# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sun Apr 26 09:07:34 2020
#   Inital geometry file: a 101 line input string
#   Ligand name: (2~{R})-2-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methylcarbamoylamino]-4-methyl-~{N}-oxidanyl-pentanamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C[C@@H](NC(=O)NCc1ccc(F)cc1F)C(=O)NO
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 E8C  E8C  (2~{R})-2-[[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]methylcarbamoylamino]-4-methyl-~{N}-oxidanyl-pentanamide  ligand  41  22  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_E8C
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 E8C  F1   F  F     0  -0.300   2.7285  -1.1032   1.7302
 E8C  CG1  C  CR6   0   0.556   3.4933  -0.3791   0.9039
 E8C  CD1  C  CR16  0  -0.553   4.7486  -0.8607   0.5919
 E8C  C3   C  CR6   0   0.535   5.5266  -0.0982  -0.2597
 E8C  F2   F  F     0  -0.308   6.7475  -0.5465  -0.5786
 E8C  C4   C  CR16  0  -0.412   5.0892   1.0994  -0.7872
 E8C  CG2  C  CR16  0  -0.263   3.8188   1.5407  -0.4431
 E8C  CB   C  CR6   0  -0.145   2.9924   0.8177   0.4091
 E8C  CA   C  CH2   0  -0.308   1.6163   1.3013   0.7669
 E8C  N    N  NH1   0  -0.678   0.6086   0.4735   0.1421
 E8C  C8   C  C     0   0.755  -0.6657   0.4395   0.6045
 E8C  O    O  O     0  -0.543  -1.0156   1.0008   1.6372
 E8C  N2   N  NH1   0  -0.677  -1.5359  -0.3055  -0.1362
 E8C  C9   C  CH1   0  -0.210  -2.9465  -0.2122   0.1238
 E8C  C10  C  CH2   0  -0.445  -3.7153  -1.1560  -0.8033
 E8C  C11  C  CH1   0  -0.233  -3.3583  -2.6369  -0.6533
 E8C  C12  C  CH3   0  -0.664  -3.6278  -3.1515   0.7565
 E8C  C13  C  CH3   0  -0.652  -4.1392  -3.4513  -1.6801
 E8C  C14  C  C     0   0.528  -3.4456   1.2160  -0.1026
 E8C  O2   O  O     0  -0.472  -2.9983   1.9375  -0.9735
 E8C  N3   N  NH1   0  -0.372  -4.4325   1.5722   0.7358
 E8C  O3   O  OH1   0  -0.543  -5.1526   2.7055   0.5058
 E8C  H1   H  HCR6  0   0.303   5.1073  -1.7964   0.9999
 E8C  H2   H  HCR6  0   0.286   5.7191   1.6741  -1.4520
 E8C  H3   H  HCR6  0   0.279   3.4604   2.4779  -0.8493
 E8C  H4   H  HCH2  0   0.263   1.4731   1.2759   1.8469
 E8C  H5   H  HCH2  0   0.253   1.5213   2.3481   0.4618
 E8C  H6   H  HNH1  0   0.396   0.8033   0.1420  -0.7896
 E8C  H7   H  HNH1  0   0.392  -1.2655  -0.5772  -1.0686
 E8C  H8   H  HCH1  0   0.271  -3.1388  -0.5000   1.1609
 E8C  H9   H  HCH2  0   0.245  -4.7851  -1.0293  -0.6104
 E8C  H10  H  HCH2  0   0.246  -3.5507  -0.8419  -1.8399
 E8C  H11  H  HCH1  0   0.224  -2.2915  -2.7625  -0.8666
 E8C  H12  H  HCH3  0   0.216  -4.6744  -3.0013   1.0342
 E8C  H13  H  HCH3  0   0.233  -3.4182  -4.2199   0.8258
 E8C  H14  H  HCH3  0   0.230  -3.0116  -2.6553   1.5074
 E8C  H15  H  HCH3  0   0.227  -3.9147  -3.1321  -2.6991
 E8C  H16  H  HCH3  0   0.229  -3.8986  -4.5128  -1.6046
 E8C  H17  H  HCH3  0   0.216  -5.2160  -3.3446  -1.5273
 E8C  H18  H  HNH1  0   0.415  -4.8559   0.9257   1.3861
 E8C  H19  H  HOH1  0   0.479  -4.7675   3.3872   1.0713

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 E8C  O3   N3   single    1.362  0.020  1.362
 E8C  N3   C14  single    1.343  0.020  1.343
 E8C  O2   C14  double    1.216  0.020  1.216
 E8C  C14  C9   single    1.530  0.020  1.530
 E8C  O    C8   double    1.226  0.020  1.226
 E8C  CA   N    single    1.446  0.020  1.446
 E8C  CA   CB   single    1.502  0.020  1.502
 E8C  C9   N2   single    1.437  0.020  1.437
 E8C  C9   C10  single    1.530  0.020  1.530
 E8C  C8   N    single    1.356  0.020  1.356
 E8C  C8   N2   single    1.364  0.020  1.364
 E8C  CG2  CB   aromatic  1.390  0.020  1.390
 E8C  CG2  C4   aromatic  1.388  0.020  1.388
 E8C  CB   CG1  aromatic  1.389  0.020  1.389
 E8C  C10  C11  single    1.531  0.020  1.531
 E8C  C11  C12  single    1.525  0.020  1.525
 E8C  C11  C13  single    1.526  0.020  1.526
 E8C  C4   C3   aromatic  1.380  0.020  1.380
 E8C  CG1  F1   single    1.339  0.020  1.339
 E8C  CG1  CD1  aromatic  1.380  0.020  1.380
 E8C  C3   CD1  aromatic  1.383  0.020  1.383
 E8C  C3   F2   single    1.339  0.020  1.339
 E8C  CD1  H1   single    0.930  0.020  1.080
 E8C  C4   H2   single    0.930  0.020  1.080
 E8C  CG2  H3   single    0.930  0.020  1.080
 E8C  CA   H4   single    0.970  0.020  1.090
 E8C  CA   H5   single    0.970  0.020  1.090
 E8C  N    H6   single    0.860  0.020  1.020
 E8C  N2   H7   single    0.890  0.020  1.040
 E8C  C9   H8   single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C10  H9   single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C10  H10  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C11  H11  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C12  H12  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C12  H13  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C12  H14  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C13  H15  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C13  H16  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  C13  H17  single    0.970  0.020  1.090
 E8C  N3   H18  single    0.860  0.020  1.020
 E8C  O3   H19  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 E8C  CB   CG1  CD1  123.25  3.000
 E8C  CD1  CG1  F1   118.06  3.000
 E8C  CB   CG1  F1   118.69  3.000
 E8C  H1   CD1  C3   121.50  3.000
 E8C  H1   CD1  CG1  121.20  3.000
 E8C  C3   CD1  CG1  117.29  3.000
 E8C  C4   C3   F2   119.25  3.000
 E8C  F2   C3   CD1  118.36  3.000
 E8C  C4   C3   CD1  122.39  3.000
 E8C  H2   C4   CG2  121.11  3.000
 E8C  H2   C4   C3   120.78  3.000
 E8C  CG2  C4   C3   118.12  3.000
 E8C  H3   CG2  CB   118.91  3.000
 E8C  H3   CG2  C4   119.03  3.000
 E8C  CB   CG2  C4   122.06  3.000
 E8C  CA   CB   CG2  121.56  3.000
 E8C  CG2  CB   CG1  116.89  3.000
 E8C  CA   CB   CG1  121.55  3.000
 E8C  H5   CA   H4   106.68  3.000
 E8C  H5   CA   N    111.51  3.000
 E8C  H4   CA   N    108.86  3.000
 E8C  H5   CA   CB   108.73  3.000
 E8C  H4   CA   CB   110.43  3.000
 E8C  N    CA   CB   110.56  3.000
 E8C  H6   N    C8   119.24  3.000
 E8C  H6   N    CA   116.94  3.000
 E8C  C8   N    CA   121.46  3.000
 E8C  N2   C8   O    121.68  3.000
 E8C  N2   C8   N    115.34  3.000
 E8C  O    C8   N    122.94  3.000
 E8C  H7   N2   C9   116.62  3.000
 E8C  H7   N2   C8   118.58  3.000
 E8C  C9   N2   C8   119.50  3.000
 E8C  H8   C9   C14  109.19  3.000
 E8C  H8   C9   C10  108.91  3.000
 E8C  C14  C9   C10  108.80  3.000
 E8C  H8   C9   N2   109.09  3.000
 E8C  C10  C9   N2   110.09  3.000
 E8C  C14  C9   N2   110.73  3.000
 E8C  H10  C10  H9   106.29  3.000
 E8C  H10  C10  C11  109.58  3.000
 E8C  H9   C10  C11  108.82  3.000
 E8C  H10  C10  C9   108.72  3.000
 E8C  H9   C10  C9   108.24  3.000
 E8C  C11  C10  C9   114.85  3.000
 E8C  H11  C11  C13  107.84  3.000
 E8C  H11  C11  C12  108.27  3.000
 E8C  C13  C11  C12  110.59  3.000
 E8C  H11  C11  C10  108.61  3.000
 E8C  C13  C11  C10  109.34  3.000
 E8C  C12  C11  C10  112.08  3.000
 E8C  H14  C12  H13  107.05  3.000
 E8C  H14  C12  H12  107.66  3.000
 E8C  H13  C12  H12  107.60  3.000
 E8C  H14  C12  C11  112.53  3.000
 E8C  H13  C12  C11  110.81  3.000
 E8C  H12  C12  C11  110.96  3.000
 E8C  H17  C13  H16  107.62  3.000
 E8C  H17  C13  H15  107.74  3.000
 E8C  H16  C13  H15  107.69  3.000
 E8C  H17  C13  C11  110.99  3.000
 E8C  H16  C13  C11  111.10  3.000
 E8C  H15  C13  C11  111.53  3.000
 E8C  N3   C14  O2   124.05  3.000
 E8C  O2   C14  C9   122.68  3.000
 E8C  N3   C14  C9   113.26  3.000
 E8C  H18  N3   O3   114.81  3.000
 E8C  H18  N3   C14  122.69  3.000
 E8C  O3   N3   C14  120.24  3.000
 E8C  H19  O3   N3   106.11  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 E8C  CONST_01  C4   CG2  CB   CG1    0.00   0.0  0
 E8C  CONST_02  C4   C3   CD1  CG1    0.00   0.0  0
 E8C  CONST_03  CG2  CB   CG1  CD1    0.00   0.0  0
 E8C  CONST_04  CG2  C4   C3   CD1    0.00   0.0  0
 E8C  CONST_05  CB   CG2  C4   C3     0.00   0.0  0
 E8C  CONST_06  CB   CG1  CD1  C3     0.00   0.0  0
 E8C  CONST_07  CG2  CB   CG1  F1   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_08  C3   CD1  CG1  F1   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_09  F2   C3   CD1  CG1  180.00   0.0  0
 E8C  CONST_10  CA   CB   CG1  CD1  180.00   0.0  0
 E8C  CONST_11  CG2  C4   C3   F2   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_12  CA   CB   CG2  C4   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_13  H3   CG2  CB   CG1  180.00   0.0  0
 E8C  CONST_14  H2   C4   C3   CD1  180.00   0.0  0
 E8C  CONST_15  H1   CD1  C3   C4   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_16  O    C8   N    CA     0.00   0.0  0
 E8C  CONST_17  C9   N2   C8   O      0.00   0.0  0
 E8C  CONST_18  O3   N3   C14  C9   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_19  O3   N3   C14  O2     0.00   0.0  0
 E8C  CONST_20  N2   C8   N    CA   180.00   0.0  0
 E8C  CONST_21  C9   N2   C8   N    180.00   0.0  0
 E8C  CONST_22  H6   N    C8   O    180.00   0.0  0
 E8C  CONST_23  H7   N2   C8   O    180.00   0.0  0
 E8C  CONST_24  H18  N3   C14  C9     0.00   0.0  0
 E8C  Var_01    N    CA   CB   CG1  -70.09  30.0  2
 E8C  Var_02    C8   N    CA   CB   160.09  30.0  3
 E8C  Var_03    C12  C11  C10  C9    59.94  30.0  3
 E8C  Var_04    H12  C12  C11  C10   57.44  30.0  3
 E8C  Var_05    H15  C13  C11  C10   59.30  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 E8C  chir_01  C9  C14  N2  C10  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 E8C  plan-1  F1   0.020
 E8C  plan-1  CG1  0.020
 E8C  plan-1  CD1  0.020
 E8C  plan-1  C3   0.020
 E8C  plan-1  F2   0.020
 E8C  plan-1  C4   0.020
 E8C  plan-1  CG2  0.020
 E8C  plan-1  CB   0.020
 E8C  plan-1  CA   0.020
 E8C  plan-1  H1   0.020
 E8C  plan-1  H2   0.020
 E8C  plan-1  H3   0.020
 E8C  plan-2  CA   0.020
 E8C  plan-2  N    0.020
 E8C  plan-2  C8   0.020
 E8C  plan-2  O    0.020
 E8C  plan-2  N2   0.020
 E8C  plan-2  C9   0.020
 E8C  plan-2  H6   0.020
 E8C  plan-2  H7   0.020
 E8C  plan-3  C9   0.020
 E8C  plan-3  C14  0.020
 E8C  plan-3  O2   0.020
 E8C  plan-3  N3   0.020
 E8C  plan-3  O3   0.020
 E8C  plan-3  H18  0.020

