# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 20:54:51 2020
#   Inital geometry file: a 140 line input string
#   Ligand name: N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-enamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1cc2c(NCCCNC(=O)C=C)nc(nc2cc1OCCN)N3CCCC3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 E1J  E1J  N-(3-{[7-(2-aminoethoxy)-6-methoxy-2-(pyrrolidin-1-yl)quinazolin-4-yl]amino}propyl)prop-2-enamide  ligand  60  30  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_E1J
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 E1J  C4   C  CR66  0   0.256    2.3038   0.4501   0.1118
 E1J  C5   C  CR66  0  -0.043    1.1728  -0.3799   0.0635
 E1J  C6   C  CR6   0   0.522   -0.0891   0.3070   0.0637
 E1J  N1   N  N     0  -0.525   -0.1528   1.6209   0.0957
 E1J  N2   N  NH2   0  -0.796    7.3893  -3.1295  -1.0003
 E1J  N3   N  N     0  -0.550    2.2245   1.7999   0.1438
 E1J  C1   C  CH2   0  -0.314    7.2603  -2.3806   0.2375
 E1J  C2   C  CR6   0   0.594    1.0065   2.3105   0.1301
 E1J  CAA  C  C2    0  -0.474   -9.5583  -1.9019   0.3417
 E1J  CAB  C  C1    0  -0.329   -8.2557  -2.0020   0.1067
 E1J  CAC  C  C     0   0.539   -7.3423  -0.8391   0.2667
 E1J  CAF  C  CH2   0  -0.236   -5.0131  -0.1048   0.0419
 E1J  CAG  C  CH2   0  -0.531   -3.6442  -0.7652   0.0311
 E1J  CAH  C  CH2   0  -0.227   -2.5392   0.2775   0.0474
 E1J  CAO  C  CR16  0  -0.486    3.5831  -0.1535   0.1241
 E1J  CAP  C  CR6   0   0.340    3.7253  -1.5181   0.0836
 E1J  CAR  C  CH2   0  -0.189    6.0911  -1.4234   0.1980
 E1J  CAS  C  CR6   0   0.311    2.5691  -2.3552   0.0257
 E1J  CAU  C  CH3   0  -0.441    1.7265  -4.5616  -0.0618
 E1J  CAV  C  CR16  0  -0.470    1.3259  -1.7829   0.0191
 E1J  CAY  C  CH2   0  -0.251    2.0261   4.5463   0.2332
 E1J  CAZ  C  CH2   0  -0.481    1.3834   5.9080   0.4774
 E1J  CBA  C  CH2   0  -0.481    0.0379   5.7903  -0.2324
 E1J  CBB  C  CH2   0  -0.247   -0.3843   4.3533   0.0571
 E1J  NAE  N  NH1   0  -0.656   -6.0561  -1.1047  -0.0115
 E1J  NAI  N  NH1   0  -0.684   -1.2466  -0.3687   0.0338
 E1J  NAX  N  NT    0  -0.509    0.8853   3.6521   0.1543
 E1J  OAD  O  O     0  -0.502   -7.7298   0.2666   0.6255
 E1J  OAQ  O  O2    0  -0.452    4.8905  -2.1726   0.0948
 E1J  OAT  O  O2    0  -0.466    2.8255  -3.6772  -0.0157
 E1J  H1   H  HNH2  0   0.341    7.7537  -2.5242  -1.7256
 E1J  H2   H  HNH2  0   0.352    8.0814  -3.8570  -0.8792
 E1J  H4   H  HCH2  0   0.232    7.1160  -3.0835   1.0613
 E1J  H5   H  HCH2  0   0.211    8.1456  -1.7832   0.4948
 E1J  H6   H  H     0   0.257  -10.0084  -0.9711   0.6619
 E1J  H7   H  H     0   0.260  -10.2174  -2.7499   0.2188
 E1J  H9   H  H     0   0.269   -7.8283  -2.9453  -0.2151
 E1J  H11  H  HCH2  0   0.243   -5.1311   0.4913   0.9489
 E1J  H12  H  HCH2  0   0.237   -5.1012   0.5848  -0.8045
 E1J  H13  H  HCH2  0   0.251   -3.5489  -1.4223   0.9002
 E1J  H14  H  HCH2  0   0.247   -3.5433  -1.3918  -0.8609
 E1J  H15  H  HCH2  0   0.233   -2.6358   0.9404  -0.8170
 E1J  H16  H  HCH2  0   0.233   -2.6324   0.9108   0.9341
 E1J  H17  H  HCR6  0   0.274    4.4409   0.5038   0.1661
 E1J  H18  H  HCH2  0   0.231    6.0849  -0.8175   1.1105
 E1J  H19  H  HCH2  0   0.224    6.1860  -0.7385  -0.6528
 E1J  H20  H  HCH3  0   0.261    2.1384  -5.5674  -0.0890
 E1J  H21  H  HCH3  0   0.227    1.0874  -4.4662   0.8209
 E1J  H22  H  HCH3  0   0.227    1.1135  -4.4083  -0.9547
 E1J  H23  H  HCR6  0   0.273    0.4542  -2.4219  -0.0218
 E1J  H24  H  HCH2  0   0.222    2.6012   4.5370  -0.6993
 E1J  H25  H  HCH2  0   0.235    2.7073   4.2536   1.0334
 E1J  H26  H  HCH2  0   0.234    1.2321   6.0645   1.5479
 E1J  H27  H  HCH2  0   0.246    1.9980   6.7273   0.1058
 E1J  H28  H  HCH2  0   0.246   -0.6992   6.5143   0.1138
 E1J  H29  H  HCH2  0   0.234    0.1663   5.9338  -1.3079
 E1J  H30  H  HCH2  0   0.221   -0.9489   4.2875   0.9936
 E1J  H31  H  HCH2  0   0.238   -1.0129   3.9310  -0.7268
 E1J  H32  H  HNH1  0   0.404   -5.8127  -2.0200  -0.3550
 E1J  H33  H  HNH1  0   0.411   -1.2290  -1.3733   0.0322

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 E1J  C1   CAR  single    1.512  0.020  1.512
 E1J  C1   N2   single    1.452  0.020  1.452
 E1J  CAZ  CAY  single    1.525  0.020  1.525
 E1J  CAZ  CBA  single    1.526  0.020  1.526
 E1J  CAR  OAQ  single    1.419  0.020  1.419
 E1J  CAY  NAX  single    1.452  0.020  1.452
 E1J  CBA  CBB  single    1.525  0.020  1.525
 E1J  OAQ  CAP  single    1.337  0.020  1.337
 E1J  CAO  CAP  aromatic  1.373  0.020  1.373
 E1J  CAO  C4   aromatic  1.415  0.020  1.415
 E1J  N3   C4   aromatic  1.352  0.020  1.352
 E1J  N3   C2   aromatic  1.321  0.020  1.321
 E1J  NAX  C2   single    1.347  0.020  1.347
 E1J  NAX  CBB  single    1.454  0.020  1.454
 E1J  CAP  CAS  aromatic  1.429  0.020  1.429
 E1J  C4   C5   aromatic  1.404  0.020  1.404
 E1J  C2   N1   aromatic  1.349  0.020  1.349
 E1J  CAS  OAT  single    1.347  0.020  1.347
 E1J  CAS  CAV  aromatic  1.369  0.020  1.369
 E1J  C5   CAV  aromatic  1.412  0.020  1.412
 E1J  C5   C6   aromatic  1.437  0.020  1.437
 E1J  N1   C6   aromatic  1.316  0.020  1.316
 E1J  OAT  CAU  single    1.411  0.020  1.411
 E1J  C6   NAI  single    1.341  0.020  1.341
 E1J  NAI  CAH  single    1.445  0.020  1.445
 E1J  CAH  CAG  single    1.519  0.020  1.519
 E1J  CAG  CAF  single    1.520  0.020  1.520
 E1J  CAF  NAE  single    1.446  0.020  1.446
 E1J  NAE  CAC  single    1.342  0.020  1.342
 E1J  OAD  CAC  double    1.225  0.020  1.225
 E1J  CAC  CAB  single    1.487  0.020  1.487
 E1J  CAB  CAA  double    1.327  0.020  1.327
 E1J  N2   H1   single    0.890  0.020  1.040
 E1J  N2   H2   single    0.890  0.020  1.040
 E1J  C1   H4   single    0.970  0.020  1.090
 E1J  C1   H5   single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAA  H6   single    0.930  0.020  1.080
 E1J  CAA  H7   single    0.930  0.020  1.080
 E1J  CAB  H9   single    0.930  0.020  1.080
 E1J  CAF  H11  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAF  H12  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAG  H13  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAG  H14  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAH  H15  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAH  H16  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAO  H17  single    0.930  0.020  1.080
 E1J  CAR  H18  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAR  H19  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAU  H20  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAU  H21  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAU  H22  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAV  H23  single    0.930  0.020  1.080
 E1J  CAY  H24  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAY  H25  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAZ  H26  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CAZ  H27  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CBA  H28  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CBA  H29  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CBB  H30  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  CBB  H31  single    0.970  0.020  1.090
 E1J  NAE  H32  single    0.860  0.020  1.020
 E1J  NAI  H33  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 E1J  CAO  C4   N3   118.60  3.000
 E1J  N3   C4   C5   122.93  3.000
 E1J  CAO  C4   C5   118.47  3.000
 E1J  CAV  C5   C6   124.77  3.000
 E1J  C6   C5   C4   115.15  3.000
 E1J  CAV  C5   C4   120.08  3.000
 E1J  NAI  C6   N1   117.51  3.000
 E1J  NAI  C6   C5   121.16  3.000
 E1J  N1   C6   C5   121.33  3.000
 E1J  C2   N1   C6   117.99  3.000
 E1J  H2   N2   H1   105.64  3.000
 E1J  H2   N2   C1   109.25  3.000
 E1J  H1   N2   C1   109.52  3.000
 E1J  C2   N3   C4   116.08  3.000
 E1J  H5   C1   H4   106.24  3.000
 E1J  H5   C1   CAR  106.57  3.000
 E1J  H4   C1   CAR  108.96  3.000
 E1J  H5   C1   N2   114.10  3.000
 E1J  H4   C1   N2   108.82  3.000
 E1J  CAR  C1   N2   111.90  3.000
 E1J  NAX  C2   N3   117.88  3.000
 E1J  NAX  C2   N1   115.60  3.000
 E1J  N3   C2   N1   126.52  3.000
 E1J  H7   CAA  H6   117.05  3.000
 E1J  H7   CAA  CAB  121.26  3.000
 E1J  H6   CAA  CAB  121.69  3.000
 E1J  H9   CAB  CAC  118.03  3.000
 E1J  H9   CAB  CAA  120.33  3.000
 E1J  CAC  CAB  CAA  121.64  3.000
 E1J  OAD  CAC  NAE  122.83  3.000
 E1J  OAD  CAC  CAB  122.87  3.000
 E1J  NAE  CAC  CAB  114.29  3.000
 E1J  H12  CAF  H11  106.83  3.000
 E1J  H12  CAF  NAE  110.42  3.000
 E1J  H11  CAF  NAE  109.28  3.000
 E1J  H12  CAF  CAG  109.91  3.000
 E1J  H11  CAF  CAG  109.91  3.000
 E1J  NAE  CAF  CAG  110.43  3.000
 E1J  H14  CAG  H13  107.19  3.000
 E1J  H14  CAG  CAH  109.54  3.000
 E1J  H13  CAG  CAH  109.91  3.000
 E1J  H14  CAG  CAF  109.72  3.000
 E1J  H13  CAG  CAF  109.51  3.000
 E1J  CAH  CAG  CAF  110.90  3.000
 E1J  H16  CAH  H15  106.40  3.000
 E1J  H16  CAH  NAI  110.04  3.000
 E1J  H15  CAH  NAI  110.04  3.000
 E1J  H16  CAH  CAG  110.13  3.000
 E1J  H15  CAH  CAG  110.08  3.000
 E1J  NAI  CAH  CAG  110.09  3.000
 E1J  H17  CAO  CAP  121.55  3.000
 E1J  H17  CAO  C4   117.28  3.000
 E1J  CAP  CAO  C4   121.17  3.000
 E1J  OAQ  CAP  CAS  114.77  3.000
 E1J  CAS  CAP  CAO  120.00  3.000
 E1J  OAQ  CAP  CAO  125.23  3.000
 E1J  H19  CAR  H18  107.54  3.000
 E1J  H19  CAR  OAQ  110.28  3.000
 E1J  H18  CAR  OAQ  110.36  3.000
 E1J  H19  CAR  C1   110.42  3.000
 E1J  H18  CAR  C1   109.44  3.000
 E1J  OAQ  CAR  C1   108.79  3.000
 E1J  OAT  CAS  CAV  125.66  3.000
 E1J  CAV  CAS  CAP  119.36  3.000
 E1J  OAT  CAS  CAP  114.98  3.000
 E1J  H22  CAU  H21  108.61  3.000
 E1J  H22  CAU  H20  108.76  3.000
 E1J  H21  CAU  H20  108.80  3.000
 E1J  H22  CAU  OAT  112.03  3.000
 E1J  H21  CAU  OAT  111.96  3.000
 E1J  H20  CAU  OAT  106.59  3.000
 E1J  H23  CAV  CAS  119.03  3.000
 E1J  H23  CAV  C5   120.06  3.000
 E1J  CAS  CAV  C5   120.92  3.000
 E1J  H25  CAY  H24  107.12  3.000
 E1J  H25  CAY  NAX  111.43  3.000
 E1J  H24  CAY  NAX  111.16  3.000
 E1J  H25  CAY  CAZ  112.66  3.000
 E1J  H24  CAY  CAZ  111.41  3.000
 E1J  NAX  CAY  CAZ  103.15  3.000
 E1J  H27  CAZ  H26  107.74  3.000
 E1J  H27  CAZ  CBA  113.38  3.000
 E1J  H26  CAZ  CBA  110.17  3.000
 E1J  H27  CAZ  CAY  112.27  3.000
 E1J  H26  CAZ  CAY  110.06  3.000
 E1J  CBA  CAZ  CAY  103.19  3.000
 E1J  H29  CBA  H28  107.76  3.000
 E1J  H29  CBA  CBB  110.06  3.000
 E1J  H28  CBA  CBB  112.24  3.000
 E1J  H29  CBA  CAZ  110.12  3.000
 E1J  H28  CBA  CAZ  113.42  3.000
 E1J  CBB  CBA  CAZ  103.21  3.000
 E1J  H31  CBB  H30  107.12  3.000
 E1J  H31  CBB  NAX  111.41  3.000
 E1J  H30  CBB  NAX  111.35  3.000
 E1J  H31  CBB  CBA  112.84  3.000
 E1J  H30  CBB  CBA  111.18  3.000
 E1J  NAX  CBB  CBA  103.03  3.000
 E1J  H32  NAE  CAF  117.81  3.000
 E1J  H32  NAE  CAC  118.81  3.000
 E1J  CAF  NAE  CAC  123.14  3.000
 E1J  H33  NAI  CAH  117.57  3.000
 E1J  H33  NAI  C6   119.26  3.000
 E1J  CAH  NAI  C6   123.14  3.000
 E1J  CBB  NAX  CAY  113.14  3.000
 E1J  CBB  NAX  C2   123.89  3.000
 E1J  CAY  NAX  C2   122.94  3.000
 E1J  CAR  OAQ  CAP  118.67  3.000
 E1J  CAU  OAT  CAS  117.89  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 E1J  CONST_01  CAS  CAP  CAO  C4      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_02  N1   C2   N3   C4      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_03  CAS  CAV  C5   C4      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_04  N1   C6   C5   C4      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_05  CAP  CAO  C4   C5      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_06  C2   N3   C4   C5      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_07  CAP  CAS  CAV  C5      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_08  C2   N1   C6   C5      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_09  CAO  C4   C5   C6    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_10  N3   C4   C5   C6      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_11  CAS  CAV  C5   C6    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_12  N3   C2   N1   C6      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_13  CAV  C5   C6   N1    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_14  CAP  CAO  C4   N3    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_15  CAV  C5   C4   N3    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_16  CAO  C4   N3   C2    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_17  CAV  CAS  CAP  CAO     0.00   0.0  0
 E1J  CONST_18  CAV  C5   C4   CAO     0.00   0.0  0
 E1J  CONST_19  NAX  C2   N3   C4    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_20  NAX  C2   N1   C6    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_21  OAQ  CAP  CAO  C4    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_22  NAI  C6   C5   C4    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_23  OAT  CAS  CAV  C5    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_24  NAI  C6   N1   C2    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_25  OAT  CAS  CAP  CAO   180.00   0.0  0
 E1J  CONST_26  OAQ  CAP  CAS  CAV   180.00   0.0  0
 E1J  CONST_27  NAI  C6   C5   CAV     0.00   0.0  0
 E1J  CONST_28  H23  CAV  C5   C4    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_29  H17  CAO  C4   C5    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_30  CAH  NAI  C6   C5    180.00   0.0  0
 E1J  CONST_31  CAH  NAI  C6   N1      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_32  H33  NAI  C6   C5      0.00   0.0  0
 E1J  CONST_33  CAF  NAE  CAC  CAB   180.00   0.0  0
 E1J  CONST_34  OAD  CAC  NAE  CAF     0.00   0.0  0
 E1J  CONST_35  H32  NAE  CAC  CAB     0.00   0.0  0
 E1J  Var_01    CAY  NAX  C2   N1    178.08  30.0  1
 E1J  Var_02    CAZ  CAY  NAX  C2   -170.47  30.0  1
 E1J  Var_03    CBA  CBB  NAX  C2   -165.82  30.0  1
 E1J  Var_04    CBB  CBA  CAZ  CAY    38.08  30.0  1
 E1J  Var_05    NAX  CBB  CBA  CAZ   -30.70  30.0  1
 E1J  Var_06    NAX  CAY  CAZ  CBA   -30.40  30.0  1
 E1J  Var_07    CAS  CAP  OAQ  CAR  -177.84  30.0  2
 E1J  Var_08    CAV  CAS  OAT  CAU    -0.41  30.0  1
 E1J  Var_09    CAG  CAH  NAI  C6   -178.97  30.0  3
 E1J  Var_10    H18  CAR  OAQ  CAP    58.01  30.0  1
 E1J  Var_11    H20  CAU  OAT  CAS  -179.94  30.0  3
 E1J  Var_12    OAQ  CAR  C1   N2     64.43  30.0  3
 E1J  Var_13    NAE  CAC  CAB  CAA  -179.90  30.0  2
 E1J  Var_14    CAG  CAF  NAE  CAC   165.45  30.0  1
 E1J  Var_15    NAI  CAH  CAG  CAF  -179.87  30.0  1
 E1J  Var_16    NAE  CAF  CAG  CAH   178.40  30.0  3
 E1J  Var_17    H6   CAA  CAB  CAC    -0.17   0.0  2
 E1J  Var_18    H1   N2   C1   CAR    73.83  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 E1J  plan-1  C4   0.020
 E1J  plan-1  C5   0.020
 E1J  plan-1  C6   0.020
 E1J  plan-1  N1   0.020
 E1J  plan-1  N3   0.020
 E1J  plan-1  C2   0.020
 E1J  plan-1  CAO  0.020
 E1J  plan-1  CAP  0.020
 E1J  plan-1  CAS  0.020
 E1J  plan-1  CAV  0.020
 E1J  plan-1  NAI  0.020
 E1J  plan-1  NAX  0.020
 E1J  plan-1  OAQ  0.020
 E1J  plan-1  OAT  0.020
 E1J  plan-1  H17  0.020
 E1J  plan-1  H23  0.020
 E1J  plan-2  C6   0.020
 E1J  plan-2  CAH  0.020
 E1J  plan-2  NAI  0.020
 E1J  plan-2  H33  0.020
 E1J  plan-3  CAB  0.020
 E1J  plan-3  CAC  0.020
 E1J  plan-3  CAF  0.020
 E1J  plan-3  NAE  0.020
 E1J  plan-3  OAD  0.020
 E1J  plan-3  H32  0.020
 E1J  plan-4  CAA  0.020
 E1J  plan-4  CAB  0.020
 E1J  plan-4  CAC  0.020
 E1J  plan-4  H6   0.020
 E1J  plan-4  H7   0.020
 E1J  plan-4  H9   0.020

