# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version 1.18.1-3865-
#   - file written: Fri May 22 20:54:52 2020
#   Inital geometry file: a 204 line input string
#   Ligand name: [2-azanyl-3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]imidazol-1-yl]-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NC1=Nc2n(cnc2C(=O)N1)[C@@H]3O[C@H](CO[P](O)(=O)n4cc[n](c4N)[P](O)(=O)OC[C@H]5O[C@H]([C@H](O)[C@@H]5O)n6cnc7C(=O)NC(=Nc67)N)[C@@H](O)[C@H]3O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EQ1  EQ1  '[2-azanyl-3-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]imidazol-1-yl]-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy]phosphinic acid'  ligand  80  52  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_EQ1
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EQ1  PA   P  P      0   1.400  26.7531   7.3856  41.0971
 EQ1  PG   P  P      0   1.402  29.9984  10.0619  37.4288
 EQ1  C1C  C  C      0   0.846  28.5554   8.7208  39.4215
 EQ1  C1D  C  CH1    0   0.178  27.9790  11.2694  44.3655
 EQ1  C1E  C  CR15   0   0.194  30.2055  14.3570  40.5901
 EQ1  N1A  N  NH1    0  -0.750  32.9647  11.3294  44.7003
 EQ1  N1B  N  NR16   0  -0.714  34.5250  14.6746  43.0905
 EQ1  N1C  N  N      0  -0.674  27.3105   8.2754  39.6550
 EQ1  O1A  O  OP    -1  -0.743  27.8948   6.5143  41.4915
 EQ1  O1G  O  OP    -1  -0.738  31.1924   9.3647  37.9834
 EQ1  C2A  C  C      0   0.645  32.0426  12.2778  45.0011
 EQ1  C2B  C  CR6    0   0.613  33.6174  15.6254  42.7770
 EQ1  C2C  C  C1     0  -0.115  27.3175   9.1952  37.6503
 EQ1  C2D  C  CH1    0  -0.088  28.0722  12.2981  43.2264
 EQ1  C2E  C  CR15   0  -0.070  30.6620  15.3134  39.4769
 EQ1  N2A  N  NH2    0  -0.834  32.5219  13.4736  45.4196
 EQ1  N2B  N  NH2    0  -0.840  33.9324  16.9108  43.1137
 EQ1  N2C  N  N      0  -0.677  28.5915   9.2916  38.2060
 EQ1  O2A  O  O      0  -0.741  25.3884   6.9210  40.7396
 EQ1  O2D  O  OH1    0  -0.662  27.3188  13.4437  43.5112
 EQ1  O2E  O  OH1    0  -0.662  29.8039  16.4152  39.3753
 EQ1  O2G  O  O      0  -0.741  29.6328  10.1404  35.9916
 EQ1  C3C  C  C1     0  -0.107  26.5323   8.5732  38.5394
 EQ1  C3D  C  CH1    0  -0.010  27.3818  11.5296  42.1004
 EQ1  C3E  C  CR15   0   0.014  30.4577  14.4308  38.2453
 EQ1  N3A  N  N      0  -0.519  30.7409  12.1001  44.9662
 EQ1  N3B  N  N      0  -0.552  32.5005  15.3975  42.1381
 EQ1  N3C  N  NH2    0  -0.853  29.5769   8.6623  40.2775
 EQ1  O3D  O  OH1    0  -0.685  26.8592  12.3133  41.0735
 EQ1  O3E  O  OH1    0  -0.661  30.3172  15.1011  37.0307
 EQ1  C4A  C  CR5    0   0.486  30.4119  10.8579  44.5862
 EQ1  C4B  C  CR56   0   0.407  32.3623  14.0818  41.7931
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 EQ1  C4E  C  CR15   0   0.016  29.1548  13.7228  38.5973
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 EQ1  C5A  C  CR5    0  -0.088  31.2462   9.7924  44.3224
 EQ1  C5B  C  CR56   0  -0.022  33.1980  13.0224  42.0719
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 EQ1  O5E  O  O2     0  -0.595  29.9487  11.5157  38.1427
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 EQ1  H4   H  HNR6   0   0.387  35.4009  14.9796  43.4874

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
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 EQ1  N2C  C1C  aromatic  1.343  0.020  1.343
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 EQ1  C3C  N1C  aromatic  1.392  0.020  1.392
 EQ1  C3E  C4E  single    1.524  0.020  1.524
 EQ1  C3E  C2E  single    1.529  0.020  1.529
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 EQ1  C1C  N3C  single    1.334  0.020  1.334
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 EQ1  C2E  C1E  single    1.537  0.020  1.537
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 EQ1  O3D  C3D  single    1.393  0.020  1.393
 EQ1  PA   O2A  deloc     1.485  0.020  1.485
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 EQ1  C4B  N3B  single    1.367  0.020  1.367
 EQ1  C3D  C4D  single    1.525  0.020  1.525
 EQ1  C3D  C2D  single    1.528  0.020  1.528
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 EQ1  N9A  C4A  aromatic  1.361  0.020  1.361
 EQ1  C5A  C4A  aromatic  1.379  0.020  1.379
 EQ1  C5A  C6A  single    1.428  0.020  1.428
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 EQ1  O6A  C6A  double    1.226  0.020  1.226
 EQ1  C6A  N1A  single    1.389  0.020  1.389
 EQ1  N3A  C2A  double    1.314  0.020  1.314
 EQ1  N1A  C2A  single    1.357  0.020  1.357
 EQ1  C2A  N2A  single    1.355  0.020  1.355
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 EQ1  N1B  H4   single    0.860  0.020  1.020
 EQ1  C2C  H7   single    0.930  0.020  1.080
 EQ1  C2D  H8   single    0.970  0.020  1.090
 EQ1  C2E  H9   single    0.970  0.020  1.090
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 EQ1  Var_04    C4E  C5E  O5E  PG   -175.57  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
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_chem_comp_chir.volume_sign
 EQ1  chir_03  C1D  C2D  O4D  N9A  negativ
 EQ1  chir_04  C1E  C2E  O4E  N9B  negativ
 EQ1  chir_05  C2D  C3D  O2D  C1D  negativ
 EQ1  chir_06  C2E  C3E  O2E  C1E  negativ
 EQ1  chir_07  C3D  O3D  C4D  C2D  positiv
 EQ1  chir_08  C3E  O3E  C4E  C2E  positiv
 EQ1  chir_09  C4D  C3D  C5D  O4D  negativ
 EQ1  chir_10  C4E  C5E  C3E  O4E  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
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_chem_comp_plane_atom.dist_esd
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 EQ1  plan-4  N3B  0.020
 EQ1  plan-4  C4B  0.020
 EQ1  plan-4  C5B  0.020
 EQ1  plan-4  C6B  0.020
 EQ1  plan-4  O6B  0.020
 EQ1  plan-4  N7B  0.020
 EQ1  plan-4  C8B  0.020
 EQ1  plan-4  N9B  0.020
 EQ1  plan-4  H12  0.020
 EQ1  plan-4  H13  0.020
 EQ1  plan-4  H30  0.020
 EQ1  plan-4  H4   0.020

