# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat Apr 25 16:00:24 2020
#   Inital geometry file: a 177 line input string
#   Ligand name: (3~{S},4~{S},5~{S},10~{S},13~{R},14~{R},17~{R})-4,10,13,14-tetramethyl-17-[(2~{R})-6-methyl-5-methylidene-heptan-2-yl]-1,2,3,4,5,6,7,11,12,15,16,17-dodecahydrocyclopenta[a]phenanthren-3-ol
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)C(=C)CC[C@@H](C)[C@H]1CC[C@@]2(C)C3=C(CC[C@]12C)[C@@]4(C)CC[C@H](O)[C@@H](C)[C@@H]4CC3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DVE  DVE  (3~{S},4~{S},5~{S},10~{S},13~{R},14~{R},17~{R})-4,10,13,14-tetramethyl-17-[(2~{R})-6-methyl-5-methylidene-heptan-2-yl]-1,2,3,4,5,6,7,11,12,15,16,17-dodecahydrocyclopenta[a]phenanthren-3-ol  ligand  81  31  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_DVE
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DVE  C3   C  CH3   0  -0.661   3.6613  -0.5241   1.9702
 DVE  C2   C  CT    0  -0.123   3.6661  -0.4725   0.4305
 DVE  C4   C  CH2   0  -0.435   4.3930  -1.7120  -0.1202
 DVE  C5   C  CH2   0  -0.477   5.8811  -1.7147   0.2007
 DVE  C6   C  CH1   0   0.108   6.5712  -0.4548  -0.2945
 DVE  O8   O  OH1   0  -0.680   7.9358  -0.4383   0.0816
 DVE  C9   C  CH1   0  -0.248   5.8994   0.8076   0.2428
 DVE  C11  C  CH3   0  -0.673   6.5935   2.0526  -0.3081
 DVE  C1   C  CH1   0  -0.200   4.4008   0.7773  -0.1125
 DVE  C15  C  CH2   0  -0.439   3.6556   2.0407   0.2917
 DVE  C14  C  CH2   0  -0.498   2.2429   2.0426  -0.2739
 DVE  C13  C  C     0   0.075   1.5710   0.7008  -0.2927
 DVE  C12  C  C     0   0.125   2.2058  -0.4469  -0.0247
 DVE  C21  C  CH2   0  -0.518   1.4900  -1.7787  -0.0387
 DVE  C20  C  CH2   0  -0.431   0.0082  -1.7743  -0.4474
 DVE  C18  C  CT    0  -0.044  -0.6642  -0.4635  -0.0644
 DVE  C19  C  CH3   0  -0.679  -0.6361  -0.3196   1.4668
 DVE  C16  C  CT    0  -0.093   0.1308   0.6810  -0.7530
 DVE  C17  C  CH3   0  -0.654   0.1716   0.5634  -2.2930
 DVE  C35  C  CH2   0  -0.445  -0.7390   1.9010  -0.4247
 DVE  C34  C  CH2   0  -0.455  -2.1807   1.3630  -0.5285
 DVE  C22  C  CH1   0  -0.176  -2.1018  -0.1894  -0.5660
 DVE  C24  C  CH1   0  -0.234  -3.2862  -0.8511   0.1558
 DVE  C33  C  CH3   0  -0.673  -3.2092  -2.3755   0.1513
 DVE  C26  C  CH2   0  -0.406  -4.6001  -0.3771  -0.4809
 DVE  C27  C  CH2   0  -0.526  -5.8651  -0.8872   0.2177
 DVE  C28  C  C     0   0.220  -7.1200  -0.2408  -0.3178
 DVE  C32  C  C2    0  -0.608  -7.6670  -0.6614  -1.4571
 DVE  C29  C  CH1   0  -0.320  -7.7336   0.8934   0.4706
 DVE  C31  C  CH3   0  -0.651  -8.2843   0.3960   1.8086
 DVE  C30  C  CH3   0  -0.657  -6.7548   2.0471   0.6899
 DVE  H1   H  HCH3  0   0.231   3.1405   0.3332   2.3960
 DVE  H2   H  HCH3  0   0.227   3.1427  -1.4201   2.3165
 DVE  H3   H  HCH3  0   0.228   4.6623  -0.5501   2.4009
 DVE  H4   H  HCH2  0   0.236   3.9494  -2.6282   0.2750
 DVE  H5   H  HCH2  0   0.221   4.2595  -1.7501  -1.2076
 DVE  H6   H  HCH2  0   0.219   6.0419  -1.8133   1.2785
 DVE  H7   H  HCH2  0   0.231   6.3471  -2.5920  -0.2603
 DVE  H8   H  HCH1  0   0.175   6.4804  -0.4278  -1.3940
 DVE  H9   H  HOH1  0   0.445   8.3567  -1.2176  -0.2942
 DVE  H10  H  HCH1  0   0.212   6.0053   0.8125   1.3352
 DVE  H11  H  HCH3  0   0.209   6.4317   2.1454  -1.3855
 DVE  H12  H  HCH3  0   0.229   6.2307   2.9666   0.1598
 DVE  H13  H  HCH3  0   0.235   7.6680   2.0134  -0.1369
 DVE  H14  H  HCH1  0   0.206   4.3401   0.7101  -1.2098
 DVE  H15  H  HCH2  0   0.216   3.6311   2.1269   1.3815
 DVE  H16  H  HCH2  0   0.235   4.1707   2.9317  -0.0685
 DVE  H17  H  HCH2  0   0.237   1.6288   2.7537   0.2857
 DVE  H18  H  HCH2  0   0.225   2.2632   2.4321  -1.2999
 DVE  H19  H  HCH2  0   0.244   2.0167  -2.4749  -0.6965
 DVE  H20  H  HCH2  0   0.228   1.5839  -2.2191   0.9613
 DVE  H21  H  HCH2  0   0.221  -0.0848  -1.9374  -1.5231
 DVE  H22  H  HCH2  0   0.231  -0.4758  -2.6310   0.0221
 DVE  H23  H  HCH3  0   0.229  -1.2137   0.5355   1.8199
 DVE  H24  H  HCH3  0   0.224  -1.0636  -1.2071   1.9391
 DVE  H25  H  HCH3  0   0.244   0.3777  -0.2048   1.8492
 DVE  H26  H  HCH3  0   0.229  -0.8138   0.6410  -2.7545
 DVE  H27  H  HCH3  0   0.227   0.7719   1.3815  -2.6967
 DVE  H28  H  HCH3  0   0.228   0.6319  -0.3640  -2.6311
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 DVE  H33  H  HCH1  0   0.209  -2.1639  -0.5183  -1.6109
 DVE  H34  H  HCH1  0   0.206  -3.2894  -0.5102   1.1991
 DVE  H35  H  HCH3  0   0.210  -3.1375  -2.7597  -0.8695
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 DVE  H37  H  HCH3  0   0.234  -4.0897  -2.8250   0.6108
 DVE  H38  H  HCH2  0   0.245  -4.6282   0.7146  -0.4816
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 DVE  H40  H  HCH2  0   0.242  -5.9464  -1.9690   0.0974
 DVE  H41  H  HCH2  0   0.226  -5.7708  -0.7081   1.2933
 DVE  H43  H  H     0   0.226  -8.5520  -0.1941  -1.8732
 DVE  H44  H  H     0   0.224  -7.2478  -1.4888  -2.0190
 DVE  H46  H  HCH1  0   0.228  -8.5774   1.2765  -0.1123
 DVE  H47  H  HCH3  0   0.218  -7.4911   0.0065   2.4497
 DVE  H48  H  HCH3  0   0.230  -8.7681   1.2106   2.3500
 DVE  H49  H  HCH3  0   0.229  -9.0202  -0.3959   1.6653
 DVE  H50  H  HCH3  0   0.228  -6.3848   2.4444  -0.2562
 DVE  H51  H  HCH3  0   0.234  -7.2431   2.8616   1.2274
 DVE  H52  H  HCH3  0   0.218  -5.8921   1.7383   1.2841

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DVE  C30  C29  single  1.529  0.020  1.529
 DVE  C31  C29  single  1.530  0.020  1.530
 DVE  C29  C28  single  1.512  0.020  1.512
 DVE  C32  C28  double  1.332  0.020  1.332
 DVE  C28  C27  single  1.510  0.020  1.510
 DVE  C27  C26  single  1.532  0.020  1.532
 DVE  C26  C24  single  1.535  0.020  1.535
 DVE  C24  C33  single  1.526  0.020  1.526
 DVE  C24  C22  single  1.537  0.020  1.537
 DVE  C19  C18  single  1.538  0.020  1.538
 DVE  C34  C22  single  1.555  0.020  1.555
 DVE  C34  C35  single  1.542  0.020  1.542
 DVE  C22  C18  single  1.547  0.020  1.547
 DVE  C35  C16  single  1.534  0.020  1.534
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 DVE  C18  C20  single  1.522  0.020  1.522
 DVE  C3   C2   single  1.541  0.020  1.541
 DVE  C15  C14  single  1.522  0.020  1.522
 DVE  C15  C1   single  1.521  0.020  1.521
 DVE  C14  C13  single  1.501  0.020  1.501
 DVE  C16  C13  single  1.512  0.020  1.512
 DVE  C16  C17  single  1.545  0.020  1.545
 DVE  C13  C12  double  1.339  0.020  1.339
 DVE  C20  C21  single  1.537  0.020  1.537
 DVE  C12  C2   single  1.530  0.020  1.530
 DVE  C12  C21  single  1.512  0.020  1.512
 DVE  C2   C1   single  1.548  0.020  1.548
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 DVE  C9   C11  single  1.528  0.020  1.528
 DVE  C9   C6   single  1.528  0.020  1.528
 DVE  C4   C5   single  1.522  0.020  1.522
 DVE  C5   C6   single  1.520  0.020  1.520
 DVE  C6   O8   single  1.416  0.020  1.416
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 DVE  C3   H3   single  0.970  0.020  1.090
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 DVE  C27  H40  single  0.970  0.020  1.090
 DVE  C27  H41  single  0.970  0.020  1.090
 DVE  C32  H43  single  0.930  0.020  1.080
 DVE  C32  H44  single  0.930  0.020  1.080
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 DVE  C31  H47  single  0.970  0.020  1.090
 DVE  C31  H48  single  0.970  0.020  1.090
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 DVE  C30  H51  single  0.970  0.020  1.090
 DVE  C30  H52  single  0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DVE  H3   C3   H2   106.94  3.000
 DVE  H3   C3   H1   107.65  3.000
 DVE  H2   C3   H1   107.14  3.000
 DVE  H3   C3   C2   113.13  3.000
 DVE  H2   C3   C2   110.24  3.000
 DVE  H1   C3   C2   111.44  3.000
 DVE  C12  C2   C1   109.58  3.000
 DVE  C1   C2   C4   107.49  3.000
 DVE  C12  C2   C4   110.97  3.000
 DVE  C4   C2   C3   109.40  3.000
 DVE  C1   C2   C3   112.27  3.000
 DVE  C12  C2   C3   107.16  3.000
 DVE  H5   C4   H4   106.28  3.000
 DVE  H5   C4   C5   109.15  3.000
 DVE  H4   C4   C5   108.62  3.000
 DVE  H5   C4   C2   109.00  3.000
 DVE  H4   C4   C2   110.75  3.000
 DVE  C5   C4   C2   112.82  3.000
 DVE  H7   C5   H6   106.26  3.000
 DVE  H7   C5   C6   109.50  3.000
 DVE  H6   C5   C6   109.21  3.000
 DVE  H7   C5   C4   109.19  3.000
 DVE  H6   C5   C4   110.58  3.000
 DVE  C6   C5   C4   111.94  3.000
 DVE  H8   C6   C9   107.10  3.000
 DVE  H8   C6   O8   110.11  3.000
 DVE  C9   C6   O8   108.71  3.000
 DVE  H8   C6   C5   107.91  3.000
 DVE  O8   C6   C5   111.15  3.000
 DVE  C9   C6   C5   111.77  3.000
 DVE  H9   O8   C6   107.97  3.000
 DVE  H10  C9   C1   108.87  3.000
 DVE  H10  C9   C11  108.15  3.000
 DVE  C1   C9   C11  112.01  3.000
 DVE  H10  C9   C6   108.14  3.000
 DVE  C11  C9   C6   110.29  3.000
 DVE  C1   C9   C6   109.30  3.000
 DVE  H13  C11  H12  106.94  3.000
 DVE  H13  C11  H11  107.70  3.000
 DVE  H12  C11  H11  107.62  3.000
 DVE  H13  C11  C9   111.24  3.000
 DVE  H12  C11  C9   112.18  3.000
 DVE  H11  C11  C9   110.93  3.000
 DVE  H14  C1   C15  106.76  3.000
 DVE  H14  C1   C9   106.54  3.000
 DVE  C15  C1   C9   113.51  3.000
 DVE  H14  C1   C2   105.91  3.000
 DVE  C9   C1   C2   113.37  3.000
 DVE  C15  C1   C2   110.16  3.000
 DVE  H16  C15  H15  105.98  3.000
 DVE  H16  C15  C14  108.34  3.000
 DVE  H15  C15  C14  110.46  3.000
 DVE  H16  C15  C1   111.06  3.000
 DVE  H15  C15  C1   109.95  3.000
 DVE  C14  C15  C1   110.92  3.000
 DVE  H18  C14  H17  104.95  3.000
 DVE  H18  C14  C13  108.29  3.000
 DVE  H17  C14  C13  109.66  3.000
 DVE  H18  C14  C15  109.31  3.000
 DVE  H17  C14  C15  109.38  3.000
 DVE  C13  C14  C15  114.78  3.000
 DVE  C16  C13  C12  120.09  3.000
 DVE  C12  C13  C14  123.48  3.000
 DVE  C16  C13  C14  116.23  3.000
 DVE  C21  C12  C13  121.93  3.000
 DVE  C21  C12  C2   116.09  3.000
 DVE  C13  C12  C2   121.78  3.000
 DVE  H20  C21  H19  104.58  3.000
 DVE  H20  C21  C20  109.04  3.000
 DVE  H19  C21  C20  107.84  3.000
 DVE  H20  C21  C12  107.74  3.000
 DVE  H19  C21  C12  109.78  3.000
 DVE  C20  C21  C12  117.14  3.000
 DVE  H22  C20  H21  105.61  3.000
 DVE  H22  C20  C18  111.85  3.000
 DVE  H21  C20  C18  109.81  3.000
 DVE  H22  C20  C21  108.13  3.000
 DVE  H21  C20  C21  110.10  3.000
 DVE  C18  C20  C21  111.19  3.000
 DVE  C22  C18  C16  101.61  3.000
 DVE  C16  C18  C19  111.27  3.000
 DVE  C22  C18  C19  108.86  3.000
 DVE  C16  C18  C20  107.25  3.000
 DVE  C22  C18  C20  118.78  3.000
 DVE  C19  C18  C20  108.84  3.000
 DVE  H25  C19  H24  107.33  3.000
 DVE  H25  C19  H23  107.26  3.000
 DVE  H24  C19  H23  106.84  3.000
 DVE  H25  C19  C18  112.10  3.000
 DVE  H24  C19  C18  110.31  3.000
 DVE  H23  C19  C18  112.70  3.000
 DVE  C35  C16  C17  106.79  3.000
 DVE  C17  C16  C18  113.52  3.000
 DVE  C35  C16  C18  101.58  3.000
 DVE  C17  C16  C13  106.22  3.000
 DVE  C18  C16  C13  111.22  3.000
 DVE  C35  C16  C13  117.68  3.000
 DVE  H28  C17  H27  106.90  3.000
 DVE  H28  C17  H26  108.12  3.000
 DVE  H27  C17  H26  106.67  3.000
 DVE  H28  C17  C16  112.67  3.000
 DVE  H27  C17  C16  109.03  3.000
 DVE  H26  C17  C16  113.11  3.000
 DVE  H30  C35  H29  106.51  3.000
 DVE  H30  C35  C34  112.17  3.000
 DVE  H29  C35  C34  110.79  3.000
 DVE  H30  C35  C16  112.34  3.000
 DVE  H29  C35  C16  111.36  3.000
 DVE  C34  C35  C16  103.78  3.000
 DVE  H32  C34  H31  106.07  3.000
 DVE  H32  C34  C22  110.87  3.000
 DVE  H31  C34  C22  110.63  3.000
 DVE  H32  C34  C35  111.43  3.000
 DVE  H31  C34  C35  110.27  3.000
 DVE  C22  C34  C35  107.60  3.000
 DVE  H33  C22  C24  105.93  3.000
 DVE  H33  C22  C34  108.63  3.000
 DVE  C24  C22  C34  112.30  3.000
 DVE  H33  C22  C18  107.96  3.000
 DVE  C34  C22  C18  102.49  3.000
 DVE  C24  C22  C18  119.18  3.000
 DVE  H34  C24  C26  107.21  3.000
 DVE  H34  C24  C33  108.25  3.000
 DVE  C26  C24  C33  110.51  3.000
 DVE  H34  C24  C22  108.36  3.000
 DVE  C33  C24  C22  112.94  3.000
 DVE  C26  C24  C22  109.38  3.000
 DVE  H37  C33  H36  106.53  3.000
 DVE  H37  C33  H35  107.56  3.000
 DVE  H36  C33  H35  107.75  3.000
 DVE  H37  C33  C24  111.70  3.000
 DVE  H36  C33  C24  112.13  3.000
 DVE  H35  C33  C24  110.92  3.000
 DVE  H39  C26  H38  105.96  3.000
 DVE  H39  C26  C27  109.01  3.000
 DVE  H38  C26  C27  108.17  3.000
 DVE  H39  C26  C24  109.52  3.000
 DVE  H38  C26  C24  109.33  3.000
 DVE  C27  C26  C24  114.50  3.000
 DVE  H41  C27  H40  106.08  3.000
 DVE  H41  C27  C28  110.49  3.000
 DVE  H40  C27  C28  108.86  3.000
 DVE  H41  C27  C26  108.81  3.000
 DVE  H40  C27  C26  109.95  3.000
 DVE  C28  C27  C26  112.45  3.000
 DVE  C29  C28  C32  121.08  3.000
 DVE  C32  C28  C27  120.64  3.000
 DVE  C29  C28  C27  118.28  3.000
 DVE  H44  C32  H43  116.47  3.000
 DVE  H44  C32  C28  121.69  3.000
 DVE  H43  C32  C28  121.85  3.000
 DVE  H46  C29  C30  107.80  3.000
 DVE  H46  C29  C31  107.58  3.000
 DVE  C30  C29  C31  110.51  3.000
 DVE  H46  C29  C28  107.33  3.000
 DVE  C31  C29  C28  110.99  3.000
 DVE  C30  C29  C28  112.40  3.000
 DVE  H49  C31  H48  107.95  3.000
 DVE  H49  C31  H47  107.96  3.000
 DVE  H48  C31  H47  107.28  3.000
 DVE  H49  C31  C29  111.35  3.000
 DVE  H48  C31  C29  110.53  3.000
 DVE  H47  C31  C29  111.59  3.000
 DVE  H52  C30  H51  107.25  3.000
 DVE  H52  C30  H50  107.88  3.000
 DVE  H51  C30  H50  107.89  3.000
 DVE  H52  C30  C29  111.74  3.000
 DVE  H51  C30  C29  110.33  3.000
 DVE  H50  C30  C29  111.57  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DVE  Var_01  C14  C13  C12  C2      4.69  30.0  1
 DVE  Var_02  C20  C21  C12  C2    178.03  30.0  1
 DVE  Var_03  C6   C5   C4   C2    -55.71  30.0  1
 DVE  Var_04  C13  C14  C15  C1     37.14  30.0  1
 DVE  Var_05  C16  C13  C14  C15   175.66  30.0  1
 DVE  Var_06  C18  C20  C21  C12   -30.27  30.0  1
 DVE  Var_07  C22  C34  C35  C16    13.51  30.0  1
 DVE  Var_08  C28  C27  C26  C24   171.80  30.0  2
 DVE  Var_09  C29  C28  C27  C26  -100.06  30.0  1
 DVE  Var_10  C30  C29  C28  C27    57.24  30.0  2
 DVE  Var_11  H43  C32  C28  C27  -178.31   0.0  2
 DVE  Var_12  H50  C30  C29  C28    57.90  30.0  3
 DVE  Var_13  H47  C31  C29  C28    63.43  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DVE  chir_01  C2   C12  C1   C4   positiv
 DVE  chir_02  C6   O8   C5   C9   negativ
 DVE  chir_03  C9   C6   C11  C1   negativ
 DVE  chir_04  C1   C15  C2   C9   positiv
 DVE  chir_05  C18  C22  C16  C20  positiv
 DVE  chir_06  C16  C18  C13  C35  positiv
 DVE  chir_07  C22  C18  C34  C24  positiv
 DVE  chir_08  C24  C22  C33  C26  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DVE  plan-1  C27  0.020
 DVE  plan-1  C28  0.020
 DVE  plan-1  C32  0.020
 DVE  plan-1  C29  0.020
 DVE  plan-1  H43  0.020
 DVE  plan-1  H44  0.020

