# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 01:49:09 2020
#   Inital geometry file: a 139 line input string
#   Ligand name: (4Z)-2,8:7,12:11,15:14,18:17,22-pentaanhydro-4,5,6,9,10,13,19,20,21-nonadeoxy-L-arabino-L-allo-L-allo-docosa-4,9,20-trienitol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC[C@H]1O[C@H]2C=C[C@H]3O[C@@H]4[C@@H](C[C@@H]3O[C@@H]2C\C=C/[C@@H]1O)O[C@H]5CC=CCO[C@@H]5[C@H]4O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ENE  ENE  (4Z)-2,8:7,12:11,15:14,18:17,22-pentaanhydro-4,5,6,9,10,13,19,20,21-nonadeoxy-L-arabino-L-allo-L-allo-docosa-4,9,20-trienitol  ligand  60  30  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_ENE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ENE  OAB   O  OH1   0  -0.667  -5.6435   1.1659   1.8235
 ENE  CAT   C  CH1   0  -0.017  -6.1853   0.8199   0.5645
 ENE  CAG   C  C1    0  -0.255  -5.8595   1.7966  -0.5290
 ENE  CAF   C  C1    0  -0.211  -4.6707   2.3482  -0.7643
 ENE  CAM   C  CH2   0  -0.528  -3.4001   2.2046   0.0284
 ENE  CAY   C  CH1   0   0.047  -2.5806   0.9342  -0.2327
 ENE  OAR   O  O2    0  -0.512  -1.3548   1.1359   0.4409
 ENE  CAZ   C  CH1   0   0.048  -0.2166   0.5178  -0.1023
 ENE  CAN   C  CH2   0  -0.522   0.9907   1.4055   0.1719
 ENE  CBB   C  CH1   0   0.041   2.2528   0.6855  -0.2632
 ENE  OAS   O  O2    0  -0.502   3.3810   1.4475   0.0855
 ENE  CBA   C  CH1   0   0.054   4.5910   0.8926  -0.3982
 ENE  CAL   C  CH2   0  -0.536   5.6920   1.8734  -0.0124
 ENE  CAE   C  C1    0  -0.224   7.0471   1.5920  -0.5961
 ENE  CAD   C  C1    0  -0.255   7.7004   0.4364  -0.5270
 ENE  CAJ   C  CH2   0  -0.231   7.1570  -0.8090   0.1153
 ENE  OAO   O  O2    0  -0.497   5.8819  -1.1841  -0.3638
 ENE  CBC   C  CH1   0   0.015   4.7837  -0.5093   0.1966
 ENE  CAW   C  CH1   0  -0.003   3.5680  -1.4044  -0.0582
 ENE  OAC   O  OH1   0  -0.666   3.6747  -2.6253   0.6265
 ENE  CBD   C  CH1   0   0.035   2.3173  -0.6869   0.4011
 ENE  OAQ   O  O2    0  -0.509   1.1838  -1.4426   0.0539
 ENE  CAV   C  CH1   0   0.037  -0.0184  -0.8617   0.5254
 ENE  CAI   C  C1    0  -0.280  -1.1194  -1.8297   0.2232
 ENE  CAH   C  C1    0  -0.234  -2.4264  -1.6101   0.1158
 ENE  CAU   C  CH1   0   0.020  -3.2487  -0.3531   0.2688
 ENE  OAP   O  O2    0  -0.503  -4.4315  -0.5506  -0.4753
 ENE  CAX   C  CH1   0  -0.009  -5.6592  -0.5848   0.2016
 ENE  CAK   C  CH2   0  -0.165  -6.6453  -1.3026  -0.7001
 ENE  OAA   O  OH1   0  -0.666  -6.1799  -2.6087  -0.9359
 ENE  HAA   H  HOH1  0   0.455  -6.8321  -3.0609  -1.4783
 ENE  HAK1  H  HCH2  0   0.203  -7.6212  -1.3059  -0.1995
 ENE  HAK2  H  HCH2  0   0.202  -6.7690  -0.7392  -1.6356
 ENE  HAX   H  HCH1  0   0.233  -5.5715  -1.1558   1.1385
 ENE  HAU   H  HCH1  0   0.237  -3.4724  -0.2279   1.3377
 ENE  HAH   H  H     0   0.251  -3.0433  -2.4841  -0.0701
 ENE  HAI   H  H     0   0.253  -0.7880  -2.8589   0.1219
 ENE  HAV   H  HCH1  0   0.231   0.0482  -0.7261   1.6194
 ENE  HBD   H  HCH1  0   0.220   2.3593  -0.5446   1.4948
 ENE  HAW   H  HCH1  0   0.212   3.4886  -1.5668  -1.1459
 ENE  HAC   H  HOH1  0   0.451   4.4739  -3.0670   0.3205
 ENE  HBC   H  HCH1  0   0.216   4.9160  -0.4044   1.2866
 ENE  HAJ1  H  HCH2  0   0.248   7.8208  -1.6490  -0.0920
 ENE  HAJ2  H  HCH2  0   0.223   7.1299  -0.6878   1.2080
 ENE  HAD   H  H     0   0.253   8.6931   0.3709  -0.9584
 ENE  HAE   H  H     0   0.253   7.5356   2.4239  -1.0907
 ENE  HAL1  H  HCH2  0   0.260   5.3737   2.8687  -0.3270
 ENE  HAL2  H  HCH2  0   0.253   5.7651   1.9065   1.0815
 ENE  HBA   H  HCH1  0   0.220   4.5492   0.8065  -1.4951
 ENE  HBB   H  HCH1  0   0.218   2.2243   0.5358  -1.3555
 ENE  HAN1  H  HCH2  0   0.260   0.8838   2.3529  -0.3613
 ENE  HAN2  H  HCH2  0   0.240   1.0471   1.6263   1.2433
 ENE  HAZ   H  HCH1  0   0.224  -0.3283   0.3893  -1.1888
 ENE  HAY   H  HCH1  0   0.219  -2.4064   0.8305  -1.3138
 ENE  HAM1  H  HCH2  0   0.249  -2.7495   3.0427  -0.2294
 ENE  HAM2  H  HCH2  0   0.247  -3.5940   2.2786   1.0986
 ENE  HAF   H  H     0   0.243  -4.6010   2.9988  -1.6303
 ENE  HAG   H  H     0   0.247  -6.6674   2.0149  -1.2199
 ENE  HAT   H  HCH1  0   0.226  -7.2791   0.7505   0.6493
 ENE  HAB   H  HOH1  0   0.451  -5.8716   2.0840   2.0020

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ENE  OAB  CAT   single  1.414  0.020  1.414
 ENE  OAB  HAB   single  0.850  0.020  0.980
 ENE  CAT  CAG   single  1.502  0.020  1.502
 ENE  CAT  CAX   single  1.543  0.020  1.543
 ENE  CAT  HAT   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAG  CAF   double  1.331  0.020  1.331
 ENE  CAG  HAG   single  0.930  0.020  1.080
 ENE  CAF  CAM   single  1.504  0.020  1.504
 ENE  CAF  HAF   single  0.930  0.020  1.080
 ENE  CAM  CAY   single  1.534  0.020  1.534
 ENE  CAM  HAM1  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAM  HAM2  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAY  OAR   single  1.413  0.020  1.413
 ENE  CAY  CAU   single  1.535  0.020  1.535
 ENE  CAY  HAY   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  OAR  CAZ   single  1.405  0.020  1.405
 ENE  CAZ  CAN   single  1.523  0.020  1.523
 ENE  CAZ  CAV   single  1.528  0.020  1.528
 ENE  CAZ  HAZ   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAN  CBB   single  1.517  0.020  1.517
 ENE  CAN  HAN1  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAN  HAN2  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CBB  OAS   single  1.405  0.020  1.405
 ENE  CBB  CBD   single  1.526  0.020  1.526
 ENE  CBB  HBB   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  OAS  CBA   single  1.416  0.020  1.416
 ENE  CBA  CAL   single  1.524  0.020  1.524
 ENE  CBA  CBC   single  1.535  0.020  1.535
 ENE  CBA  HBA   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAL  CAE   single  1.502  0.020  1.502
 ENE  CAL  HAL1  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAL  HAL2  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAE  CAD   double  1.329  0.020  1.329
 ENE  CAE  HAE   single  0.930  0.020  1.080
 ENE  CAD  CAJ   single  1.503  0.020  1.503
 ENE  CAD  HAD   single  0.930  0.020  1.080
 ENE  CAJ  OAO   single  1.413  0.020  1.413
 ENE  CAJ  HAJ1  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAJ  HAJ2  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  OAO  CBC   single  1.405  0.020  1.405
 ENE  CBC  CAW   single  1.531  0.020  1.531
 ENE  CBC  HBC   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAW  CBD   single  1.513  0.020  1.513
 ENE  CAW  HAW   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAW  OAC   single  1.404  0.020  1.404
 ENE  OAC  HAC   single  0.850  0.020  0.980
 ENE  CBD  OAQ   single  1.406  0.020  1.406
 ENE  CBD  HBD   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  OAQ  CAV   single  1.416  0.020  1.416
 ENE  CAV  CAI   single  1.497  0.020  1.497
 ENE  CAV  HAV   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAI  CAH   double  1.330  0.020  1.330
 ENE  CAI  HAI   single  0.930  0.020  1.080
 ENE  CAH  CAU   single  1.510  0.020  1.510
 ENE  CAH  HAH   single  0.930  0.020  1.080
 ENE  CAU  OAP   single  1.411  0.020  1.411
 ENE  CAU  HAU   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  OAP  CAX   single  1.402  0.020  1.402
 ENE  CAX  CAK   single  1.517  0.020  1.517
 ENE  CAX  HAX   single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAK  OAA   single  1.406  0.020  1.406
 ENE  CAK  HAK1  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  CAK  HAK2  single  0.970  0.020  1.090
 ENE  OAA  HAA   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ENE  HAB   OAB  CAT   107.92  3.000
 ENE  HAT   CAT  CAX   107.46  3.000
 ENE  HAT   CAT  CAG   108.25  3.000
 ENE  CAX   CAT  CAG   110.29  3.000
 ENE  HAT   CAT  OAB   109.15  3.000
 ENE  CAX   CAT  OAB   107.55  3.000
 ENE  CAG   CAT  OAB   113.96  3.000
 ENE  HAG   CAG  CAF   117.96  3.000
 ENE  HAG   CAG  CAT   115.64  3.000
 ENE  CAF   CAG  CAT   126.29  3.000
 ENE  HAF   CAF  CAM   115.05  3.000
 ENE  HAF   CAF  CAG   116.53  3.000
 ENE  CAM   CAF  CAG   128.41  3.000
 ENE  HAM2  CAM  HAM1  106.59  3.000
 ENE  HAM2  CAM  CAY   108.56  3.000
 ENE  HAM1  CAM  CAY   106.09  3.000
 ENE  HAM2  CAM  CAF   111.14  3.000
 ENE  HAM1  CAM  CAF   107.79  3.000
 ENE  CAY   CAM  CAF   116.14  3.000
 ENE  HAY   CAY  CAU   108.12  3.000
 ENE  HAY   CAY  OAR   110.16  3.000
 ENE  CAU   CAY  OAR   109.98  3.000
 ENE  HAY   CAY  CAM   109.26  3.000
 ENE  CAU   CAY  CAM   113.98  3.000
 ENE  OAR   CAY  CAM   105.31  3.000
 ENE  CAZ   OAR  CAY   117.12  3.000
 ENE  HAZ   CAZ  CAV   108.27  3.000
 ENE  HAZ   CAZ  CAN   109.05  3.000
 ENE  CAV   CAZ  CAN   110.44  3.000
 ENE  HAZ   CAZ  OAR   110.56  3.000
 ENE  CAV   CAZ  OAR   110.08  3.000
 ENE  CAN   CAZ  OAR   108.43  3.000
 ENE  HAN2  CAN  HAN1  107.92  3.000
 ENE  HAN2  CAN  CBB   109.48  3.000
 ENE  HAN1  CAN  CBB   110.68  3.000
 ENE  HAN2  CAN  CAZ   109.53  3.000
 ENE  HAN1  CAN  CAZ   109.87  3.000
 ENE  CBB   CAN  CAZ   109.34  3.000
 ENE  HBB   CBB  CBD   108.07  3.000
 ENE  HBB   CBB  OAS   109.88  3.000
 ENE  CBD   CBB  OAS   110.22  3.000
 ENE  HBB   CBB  CAN   109.09  3.000
 ENE  CBD   CBB  CAN   109.71  3.000
 ENE  OAS   CBB  CAN   109.84  3.000
 ENE  CBA   OAS  CBB   112.87  3.000
 ENE  HBA   CBA  CBC   108.62  3.000
 ENE  HBA   CBA  CAL   109.26  3.000
 ENE  CBC   CBA  CAL   113.51  3.000
 ENE  HBA   CBA  OAS   109.78  3.000
 ENE  CBC   CBA  OAS   109.44  3.000
 ENE  CAL   CBA  OAS   106.18  3.000
 ENE  HAL2  CAL  HAL1  106.22  3.000
 ENE  HAL2  CAL  CAE   109.46  3.000
 ENE  HAL1  CAL  CAE   108.79  3.000
 ENE  HAL2  CAL  CBA   108.66  3.000
 ENE  HAL1  CAL  CBA   107.65  3.000
 ENE  CAE   CAL  CBA   115.65  3.000
 ENE  HAE   CAE  CAD   117.99  3.000
 ENE  HAE   CAE  CAL   116.11  3.000
 ENE  CAD   CAE  CAL   125.88  3.000
 ENE  HAD   CAD  CAJ   116.80  3.000
 ENE  HAD   CAD  CAE   118.80  3.000
 ENE  CAJ   CAD  CAE   124.40  3.000
 ENE  HAJ2  CAJ  HAJ1  106.79  3.000
 ENE  HAJ2  CAJ  OAO   110.12  3.000
 ENE  HAJ1  CAJ  OAO   106.29  3.000
 ENE  HAJ2  CAJ  CAD   110.01  3.000
 ENE  HAJ1  CAJ  CAD   109.69  3.000
 ENE  OAO   CAJ  CAD   113.66  3.000
 ENE  CBC   OAO  CAJ   116.27  3.000
 ENE  HBC   CBC  CAW   108.37  3.000
 ENE  HBC   CBC  OAO   110.24  3.000
 ENE  CAW   CBC  OAO   105.86  3.000
 ENE  HBC   CBC  CBA   108.13  3.000
 ENE  CAW   CBC  CBA   111.70  3.000
 ENE  OAO   CBC  CBA   112.47  3.000
 ENE  HAW   CAW  CBD   108.04  3.000
 ENE  HAW   CAW  OAC   111.01  3.000
 ENE  CBD   CAW  OAC   109.10  3.000
 ENE  OAC   CAW  CBC   111.53  3.000
 ENE  HAW   CAW  CBC   107.90  3.000
 ENE  CBD   CAW  CBC   109.18  3.000
 ENE  HAC   OAC  CAW   107.88  3.000
 ENE  HBD   CBD  OAQ   110.16  3.000
 ENE  HBD   CBD  CAW   109.29  3.000
 ENE  OAQ   CBD  CAW   109.66  3.000
 ENE  HBD   CBD  CBB   108.48  3.000
 ENE  OAQ   CBD  CBB   109.99  3.000
 ENE  CAW   CBD  CBB   109.22  3.000
 ENE  CAV   OAQ  CBD   112.44  3.000
 ENE  HAV   CAV  CAI   108.89  3.000
 ENE  HAV   CAV  OAQ   109.21  3.000
 ENE  CAI   CAV  OAQ   106.98  3.000
 ENE  HAV   CAV  CAZ   107.69  3.000
 ENE  CAI   CAV  CAZ   113.91  3.000
 ENE  OAQ   CAV  CAZ   110.10  3.000
 ENE  HAI   CAI  CAH   116.68  3.000
 ENE  HAI   CAI  CAV   114.03  3.000
 ENE  CAH   CAI  CAV   129.23  3.000
 ENE  HAH   CAH  CAU   112.21  3.000
 ENE  HAH   CAH  CAI   116.06  3.000
 ENE  CAU   CAH  CAI   131.66  3.000
 ENE  HAU   CAU  OAP   110.98  3.000
 ENE  HAU   CAU  CAH   107.71  3.000
 ENE  OAP   CAU  CAH   106.65  3.000
 ENE  HAU   CAU  CAY   108.11  3.000
 ENE  OAP   CAU  CAY   108.06  3.000
 ENE  CAH   CAU  CAY   115.35  3.000
 ENE  CAX   OAP  CAU   118.86  3.000
 ENE  HAX   CAX  CAK   108.20  3.000
 ENE  HAX   CAX  OAP   110.72  3.000
 ENE  CAK   CAX  OAP   107.08  3.000
 ENE  HAX   CAX  CAT   107.41  3.000
 ENE  CAK   CAX  CAT   110.42  3.000
 ENE  OAP   CAX  CAT   112.94  3.000
 ENE  HAK2  CAK  HAK1  106.85  3.000
 ENE  HAK2  CAK  OAA   111.75  3.000
 ENE  HAK1  CAK  OAA   111.61  3.000
 ENE  HAK2  CAK  CAX   109.67  3.000
 ENE  HAK1  CAK  CAX   107.97  3.000
 ENE  OAA   CAK  CAX   108.90  3.000
 ENE  HAA   OAA  CAK   107.87  3.000

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 ENE  chir_01  CAT  OAB  CAG  CAX  negativ
 ENE  chir_02  CAY  OAR  CAM  CAU  positiv
 ENE  chir_03  CAZ  OAR  CAV  CAN  positiv
 ENE  chir_04  CBB  OAS  CBD  CAN  negativ
 ENE  chir_05  CBA  OAS  CBC  CAL  positiv
 ENE  chir_06  CBC  OAO  CAW  CBA  positiv
 ENE  chir_07  CAW  OAC  CBD  CBC  negativ
 ENE  chir_08  CBD  OAQ  CBB  CAW  positiv
 ENE  chir_09  CAV  OAQ  CAI  CAZ  positiv
 ENE  chir_10  CAU  OAP  CAY  CAH  positiv
 ENE  chir_11  CAX  OAP  CAK  CAT  positiv

