# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Tue Apr 28 03:38:57 2020
#   Inital geometry file: a 128 line input string
#   Ligand name: 2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-oxidanyl-phenyl]amino]-5,7,7-trimethyl-8-(3-methylbutyl)pteridin-6-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)CCN1c2nc(Nc3cc(F)c(O)c(F)c3)ncc2N(C)C(=O)C1(C)C
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EKT  EKT  2-[[3,5-bis(fluoranyl)-4-oxidanyl-phenyl]amino]-5,7,7-trimethyl-8-(3-methylbutyl)pteridin-6-one  ligand  54  29  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_EKT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EKT  C2   C  CR6   0   0.594   0.4387  -0.2941  -0.4312
 EKT  C11  C  CH3   0  -0.650  -3.2541   4.5922   1.2840
 EKT  C12  C  CH3   0  -0.651  -1.6824   3.9904  -0.5675
 EKT  C13  C  CT    0  -0.079  -4.1004  -0.9518   0.3014
 EKT  C15  C  C     0   0.590  -3.9504  -2.4275  -0.1025
 EKT  C16  C  CH3   0  -0.642  -3.9253  -0.8882   1.8286
 EKT  C18  C  CR16  0  -0.515   3.4982  -0.6672  -0.3913
 EKT  C19  C  CR6   0   0.507   4.8775  -0.6476  -0.4291
 EKT  C20  C  CR6   0   0.043   5.6361   0.4863  -0.6707
 EKT  C21  C  CR6   0   0.489   4.9065   1.6494  -0.8878
 EKT  C22  C  CR16  0  -0.534   3.5323   1.6886  -0.8666
 EKT  C23  C  CR6   0   0.387   2.8024   0.5209  -0.6136
 EKT  C29  C  CH3   0  -0.682  -5.5008  -0.4847  -0.0720
 EKT  N1   N  N     0  -0.490   0.7471  -1.5594  -0.2209
 EKT  N3   N  N     0  -0.512  -0.7929   0.2141  -0.4925
 EKT  C4   C  CR6   0   0.531  -1.8117  -0.6144  -0.3549
 EKT  C5   C  CR6   0   0.185  -1.5944  -2.0048  -0.2036
 EKT  C6   C  CR16  0  -0.074  -0.2851  -2.4057  -0.1236
 EKT  N7   N  NT    0  -0.490  -3.0782  -0.1498  -0.3896
 EKT  C8   C  CH2   0  -0.328  -3.2833   1.2635  -0.6781
 EKT  C9   C  CH2   0  -0.419  -3.1141   2.2047   0.5135
 EKT  C10  C  CH1   0  -0.239  -3.0242   3.6730   0.0884
 EKT  N14  N  NT    0  -0.560  -2.6810  -2.8809  -0.2490
 EKT  O17  O  O     0  -0.465  -4.9206  -3.1541  -0.2123
 EKT  N25  N  NH1   0  -0.776   1.4229   0.6413  -0.5990
 EKT  F26  F  F     0  -0.311   5.5905   2.7753  -1.1287
 EKT  F27  F  F     0  -0.321   5.5445  -1.7960  -0.2133
 EKT  H1   H  HCH3  0   0.213  -2.4884   4.4337   2.0472
 EKT  H2   H  HCH3  0   0.225  -3.2130   5.6424   0.9893
 EKT  H3   H  HCH3  0   0.225  -4.2265   4.4126   1.7455
 EKT  H4   H  HCH3  0   0.225  -1.6547   5.0227  -0.9199
 EKT  H5   H  HCH3  0   0.213  -0.8687   3.8634   0.1508
 EKT  H6   H  HCH3  0   0.227  -1.4687   3.3467  -1.4214
 EKT  H7   H  HCH3  0   0.253  -4.1193   0.1211   2.1903
 EKT  H8   H  HCH3  0   0.250  -4.6303  -1.5596   2.3198
 EKT  H9   H  HCH3  0   0.245  -2.9180  -1.1689   2.1396
 EKT  H10  H  HCR6  0   0.312   2.9805  -1.5918  -0.1908
 EKT  H11  H  HCR6  0   0.294   3.0298   2.6307  -1.0493
 EKT  H12  H  HCH3  0   0.256  -1.9551  -4.7605   0.3607
 EKT  H13  H  HCH3  0   0.278  -3.3585  -4.7934  -0.7111
 EKT  H14  H  HCH3  0   0.255  -1.7635  -4.3948  -1.3627
 EKT  H15  H  HCH3  0   0.248  -5.6834   0.5274   0.2854
 EKT  H16  H  HCH3  0   0.251  -5.6654  -0.5073  -1.1493
 EKT  H17  H  HCH3  0   0.261  -6.2393  -1.1268   0.4007
 EKT  H18  H  HCR6  0   0.283  -0.0273  -3.4501   0.0061
 EKT  H19  H  HCH2  0   0.261  -2.5745   1.5266  -1.4607
 EKT  H20  H  HCH2  0   0.267  -4.2725   1.3864  -1.1157
 EKT  H21  H  HCH2  0   0.223  -3.9554   2.0804   1.2017
 EKT  H22  H  HCH2  0   0.229  -2.2112   1.9353   1.0686
 EKT  H23  H  HCH1  0   0.216  -3.8193   3.8645  -0.6431
 EKT  H24  H  HOH1  0   0.479   7.3545  -0.3314  -0.4806
 EKT  H25  H  HNH1  0   0.405   1.0628   1.5708  -0.7513
 EKT  C28  C  CH3   0  -0.559  -2.4235  -4.2867  -0.5025
 EKT  O24  O  OH1   0  -0.623   6.9816   0.5278  -0.7086

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 EKT  C29  C13  single    1.523  0.020  1.523
 EKT  C28  N14  single    1.451  0.020  1.451
 EKT  O17  C15  double    1.217  0.020  1.217
 EKT  N14  C15  single    1.356  0.020  1.356
 EKT  N14  C5   single    1.397  0.020  1.397
 EKT  C15  C13  single    1.537  0.020  1.537
 EKT  C6   C5   aromatic  1.372  0.020  1.372
 EKT  C6   N1   aromatic  1.338  0.020  1.338
 EKT  C5   C4   aromatic  1.415  0.020  1.415
 EKT  C13  C16  single    1.539  0.020  1.539
 EKT  C13  N7   single    1.472  0.020  1.472
 EKT  N1   C2   aromatic  1.319  0.020  1.319
 EKT  C4   N7   single    1.349  0.020  1.349
 EKT  C4   N3   aromatic  1.320  0.020  1.320
 EKT  N7   C8   single    1.457  0.020  1.457
 EKT  C2   N3   aromatic  1.334  0.020  1.334
 EKT  C2   N25  single    1.368  0.020  1.368
 EKT  C8   C9   single    1.528  0.020  1.528
 EKT  N25  C23  single    1.385  0.020  1.385
 EKT  C23  C22  aromatic  1.400  0.020  1.400
 EKT  C23  C18  aromatic  1.395  0.020  1.395
 EKT  C9   C10  single    1.531  0.020  1.531
 EKT  C22  C21  aromatic  1.375  0.020  1.375
 EKT  C18  C19  aromatic  1.380  0.020  1.380
 EKT  C11  C10  single    1.526  0.020  1.526
 EKT  C10  C12  single    1.527  0.020  1.527
 EKT  C21  F26  single    1.339  0.020  1.339
 EKT  C21  C20  aromatic  1.390  0.020  1.390
 EKT  C19  C20  aromatic  1.385  0.020  1.385
 EKT  C19  F27  single    1.345  0.020  1.345
 EKT  C20  O24  single    1.347  0.020  1.347
 EKT  C11  H1   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C11  H2   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C11  H3   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C12  H4   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C12  H5   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C12  H6   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C16  H7   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C16  H8   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C16  H9   single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C18  H10  single    0.930  0.020  1.080
 EKT  C22  H11  single    0.930  0.020  1.080
 EKT  C28  H12  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C28  H13  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C28  H14  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C29  H15  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C29  H16  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C29  H17  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C6   H18  single    0.930  0.020  1.080
 EKT  C8   H19  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C8   H20  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C9   H21  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C9   H22  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  C10  H23  single    0.970  0.020  1.090
 EKT  O24  H24  single    0.850  0.020  0.980
 EKT  N25  H25  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 EKT  N25  C2   N3   113.46  3.000
 EKT  N25  C2   N1   120.47  3.000
 EKT  N3   C2   N1   126.06  3.000
 EKT  H3   C11  H2   107.82  3.000
 EKT  H3   C11  H1   107.77  3.000
 EKT  H2   C11  H1   107.56  3.000
 EKT  H3   C11  C10  111.51  3.000
 EKT  H2   C11  C10  111.25  3.000
 EKT  H1   C11  C10  110.76  3.000
 EKT  H6   C12  H5   107.47  3.000
 EKT  H6   C12  H4   107.49  3.000
 EKT  H5   C12  H4   107.66  3.000
 EKT  H6   C12  C10  112.70  3.000
 EKT  H5   C12  C10  110.36  3.000
 EKT  H4   C12  C10  110.96  3.000
 EKT  N7   C13  C29  110.89  3.000
 EKT  N7   C13  C16  111.38  3.000
 EKT  C29  C13  C16  109.60  3.000
 EKT  N7   C13  C15  109.39  3.000
 EKT  C16  C13  C15  106.82  3.000
 EKT  C29  C13  C15  108.65  3.000
 EKT  O17  C15  N14  122.47  3.000
 EKT  N14  C15  C13  116.15  3.000
 EKT  O17  C15  C13  121.26  3.000
 EKT  H9   C16  H8   108.06  3.000
 EKT  H9   C16  H7   107.95  3.000
 EKT  H8   C16  H7   107.80  3.000
 EKT  H9   C16  C13  112.18  3.000
 EKT  H8   C16  C13  110.37  3.000
 EKT  H7   C16  C13  110.34  3.000
 EKT  H10  C18  C23  121.36  3.000
 EKT  H10  C18  C19  119.81  3.000
 EKT  C23  C18  C19  118.83  3.000
 EKT  F27  C19  C20  117.07  3.000
 EKT  F27  C19  C18  118.62  3.000
 EKT  C20  C19  C18  124.31  3.000
 EKT  O24  C20  C21  119.62  3.000
 EKT  O24  C20  C19  125.25  3.000
 EKT  C21  C20  C19  115.13  3.000
 EKT  F26  C21  C22  119.30  3.000
 EKT  F26  C21  C20  117.61  3.000
 EKT  C22  C21  C20  123.10  3.000
 EKT  H11  C22  C23  120.93  3.000
 EKT  H11  C22  C21  119.07  3.000
 EKT  C23  C22  C21  120.01  3.000
 EKT  N25  C23  C22  116.67  3.000
 EKT  C22  C23  C18  118.63  3.000
 EKT  N25  C23  C18  124.71  3.000
 EKT  H17  C29  H16  108.37  3.000
 EKT  H17  C29  H15  107.01  3.000
 EKT  H16  C29  H15  108.56  3.000
 EKT  H17  C29  C13  109.70  3.000
 EKT  H16  C29  C13  112.01  3.000
 EKT  H15  C29  C13  111.03  3.000
 EKT  C6   N1   C2   115.96  3.000
 EKT  C4   N3   C2   117.95  3.000
 EKT  N7   C4   C5   119.01  3.000
 EKT  N7   C4   N3   120.36  3.000
 EKT  C5   C4   N3   120.61  3.000
 EKT  N14  C5   C6   124.14  3.000
 EKT  C6   C5   C4   116.09  3.000
 EKT  N14  C5   C4   119.56  3.000
 EKT  H18  C6   C5   121.05  3.000
 EKT  H18  C6   N1   115.77  3.000
 EKT  C5   C6   N1   123.17  3.000
 EKT  C8   N7   C4   118.11  3.000
 EKT  C8   N7   C13  121.59  3.000
 EKT  C4   N7   C13  116.89  3.000
 EKT  H20  C8   H19  105.99  3.000
 EKT  H20  C8   C9   110.16  3.000
 EKT  H19  C8   C9   109.86  3.000
 EKT  H20  C8   N7   108.48  3.000
 EKT  H19  C8   N7   106.57  3.000
 EKT  C9   C8   N7   115.31  3.000
 EKT  H22  C9   H21  106.72  3.000
 EKT  H22  C9   C10  109.19  3.000
 EKT  H21  C9   C10  109.19  3.000
 EKT  H22  C9   C8   109.61  3.000
 EKT  H21  C9   C8   109.59  3.000
 EKT  C10  C9   C8   112.37  3.000
 EKT  H23  C10  C9   108.06  3.000
 EKT  H23  C10  C12  108.31  3.000
 EKT  C9   C10  C12  111.73  3.000
 EKT  H23  C10  C11  107.94  3.000
 EKT  C12  C10  C11  110.11  3.000
 EKT  C9   C10  C11  110.57  3.000
 EKT  C5   N14  C28  118.37  3.000
 EKT  C5   N14  C15  121.01  3.000
 EKT  C28  N14  C15  120.59  3.000
 EKT  H25  N25  C23  115.74  3.000
 EKT  H25  N25  C2   113.07  3.000
 EKT  C23  N25  C2   131.19  3.000
 EKT  H14  C28  H13  108.92  3.000
 EKT  H14  C28  H12  108.76  3.000
 EKT  H13  C28  H12  108.65  3.000
 EKT  H14  C28  N14  109.97  3.000
 EKT  H13  C28  N14  109.47  3.000
 EKT  H12  C28  N14  111.03  3.000
 EKT  H24  O24  C20  110.63  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 EKT  CONST_01  C5   C6   N1   C2      0.00   0.0  0
 EKT  CONST_02  C5   C4   N3   C2      0.00   0.0  0
 EKT  CONST_03  C21  C22  C23  C18     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_04  C21  C20  C19  C18     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_05  C22  C23  C18  C19     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_06  C22  C21  C20  C19     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_07  C23  C22  C21  C20     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_08  C23  C18  C19  C20     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_09  C4   C5   C6   N1      0.00   0.0  0
 EKT  CONST_10  C4   N3   C2   N1      0.00   0.0  0
 EKT  CONST_11  C6   C5   C4   N3      0.00   0.0  0
 EKT  CONST_12  C6   N1   C2   N3      0.00   0.0  0
 EKT  CONST_13  C5   N14  C15  C13     0.00   0.0  0
 EKT  CONST_14  O24  C20  C19  C18   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_15  N25  C23  C18  C19   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_16  F26  C21  C20  C19   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_17  N25  C23  C22  C21   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_18  F27  C19  C20  C21   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_19  O24  C20  C21  C22   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_20  F26  C21  C22  C23   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_21  F27  C19  C18  C23   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_22  N25  C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 EKT  CONST_23  N25  C2   N1   C6    180.00   0.0  0
 EKT  CONST_24  C28  N14  C15  C13   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_25  O17  C15  N14  C5    180.00   0.0  0
 EKT  CONST_26  H18  C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 EKT  CONST_27  H11  C22  C23  C18   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_28  H10  C18  C19  C20   180.00   0.0  0
 EKT  CONST_29  O17  C15  N14  C28     0.00   0.0  0
 EKT  Var_01    C5   C4   N7   C13    26.46  30.0  1
 EKT  Var_02    C6   C5   N14  C15   168.84  30.0  1
 EKT  Var_03    C4   N7   C13  C15   -47.77  30.0  1
 EKT  Var_04    N14  C15  C13  N7     38.23  30.0  1
 EKT  Var_05    C22  C23  N25  C2    177.49  30.0  2
 EKT  Var_06    N1   C2   N25  C23     1.14  30.0  1
 EKT  Var_07    C9   C8   N7   C13    76.67  30.0  3
 EKT  Var_08    H12  C28  N14  C15  -110.34  30.0  3
 EKT  Var_09    H15  C29  C13  C15   174.41  30.0  3
 EKT  Var_10    H7   C16  C13  C15  -174.38  30.0  3
 EKT  Var_11    C10  C9   C8   N7    166.88  30.0  3
 EKT  Var_12    C8   C9   C10  C11   163.94  30.0  2
 EKT  Var_13    H4   C12  C10  C11   -60.18  30.0  3
 EKT  Var_14    H1   C11  C10  C12   -62.35  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 EKT  plan-1  C18  0.020
 EKT  plan-1  C19  0.020
 EKT  plan-1  C20  0.020
 EKT  plan-1  C21  0.020
 EKT  plan-1  C22  0.020
 EKT  plan-1  C23  0.020
 EKT  plan-1  N25  0.020
 EKT  plan-1  F26  0.020
 EKT  plan-1  F27  0.020
 EKT  plan-1  H10  0.020
 EKT  plan-1  H11  0.020
 EKT  plan-1  O24  0.020
 EKT  plan-2  C2   0.020
 EKT  plan-2  N1   0.020
 EKT  plan-2  N3   0.020
 EKT  plan-2  C4   0.020
 EKT  plan-2  C5   0.020
 EKT  plan-2  C6   0.020
 EKT  plan-2  N7   0.020
 EKT  plan-2  N14  0.020
 EKT  plan-2  N25  0.020
 EKT  plan-2  H18  0.020
 EKT  plan-3  C13  0.020
 EKT  plan-3  C15  0.020
 EKT  plan-3  C5   0.020
 EKT  plan-3  N14  0.020
 EKT  plan-3  O17  0.020
 EKT  plan-3  C28  0.020

