# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 08:41:10 2020
#   Inital geometry file: a 103 line input string
#   Ligand name: N-{(3S)-1-[5-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-3-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: CC(C)c1[nH]nc(c1)C(=O)N2CC[C@@H](C2)NC(=O)C3CC3
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DQJ  DQJ  N-{(3S)-1-[5-(propan-2-yl)-1H-pyrazole-3-carbonyl]pyrrolidin-3-yl}cyclopropanecarboxamide  ligand  43  21  .  2022-09-22  2023-02-15
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK (reasonable std)
;

data_comp_DQJ
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DQJ  C02  C  C     0   0.538   0.9677  -0.8454  -0.1814
 DQJ  C03  C  CR5   0   0.122   2.3533  -0.3267  -0.1268
 DQJ  C04  C  CR15  0  -0.533   3.5007  -1.1384  -0.0175
 DQJ  C05  C  CR5   0   0.457   4.5598  -0.2632  -0.0518
 DQJ  C06  C  CH1   0  -0.340   6.0357  -0.4851   0.0444
 DQJ  C07  C  CH3   0  -0.651   6.7699   0.0709  -1.1760
 DQJ  C08  C  CH3   0  -0.646   6.5967   0.0963   1.3438
 DQJ  C12  C  CH2   0  -0.265  -0.0477   1.3811   0.4520
 DQJ  C13  C  CH2   0  -0.491  -1.4631   1.6092   0.9580
 DQJ  C14  C  CR15  0  -0.101  -2.2975   0.7169   0.0492
 DQJ  C17  C  CH1   0  -0.424  -5.9108  -0.1966   0.5466
 DQJ  C18  C  CH2   0  -0.466  -6.7932  -1.3242   0.0785
 DQJ  C19  C  CH2   0  -0.466  -7.2039   0.0797  -0.1744
 DQJ  C21  C  CH2   0  -0.241  -1.4260  -0.5344  -0.0922
 DQJ  N09  N  NR15  0  -0.474   4.0053   0.9624  -0.1834
 DQJ  N10  N  N     0  -0.274   2.6854   0.9501  -0.2310
 DQJ  N11  N  NR5   0  -0.492  -0.0692  -0.0140   0.0069
 DQJ  O01  O  O     0  -0.506   0.7967  -2.0420  -0.4041
 DQJ  O20  O  O     0  -0.506  -4.5414  -0.1234  -1.3997
 DQJ  H1   H  HCR5  0   0.264   3.5506  -2.2102   0.0760
 DQJ  H2   H  HCH1  0   0.260   6.1801  -1.5679   0.0665
 DQJ  H3   H  HCH3  0   0.220   6.6722   1.1562  -1.2464
 DQJ  H4   H  HCH3  0   0.240   7.8346  -0.1548  -1.1102
 DQJ  H5   H  HCH3  0   0.240   6.3898  -0.3612  -2.1017
 DQJ  H6   H  HCH3  0   0.239   6.0988  -0.3277   2.2159
 DQJ  H7   H  HCH3  0   0.238   7.6628  -0.1181   1.4258
 DQJ  H8   H  HCH3  0   0.221   6.4764   1.1807   1.3830
 DQJ  H9   H  HCH2  0   0.244   0.1834   2.0523  -0.3771
 DQJ  H10  H  HCH2  0   0.259   0.6996   1.5407   1.2258
 DQJ  H11  H  HCH2  0   0.247  -1.5538   1.2762   1.9962
 DQJ  H12  H  HCH2  0   0.267  -1.7531   2.6581   0.9123
 DQJ  H13  H  HCR5  0   0.267  -2.4004   1.1926  -0.9287
 DQJ  H14  H  HCH1  0   0.278  -5.8948  -0.0009   1.6126
 DQJ  H15  H  HCH2  0   0.257  -6.4406  -1.9096  -0.7607
 DQJ  H16  H  HCH2  0   0.262  -7.3114  -1.8881   0.8423
 DQJ  H17  H  HCH2  0   0.262  -8.0103   0.5004   0.4111
 DQJ  H18  H  HCH2  0   0.256  -7.1334   0.4563  -1.1866
 DQJ  H19  H  HCH2  0   0.237  -1.6378  -1.2420   0.7157
 DQJ  H20  H  HCH2  0   0.254  -1.5902  -1.0470  -1.0398
 DQJ  H21  H  HNR5  0   0.418   4.4871   1.8461  -0.2530
 DQJ  H22  H  HNH1  0   0.400  -3.7383   0.5036   1.5715
 DQJ  N15  N  NH1   0  -0.664  -3.6139   0.4612   0.5721
 DQJ  C16  C  C     0   0.595  -4.6411   0.0417  -0.1900

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DQJ  C08  C06  single    1.530  0.020  1.530
 DQJ  N09  N10  aromatic  1.321  0.020  1.321
 DQJ  N09  C05  aromatic  1.352  0.020  1.352
 DQJ  C07  C06  single    1.529  0.020  1.529
 DQJ  C06  C05  single    1.496  0.020  1.496
 DQJ  N10  C03  aromatic  1.323  0.020  1.323
 DQJ  C05  C04  aromatic  1.374  0.020  1.374
 DQJ  C03  C04  aromatic  1.410  0.020  1.410
 DQJ  C03  C02  single    1.480  0.020  1.480
 DQJ  O01  C02  double    1.229  0.020  1.229
 DQJ  C02  N11  single    1.342  0.020  1.342
 DQJ  N11  C21  single    1.456  0.020  1.456
 DQJ  N11  C12  single    1.465  0.020  1.465
 DQJ  C21  C14  single    1.531  0.020  1.531
 DQJ  C12  C13  single    1.520  0.020  1.520
 DQJ  C14  C13  single    1.523  0.020  1.523
 DQJ  C14  N15  single    1.439  0.020  1.439
 DQJ  N15  C16  single    1.346  0.020  1.346
 DQJ  C16  C17  single    1.487  0.020  1.487
 DQJ  C16  O20  double    1.225  0.020  1.225
 DQJ  C17  C19  single    1.506  0.020  1.506
 DQJ  C17  C18  single    1.506  0.020  1.506
 DQJ  C19  C18  single    1.484  0.020  1.484
 DQJ  C04  H1   single    0.930  0.020  1.080
 DQJ  C06  H2   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C07  H3   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C07  H4   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C07  H5   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C08  H6   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C08  H7   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C08  H8   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C12  H9   single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C12  H10  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C13  H11  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C13  H12  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C14  H13  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C17  H14  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C18  H15  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C18  H16  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C19  H17  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C19  H18  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C21  H19  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  C21  H20  single    0.970  0.020  1.090
 DQJ  N09  H21  single    0.860  0.020  1.020
 DQJ  N15  H22  single    0.860  0.020  1.020

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DQJ  O01  C02  N11  121.39  3.000
 DQJ  N11  C02  C03  120.06  3.000
 DQJ  O01  C02  C03  118.55  3.000
 DQJ  N10  C03  C04  110.93  3.000
 DQJ  C04  C03  C02  124.26  3.000
 DQJ  N10  C03  C02  124.75  3.000
 DQJ  H1   C04  C05  126.89  3.000
 DQJ  H1   C04  C03  128.12  3.000
 DQJ  C05  C04  C03  104.99  3.000
 DQJ  N09  C05  C06  123.07  3.000
 DQJ  C06  C05  C04  131.64  3.000
 DQJ  N09  C05  C04  105.29  3.000
 DQJ  H2   C06  C08  108.12  3.000
 DQJ  H2   C06  C07  108.24  3.000
 DQJ  C08  C06  C07  111.32  3.000
 DQJ  H2   C06  C05  106.19  3.000
 DQJ  C07  C06  C05  111.63  3.000
 DQJ  C08  C06  C05  111.11  3.000
 DQJ  H5   C07  H4   108.04  3.000
 DQJ  H5   C07  H3   107.94  3.000
 DQJ  H4   C07  H3   107.28  3.000
 DQJ  H5   C07  C06  111.48  3.000
 DQJ  H4   C07  C06  110.21  3.000
 DQJ  H3   C07  C06  111.71  3.000
 DQJ  H8   C08  H7   107.48  3.000
 DQJ  H8   C08  H6   107.90  3.000
 DQJ  H7   C08  H6   108.06  3.000
 DQJ  H8   C08  C06  111.56  3.000
 DQJ  H7   C08  C06  110.34  3.000
 DQJ  H6   C08  C06  111.35  3.000
 DQJ  H10  C12  H9   107.74  3.000
 DQJ  H10  C12  N11  111.49  3.000
 DQJ  H9   C12  N11  110.98  3.000
 DQJ  H10  C12  C13  112.39  3.000
 DQJ  H9   C12  C13  110.95  3.000
 DQJ  N11  C12  C13  103.32  3.000
 DQJ  H12  C13  H11  108.11  3.000
 DQJ  H12  C13  C14  113.17  3.000
 DQJ  H11  C13  C14  110.04  3.000
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 DQJ  H11  C13  C12  110.32  3.000
 DQJ  C14  C13  C12  102.92  3.000
 DQJ  H13  C14  N15  108.44  3.000
 DQJ  H13  C14  C21  109.07  3.000
 DQJ  N15  C14  C21  114.13  3.000
 DQJ  H13  C14  C13  109.32  3.000
 DQJ  N15  C14  C13  112.86  3.000
 DQJ  C21  C14  C13  102.83  3.000
 DQJ  H14  C17  C19  116.77  3.000
 DQJ  H14  C17  C18  116.70  3.000
 DQJ  C19  C17  C18   59.04  3.000
 DQJ  H14  C17  C16  116.46  3.000
 DQJ  C18  C17  C16  117.78  3.000
 DQJ  C19  C17  C16  117.81  3.000
 DQJ  H16  C18  H15  114.94  3.000
 DQJ  H16  C18  C19  118.73  3.000
 DQJ  H15  C18  C19  118.01  3.000
 DQJ  H16  C18  C17  116.84  3.000
 DQJ  H15  C18  C17  117.07  3.000
 DQJ  C19  C18  C17   60.47  3.000
 DQJ  H18  C19  H17  114.80  3.000
 DQJ  H18  C19  C18  118.06  3.000
 DQJ  H17  C19  C18  118.81  3.000
 DQJ  H18  C19  C17  117.10  3.000
 DQJ  H17  C19  C17  116.89  3.000
 DQJ  C18  C19  C17   60.49  3.000
 DQJ  H20  C21  H19  107.97  3.000
 DQJ  H20  C21  N11  111.56  3.000
 DQJ  H19  C21  N11  111.16  3.000
 DQJ  H20  C21  C14  112.27  3.000
 DQJ  H19  C21  C14  110.48  3.000
 DQJ  N11  C21  C14  103.41  3.000
 DQJ  H21  N09  N10  118.88  3.000
 DQJ  H21  N09  C05  127.23  3.000
 DQJ  N10  N09  C05  113.89  3.000
 DQJ  N09  N10  C03  104.89  3.000
 DQJ  C21  N11  C12  112.01  3.000
 DQJ  C12  N11  C02  128.40  3.000
 DQJ  C21  N11  C02  119.26  3.000
 DQJ  H22  N15  C16  118.70  3.000
 DQJ  H22  N15  C14  117.75  3.000
 DQJ  C16  N15  C14  123.20  3.000
 DQJ  O20  C16  N15  122.62  3.000
 DQJ  O20  C16  C17  122.48  3.000
 DQJ  N15  C16  C17  114.90  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DQJ  CONST_01  C05  N09  N10  C03     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_02  N09  C05  C04  C03     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_03  N10  N09  C05  C04     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_04  N09  N10  C03  C04     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_05  N10  C03  C04  C05     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_06  N09  N10  C03  C02   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_07  C05  C04  C03  C02   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_08  C06  C05  C04  C03   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_09  N10  N09  C05  C06   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_10  C21  N11  C02  C03   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_11  C12  N11  C02  C03     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_12  H21  N09  N10  C03   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_13  H1   C04  C05  N09   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_14  O01  C02  N11  C12   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_15  C17  C16  N15  C14   180.00   0.0  0
 DQJ  CONST_16  O01  C02  N11  C21     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_17  O20  C16  N15  C14     0.00   0.0  0
 DQJ  CONST_18  H22  N15  C16  C17     0.00   0.0  0
 DQJ  Var_01    C14  C21  N11  C12    11.12  30.0  1
 DQJ  Var_02    C21  N11  C12  C13    13.49  30.0  1
 DQJ  Var_03    N11  C12  C13  C14   -32.58  30.0  1
 DQJ  Var_04    N11  C02  C03  C04   165.49  30.0  2
 DQJ  Var_05    C18  C19  C17  C16   107.35  30.0  1
 DQJ  Var_06    H15  C18  C19  C17  -106.92  30.0  1
 DQJ  Var_07    C08  C06  C05  C04  -112.25  30.0  3
 DQJ  Var_08    N15  C16  C17  C18  -145.32  30.0  1
 DQJ  Var_09    H6   C08  C06  C05    57.04  30.0  3
 DQJ  Var_10    H3   C07  C06  C05    64.17  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DQJ  chir_01  C14  C21  C13  N15  positiv
 DQJ  chir_02  C17  C16  C19  C18  both

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DQJ  plan-1  C02  0.020
 DQJ  plan-1  C03  0.020
 DQJ  plan-1  C04  0.020
 DQJ  plan-1  C05  0.020
 DQJ  plan-1  C06  0.020
 DQJ  plan-1  N09  0.020
 DQJ  plan-1  N10  0.020
 DQJ  plan-1  H1   0.020
 DQJ  plan-1  H21  0.020
 DQJ  plan-2  C14  0.020
 DQJ  plan-2  C17  0.020
 DQJ  plan-2  O20  0.020
 DQJ  plan-2  H22  0.020
 DQJ  plan-2  N15  0.020
 DQJ  plan-2  C16  0.020
 DQJ  plan-3  C02  0.020
 DQJ  plan-3  C03  0.020
 DQJ  plan-3  C12  0.020
 DQJ  plan-3  C21  0.020
 DQJ  plan-3  N11  0.020
 DQJ  plan-3  O01  0.020

