# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 16:10:00 2020
#   Inital geometry file: a 69 line input string
#   Ligand name: ethyl oxo(piperidin-1-yl)acetate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CCOC(=O)C(=O)N1CCCCC1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 E1P  E1P  'ethyl oxo(piperidin-1-yl)acetate'  ligand  28  13  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_E1P
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 E1P  C3    C  CH2   0  -0.324  -1.1122  -0.5909  -1.1670
 E1P  C2    C  CH2   0  -0.428  -1.2524   0.8656  -1.5861
 E1P  C1    C  CH2   0  -0.449  -0.5391   1.1132  -2.9118
 E1P  C5    C  CH2   0  -0.434   0.9087   0.6344  -2.8560
 E1P  C4    C  CH2   0  -0.318   0.9890  -0.8155  -2.3944
 E1P  N1    N  NT    0  -0.437   0.2919  -0.9734  -1.1248
 E1P  C6    C  C     0   0.503   0.9542  -1.2827  -0.0101
 E1P  O2    O  O     0  -0.487   2.1433  -1.5530   0.0717
 E1P  C7    C  C     0   0.445   0.1522  -1.3316   1.2843
 E1P  O3    O  O     0  -0.428  -0.2694  -2.3537   1.7573
 E1P  O4    O  O2    0  -0.440   0.0827  -0.1379   1.8303
 E1P  C8    C  CH2   0  -0.188  -0.5649  -0.0089   3.1149
 E1P  C9    C  CH3   0  -0.688  -0.4990   1.4433   3.5147
 E1P  H3C1  H  HCH2  0   0.256  -1.6137  -1.2398  -1.8906
 E1P  H3C2  H  HCH2  0   0.274  -1.5970  -0.7727  -0.2093
 E1P  H2C1  H  HCH2  0   0.246  -2.3129   1.1106  -1.6685
 E1P  H2C2  H  HCH2  0   0.227  -0.8327   1.5044  -0.8033
 E1P  H1C1  H  HCH2  0   0.222  -1.0660   0.5778  -3.7085
 E1P  H1C2  H  HCH2  0   0.243  -0.5773   2.1731  -3.1696
 E1P  H5C1  H  HCH2  0   0.244   1.3794   0.7216  -3.8370
 E1P  H5C2  H  HCH2  0   0.229   1.4837   1.2603  -2.1676
 E1P  H4C1  H  HCH2  0   0.269   2.0202  -1.1392  -2.2802
 E1P  H4C2  H  HCH2  0   0.249   0.5144  -1.4744  -3.1279
 E1P  H8C1  H  HCH2  0   0.247  -0.0545  -0.6436   3.8409
 E1P  H8C2  H  HCH2  0   0.245  -1.5985  -0.3485   3.0305
 E1P  H9C1  H  HCH3  0   0.243  -0.9961   1.5685   4.4761
 E1P  H9C2  H  HCH3  0   0.240   0.5304   1.7842   3.6231
 E1P  H9C3  H  HCH3  0   0.239  -1.0050   2.0817   2.7908

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 E1P  C3  C2    single  1.522  0.020  1.522
 E1P  C3  N1    single  1.456  0.020  1.456
 E1P  C3  H3C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C3  H3C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C2  C1    single  1.526  0.020  1.526
 E1P  C2  H2C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C2  H2C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C1  C5    single  1.526  0.020  1.526
 E1P  C1  H1C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C1  H1C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C5  C4    single  1.524  0.020  1.524
 E1P  C5  H5C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C5  H5C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C4  N1    single  1.457  0.020  1.457
 E1P  C4  H4C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C4  H4C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  N1  C6    single  1.333  0.020  1.333
 E1P  C6  O2    double  1.222  0.020  1.222
 E1P  C6  C7    single  1.523  0.020  1.523
 E1P  C7  O3    double  1.203  0.020  1.203
 E1P  C7  O4    single  1.315  0.020  1.315
 E1P  O4  C8    single  1.444  0.020  1.444
 E1P  C8  C9    single  1.508  0.020  1.508
 E1P  C8  H8C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C8  H8C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C9  H9C1  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C9  H9C2  single  0.970  0.020  1.090
 E1P  C9  H9C3  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 E1P  H3C2  C3  H3C1  106.19  3.000
 E1P  H3C2  C3  N1    111.10  3.000
 E1P  H3C1  C3  N1    107.79  3.000
 E1P  H3C2  C3  C2    111.16  3.000
 E1P  H3C1  C3  C2    110.08  3.000
 E1P  N1    C3  C2    110.38  3.000
 E1P  H2C2  C2  H2C1  107.20  3.000
 E1P  H2C2  C2  C1    110.34  3.000
 E1P  H2C1  C2  C1    110.62  3.000
 E1P  H2C2  C2  C3    109.05  3.000
 E1P  H2C1  C2  C3    108.97  3.000
 E1P  C1    C2  C3    110.58  3.000
 E1P  H1C2  C1  H1C1  106.62  3.000
 E1P  H1C2  C1  C5    110.27  3.000
 E1P  H1C1  C1  C5    109.26  3.000
 E1P  H1C2  C1  C2    110.27  3.000
 E1P  H1C1  C1  C2    109.14  3.000
 E1P  C5    C1  C2    111.16  3.000
 E1P  H5C2  C5  H5C1  107.05  3.000
 E1P  H5C2  C5  C4    109.04  3.000
 E1P  H5C1  C5  C4    109.00  3.000
 E1P  H5C2  C5  C1    110.02  3.000
 E1P  H5C1  C5  C1    110.56  3.000
 E1P  C4    C5  C1    111.07  3.000
 E1P  H4C2  C4  H4C1  107.62  3.000
 E1P  H4C2  C4  N1    108.15  3.000
 E1P  H4C1  C4  N1    109.27  3.000
 E1P  H4C2  C4  C5    110.31  3.000
 E1P  H4C1  C4  C5    111.42  3.000
 E1P  N1    C4  C5    109.99  3.000
 E1P  C6    N1  C4    121.08  3.000
 E1P  C6    N1  C3    124.36  3.000
 E1P  C4    N1  C3    114.06  3.000
 E1P  C7    C6  O2    116.63  3.000
 E1P  C7    C6  N1    117.16  3.000
 E1P  O2    C6  N1    126.20  3.000
 E1P  O4    C7  O3    126.15  3.000
 E1P  O4    C7  C6    110.59  3.000
 E1P  O3    C7  C6    123.09  3.000
 E1P  C8    O4  C7    118.31  3.000
 E1P  H8C2  C8  H8C1  108.28  3.000
 E1P  H8C2  C8  C9    111.21  3.000
 E1P  H8C1  C8  C9    111.31  3.000
 E1P  H8C2  C8  O4    109.15  3.000
 E1P  H8C1  C8  O4    109.27  3.000
 E1P  C9    C8  O4    107.59  3.000
 E1P  H9C3  C9  H9C2  108.75  3.000
 E1P  H9C3  C9  H9C1  107.88  3.000
 E1P  H9C2  C9  H9C1  107.90  3.000
 E1P  H9C3  C9  C8    111.58  3.000
 E1P  H9C2  C9  C8    111.65  3.000
 E1P  H9C1  C9  C8    108.94  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 E1P  CONST_01  O2    C6  N1  C3  180.00   0.0  0
 E1P  CONST_02  C7    C6  N1  C3    0.00   0.0  0
 E1P  CONST_03  O2    C6  N1  C4    0.00   0.0  0
 E1P  CONST_04  C7    C6  N1  C4  180.00   0.0  0
 E1P  Var_01    C5    C1  C2  C3  -53.07  30.0  1
 E1P  Var_02    C5    C4  N1  C3   58.46  30.0  1
 E1P  Var_03    C4    N1  C3  C2  -58.95  30.0  1
 E1P  Var_04    N1    C3  C2  C1   54.83  30.0  1
 E1P  Var_05    N1    C4  C5  C1  -54.36  30.0  1
 E1P  Var_06    O3    C7  C6  N1   97.92  30.0  2
 E1P  Var_07    C9    C8  O4  C7  179.57  30.0  3
 E1P  Var_08    H9C1  C9  C8  O4  179.13  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 E1P  plan-1  C3  0.020
 E1P  plan-1  C4  0.020
 E1P  plan-1  N1  0.020
 E1P  plan-1  C6  0.020
 E1P  plan-1  O2  0.020
 E1P  plan-1  C7  0.020
 E1P  plan-2  C6  0.020
 E1P  plan-2  C7  0.020
 E1P  plan-2  O3  0.020
 E1P  plan-2  O4  0.020

