# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 15:43:34 2020
#   Inital geometry file: a 141 line input string
#   Ligand name: methyl 3-deoxy-2-O-(4-methylbenzoyl)-3-[(4-methylbenzoyl)amino]-beta-D-talopyranoside
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CO[C@@H]1O[C@H](CO)[C@H](O)[C@H](NC(=O)c2ccc(C)cc2)[C@@H]1OC(=O)c3ccc(C)cc3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DQT  DQT  'methyl 3-deoxy-2-O-(4-methylbenzoyl)-3-[(4-methylbenzoyl)amino]-beta-D-talopyranoside'  ligand  58  31  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_DQT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DQT  C1    C  CH1   0   0.321  -1.9628  -2.4049  -1.0206
 DQT  O1    O  O2    0  -0.487  -2.9630  -1.8253  -1.7617
 DQT  C2    C  CH1   0  -0.042  -0.7533  -1.4788  -1.0140
 DQT  O2    O  O2    0  -0.462  -1.1470  -0.2034  -0.5323
 DQT  C3    C  CH1   0  -0.113   0.3203  -2.0360  -0.0723
 DQT  N3    N  NH1   0  -0.665   1.4079  -1.1105   0.1004
 DQT  C4    C  CH1   0   0.011  -0.2340  -2.4406   1.2961
 DQT  O4    O  OH1   0  -0.661  -0.4855  -1.2795   2.0554
 DQT  C5    C  CH1   0  -0.008  -1.4895  -3.2909   1.0924
 DQT  O5    O  O2    0  -0.491  -2.4269  -2.6143   0.2844
 DQT  C6    C  CH2   0  -0.166  -2.1504  -3.6498   2.4047
 DQT  O6    O  OH1   0  -0.668  -3.1774  -4.5791   2.1583
 DQT  CA1   C  C     0   0.604  -1.2275   0.8318  -1.3574
 DQT  OA1   O  O     0  -0.446  -1.0194   0.7750  -2.5448
 DQT  CA2   C  CR6   0  -0.124  -1.5877   2.0773  -0.6402
 DQT  CA3   C  CR16  0  -0.239  -1.7997   3.2352  -1.3833
 DQT  CA4   C  CR16  0  -0.291  -2.1279   4.4230  -0.7511
 DQT  CA5   C  CR6   0   0.105  -2.2485   4.4884   0.6352
 DQT  CA6   C  CR16  0  -0.279  -2.0293   3.3239   1.3722
 DQT  CA7   C  CR16  0  -0.258  -1.7058   2.1312   0.7498
 DQT  CA8   C  CH3   0  -0.724  -2.6151   5.7688   1.3223
 DQT  CB1   C  C     0   0.541   2.4362  -1.0031  -0.7616
 DQT  OB1   O  O     0  -0.485   2.5245  -1.6899  -1.7701
 DQT  CB2   C  CR6   0  -0.055   3.4714   0.0166  -0.4201
 DQT  CB3   C  CR16  0  -0.254   4.2824   0.5036  -1.4431
 DQT  CB4   C  CR16  0  -0.284   5.2585   1.4489  -1.1789
 DQT  CB5   C  CR6   0   0.098   5.4673   1.9275   0.1139
 DQT  CB6   C  CR16  0  -0.283   4.6682   1.4208   1.1362
 DQT  CB7   C  CR16  0  -0.280   3.6824   0.4820   0.8763
 DQT  CB8   C  CH3   0  -0.721   6.5080   2.9705   0.3903
 DQT  CME   C  CH3   0  -0.410  -4.0465  -2.6856  -2.0638
 DQT  H1    H  HCH1  0   0.195  -1.6473  -3.3723  -1.4592
 DQT  H2    H  HCH1  0   0.280  -0.3428  -1.4067  -2.0239
 DQT  H3    H  HCH1  0   0.290   0.7041  -2.9451  -0.5430
 DQT  HN3   H  HNH1  0   0.400   1.2983  -0.4386   0.8432
 DQT  H4    H  HCH1  0   0.257   0.5218  -3.0677   1.7843
 DQT  HO4   H  HOH1  0   0.464  -0.2859  -1.4622   2.9777
 DQT  H5    H  HCH1  0   0.224  -1.1698  -4.2246   0.5998
 DQT  H6    H  HCH2  0   0.205  -1.3777  -4.0641   3.0667
 DQT  H6A   H  HCH2  0   0.206  -2.5338  -2.7412   2.8839
 DQT  HO6   H  HOH1  0   0.457  -3.6375  -4.7369   2.9873
 DQT  HA3   H  HCR6  0   0.261  -1.7096   3.2117  -2.4612
 DQT  HA4   H  HCR6  0   0.256  -2.2913   5.3136  -1.3453
 DQT  HA6   H  HCR6  0   0.255  -2.1108   3.3517   2.4521
 DQT  HA7   H  HCR6  0   0.269  -1.5370   1.2482   1.3516
 DQT  HA8   H  HCH3  0   0.254  -3.6169   5.7060   1.7515
 DQT  HA8A  H  HCH3  0   0.251  -1.9304   5.9892   2.1418
 DQT  HA8B  H  HCH3  0   0.248  -2.6015   6.6117   0.6332
 DQT  HB3   H  HCR6  0   0.258   4.1468   0.1447  -2.4547
 DQT  HB4   H  HCR6  0   0.254   5.8734   1.8175  -1.9912
 DQT  HB6   H  HCR6  0   0.256   4.8213   1.7578   2.1542
 DQT  HB7   H  HCR6  0   0.253   3.1058   0.1011   1.7102
 DQT  HB8   H  HCH3  0   0.254   6.0973   3.9719   0.2450
 DQT  HB8A  H  HCH3  0   0.247   6.8703   2.9146   1.4160
 DQT  HB8B  H  HCH3  0   0.247   7.3620   2.8712  -0.2791
 DQT  HME   H  HCH3  0   0.222  -4.6094  -2.9719  -1.1730
 DQT  HMEA  H  HCH3  0   0.240  -4.7089  -2.1445  -2.7364
 DQT  HMEB  H  HCH3  0   0.214  -3.7059  -3.5959  -2.5677

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DQT  C1   O1    single    1.373  0.020  1.373
 DQT  C1   C2    single    1.523  0.020  1.523
 DQT  C1   O5    single    1.401  0.020  1.401
 DQT  O1   CME   single    1.416  0.020  1.416
 DQT  C2   O2    single    1.419  0.020  1.419
 DQT  C2   C3    single    1.533  0.020  1.533
 DQT  O2   CA1   single    1.326  0.020  1.326
 DQT  C3   N3    single    1.439  0.020  1.439
 DQT  C3   C4    single    1.531  0.020  1.531
 DQT  N3   CB1   single    1.346  0.020  1.346
 DQT  C4   O4    single    1.410  0.020  1.410
 DQT  C4   C5    single    1.530  0.020  1.530
 DQT  C5   O5    single    1.410  0.020  1.410
 DQT  C5   C6    single    1.513  0.020  1.513
 DQT  C6   O6    single    1.407  0.020  1.407
 DQT  CA1  OA1   double    1.207  0.020  1.207
 DQT  CA1  CA2   single    1.482  0.020  1.482
 DQT  CA2  CA3   aromatic  1.392  0.020  1.392
 DQT  CA2  CA7   aromatic  1.396  0.020  1.396
 DQT  CA3  CA4   aromatic  1.385  0.020  1.385
 DQT  CA4  CA5   aromatic  1.393  0.020  1.393
 DQT  CA5  CA6   aromatic  1.395  0.020  1.395
 DQT  CA5  CA8   single    1.499  0.020  1.499
 DQT  CA6  CA7   aromatic  1.384  0.020  1.384
 DQT  CB1  OB1   double    1.223  0.020  1.223
 DQT  CB1  CB2   single    1.493  0.020  1.493
 DQT  CB2  CB3   aromatic  1.393  0.020  1.393
 DQT  CB2  CB7   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DQT  CB3  CB4   aromatic  1.384  0.020  1.384
 DQT  CB4  CB5   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DQT  CB5  CB6   aromatic  1.393  0.020  1.393
 DQT  CB5  CB8   single    1.499  0.020  1.499
 DQT  CB6  CB7   aromatic  1.386  0.020  1.386
 DQT  C1   H1    single    0.970  0.020  1.090
 DQT  C2   H2    single    0.970  0.020  1.090
 DQT  C3   H3    single    0.970  0.020  1.090
 DQT  N3   HN3   single    0.860  0.020  1.020
 DQT  C4   H4    single    0.970  0.020  1.090
 DQT  O4   HO4   single    0.850  0.020  0.980
 DQT  C5   H5    single    0.970  0.020  1.090
 DQT  C6   H6    single    0.970  0.020  1.090
 DQT  C6   H6A   single    0.970  0.020  1.090
 DQT  O6   HO6   single    0.850  0.020  0.980
 DQT  CA3  HA3   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CA4  HA4   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CA6  HA6   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CA7  HA7   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CA8  HA8   single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CA8  HA8A  single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CA8  HA8B  single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CB3  HB3   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CB4  HB4   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CB6  HB6   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CB7  HB7   single    0.930  0.020  1.080
 DQT  CB8  HB8   single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CB8  HB8A  single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CB8  HB8B  single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CME  HME   single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CME  HMEA  single    0.970  0.020  1.090
 DQT  CME  HMEB  single    0.970  0.020  1.090

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DQT  H1    C1   O5    109.42  3.000
 DQT  H1    C1   C2    107.85  3.000
 DQT  O5    C1   C2    110.48  3.000
 DQT  H1    C1   O1    111.24  3.000
 DQT  O5    C1   O1    108.94  3.000
 DQT  C2    C1   O1    108.91  3.000
 DQT  CME   O1   C1    114.59  3.000
 DQT  H2    C2   C3    109.19  3.000
 DQT  H2    C2   O2    111.03  3.000
 DQT  C3    C2   O2    108.21  3.000
 DQT  H2    C2   C1    109.54  3.000
 DQT  C3    C2   C1    109.74  3.000
 DQT  O2    C2   C1    109.12  3.000
 DQT  CA1   O2   C2    120.47  3.000
 DQT  H3    C3   C4    106.99  3.000
 DQT  H3    C3   N3    108.74  3.000
 DQT  C4    C3   N3    109.66  3.000
 DQT  H3    C3   C2    106.48  3.000
 DQT  C4    C3   C2    113.05  3.000
 DQT  N3    C3   C2    111.68  3.000
 DQT  HN3   N3   CB1   120.13  3.000
 DQT  HN3   N3   C3    115.81  3.000
 DQT  CB1   N3   C3    123.50  3.000
 DQT  H4    C4   C5    107.88  3.000
 DQT  H4    C4   O4    110.73  3.000
 DQT  C5    C4   O4    112.52  3.000
 DQT  H4    C4   C3    107.42  3.000
 DQT  C5    C4   C3    108.97  3.000
 DQT  O4    C4   C3    109.17  3.000
 DQT  HO4   O4   C4    108.85  3.000
 DQT  H5    C5   C6    108.26  3.000
 DQT  H5    C5   O5    110.05  3.000
 DQT  C6    C5   O5    108.69  3.000
 DQT  H5    C5   C4    106.98  3.000
 DQT  C6    C5   C4    112.02  3.000
 DQT  O5    C5   C4    110.79  3.000
 DQT  C5    O5   C1    112.66  3.000
 DQT  H6A   C6   H6    107.17  3.000
 DQT  H6A   C6   O6    111.63  3.000
 DQT  H6    C6   O6    111.71  3.000
 DQT  H6A   C6   C5    109.59  3.000
 DQT  H6    C6   C5    107.76  3.000
 DQT  O6    C6   C5    108.89  3.000
 DQT  HO6   O6   C6    107.87  3.000
 DQT  CA2   CA1  OA1   123.90  3.000
 DQT  CA2   CA1  O2    111.70  3.000
 DQT  OA1   CA1  O2    124.40  3.000
 DQT  CA7   CA2  CA3   119.11  3.000
 DQT  CA7   CA2  CA1   122.34  3.000
 DQT  CA3   CA2  CA1   118.54  3.000
 DQT  HA3   CA3  CA4   119.55  3.000
 DQT  HA3   CA3  CA2   120.07  3.000
 DQT  CA4   CA3  CA2   120.38  3.000
 DQT  HA4   CA4  CA5   119.62  3.000
 DQT  HA4   CA4  CA3   119.38  3.000
 DQT  CA5   CA4  CA3   121.00  3.000
 DQT  CA8   CA5  CA6   120.61  3.000
 DQT  CA8   CA5  CA4   121.17  3.000
 DQT  CA6   CA5  CA4   118.21  3.000
 DQT  HA6   CA6  CA7   119.22  3.000
 DQT  HA6   CA6  CA5   119.55  3.000
 DQT  CA7   CA6  CA5   121.23  3.000
 DQT  HA7   CA7  CA6   119.33  3.000
 DQT  HA7   CA7  CA2   120.61  3.000
 DQT  CA6   CA7  CA2   120.06  3.000
 DQT  HA8B  CA8  HA8A  108.14  3.000
 DQT  HA8B  CA8  HA8   107.75  3.000
 DQT  HA8A  CA8  HA8   107.00  3.000
 DQT  HA8B  CA8  CA5   111.60  3.000
 DQT  HA8A  CA8  CA5   111.33  3.000
 DQT  HA8   CA8  CA5   110.83  3.000
 DQT  CB2   CB1  OB1   121.47  3.000
 DQT  CB2   CB1  N3    115.96  3.000
 DQT  OB1   CB1  N3    122.57  3.000
 DQT  CB7   CB2  CB3   118.57  3.000
 DQT  CB7   CB2  CB1   123.09  3.000
 DQT  CB3   CB2  CB1   118.33  3.000
 DQT  HB3   CB3  CB4   119.56  3.000
 DQT  HB3   CB3  CB2   119.84  3.000
 DQT  CB4   CB3  CB2   120.60  3.000
 DQT  HB4   CB4  CB5   119.56  3.000
 DQT  HB4   CB4  CB3   119.31  3.000
 DQT  CB5   CB4  CB3   121.13  3.000
 DQT  CB8   CB5  CB6   121.06  3.000
 DQT  CB8   CB5  CB4   120.91  3.000
 DQT  CB6   CB5  CB4   118.02  3.000
 DQT  HB6   CB6  CB7   119.18  3.000
 DQT  HB6   CB6  CB5   119.70  3.000
 DQT  CB7   CB6  CB5   121.12  3.000
 DQT  HB7   CB7  CB6   118.20  3.000
 DQT  HB7   CB7  CB2   121.22  3.000
 DQT  CB6   CB7  CB2   120.56  3.000
 DQT  HB8B  CB8  HB8A  108.24  3.000
 DQT  HB8B  CB8  HB8   107.25  3.000
 DQT  HB8A  CB8  HB8   107.31  3.000
 DQT  HB8B  CB8  CB5   111.56  3.000
 DQT  HB8A  CB8  CB5   111.64  3.000
 DQT  HB8   CB8  CB5   110.63  3.000
 DQT  HMEB  CME  HMEA  108.56  3.000
 DQT  HMEB  CME  HME   108.53  3.000
 DQT  HMEA  CME  HME   108.71  3.000
 DQT  HMEB  CME  O1    111.43  3.000
 DQT  HMEA  CME  O1    107.19  3.000
 DQT  HME   CME  O1    112.32  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DQT  CONST_01  CA5  CA4  CA3  CA2     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_02  CA5  CA6  CA7  CA2     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_03  CA6  CA7  CA2  CA3     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_04  CA6  CA5  CA4  CA3     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_05  CA7  CA2  CA3  CA4     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_06  CA7  CA6  CA5  CA4     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_07  CB5  CB4  CB3  CB2     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_08  CB5  CB6  CB7  CB2     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_09  CB6  CB7  CB2  CB3     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_10  CB6  CB5  CB4  CB3     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_11  CB7  CB2  CB3  CB4     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_12  CB7  CB6  CB5  CB4     0.00   0.0  0
 DQT  CONST_13  CA4  CA3  CA2  CA1   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_14  CA6  CA7  CA2  CA1   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_15  CA8  CA5  CA4  CA3   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_16  CA8  CA5  CA6  CA7   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_17  CB4  CB3  CB2  CB1   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_18  CB6  CB7  CB2  CB1   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_19  CB8  CB5  CB4  CB3   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_20  CB8  CB5  CB6  CB7   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_21  HA4  CA4  CA3  CA2   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_22  HA6  CA6  CA7  CA2   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_23  HA7  CA7  CA2  CA3   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_24  HA3  CA3  CA4  CA5   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_25  HB4  CB4  CB3  CB2   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_26  HB6  CB6  CB7  CB2   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_27  HB7  CB7  CB2  CB3   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_28  HB3  CB3  CB4  CB5   180.00   0.0  0
 DQT  CONST_29  CB2  CB1  N3   C3    180.00   0.0  0
 DQT  CONST_30  OB1  CB1  N3   C3      0.00   0.0  0
 DQT  CONST_31  HN3  N3   CB1  CB2     0.00   0.0  0
 DQT  Var_01    CA2  CA1  O2   C2   -177.10  30.0  3
 DQT  Var_02    CA3  CA2  CA1  O2   -175.71  30.0  2
 DQT  Var_03    CB3  CB2  CB1  N3   -158.23  30.0  2
 DQT  Var_04    HA8  CA8  CA5  CA4   110.80  30.0  2
 DQT  Var_05    HB8  CB8  CB5  CB4    86.72  30.0  2
 DQT  Var_06    HME  CME  O1   C1     66.65  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DQT  chir_01  C1  O1  C2  O5  negativ
 DQT  chir_02  C2  O2  C3  C1  negativ
 DQT  chir_03  C3  N3  C4  C2  negativ
 DQT  chir_04  C4  O4  C3  C5  positiv
 DQT  chir_05  C5  O5  C4  C6  negativ

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DQT  plan-1  CA1  0.020
 DQT  plan-1  CA2  0.020
 DQT  plan-1  CA3  0.020
 DQT  plan-1  CA4  0.020
 DQT  plan-1  CA5  0.020
 DQT  plan-1  CA6  0.020
 DQT  plan-1  CA7  0.020
 DQT  plan-1  CA8  0.020
 DQT  plan-1  HA3  0.020
 DQT  plan-1  HA4  0.020
 DQT  plan-1  HA6  0.020
 DQT  plan-1  HA7  0.020
 DQT  plan-2  CB1  0.020
 DQT  plan-2  CB2  0.020
 DQT  plan-2  CB3  0.020
 DQT  plan-2  CB4  0.020
 DQT  plan-2  CB5  0.020
 DQT  plan-2  CB6  0.020
 DQT  plan-2  CB7  0.020
 DQT  plan-2  CB8  0.020
 DQT  plan-2  HB3  0.020
 DQT  plan-2  HB4  0.020
 DQT  plan-2  HB6  0.020
 DQT  plan-2  HB7  0.020
 DQT  plan-3  C3   0.020
 DQT  plan-3  N3   0.020
 DQT  plan-3  CB1  0.020
 DQT  plan-3  OB1  0.020
 DQT  plan-3  CB2  0.020
 DQT  plan-3  HN3  0.020
 DQT  plan-4  O2   0.020
 DQT  plan-4  CA1  0.020
 DQT  plan-4  OA1  0.020
 DQT  plan-4  CA2  0.020

