# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Sat May  2 04:57:02 2020
#   Inital geometry file: a 97 line input string
#   Ligand name: {5-chloro-2-[(pentabromobenzyl)carbamoyl]phenoxy}acetic acid
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: OC(=O)COc1cc(Cl)ccc1C(=O)NCc2c(Br)c(Br)c(Br)c(Br)c2Br
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DQP  DQP  '{5-chloro-2-[(pentabromobenzyl)carbamoyl]phenoxy}acetic acid'  ligand  36  27  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_DQP
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DQP  C1   C   CR6   0   0.207   0.6190  -0.1017   0.9207
 DQP  C2   C   CR6   0  -0.165   1.1486   0.9935   0.2316
 DQP  C3   C   CR6   0  -0.171   1.3776  -1.2735   0.9568
 DQP  C4   C   CR6   0  -0.049   2.4119   0.9484  -0.3558
 DQP  C5   C   CR6   0  -0.047   2.6469  -1.3396   0.3772
 DQP  C6   C   CR6   0  -0.095   3.1677  -0.2219  -0.2734
 DQP  C7   C   CH2   0  -0.373  -0.7456  -0.0085   1.5638
 DQP  N8   N   NH1   0  -0.617  -1.7788  -0.1103   0.5618
 DQP  C9   C   C     0   0.533  -2.8787   0.6685   0.5484
 DQP  C10  C   CR6   0  -0.169  -3.7450   0.4656  -0.6538
 DQP  C11  C   CR6   0   0.402  -5.1174   0.2150  -0.5183
 DQP  C12  C   CR16  0  -0.250  -3.2017   0.5904  -1.9236
 DQP  C13  C   CR16  0  -0.336  -5.9164   0.1021  -1.6517
 DQP  C14  C   CR16  0  -0.237  -3.9857   0.4921  -3.0645
 DQP  C15  C   CR6   0  -0.025  -5.3362   0.2483  -2.9041
 DQP  O16  O   O     0  -0.462  -3.1350   1.4952   1.4044
 DQP  O17  O   O2    0  -0.443  -5.5768   0.0688   0.7324
 DQP  C18  C   CH2   0  -0.304  -6.9375  -0.2128   0.9228
 DQP  C19  C   C     0   0.514  -7.1675  -0.3669   2.4066
 DQP  O20  O   O     0  -0.417  -6.3116  -0.3188   3.2461
 DQP  O21  O   OH1   0  -0.591  -8.4536  -0.5722   2.6449
 DQP  CL2  CL  CL    0  -0.112  -6.3473   0.1115  -4.3012
 DQP  BR3  BR  BR    0   0.067   4.8698  -0.2918  -1.0397
 DQP  BR4  BR  BR    0   0.042   0.6780  -2.8170   1.7720
 DQP  BR5  BR  BR    0   0.047   0.1289   2.5621   0.0857
 DQP  BR6  BR  BR    0   0.064   3.6473  -2.9150   0.4644
 DQP  BR7  BR  BR    0   0.063   3.0963   2.4405  -1.2467
 DQP  H1   H   HCH2  0   0.289  -0.8690  -0.7718   2.3293
 DQP  H2   H   HCH2  0   0.295  -0.8484   0.9443   2.0798
 DQP  H3   H   HNH1  0   0.413  -1.7146  -0.8652  -0.1031
 DQP  H4   H   HCR6  0   0.275  -2.1427   0.7865  -2.0348
 DQP  H5   H   HCR6  0   0.310  -6.9755  -0.1002  -1.5800
 DQP  H6   H   HCR6  0   0.284  -3.5491   0.6062  -4.0461
 DQP  H7   H   HCH2  0   0.282  -7.5778   0.5897   0.5389
 DQP  H8   H   HCH2  0   0.283  -7.2376  -1.1409   0.4216
 DQP  H9   H   HOH1  0   0.491  -8.6083  -0.6833   3.5953

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DQP  BR6  C5   single    1.868  0.020  1.868
 DQP  BR4  C3   single    1.881  0.020  1.881
 DQP  C5   C3   aromatic  1.397  0.020  1.397
 DQP  C5   C6   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DQP  BR3  C6   single    1.868  0.020  1.868
 DQP  C3   C1   aromatic  1.396  0.020  1.396
 DQP  C6   C4   aromatic  1.396  0.020  1.396
 DQP  O16  C9   double    1.217  0.020  1.217
 DQP  C12  C14  aromatic  1.388  0.020  1.388
 DQP  C12  C10  aromatic  1.387  0.020  1.387
 DQP  C1   C7   single    1.511  0.020  1.511
 DQP  C1   C2   aromatic  1.398  0.020  1.398
 DQP  C9   C10  single    1.496  0.020  1.496
 DQP  C9   N8   single    1.348  0.020  1.348
 DQP  C14  C15  aromatic  1.382  0.020  1.382
 DQP  C4   C2   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DQP  C4   BR7  single    1.868  0.020  1.868
 DQP  C7   N8   single    1.443  0.020  1.443
 DQP  C10  C11  aromatic  1.402  0.020  1.402
 DQP  C2   BR5  single    1.877  0.020  1.877
 DQP  C15  CL2  single    1.730  0.020  1.730
 DQP  C15  C13  aromatic  1.388  0.020  1.388
 DQP  C11  C13  aromatic  1.391  0.020  1.391
 DQP  C11  O17  single    1.340  0.020  1.340
 DQP  O17  C18  single    1.402  0.020  1.402
 DQP  C18  C19  single    1.509  0.020  1.509
 DQP  O20  C19  double    1.200  0.020  1.200
 DQP  C19  O21  single    1.324  0.020  1.324
 DQP  C7   H1   single    0.970  0.020  1.090
 DQP  C7   H2   single    0.970  0.020  1.090
 DQP  N8   H3   single    0.860  0.020  1.020
 DQP  C12  H4   single    0.930  0.020  1.080
 DQP  C13  H5   single    0.930  0.020  1.080
 DQP  C14  H6   single    0.930  0.020  1.080
 DQP  C18  H7   single    0.970  0.020  1.090
 DQP  C18  H8   single    0.970  0.020  1.090
 DQP  O21  H9   single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DQP  C7   C1   C3   122.09  3.000
 DQP  C7   C1   C2   120.23  3.000
 DQP  C3   C1   C2   117.67  3.000
 DQP  BR5  C2   C4   119.13  3.000
 DQP  BR5  C2   C1   119.16  3.000
 DQP  C4   C2   C1   121.71  3.000
 DQP  BR4  C3   C5   118.62  3.000
 DQP  C5   C3   C1   121.51  3.000
 DQP  BR4  C3   C1   119.86  3.000
 DQP  BR7  C4   C6   119.97  3.000
 DQP  BR7  C4   C2   120.48  3.000
 DQP  C6   C4   C2   119.54  3.000
 DQP  BR6  C5   C6   119.85  3.000
 DQP  C6   C5   C3   119.67  3.000
 DQP  BR6  C5   C3   120.47  3.000
 DQP  BR3  C6   C5   120.12  3.000
 DQP  BR3  C6   C4   120.04  3.000
 DQP  C5   C6   C4   119.84  3.000
 DQP  H2   C7   H1   105.66  3.000
 DQP  H2   C7   N8   108.86  3.000
 DQP  H1   C7   N8   110.97  3.000
 DQP  H2   C7   C1   109.94  3.000
 DQP  H1   C7   C1   111.01  3.000
 DQP  N8   C7   C1   110.28  3.000
 DQP  H3   N8   C9   118.56  3.000
 DQP  H3   N8   C7   117.73  3.000
 DQP  C9   N8   C7   123.41  3.000
 DQP  O16  C9   C10  122.37  3.000
 DQP  C10  C9   N8   113.72  3.000
 DQP  O16  C9   N8   123.86  3.000
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 DQP  C11  C10  C9   120.91  3.000
 DQP  C12  C10  C9   119.80  3.000
 DQP  O17  C11  C13  123.67  3.000
 DQP  O17  C11  C10  116.45  3.000
 DQP  C13  C11  C10  119.87  3.000
 DQP  H4   C12  C14  118.75  3.000
 DQP  H4   C12  C10  119.57  3.000
 DQP  C14  C12  C10  121.67  3.000
 DQP  H5   C13  C15  119.29  3.000
 DQP  H5   C13  C11  121.60  3.000
 DQP  C15  C13  C11  119.11  3.000
 DQP  H6   C14  C15  121.27  3.000
 DQP  H6   C14  C12  120.74  3.000
 DQP  C15  C14  C12  117.99  3.000
 DQP  CL2  C15  C14  119.44  3.000
 DQP  CL2  C15  C13  118.43  3.000
 DQP  C14  C15  C13  122.13  3.000
 DQP  C18  O17  C11  118.76  3.000
 DQP  H8   C18  H7   107.44  3.000
 DQP  H8   C18  C19  108.73  3.000
 DQP  H7   C18  C19  109.27  3.000
 DQP  H8   C18  O17  111.92  3.000
 DQP  H7   C18  O17  111.85  3.000
 DQP  C19  C18  O17  107.56  3.000
 DQP  O21  C19  O20  124.97  3.000
 DQP  O21  C19  C18  109.92  3.000
 DQP  O20  C19  C18  125.10  3.000
 DQP  H9   O21  C19  110.44  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DQP  CONST_01  C6   C5   C3   C1      0.00   0.0  0
 DQP  CONST_02  C6   C4   C2   C1      0.00   0.0  0
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 DQP  CONST_04  C5   C6   C4   C2      0.00   0.0  0
 DQP  CONST_05  C4   C6   C5   C3      0.00   0.0  0
 DQP  CONST_06  C4   C2   C1   C3      0.00   0.0  0
 DQP  CONST_07  C15  C14  C12  C10     0.00   0.0  0
 DQP  CONST_08  C15  C13  C11  C10     0.00   0.0  0
 DQP  CONST_09  C14  C12  C10  C11     0.00   0.0  0
 DQP  CONST_10  C14  C15  C13  C11     0.00   0.0  0
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 DQP  CONST_13  BR6  C5   C3   C1    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_14  BR7  C4   C2   C1    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_15  BR4  C3   C1   C2    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_16  BR3  C6   C4   C2    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_17  BR3  C6   C5   C3    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_18  BR5  C2   C1   C3    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_19  BR6  C5   C6   C4    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_20  C7   C1   C2   C4    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_21  C7   C1   C3   C5    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_22  BR7  C4   C6   C5    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_23  BR4  C3   C5   C6    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_24  BR5  C2   C4   C6    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_25  C14  C12  C10  C9    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_26  C13  C11  C10  C9    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_27  CL2  C15  C13  C11   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_28  CL2  C15  C14  C12   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_29  O17  C11  C10  C12   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_30  O17  C11  C13  C15   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_31  H6   C14  C12  C10   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_32  H5   C13  C11  C10   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_33  H4   C12  C10  C11   180.00   0.0  0
 DQP  CONST_34  C10  C9   N8   C7    180.00   0.0  0
 DQP  CONST_35  H3   N8   C9   C10     0.00   0.0  0
 DQP  CONST_36  O16  C9   N8   C7      0.00   0.0  0
 DQP  CONST_37  H9   O21  C19  C18   180.00   0.0  0
 DQP  Var_01    N8   C7   C1   C2     76.42  30.0  2
 DQP  Var_02    C12  C10  C9   N8    -54.75  30.0  2
 DQP  Var_03    C9   N8   C7   C1   -137.50  30.0  3
 DQP  Var_04    C19  C18  O17  C11   178.28  30.0  3
 DQP  Var_05    O20  C19  C18  O17    -3.35  30.0  3

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DQP  plan-1  C1   0.020
 DQP  plan-1  C2   0.020
 DQP  plan-1  C3   0.020
 DQP  plan-1  C4   0.020
 DQP  plan-1  C5   0.020
 DQP  plan-1  C6   0.020
 DQP  plan-1  C7   0.020
 DQP  plan-1  BR3  0.020
 DQP  plan-1  BR4  0.020
 DQP  plan-1  BR5  0.020
 DQP  plan-1  BR6  0.020
 DQP  plan-1  BR7  0.020
 DQP  plan-2  C9   0.020
 DQP  plan-2  C10  0.020
 DQP  plan-2  C11  0.020
 DQP  plan-2  C12  0.020
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 DQP  plan-2  C14  0.020
 DQP  plan-2  C15  0.020
 DQP  plan-2  O17  0.020
 DQP  plan-2  CL2  0.020
 DQP  plan-2  H4   0.020
 DQP  plan-2  H5   0.020
 DQP  plan-2  H6   0.020
 DQP  plan-3  C7   0.020
 DQP  plan-3  N8   0.020
 DQP  plan-3  C9   0.020
 DQP  plan-3  C10  0.020
 DQP  plan-3  O16  0.020
 DQP  plan-3  H3   0.020
 DQP  plan-4  C18  0.020
 DQP  plan-4  C19  0.020
 DQP  plan-4  O20  0.020
 DQP  plan-4  O21  0.020
 DQP  plan-4  H9   0.020

