# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 18:08:21 2020
#   Inital geometry file: a 98 line input string
#   Ligand name: 2-chloro-4-{[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)sulfanyl]acetyl}benzenesulfonamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: Cc1cc(C)nc(SCC(=O)c2ccc(c(Cl)c2)[S](N)(=O)=O)n1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 E1E  E1E  2-chloro-4-{[(4,6-dimethylpyrimidin-2-yl)sulfanyl]acetyl}benzenesulfonamide  ligand  37  23  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_E1E
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 E1E  C2   C   CR16  0  -0.203  -2.0131   1.5117  -0.0355
 E1E  C4   C   CR6   0  -0.137  -3.4238  -0.4351   0.0375
 E1E  C5   C   CR16  0  -0.239  -2.2997  -1.2454   0.0472
 E1E  C3   C   CR6   0   0.001  -3.2750   0.9507  -0.0087
 E1E  S6   S   S     0   1.385  -5.0300  -1.2132   0.0457
 E1E  O8   O   OS    0  -0.641  -4.7924  -2.6439   0.1273
 E1E  N11  N   NC2   0  -0.886  -5.6851  -0.6595   1.4379
 E1E  O7   O   OS    0  -0.647  -5.7974  -0.6752  -1.0616
 E1E  C22  C   CR6   0  -0.002  -0.8836   0.6969  -0.0245
 E1E  C1   C   CR16  0  -0.267  -1.0337  -0.6840   0.0160
 E1E  C9   C   C     0   0.401   0.4571   1.3527  -0.0526
 E1E  O12  O   O     0  -0.366   0.5611   2.5566  -0.0819
 E1E  C10  C   CH2   0  -0.709   1.6691   0.4614  -0.0437
 E1E  S13  S   S2    0   0.081   3.1485   1.4980  -0.0395
 E1E  C14  C   CR6   0   0.221   4.4085   0.2714  -0.0335
 E1E  N17  N   N     0  -0.440   5.6282   0.7864   0.0075
 E1E  C18  C   CR6   0   0.285   6.6398  -0.0778   0.0157
 E1E  C21  C   CH3   0  -0.720   8.0213   0.4849   0.0791
 E1E  C19  C   CR16  0  -0.401   6.4040  -1.4482  -0.0202
 E1E  C16  C   CR6   0   0.302   5.0880  -1.8814  -0.0650
 E1E  N15  N   N     0  -0.428   4.0812  -1.0047  -0.0704
 E1E  C20  C   CH3   0  -0.719   4.7278  -3.3287  -0.1221
 E1E  H1   H   HCR6  0   0.297  -1.9078   2.5875  -0.0653
 E1E  H2   H   HCR6  0   0.301  -2.4037  -2.3201   0.0805
 E1E  H3   H   HNC2  0   0.427  -5.5991  -1.2924   2.2235
 E1E  H4   H   HNC2  0   0.427  -6.6152  -0.2731   1.3363
 E1E  H5   H   HCR6  0   0.286  -0.1802  -1.3469   0.0259
 E1E  H6   H   HCH2  0   0.321   1.6572  -0.1852   0.8358
 E1E  H7   H   HCH2  0   0.324   1.6614  -0.1902  -0.9199
 E1E  H8   H   HCH3  0   0.264   8.1839   0.9687   1.0435
 E1E  H9   H   HCH3  0   0.252   8.7769  -0.2874  -0.0464
 E1E  H10  H   HCH3  0   0.261   8.1627   1.2437  -0.6904
 E1E  H11  H   HCR6  0   0.274   7.2221  -2.1543  -0.0140
 E1E  H12  H   HCH3  0   0.264   4.2757  -3.5640  -1.0870
 E1E  H13  H   HCH3  0   0.252   5.5987  -3.9664   0.0107
 E1E  H14  H   HCH3  0   0.261   3.9929  -3.5713   0.6455
 E1E  CL1  CL  CL    0  -0.083  -4.6333   2.0086  -0.0180

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 E1E  C20  C16  single    1.493  0.020  1.493
 E1E  C16  N15  aromatic  1.335  0.020  1.335
 E1E  C16  C19  aromatic  1.386  0.020  1.386
 E1E  N15  C14  aromatic  1.318  0.020  1.318
 E1E  C19  C18  aromatic  1.391  0.020  1.391
 E1E  C14  S13  single    1.758  0.020  1.758
 E1E  C14  N17  aromatic  1.325  0.020  1.325
 E1E  S13  C10  single    1.806  0.020  1.806
 E1E  C18  N17  aromatic  1.330  0.020  1.330
 E1E  C18  C21  single    1.493  0.020  1.493
 E1E  C10  C9   single    1.504  0.020  1.504
 E1E  C9   O12  double    1.209  0.020  1.209
 E1E  C9   C22  single    1.493  0.020  1.493
 E1E  C1   C22  aromatic  1.390  0.020  1.390
 E1E  C1   C5   aromatic  1.385  0.020  1.385
 E1E  C22  C2   aromatic  1.393  0.020  1.393
 E1E  C5   C4   aromatic  1.386  0.020  1.386
 E1E  C2   C3   aromatic  1.381  0.020  1.381
 E1E  C4   C3   aromatic  1.394  0.020  1.394
 E1E  C4   S6   single    1.785  0.020  1.785
 E1E  C3   CL1  single    1.722  0.020  1.722
 E1E  N11  S6   single    1.635  0.020  1.635
 E1E  O8   S6   double    1.453  0.020  1.453
 E1E  S6   O7   double    1.451  0.020  1.451
 E1E  C2   H1   single    0.930  0.020  1.080
 E1E  C5   H2   single    0.930  0.020  1.080
 E1E  N11  H3   single    0.890  0.020  1.040
 E1E  N11  H4   single    0.890  0.020  1.040
 E1E  C1   H5   single    0.930  0.020  1.080
 E1E  C10  H6   single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C10  H7   single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C21  H8   single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C21  H9   single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C21  H10  single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C19  H11  single    0.930  0.020  1.080
 E1E  C20  H12  single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C20  H13  single    0.970  0.020  1.090
 E1E  C20  H14  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 E1E  H1   C2   C22  120.21  3.000
 E1E  H1   C2   C3   119.58  3.000
 E1E  C22  C2   C3   120.21  3.000
 E1E  S6   C4   C3   121.97  3.000
 E1E  S6   C4   C5   118.36  3.000
 E1E  C3   C4   C5   119.66  3.000
 E1E  H2   C5   C1   119.47  3.000
 E1E  H2   C5   C4   120.26  3.000
 E1E  C1   C5   C4   120.27  3.000
 E1E  CL1  C3   C4   121.78  3.000
 E1E  CL1  C3   C2   118.10  3.000
 E1E  C4   C3   C2   120.12  3.000
 E1E  O7   S6   N11  108.20  3.000
 E1E  O7   S6   O8   119.65  3.000
 E1E  N11  S6   O8   110.57  3.000
 E1E  O7   S6   C4   108.11  3.000
 E1E  O8   S6   C4   106.41  3.000
 E1E  N11  S6   C4   102.52  3.000
 E1E  H4   N11  H3   113.23  3.000
 E1E  H4   N11  S6   114.33  3.000
 E1E  H3   N11  S6   114.51  3.000
 E1E  C9   C22  C1   122.29  3.000
 E1E  C1   C22  C2   119.60  3.000
 E1E  C9   C22  C2   118.11  3.000
 E1E  H5   C1   C22  121.63  3.000
 E1E  H5   C1   C5   118.22  3.000
 E1E  C22  C1   C5   120.14  3.000
 E1E  C10  C9   O12  121.39  3.000
 E1E  O12  C9   C22  121.02  3.000
 E1E  C10  C9   C22  117.59  3.000
 E1E  H7   C10  H6   107.03  3.000
 E1E  H7   C10  S13  110.49  3.000
 E1E  H6   C10  S13  110.30  3.000
 E1E  H7   C10  C9   110.07  3.000
 E1E  H6   C10  C9   110.30  3.000
 E1E  S13  C10  C9   108.65  3.000
 E1E  C14  S13  C10  100.75  3.000
 E1E  N15  C14  N17  127.30  3.000
 E1E  N17  C14  S13  112.88  3.000
 E1E  N15  C14  S13  119.83  3.000
 E1E  C18  N17  C14  116.60  3.000
 E1E  C19  C18  C21  121.96  3.000
 E1E  C21  C18  N17  117.32  3.000
 E1E  C19  C18  N17  120.72  3.000
 E1E  H10  C21  H9   108.83  3.000
 E1E  H10  C21  H8   107.21  3.000
 E1E  H9   C21  H8   108.26  3.000
 E1E  H10  C21  C18  110.64  3.000
 E1E  H9   C21  C18  111.73  3.000
 E1E  H8   C21  C18  110.03  3.000
 E1E  H11  C19  C16  120.98  3.000
 E1E  H11  C19  C18  121.01  3.000
 E1E  C16  C19  C18  118.01  3.000
 E1E  C20  C16  N15  117.04  3.000
 E1E  N15  C16  C19  120.72  3.000
 E1E  C20  C16  C19  122.23  3.000
 E1E  C16  N15  C14  116.65  3.000
 E1E  H14  C20  H13  108.87  3.000
 E1E  H14  C20  H12  107.18  3.000
 E1E  H13  C20  H12  108.25  3.000
 E1E  H14  C20  C16  110.59  3.000
 E1E  H13  C20  C16  111.76  3.000
 E1E  H12  C20  C16  110.06  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 E1E  CONST_01  C5   C1   C22  C2      0.00   0.0  0
 E1E  CONST_02  C5   C4   C3   C2      0.00   0.0  0
 E1E  CONST_03  C22  C1   C5   C4      0.00   0.0  0
 E1E  CONST_04  C22  C2   C3   C4      0.00   0.0  0
 E1E  CONST_05  C1   C22  C2   C3      0.00   0.0  0
 E1E  CONST_06  C1   C5   C4   C3      0.00   0.0  0
 E1E  CONST_07  C19  C16  N15  C14     0.00   0.0  0
 E1E  CONST_08  C19  C18  N17  C14     0.00   0.0  0
 E1E  CONST_09  C16  N15  C14  N17     0.00   0.0  0
 E1E  CONST_10  C16  C19  C18  N17     0.00   0.0  0
 E1E  CONST_11  N15  C16  C19  C18     0.00   0.0  0
 E1E  CONST_12  N15  C14  N17  C18     0.00   0.0  0
 E1E  CONST_13  S6   C4   C3   C2    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_14  C9   C22  C1   C5    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_15  CL1  C3   C4   C5    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_16  C22  C2   C3   CL1   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_17  C9   C22  C2   C3    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_18  C1   C5   C4   S6    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_19  C16  N15  C14  S13   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_20  C18  N17  C14  S13   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_21  C20  C16  N15  C14   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_22  C21  C18  N17  C14   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_23  C20  C16  C19  C18   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_24  C16  C19  C18  C21   180.00   0.0  0
 E1E  CONST_25  H5   C1   C22  C2    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_26  H1   C2   C3   C4    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_27  H2   C5   C4   C3    180.00   0.0  0
 E1E  CONST_28  H11  C19  C18  N17   180.00   0.0  0
 E1E  Var_01    C10  C9   C22  C2   -179.86  30.0  2
 E1E  Var_02    N11  S6   C4   C5    118.82  30.0  2
 E1E  Var_03    N15  C14  S13  C10     1.87  30.0  2
 E1E  Var_04    H8   C21  C18  N17    66.98  30.0  2
 E1E  Var_05    H12  C20  C16  C19  -112.68  30.0  2
 E1E  Var_06    S13  C10  C9   C22  -178.58  30.0  1
 E1E  Var_07    H3   N11  S6   C4    -97.10  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 E1E  plan-1  C2   0.020
 E1E  plan-1  C4   0.020
 E1E  plan-1  C5   0.020
 E1E  plan-1  C3   0.020
 E1E  plan-1  S6   0.020
 E1E  plan-1  C22  0.020
 E1E  plan-1  C1   0.020
 E1E  plan-1  C9   0.020
 E1E  plan-1  H1   0.020
 E1E  plan-1  H2   0.020
 E1E  plan-1  H5   0.020
 E1E  plan-1  CL1  0.020
 E1E  plan-2  S13  0.020
 E1E  plan-2  C14  0.020
 E1E  plan-2  N17  0.020
 E1E  plan-2  C18  0.020
 E1E  plan-2  C21  0.020
 E1E  plan-2  C19  0.020
 E1E  plan-2  C16  0.020
 E1E  plan-2  N15  0.020
 E1E  plan-2  C20  0.020
 E1E  plan-2  H11  0.020
 E1E  plan-3  C22  0.020
 E1E  plan-3  C9   0.020
 E1E  plan-3  O12  0.020
 E1E  plan-3  C10  0.020

