# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 15:46:00 2020
#   Inital geometry file: a 97 line input string
#   Ligand name: 2-(dimethylamino)ethyl (1Z)-2-phenyl-N-(sulfooxy)ethanimidothioate
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CN(C)CCS\C(Cc1ccccc1)=N/O[S](O)(=O)=O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 E18  E18  '2-(dimethylamino)ethyl (1Z)-2-phenyl-N-(sulfooxy)ethanimidothioate'  ligand  37  20  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_E18
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 E18  O20   O  OS     0  -0.728  -2.2265  -3.7719   0.1475
 E18  S19   S  S      0   1.579  -2.5321  -2.3522   0.0097
 E18  O21   O  OS    -1  -0.727  -3.0456  -1.9493  -1.2954
 E18  O22   O  OS     0  -0.725  -3.2159  -1.7479   1.1477
 E18  O18   O  OC2    0  -0.537  -0.9625  -1.7476   0.0639
 E18  N17   N  N      0  -0.111  -0.9626  -0.3711   0.0005
 E18  C13   C  C      0   0.098   0.2174   0.0923  -0.0626
 E18  S1    S  S2     0   0.050   1.6008  -0.9930  -0.0886
 E18  C1    C  CH2    0  -0.591   3.0353   0.1249  -0.1225
 E18  C2    C  CH2    0  -0.258   4.2771  -0.7603  -0.0844
 E18  N18   N  NT     0  -0.406   5.5005   0.0115  -0.1735
 E18  C20   C  CH3    0  -0.529   5.7515   0.7896   1.0228
 E18  C19   C  CH3    0  -0.522   6.6259  -0.8534  -0.4644
 E18  CB    C  CH2    0  -0.583   0.4090   1.5812  -0.1260
 E18  CG    C  CR6    0   0.162  -0.8805   2.3516  -0.0764
 E18  CD2   C  CR16   0  -0.295  -1.4233   2.7449   1.1423
 E18  CE2   C  CR16   0  -0.243  -2.6154   3.4544   1.1900
 E18  CZ    C  CR16   0  -0.270  -3.2801   3.7799   0.0146
 E18  CE1   C  CR16   0  -0.244  -2.7438   3.3915  -1.2065
 E18  CD1   C  CR16   0  -0.295  -1.5521   2.6810  -1.2489
 E18  HB1C  H  HCH2   0   0.284   1.0568   1.8871   0.6995
 E18  HB2C  H  HCH2   0   0.285   0.9523   1.8227  -1.0434
 E18  H11C  H  HCH2   0   0.280   3.0375   0.7241  -1.0329
 E18  H12C  H  HCH2   0   0.281   2.9955   0.7882   0.7398
 E18  H21C  H  HCH2   0   0.208   4.2537  -1.3890   0.8224
 E18  H22C  H  HCH2   0   0.248   4.2442  -1.4407  -0.9393
 E18  H201  H  HCH3   0   0.196   5.8131   0.1721   1.9327
 E18  H202  H  HCH3   0   0.238   6.6955   1.3255   0.9203
 E18  H203  H  HCH3   0   0.236   4.9748   1.5381   1.1785
 E18  H191  H  HCH3   0   0.235   6.4638  -1.3796  -1.4061
 E18  H192  H  HCH3   0   0.235   7.5346  -0.2587  -0.5646
 E18  H193  H  HCH3   0   0.194   6.8055  -1.6089   0.3165
 E18  HD2   H  HCR6   0   0.247  -0.9092   2.4974   2.0638
 E18  HD1   H  HCR6   0   0.248  -1.1384   2.3829  -2.2050
 E18  HE2   H  HCR6   0   0.254  -3.0253   3.7530   2.1463
 E18  HZ    H  HCR6   0   0.253  -4.2077   4.3367   0.0498
 E18  HE1   H  HCR6   0   0.253  -3.2532   3.6424  -2.1281

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 E18  O20  S19   deloc     1.459  0.020  1.459
 E18  S19  O21   deloc     1.459  0.020  1.459
 E18  S19  O22   deloc     1.459  0.020  1.459
 E18  S19  O18   single    1.683  0.020  1.683
 E18  O18  N17   single    1.378  0.020  1.378
 E18  N17  C13   double    1.269  0.020  1.269
 E18  C13  S1    single    1.758  0.020  1.758
 E18  C13  CB    single    1.503  0.020  1.503
 E18  S1   C1    single    1.819  0.020  1.819
 E18  C1   C2    single    1.525  0.020  1.525
 E18  C2   N18   single    1.449  0.020  1.449
 E18  N18  C20   single    1.449  0.020  1.449
 E18  N18  C19   single    1.449  0.020  1.449
 E18  CB   CG    single    1.503  0.020  1.503
 E18  CG   CD2   aromatic  1.391  0.020  1.391
 E18  CG   CD1   aromatic  1.391  0.020  1.391
 E18  CD2  CE2   aromatic  1.388  0.020  1.388
 E18  CE2  CZ    aromatic  1.389  0.020  1.389
 E18  CZ   CE1   aromatic  1.389  0.020  1.389
 E18  CE1  CD1   aromatic  1.388  0.020  1.388
 E18  CB   HB1C  single    0.970  0.020  1.090
 E18  CB   HB2C  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C1   H11C  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C1   H12C  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C2   H21C  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C2   H22C  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C20  H201  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C20  H202  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C20  H203  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C19  H191  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C19  H192  single    0.970  0.020  1.090
 E18  C19  H193  single    0.970  0.020  1.090
 E18  CD2  HD2   single    0.930  0.020  1.080
 E18  CD1  HD1   single    0.930  0.020  1.080
 E18  CE2  HE2   single    0.930  0.020  1.080
 E18  CZ   HZ    single    0.930  0.020  1.080
 E18  CE1  HE1   single    0.930  0.020  1.080

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 E18  O18   S19  O22   105.26  3.000
 E18  O18   S19  O21   104.94  3.000
 E18  O22   S19  O21   114.73  3.000
 E18  O18   S19  O20    98.69  3.000
 E18  O22   S19  O20   115.33  3.000
 E18  O21   S19  O20   115.27  3.000
 E18  N17   O18  S19   110.94  3.000
 E18  C13   N17  O18   111.52  3.000
 E18  CB    C13  S1    120.71  3.000
 E18  CB    C13  N17   118.84  3.000
 E18  S1    C13  N17   120.45  3.000
 E18  C1    S1   C13   103.97  3.000
 E18  H12C  C1   H11C  109.07  3.000
 E18  H12C  C1   C2    111.32  3.000
 E18  H11C  C1   C2    109.77  3.000
 E18  H12C  C1   S1    109.32  3.000
 E18  H11C  C1   S1    110.80  3.000
 E18  C2    C1   S1    106.55  3.000
 E18  H22C  C2   H21C  106.70  3.000
 E18  H22C  C2   N18   107.99  3.000
 E18  H21C  C2   N18   111.83  3.000
 E18  H22C  C2   C1    108.49  3.000
 E18  H21C  C2   C1    109.50  3.000
 E18  N18   C2   C1    112.12  3.000
 E18  C19   N18  C20   110.59  3.000
 E18  C19   N18  C2    110.49  3.000
 E18  C20   N18  C2    112.42  3.000
 E18  H203  C20  H202  107.03  3.000
 E18  H203  C20  H201  107.87  3.000
 E18  H202  C20  H201  107.75  3.000
 E18  H203  C20  N18   111.30  3.000
 E18  H202  C20  N18   109.65  3.000
 E18  H201  C20  N18   112.99  3.000
 E18  H193  C19  H192  107.66  3.000
 E18  H193  C19  H191  107.78  3.000
 E18  H192  C19  H191  107.91  3.000
 E18  H193  C19  N18   113.19  3.000
 E18  H192  C19  N18   109.88  3.000
 E18  H191  C19  N18   110.23  3.000
 E18  HB2C  CB   HB1C  106.11  3.000
 E18  HB2C  CB   CG    109.93  3.000
 E18  HB1C  CB   CG    109.88  3.000
 E18  HB2C  CB   C13   108.52  3.000
 E18  HB1C  CB   C13   108.72  3.000
 E18  CG    CB   C13   113.40  3.000
 E18  CD1   CG   CD2   118.90  3.000
 E18  CD1   CG   CB    120.52  3.000
 E18  CD2   CG   CB    120.58  3.000
 E18  HD2   CD2  CE2   119.66  3.000
 E18  HD2   CD2  CG    119.69  3.000
 E18  CE2   CD2  CG    120.65  3.000
 E18  HE2   CE2  CZ    120.12  3.000
 E18  HE2   CE2  CD2   119.77  3.000
 E18  CZ    CE2  CD2   120.11  3.000
 E18  HZ    CZ   CE1   120.22  3.000
 E18  HZ    CZ   CE2   120.20  3.000
 E18  CE1   CZ   CE2   119.58  3.000
 E18  HE1   CE1  CD1   119.77  3.000
 E18  HE1   CE1  CZ    120.14  3.000
 E18  CD1   CE1  CZ    120.09  3.000
 E18  HD1   CD1  CE1   119.71  3.000
 E18  HD1   CD1  CG    119.63  3.000
 E18  CE1   CD1  CG    120.66  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 E18  CONST_01  CZ    CE2  CD2  CG     0.00   0.0  0
 E18  CONST_02  CZ    CE1  CD1  CG     0.00   0.0  0
 E18  CONST_03  CE1   CD1  CG   CD2    0.00   0.0  0
 E18  CONST_04  CE1   CZ   CE2  CD2    0.00   0.0  0
 E18  CONST_05  CD1   CG   CD2  CE2    0.00   0.0  0
 E18  CONST_06  CD1   CE1  CZ   CE2    0.00   0.0  0
 E18  CONST_07  CE2   CD2  CG   CB   180.00   0.0  0
 E18  CONST_08  CE1   CD1  CG   CB   180.00   0.0  0
 E18  CONST_09  HE2   CE2  CD2  CG   180.00   0.0  0
 E18  CONST_10  HE1   CE1  CD1  CG   180.00   0.0  0
 E18  CONST_11  HD1   CD1  CG   CD2  180.00   0.0  0
 E18  CONST_12  HZ    CZ   CE2  CD2  180.00   0.0  0
 E18  CONST_13  HD2   CD2  CE2  CZ   180.00   0.0  0
 E18  Var_01    CD2   CG   CB   C13   89.38  30.0  2
 E18  Var_02    CG    CB   C13  N17    1.19  30.0  3
 E18  Var_03    S1    C13  N17  O18    1.02   0.0  2
 E18  Var_04    C2    C1   S1   C13  177.58  30.0  3
 E18  Var_05    N18   C2   C1   S1   177.15  30.0  3
 E18  Var_06    C20   N18  C2   C1    69.95  30.0  3
 E18  Var_07    H201  C20  N18  C2    57.98  30.0  3
 E18  Var_08    H191  C19  N18  C2    59.18  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 E18  plan-1  CB   0.020
 E18  plan-1  CG   0.020
 E18  plan-1  CD2  0.020
 E18  plan-1  CE2  0.020
 E18  plan-1  CZ   0.020
 E18  plan-1  CE1  0.020
 E18  plan-1  CD1  0.020
 E18  plan-1  HD2  0.020
 E18  plan-1  HD1  0.020
 E18  plan-1  HE2  0.020
 E18  plan-1  HZ   0.020
 E18  plan-1  HE1  0.020
 E18  plan-2  O18  0.020
 E18  plan-2  N17  0.020
 E18  plan-2  C13  0.020
 E18  plan-2  S1   0.020
 E18  plan-2  CB   0.020

