan-1  HAL  0.020
 EQO  plan-1  HAM  0.020
 EQO  plan-1  HAN  0.020
 EQO  plan-2  CAG  0.020
 EQO  plan-2  CAO  0.020
 EQO  plan-2  CAP  0.020
 EQO  plan-2  CAR  0.020
 EQO  plan-2  CAS  0.020
 EQO  plan-2  CAW  0.020
 EQO  plan-2  CAZ  0.020
 EQO  plan-2  CBB  0.020
 EQO  plan-2  HAO  0.020
 EQO  plan-2  HAP  0.020
 EQO  plan-2  HAR  0.020
 EQO  plan-2  HAS  0.020
 EQO  plan-3  CAH  0.020
 EQO  plan-3  CAQ  0.020
 EQO  plan-3  CAT  0.020
 EQO  plan-3  CAU  0.020
 EQO  plan-3  CAX  0.020
 EQO  plan-3  CBA  0.020
 EQO  plan-3  CBC  0.020
 EQO  plan-3  CBD  0.020
 EQO  plan-3  CBE  0.020
 EQO  plan-3  HAQ  0.020
 EQO  plan-3  HAT  0.020
 EQO  plan-3  HAU  0.020
 EQO  plan-4  OAC  0.020
 EQO  plan-4  OAD  0.020
 EQO  plan-4  CAW  0.020
 EQO  plan-4  CBB  0.020
 EQO  plan-5  CAG  0.020
 EQO  plan-5  CAH  0.020
 EQO  plan-5  CAZ  0.020
 EQO  plan-5  CBA  0.020
 EQO  plan-5  HAG  0.020
 EQO  plan-5  HAH  0.020

