# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Mon Apr 27 06:35:10 2020
#   Inital geometry file: a 102 line input string
#   Ligand name: 5-methyl-6-phenyl-2-piperidin-4-yl-pyridazin-3-one
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC1=CC(=O)N(N=C1c2ccccc2)C3CCNCC3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 EHE  EHE  5-methyl-6-phenyl-2-piperidin-4-yl-pyridazin-3-one  ligand  39  20  .  2022-07-24  2022-07-26
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_EHE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 EHE  N1   N  N     0  -0.215   0.0320   0.1373   0.0266
 EHE  C4   C  CR6   0   0.164  -1.1600   0.6401  -0.0188
 EHE  C5   C  CR6   0   0.116  -1.3720   2.0564  -0.1514
 EHE  C6   C  CR16  0  -0.403  -0.2642   2.8337  -0.1938
 EHE  C7   C  CR16  0  -0.082   2.3749   0.1873   0.0290
 EHE  C13  C  CH3   0  -0.749  -2.7377   2.6498  -0.2821
 EHE  C15  C  C     0  -0.322   3.8703  -1.3110   1.3501
 EHE  C17  C  CR16  0  -0.287  -3.3295  -0.2195   0.9025
 EHE  C20  C  CR16  0  -0.260  -4.2878  -2.2693   0.0823
 EHE  N2   N  NR6   0  -0.366   1.0990   0.9112  -0.0221
 EHE  C18  C  CR16  0  -0.241  -4.3347  -1.1757   0.9366
 EHE  C11  C  C     0  -0.439   2.5426  -0.5514   1.3516
 EHE  C16  C  CR16  0  -0.281  -2.2192  -1.4521  -0.8345
 EHE  C9   C  CR6   0   0.052  -2.2636  -0.3461   0.0133
 EHE  N10  N  NR16  0  -0.574   4.0317  -2.2119   0.2217
 EHE  C12  C  C     0  -0.441   2.5118  -0.7726  -1.1474
 EHE  C19  C  CR16  0  -0.242  -3.2259  -2.4056  -0.8025
 EHE  C14  C  C     0  -0.322   3.8397  -1.5249  -1.0437
 EHE  C3   C  CR6   0   0.561   1.0667   2.2900  -0.1145
 EHE  H1   H  HCR6  0   0.279  -0.3446   3.9072  -0.3094
 EHE  H2   H  HCR6  0   0.266   3.1503   0.9495  -0.0473
 EHE  H3   H  HCH3  0   0.265  -3.2524   2.6805   0.6787
 EHE  H4   H  HCH3  0   0.266  -2.6740   3.6714  -0.6520
 EHE  H5   H  HCH3  0   0.260  -3.3608   2.0720  -0.9646
 EHE  H6   H  H     0   0.220   4.6980  -0.5935   1.3325
 EHE  H7   H  H     0   0.242   3.9707  -1.8804   2.2758
 EHE  H9   H  HCR6  0   0.260  -5.0739  -3.0123   0.1074
 EHE  H10  H  HCR6  0   0.260  -5.1519  -1.0676   1.6375
 EHE  H11  H  H     0   0.240   2.5112   0.1520   2.1876
 EHE  H12  H  H     0   0.231   1.7190  -1.2595   1.4846
 EHE  H13  H  HCR6  0   0.255  -1.3965  -1.5605  -1.5297
 EHE  H14  H  HNR6  0   0.340   3.3535  -2.9621   0.2986
 EHE  H16  H  H     0   0.232   1.6839  -1.4875  -1.1380
 EHE  H17  H  H     0   0.239   2.4640  -0.2242  -2.0918
 EHE  H18  H  HCR6  0   0.260  -3.1818  -3.2553  -1.4712
 EHE  H19  H  H     0   0.220   4.6660  -0.8170  -1.1736
 EHE  H20  H  H     0   0.242   3.9192  -2.2490  -1.8564
 EHE  O8   O  O     0  -0.508   2.0921   2.9639  -0.1381
 EHE  H8   H  HCR6  0   0.260  -3.3693   0.6146   1.5907

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 EHE  C14  N10  single    1.453  0.020  1.453
 EHE  C14  C12  single    1.530  0.020  1.530
 EHE  N10  C15  single    1.453  0.020  1.453
 EHE  C15  C11  single    1.530  0.020  1.530
 EHE  C12  C7   single    1.525  0.020  1.525
 EHE  C11  C7   single    1.524  0.020  1.524
 EHE  C7   N2   single    1.468  0.020  1.468
 EHE  N2   N1   single    1.319  0.020  1.319
 EHE  N2   C3   single    1.382  0.020  1.382
 EHE  N1   C4   double    1.295  0.020  1.295
 EHE  O8   C3   double    1.227  0.020  1.227
 EHE  C3   C6   single    1.440  0.020  1.440
 EHE  C4   C9   single    1.480  0.020  1.480
 EHE  C4   C5   single    1.438  0.020  1.438
 EHE  C9   C16  aromatic  1.394  0.020  1.394
 EHE  C9   C17  aromatic  1.394  0.020  1.394
 EHE  C16  C19  aromatic  1.387  0.020  1.387
 EHE  C17  C18  aromatic  1.388  0.020  1.388
 EHE  C19  C20  aromatic  1.389  0.020  1.389
 EHE  C18  C20  aromatic  1.388  0.020  1.388
 EHE  C6   C5   double    1.354  0.020  1.354
 EHE  C5   C13  single    1.495  0.020  1.495
 EHE  C6   H1   single    0.930  0.020  1.080
 EHE  C7   H2   single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C13  H3   single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C13  H4   single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C13  H5   single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C15  H6   single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C15  H7   single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C17  H8   single    0.930  0.020  1.080
 EHE  C20  H9   single    0.930  0.020  1.080
 EHE  C18  H10  single    0.930  0.020  1.080
 EHE  C11  H11  single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C11  H12  single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C16  H13  single    0.930  0.020  1.080
 EHE  N10  H14  single    0.890  0.020  1.040
 EHE  C12  H16  single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C12  H17  single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C19  H18  single    0.930  0.020  1.080
 EHE  C14  H19  single    0.970  0.020  1.090
 EHE  C14  H20  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 EHE  N2   N1   C4   121.04  3.000
 EHE  C9   C4   C5   123.24  3.000
 EHE  C5   C4   N1   121.43  3.000
 EHE  C9   C4   N1   115.27  3.000
 EHE  C13  C5   C6   121.13  3.000
 EHE  C13  C5   C4   122.25  3.000
 EHE  C6   C5   C4   116.59  3.000
 EHE  H1   C6   C3   116.68  3.000
 EHE  H1   C6   C5   120.78  3.000
 EHE  C3   C6   C5   122.53  3.000
 EHE  H2   C7   C12  108.81  3.000
 EHE  H2   C7   C11  108.75  3.000
 EHE  C12  C7   C11  110.76  3.000
 EHE  H2   C7   N2   105.73  3.000
 EHE  C11  C7   N2   111.40  3.000
 EHE  C12  C7   N2   111.21  3.000
 EHE  H5   C13  H4   108.56  3.000
 EHE  H5   C13  H3   107.27  3.000
 EHE  H4   C13  H3   107.50  3.000
 EHE  H5   C13  C5   111.51  3.000
 EHE  H4   C13  C5   110.42  3.000
 EHE  H3   C13  C5   111.43  3.000
 EHE  H7   C15  H6   106.60  3.000
 EHE  H7   C15  N10  108.96  3.000
 EHE  H6   C15  N10  108.04  3.000
 EHE  H7   C15  C11  109.76  3.000
 EHE  H6   C15  C11  109.31  3.000
 EHE  N10  C15  C11  113.90  3.000
 EHE  H8   C17  C9   120.25  3.000
 EHE  H8   C17  C18  119.26  3.000
 EHE  C9   C17  C18  120.47  3.000
 EHE  H9   C20  C19  120.19  3.000
 EHE  H9   C20  C18  120.13  3.000
 EHE  C19  C20  C18  119.68  3.000
 EHE  C3   N2   C7   120.96  3.000
 EHE  C3   N2   N1   124.67  3.000
 EHE  C7   N2   N1   114.36  3.000
 EHE  H10  C18  C20  120.18  3.000
 EHE  H10  C18  C17  119.61  3.000
 EHE  C20  C18  C17  120.20  3.000
 EHE  H12  C11  H11  107.57  3.000
 EHE  H12  C11  C15  109.40  3.000
 EHE  H11  C11  C15  110.20  3.000
 EHE  H12  C11  C7   109.65  3.000
 EHE  H11  C11  C7   110.40  3.000
 EHE  C15  C11  C7   109.59  3.000
 EHE  H13  C16  C19  119.85  3.000
 EHE  H13  C16  C9   119.61  3.000
 EHE  C19  C16  C9   120.54  3.000
 EHE  C16  C9   C17  118.96  3.000
 EHE  C17  C9   C4   121.56  3.000
 EHE  C16  C9   C4   119.44  3.000
 EHE  H14  N10  C14  109.12  3.000
 EHE  H14  N10  C15  109.00  3.000
 EHE  C14  N10  C15  111.63  3.000
 EHE  H17  C12  H16  107.59  3.000
 EHE  H17  C12  C14  110.08  3.000
 EHE  H16  C12  C14  109.58  3.000
 EHE  H17  C12  C7   110.29  3.000
 EHE  H16  C12  C7   109.69  3.000
 EHE  C14  C12  C7   109.59  3.000
 EHE  H18  C19  C16  119.73  3.000
 EHE  H18  C19  C20  120.13  3.000
 EHE  C16  C19  C20  120.14  3.000
 EHE  H20  C14  H19  106.58  3.000
 EHE  H20  C14  C12  109.82  3.000
 EHE  H19  C14  C12  109.21  3.000
 EHE  H20  C14  N10  108.98  3.000
 EHE  H19  C14  N10  108.01  3.000
 EHE  C12  C14  N10  113.98  3.000
 EHE  O8   C3   N2   121.97  3.000
 EHE  O8   C3   C6   124.33  3.000
 EHE  N2   C3   C6   113.70  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 EHE  CONST_01  C19  C16  C9   C17    0.00   0.0  0
 EHE  CONST_02  C19  C20  C18  C17    0.00   0.0  0
 EHE  CONST_03  C9   C16  C19  C20    0.00   0.0  0
 EHE  CONST_04  C9   C17  C18  C20    0.00   0.0  0
 EHE  CONST_05  C16  C9   C17  C18    0.00   0.0  0
 EHE  CONST_06  C16  C19  C20  C18    0.00   0.0  0
 EHE  CONST_07  C19  C16  C9   C4   180.00   0.0  0
 EHE  CONST_08  C18  C17  C9   C4   180.00   0.0  0
 EHE  CONST_09  C6   C3   N2   N1     0.00   0.0  0
 EHE  CONST_10  C7   N2   C3   C6   180.00   0.0  0
 EHE  CONST_11  O8   C3   N2   N1   180.00   0.0  0
 EHE  CONST_12  O8   C3   N2   C7     0.00   0.0  0
 EHE  CONST_13  H13  C16  C9   C4     0.00   0.0  0
 EHE  CONST_14  H8   C17  C9   C4     0.00   0.0  0
 EHE  CONST_15  H9   C20  C18  C17  180.00   0.0  0
 EHE  CONST_16  H18  C19  C20  C18  180.00   0.0  0
 EHE  CONST_17  H10  C18  C17  C9   180.00   0.0  0
 EHE  Var_01    C16  C9   C4   N1   -48.10  30.0  2
 EHE  Var_02    N10  C14  C12  C7    54.59  30.0  1
 EHE  Var_03    N10  C15  C11  C7   -54.76  30.0  1
 EHE  Var_04    C12  C14  N10  C15  -54.06  30.0  1
 EHE  Var_05    C14  N10  C15  C11   54.13  30.0  1
 EHE  Var_06    H3   C13  C5   C4    76.86  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 EHE  chir_01  C7  C12  C11  N2  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 EHE  plan-1  N1   0.020
 EHE  plan-1  C4   0.020
 EHE  plan-1  C5   0.020
 EHE  plan-1  C6   0.020
 EHE  plan-1  C7   0.020
 EHE  plan-1  C13  0.020
 EHE  plan-1  N2   0.020
 EHE  plan-1  C9   0.020
 EHE  plan-1  C3   0.020
 EHE  plan-1  H1   0.020
 EHE  plan-1  O8   0.020
 EHE  plan-2  C4   0.020
 EHE  plan-2  C17  0.020
 EHE  plan-2  C20  0.020
 EHE  plan-2  C18  0.020
 EHE  plan-2  C16  0.020
 EHE  plan-2  C9   0.020
 EHE  plan-2  C19  0.020
 EHE  plan-2  H9   0.020
 EHE  plan-2  H10  0.020
 EHE  plan-2  H13  0.020
 EHE  plan-2  H18  0.020
 EHE  plan-2  H8   0.020

