# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 27 21:33:37 2020
#   Inital geometry file: a 101 line input string
#   Ligand name: 4-[(2R)-2-[(4-chlorophenyl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Clc1ccc(CO[C@H](Cc2c[nH]cn2)c3ccc(Cl)cc3Cl)cc1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EKO  EKO  4-[(2R)-2-[(4-chlorophenyl)methoxy]-2-(2,4-dichlorophenyl)ethyl]-1H-imidazole  ligand  39  24  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_EKO
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EKO  O     O   O2    0  -0.479   0.5375  -0.1902   0.8390
 EKO  CL1   CL  CL    0  -0.120  -3.4315   0.1860   2.6660
 EKO  CL2   CL  CL    0  -0.120  -4.7845   2.5320  -1.9470
 EKO  CL3   CL  CL    0  -0.130   6.6712   1.4765  -0.8345
 EKO  CB    C   CH1   0   0.030  -0.7371  -0.4979   1.3416
 EKO  CG    C   CR6   0   0.184  -1.7418   0.2877   0.5387
 EKO  CZ    C   CR6   0  -0.068  -3.6191   1.6699  -1.0010
 EKO  CB2   C   CH2   0  -0.210   1.6108  -0.6091   1.6500
 EKO  CB3   C   CH2   0  -0.574  -1.0462  -2.0054   1.2650
 EKO  CD1   C   CR6   0  -0.133  -2.9931   0.6245   1.0442
 EKO  ND1   N   N     0  -0.448  -2.1448  -2.8170  -0.8290
 EKO  CD2   C   CR16  0  -0.309  -1.4671   0.6646  -0.7736
 EKO  CD3   C   CR16  0  -0.289   3.0739   1.2753   0.8685
 EKO  CD4   C   CR16  0  -0.317   3.8741  -0.9666   0.6143
 EKO  CD5   C   CR15  0  -0.107   0.0903  -2.7881  -0.9093
 EKO  CE1   C   CR16  0  -0.150  -3.9373   1.3132   0.2974
 EKO  CE2   C   CR16  0  -0.185  -2.3879   1.3499  -1.5479
 EKO  NE2   N   NR15  0  -0.563  -0.4062  -3.2228  -2.1031
 EKO  CE3   C   CR16  0  -0.199   4.2357   1.7643   0.2948
 EKO  CE4   C   CR16  0  -0.195   5.0477  -0.4953   0.0398
 EKO  CE5   C   CR15  0   0.080  -1.7490  -3.2232  -2.0085
 EKO  CG2   C   CR6   0   0.095   2.8798  -0.0939   1.0374
 EKO  CG4   C   CR5   0   0.151  -1.0039  -2.5400  -0.1250
 EKO  CZ2   C   CR6   0  -0.052   5.2146   0.8698  -0.1158
 EKO  HB    H   HCH1  0   0.233  -0.8011  -0.1972   2.3971
 EKO  HB2   H   HCH2  0   0.230   1.4918  -0.2194   2.6705
 EKO  HB2A  H   HCH2  0   0.226   1.6622  -1.7011   1.7309
 EKO  HB3   H   HCH2  0   0.263  -0.3510  -2.5427   1.9151
 EKO  HB3A  H   HCH2  0   0.259  -2.0395  -2.1768   1.6829
 EKO  HD2   H   HCR6  0   0.270  -0.5091   0.4147  -1.2057
 EKO  HD3   H   HCR6  0   0.262   2.3136   1.9757   1.1913
 EKO  HD4   H   HCR6  0   0.264   3.7404  -2.0353   0.7324
 EKO  HD5   H   HCR5  0   0.268   1.1477  -2.7018  -0.7245
 EKO  HE1   H   HCR6  0   0.300  -4.8981   1.5653   0.7240
 EKO  HE2   H   HCR6  0   0.282  -2.1456   1.6294  -2.5638
 EKO  HNE2  H   HNR5  0   0.417   0.1338  -3.5005  -2.9068
 EKO  HE3   H   HCR6  0   0.280   4.3786   2.8291   0.1701
 EKO  HE4   H   HCR6  0   0.280   5.8138  -1.1865  -0.2844
 EKO  HE5   H   HCR5  0   0.273  -2.3864  -3.5323  -2.8225

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 EKO  O    CB    single    1.404  0.020  1.404
 EKO  O    CB2   single    1.409  0.020  1.409
 EKO  CL1  CD1   single    1.736  0.020  1.736
 EKO  CL2  CZ    single    1.731  0.020  1.731
 EKO  CL3  CZ2   single    1.734  0.020  1.734
 EKO  CB   CG    single    1.507  0.020  1.507
 EKO  CB   CB3   single    1.541  0.020  1.541
 EKO  CG   CD1   aromatic  1.391  0.020  1.391
 EKO  CG   CD2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 EKO  CZ   CE1   aromatic  1.384  0.020  1.384
 EKO  CZ   CE2   aromatic  1.385  0.020  1.385
 EKO  CB2  CG2   single    1.500  0.020  1.500
 EKO  CB3  CG4   single    1.490  0.020  1.490
 EKO  CD1  CE1   aromatic  1.387  0.020  1.387
 EKO  ND1  CE5   aromatic  1.309  0.020  1.309
 EKO  ND1  CG4   aromatic  1.369  0.020  1.369
 EKO  CD2  CE2   aromatic  1.385  0.020  1.385
 EKO  CD3  CE3   aromatic  1.385  0.020  1.385
 EKO  CD3  CG2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 EKO  CD4  CE4   aromatic  1.389  0.020  1.389
 EKO  CD4  CG2   aromatic  1.389  0.020  1.389
 EKO  CD5  NE2   aromatic  1.364  0.020  1.364
 EKO  CD5  CG4   aromatic  1.369  0.020  1.369
 EKO  NE2  CE5   aromatic  1.346  0.020  1.346
 EKO  CE3  CZ2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 EKO  CE4  CZ2   aromatic  1.384  0.020  1.384
 EKO  CB   HB    single    0.970  0.020  1.090
 EKO  CB2  HB2   single    0.970  0.020  1.090
 EKO  CB2  HB2A  single    0.970  0.020  1.090
 EKO  CB3  HB3   single    0.970  0.020  1.090
 EKO  CB3  HB3A  single    0.970  0.020  1.090
 EKO  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CD3  HD3   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CD4  HD4   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CD5  HD5   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  NE2  HNE2  single    0.860  0.020  1.020
 EKO  CE3  HE3   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CE4  HE4   single    0.930  0.020  1.080
 EKO  CE5  HE5   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 EKO  CB2   O    CB   114.85  3.000
 EKO  HB    CB   CB3  107.68  3.000
 EKO  HB    CB   CG   109.27  3.000
 EKO  CB3   CB   CG   110.47  3.000
 EKO  HB    CB   O    109.67  3.000
 EKO  CB3   CB   O    112.25  3.000
 EKO  CG    CB   O    107.47  3.000
 EKO  CD2   CG   CD1  117.02  3.000
 EKO  CD2   CG   CB   120.77  3.000
 EKO  CD1   CG   CB   122.16  3.000
 EKO  CE2   CZ   CE1  121.03  3.000
 EKO  CE2   CZ   CL2  119.86  3.000
 EKO  CE1   CZ   CL2  119.11  3.000
 EKO  HB2A  CB2  HB2  106.85  3.000
 EKO  HB2A  CB2  CG2  109.42  3.000
 EKO  HB2   CB2  CG2  110.43  3.000
 EKO  HB2A  CB2  O    111.98  3.000
 EKO  HB2   CB2  O    110.28  3.000
 EKO  CG2   CB2  O    107.89  3.000
 EKO  HB3A  CB3  HB3  105.90  3.000
 EKO  HB3A  CB3  CG4  109.08  3.000
 EKO  HB3   CB3  CG4  111.12  3.000
 EKO  HB3A  CB3  CB   108.50  3.000
 EKO  HB3   CB3  CB   108.89  3.000
 EKO  CG4   CB3  CB   113.07  3.000
 EKO  CE1   CD1  CG   122.47  3.000
 EKO  CE1   CD1  CL1  117.16  3.000
 EKO  CG    CD1  CL1  120.36  3.000
 EKO  CG4   ND1  CE5  105.92  3.000
 EKO  HD2   CD2  CE2  118.72  3.000
 EKO  HD2   CD2  CG   119.29  3.000
 EKO  CE2   CD2  CG   121.99  3.000
 EKO  HD3   CD3  CG2  120.11  3.000
 EKO  HD3   CD3  CE3  118.95  3.000
 EKO  CG2   CD3  CE3  120.94  3.000
 EKO  HD4   CD4  CG2  119.88  3.000
 EKO  HD4   CD4  CE4  118.95  3.000
 EKO  CG2   CD4  CE4  121.17  3.000
 EKO  HD5   CD5  CG4  132.22  3.000
 EKO  HD5   CD5  NE2  122.22  3.000
 EKO  CG4   CD5  NE2  105.56  3.000
 EKO  HE1   CE1  CD1  120.55  3.000
 EKO  HE1   CE1  CZ   120.97  3.000
 EKO  CD1   CE1  CZ   118.48  3.000
 EKO  HE2   CE2  CD2  120.29  3.000
 EKO  HE2   CE2  CZ   120.71  3.000
 EKO  CD2   CE2  CZ   119.00  3.000
 EKO  HNE2  NE2  CE5  126.21  3.000
 EKO  HNE2  NE2  CD5  126.23  3.000
 EKO  CE5   NE2  CD5  107.56  3.000
 EKO  HE3   CE3  CZ2  120.47  3.000
 EKO  HE3   CE3  CD3  120.41  3.000
 EKO  CZ2   CE3  CD3  119.11  3.000
 EKO  HE4   CE4  CZ2  120.74  3.000
 EKO  HE4   CE4  CD4  120.37  3.000
 EKO  CZ2   CE4  CD4  118.89  3.000
 EKO  HE5   CE5  NE2  122.44  3.000
 EKO  HE5   CE5  ND1  126.17  3.000
 EKO  NE2   CE5  ND1  111.40  3.000
 EKO  CD4   CG2  CD3  118.74  3.000
 EKO  CD4   CG2  CB2  120.94  3.000
 EKO  CD3   CG2  CB2  120.32  3.000
 EKO  CD5   CG4  ND1  109.56  3.000
 EKO  CD5   CG4  CB3  128.49  3.000
 EKO  ND1   CG4  CB3  121.92  3.000
 EKO  CE4   CZ2  CE3  121.15  3.000
 EKO  CE4   CZ2  CL3  119.54  3.000
 EKO  CE3   CZ2  CL3  119.31  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 EKO  CONST_01  CZ    CE1  CD1  CG      0.00   0.0  0
 EKO  CONST_02  CZ    CE2  CD2  CG      0.00   0.0  0
 EKO  CONST_03  CE2   CD2  CG   CD1     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_04  CE2   CZ   CE1  CD1     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_05  CD5   NE2  CE5  ND1     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_06  NE2   CD5  CG4  ND1     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_07  CE1   CD1  CG   CD2     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_08  CE1   CZ   CE2  CD2     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_09  CE4   CZ2  CE3  CD3     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_10  CE4   CD4  CG2  CD3     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_11  CE3   CZ2  CE4  CD4     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_12  CE3   CD3  CG2  CD4     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_13  CE5   ND1  CG4  CD5     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_14  CG4   ND1  CE5  NE2     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_15  CG4   CD5  NE2  CE5     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_16  CZ2   CE3  CD3  CG2     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_17  CZ2   CE4  CD4  CG2     0.00   0.0  0
 EKO  CONST_18  CD2   CG   CD1  CL1   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_19  CZ    CE1  CD1  CL1   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_20  CD1   CE1  CZ   CL2   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_21  CD2   CE2  CZ   CL2   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_22  CD3   CE3  CZ2  CL3   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_23  CD4   CE4  CZ2  CL3   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_24  CE1   CD1  CG   CB    180.00   0.0  0
 EKO  CONST_25  CE2   CD2  CG   CB    180.00   0.0  0
 EKO  CONST_26  CE3   CD3  CG2  CB2   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_27  CE4   CD4  CG2  CB2   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_28  CE5   ND1  CG4  CB3   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_29  NE2   CD5  CG4  CB3   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_30  HE1   CE1  CD1  CG    180.00   0.0  0
 EKO  CONST_31  HE2   CE2  CD2  CG    180.00   0.0  0
 EKO  CONST_32  HD2   CD2  CE2  CZ    180.00   0.0  0
 EKO  CONST_33  HNE2  NE2  CE5  ND1   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_34  HD5   CD5  CG4  ND1   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_35  HD4   CD4  CG2  CD3   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_36  HD3   CD3  CG2  CD4   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_37  HE5   CE5  NE2  CD5   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_38  HE4   CE4  CZ2  CE3   180.00   0.0  0
 EKO  CONST_39  HE3   CE3  CZ2  CE4   180.00   0.0  0
 EKO  Var_01    CD3   CG2  CB2  O      59.99  30.0  2
 EKO  Var_02    ND1   CG4  CB3  CB   -103.60  30.0  2
 EKO  Var_03    CG2   CB2  O    CB   -174.82  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 EKO  chir_01  CB  O  CG  CB3  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 EKO  plan-1  CB3   0.020
 EKO  plan-1  ND1   0.020
 EKO  plan-1  CD5   0.020
 EKO  plan-1  NE2   0.020
 EKO  plan-1  CE5   0.020
 EKO  plan-1  CG4   0.020
 EKO  plan-1  HD5   0.020
 EKO  plan-1  HNE2  0.020
 EKO  plan-1  HE5   0.020
 EKO  plan-2  CL1   0.020
 EKO  plan-2  CL2   0.020
 EKO  plan-2  CB    0.020
 EKO  plan-2  CG    0.020
 EKO  plan-2  CZ    0.020
 EKO  plan-2  CD1   0.020
 EKO  plan-2  CD2   0.020
 EKO  plan-2  CE1   0.020
 EKO  plan-2  CE2   0.020
 EKO  plan-2  HD2   0.020
 EKO  plan-2  HE1   0.020
 EKO  plan-2  HE2   0.020
 EKO  plan-3  CL3   0.020
 EKO  plan-3  CB2   0.020
 EKO  plan-3  CD3   0.020
 EKO  plan-3  CD4   0.020
 EKO  plan-3  CE3   0.020
 EKO  plan-3  CE4   0.020
 EKO  plan-3  CG2   0.020
 EKO  plan-3  CZ2   0.020
 EKO  plan-3  HD3   0.020
 EKO  plan-3  HD4   0.020
 EKO  plan-3  HE3   0.020
 EKO  plan-3  HE4   0.020

