# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  2 02:41:57 2020
#   Inital geometry file: a 122 line input string
#   Ligand name: (9E)-octadec-9-enoic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCCCCCCC/C=C/CCCCCCCC(O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 ELA  ELA  '(9E)-octadec-9-enoic acid'  ligand  54  20  .  2021-08-09  2021-08-09  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as GRAND
;

data_comp_ELA
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 ELA  CA    C  CH2   0  -0.580   0.3826   0.3333   -7.7489
 ELA  C     C  C     0   0.550   1.5337   0.0796   -8.6811
 ELA  O     O  O     0  -0.446   2.6103  -0.3576   -8.3580
 ELA  C3    C  CH2   0  -0.418   0.6570  -0.0487   -6.3039
 ELA  C4    C  CH2   0  -0.414  -0.5456   0.2359   -5.4130
 ELA  C5    C  CH2   0  -0.413  -0.3205  -0.1509   -3.9573
 ELA  C6    C  CH2   0  -0.414  -1.5256   0.1491   -3.0755
 ELA  C7    C  CH2   0  -0.414  -1.3370  -0.2660   -1.6222
 ELA  C8    C  CH2   0  -0.480  -2.5465   0.0831   -0.7540
 ELA  C9    C  C1    0  -0.213  -2.4320  -0.4287    0.6469
 ELA  C10   C  C1    0  -0.211  -2.3471   0.3329    1.7341
 ELA  C11   C  CH2   0  -0.480  -2.2348  -0.1712    3.1378
 ELA  C12   C  CH2   0  -0.414  -0.9207   0.2223    3.8137
 ELA  C13   C  CH2   0  -0.413  -0.8839  -0.1667    5.2862
 ELA  C14   C  CH2   0  -0.412   0.4305   0.1762    5.9755
 ELA  C15   C  CH2   0  -0.411   0.4304  -0.1682    7.4599
 ELA  C16   C  CH2   0  -0.407   1.7442   0.1565    8.1586
 ELA  C17   C  CH2   0  -0.418   1.7294  -0.1676    9.6477
 ELA  C18   C  CH3   0  -0.663   3.0458   0.1592   10.3390
 ELA  OXT   O  OH1   0  -0.599   1.2317   0.4004   -9.9370
 ELA  HA1   H  HCH2  0   0.275  -0.4900  -0.2080   -8.1287
 ELA  HA2   H  HCH2  0   0.275   0.1182   1.3936   -7.8212
 ELA  H31   H  HCH2  0   0.225   1.5256   0.5009   -5.9312
 ELA  H32   H  HCH2  0   0.224   0.9124  -1.1100   -6.2419
 ELA  H41   H  HCH2  0   0.212  -1.4193  -0.3016   -5.7981
 ELA  H42   H  HCH2  0   0.212  -0.7976   1.3007   -5.4715
 ELA  H51   H  HCH2  0   0.210   0.5565   0.3784   -3.5693
 ELA  H52   H  HCH2  0   0.209  -0.0813  -1.2184   -3.8974
 ELA  H61   H  HCH2  0   0.210  -2.4070  -0.3594   -3.4822
 ELA  H62   H  HCH2  0   0.209  -1.7490   1.2209   -3.1217
 ELA  H71   H  HCH2  0   0.215  -0.4466   0.2189   -1.2093
 ELA  H72   H  HCH2  0   0.213  -1.1481  -1.3437   -1.5721
 ELA  H81   H  HCH2  0   0.223  -3.4433  -0.3408   -1.2202
 ELA  H82   H  HCH2  0   0.226  -2.6857   1.1683   -0.7440
 ELA  H9    H  H     0   0.225  -2.4134  -1.5113    0.7624
 ELA  H10   H  H     0   0.225  -2.3570   1.4153    1.6147
 ELA  H111  H  HCH2  0   0.226  -2.3433  -1.2600    3.1551
 ELA  H112  H  HCH2  0   0.223  -3.0643   0.2326    3.7298
 ELA  H121  H  HCH2  0   0.213  -0.7699   1.3030    3.7192
 ELA  H122  H  HCH2  0   0.215  -0.0872  -0.2494    3.2835
 ELA  H131  H  HCH2  0   0.209  -1.0737  -1.2415    5.3835
 ELA  H132  H  HCH2  0   0.208  -1.7077   0.3329    5.8081
 ELA  H141  H  HCH2  0   0.207   0.6397   1.2447    5.8522
 ELA  H142  H  HCH2  0   0.207   1.2518  -0.3518    5.4785
 ELA  H151  H  HCH2  0   0.206   0.2067  -1.2338    7.5846
 ELA  H152  H  HCH2  0   0.206  -0.3858   0.3703    7.9544
 ELA  H161  H  HCH2  0   0.205   1.9761   1.2190    8.0234
 ELA  H162  H  HCH2  0   0.206   2.5598  -0.3933    7.6756
 ELA  H171  H  HCH2  0   0.210   1.4960  -1.2281    9.7840
 ELA  H172  H  HCH2  0   0.210   0.9153   0.3845   10.1277
 ELA  H181  H  HCH3  0   0.226   3.0137  -0.0844   11.4016
 ELA  H182  H  HCH3  0   0.215   3.8725  -0.3996    9.8960
 ELA  H183  H  HCH3  0   0.215   3.2839   1.2211   10.2514
 ELA  HXT   H  HOH1  0   0.478   1.9892   0.2265  -10.5152

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 ELA  CA   C     single  1.503  0.020  1.503
 ELA  CA   C3    single  1.520  0.020  1.520
 ELA  CA   HA1   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  CA   HA2   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C    O     double  1.206  0.020  1.206
 ELA  C    OXT   single  1.331  0.020  1.331
 ELA  C3   C4    single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C3   H31   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C3   H32   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C4   C5    single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C4   H41   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C4   H42   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C5   C6    single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C5   H51   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C5   H52   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C6   C7    single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C6   H61   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C6   H62   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C7   C8    single  1.529  0.020  1.529
 ELA  C7   H71   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C7   H72   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C8   C9    single  1.496  0.020  1.496
 ELA  C8   H81   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C8   H82   single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C9   C10   double  1.330  0.020  1.330
 ELA  C9   H9    single  0.930  0.020  1.080
 ELA  C10  C11   single  1.496  0.020  1.496
 ELA  C10  H10   single  0.930  0.020  1.080
 ELA  C11  C12   single  1.529  0.020  1.529
 ELA  C11  H111  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C11  H112  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C12  C13   single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C12  H121  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C12  H122  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C13  C14   single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C13  H131  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C13  H132  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C14  C15   single  1.524  0.020  1.524
 ELA  C14  H141  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C14  H142  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C15  C16   single  1.523  0.020  1.523
 ELA  C15  H151  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C15  H152  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C16  C17   single  1.524  0.020  1.524
 ELA  C16  H161  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C16  H162  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C17  C18   single  1.522  0.020  1.522
 ELA  C17  H171  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C17  H172  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C18  H181  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C18  H182  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  C18  H183  single  0.970  0.020  1.090
 ELA  OXT  HXT   single  0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 ELA  HA2   CA   HA1   105.27  3.000
 ELA  HA2   CA   C3    110.48  3.000
 ELA  HA1   CA   C3    110.45  3.000
 ELA  HA2   CA   C     107.91  3.000
 ELA  HA1   CA   C     108.17  3.000
 ELA  C3    CA   C     114.15  3.000
 ELA  OXT   C    O     122.87  3.000
 ELA  OXT   C    CA    111.77  3.000
 ELA  O     C    CA    125.36  3.000
 ELA  H32   C3   H31   106.43  3.000
 ELA  H32   C3   C4    109.42  3.000
 ELA  H31   C3   C4    109.50  3.000
 ELA  H32   C3   CA    109.89  3.000
 ELA  H31   C3   CA    109.96  3.000
 ELA  C4    C3   CA    111.51  3.000
 ELA  H42   C4   H41   105.93  3.000
 ELA  H42   C4   C5    109.38  3.000
 ELA  H41   C4   C5    109.22  3.000
 ELA  H42   C4   C3    109.39  3.000
 ELA  H41   C4   C3    109.41  3.000
 ELA  C5    C4   C3    113.26  3.000
 ELA  H52   C5   H51   106.06  3.000
 ELA  H52   C5   C6    109.45  3.000
 ELA  H51   C5   C6    109.46  3.000
 ELA  H52   C5   C4    109.39  3.000
 ELA  H51   C5   C4    109.52  3.000
 ELA  C6    C5   C4    112.73  3.000
 ELA  H62   C6   H61   105.91  3.000
 ELA  H62   C6   C7    109.40  3.000
 ELA  H61   C6   C7    109.10  3.000
 ELA  H62   C6   C5    109.24  3.000
 ELA  H61   C6   C5    109.27  3.000
 ELA  C7    C6   C5    113.63  3.000
 ELA  H72   C7   H71   106.16  3.000
 ELA  H72   C7   C8    109.58  3.000
 ELA  H71   C7   C8    109.15  3.000
 ELA  H72   C7   C6    109.46  3.000
 ELA  H71   C7   C6    109.87  3.000
 ELA  C8    C7   C6    112.43  3.000
 ELA  H82   C8   H81   106.47  3.000
 ELA  H82   C8   C9    109.90  3.000
 ELA  H81   C8   C9    109.19  3.000
 ELA  H82   C8   C7    109.40  3.000
 ELA  H81   C8   C7    108.51  3.000
 ELA  C9    C8   C7    113.15  3.000
 ELA  H9    C9   C10   118.78  3.000
 ELA  H9    C9   C8    116.15  3.000
 ELA  C10   C9   C8    125.07  3.000
 ELA  H10   C10  C11   116.01  3.000
 ELA  H10   C10  C9    118.61  3.000
 ELA  C11   C10  C9    125.37  3.000
 ELA  H112  C11  H111  106.43  3.000
 ELA  H112  C11  C12   108.47  3.000
 ELA  H111  C11  C12   109.53  3.000
 ELA  H112  C11  C10   109.02  3.000
 ELA  H111  C11  C10   110.04  3.000
 ELA  C12   C11  C10   113.12  3.000
 ELA  H122  C12  H121  106.17  3.000
 ELA  H122  C12  C13   109.86  3.000
 ELA  H121  C12  C13   109.39  3.000
 ELA  H122  C12  C11   109.23  3.000
 ELA  H121  C12  C11   109.52  3.000
 ELA  C13   C12  C11   112.48  3.000
 ELA  H132  C13  H131  105.94  3.000
 ELA  H132  C13  C14   109.30  3.000
 ELA  H131  C13  C14   109.27  3.000
 ELA  H132  C13  C12   109.01  3.000
 ELA  H131  C13  C12   109.40  3.000
 ELA  C14   C13  C12   113.63  3.000
 ELA  H142  C14  H141  106.01  3.000
 ELA  H142  C14  C15   109.45  3.000
 ELA  H141  C14  C15   109.27  3.000
 ELA  H142  C14  C13   109.45  3.000
 ELA  H141  C14  C13   109.47  3.000
 ELA  C15   C14  C13   112.95  3.000
 ELA  H152  C15  H151  105.93  3.000
 ELA  H152  C15  C16   109.31  3.000
 ELA  H151  C15  C16   109.34  3.000
 ELA  H152  C15  C14   109.18  3.000
 ELA  H151  C15  C14   109.31  3.000
 ELA  C16   C15  C14   113.49  3.000
 ELA  H162  C16  H161  105.94  3.000
 ELA  H162  C16  C17   109.34  3.000
 ELA  H161  C16  C17   109.20  3.000
 ELA  H162  C16  C15   109.44  3.000
 ELA  H161  C16  C15   109.43  3.000
 ELA  C17   C16  C15   113.24  3.000
 ELA  H172  C17  H171  106.00  3.000
 ELA  H172  C17  C18   109.62  3.000
 ELA  H171  C17  C18   109.63  3.000
 ELA  H172  C17  C16   109.17  3.000
 ELA  H171  C17  C16   109.26  3.000
 ELA  C18   C17  C16   112.93  3.000
 ELA  H183  C18  H182  107.46  3.000
 ELA  H183  C18  H181  107.56  3.000
 ELA  H182  C18  H181  107.66  3.000
 ELA  H183  C18  C17   111.16  3.000
 ELA  H182  C18  C17   111.14  3.000
 ELA  H181  C18  C17   111.66  3.000
 ELA  HXT   OXT  C     110.03  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 ELA  CONST_01  HXT   OXT  C    CA    180.00   0.0  0
 ELA  Var_01    C11   C10  C9   C8    179.89   0.0  2
 ELA  Var_02    C5    C4   C3   CA    179.19  30.0  3
 ELA  Var_03    C4    C3   CA   C     179.87  30.0  3
 ELA  Var_04    C3    CA   C    O      -1.64  30.0  2
 ELA  Var_05    C6    C5   C4   C3    179.53  30.0  3
 ELA  Var_06    C7    C6   C5   C4    178.38  30.0  3
 ELA  Var_07    C8    C7   C6   C5    178.39  30.0  3
 ELA  Var_08    C9    C8   C7   C6    174.72  30.0  3
 ELA  Var_09    C10   C9   C8   C7    115.03  30.0  3
 ELA  Var_10    C12   C11  C10  C9    116.63  30.0  3
 ELA  Var_11    C13   C12  C11  C10   173.80  30.0  3
 ELA  Var_12    C14   C13  C12  C11   178.29  30.0  3
 ELA  Var_13    C15   C14  C13  C12   177.70  30.0  3
 ELA  Var_14    C16   C15  C14  C13   179.41  30.0  3
 ELA  Var_15    C17   C16  C15  C14   178.99  30.0  3
 ELA  Var_16    C18   C17  C16  C15   179.98  30.0  3
 ELA  Var_17    H181  C18  C17  C16  -179.77  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 ELA  plan-1  CA   0.020
 ELA  plan-1  C    0.020
 ELA  plan-1  O    0.020
 ELA  plan-1  OXT  0.020
 ELA  plan-1  HXT  0.020
 ELA  plan-2  C8   0.020
 ELA  plan-2  C9   0.020
 ELA  plan-2  C10  0.020
 ELA  plan-2  C11  0.020
 ELA  plan-2  H9   0.020
 ELA  plan-2  H10  0.020

