# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 14:14:22 2020
#   Inital geometry file: a 125 line input string
#   Ligand name: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-azanyl-8-[3-(2-azanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylimino-azanylidene-azanium
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: NCCNC(=O)CCSc1nc2c(N)ncnc2n1[C@@H]3O[C@H](CN=[N+]=N)[C@@H](O)[C@H]3O
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DQ2  DQ2  '[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[6-azanyl-8-[3-(2-azanylethylamino)-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-purin-9-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methylimino-azanylidene-azanium'  ligand  53  30  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as OK
;

data_comp_DQ2
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DQ2  C2   C  CH2   0  -0.261  -6.7592   0.1693  -0.3102
 DQ2  C3   C  C     0   0.568  -4.4144  -0.1070   0.3861
 DQ2  C4   C  CH2   0  -0.589  -3.0293   0.5080   0.2978
 DQ2  C5   C  CH2   0  -0.543  -1.9527  -0.5653   0.3086
 DQ2  C6   C  CR5   0   0.333   0.7227  -1.0891   0.3175
 DQ2  C7   C  CR56  0   0.007   1.5293  -3.0351   0.5159
 DQ2  N8   N  N     0  -0.125   0.7614   3.3927   1.0664
 DQ2  N9   N  N     1   0.544   0.2712   4.3402   1.5038
 DQ2  C10  C  CR56  0   0.495   2.6061  -2.2131   0.2429
 DQ2  C11  C  CR15  0   0.206   2.8437   0.2038  -0.2594
 DQ2  C12  C  CR15  0  -0.015   2.6607   2.5040  -0.1754
 DQ2  C14  C  CR15  0  -0.057   3.1714   2.1233  -1.5784
 DQ2  C1   C  CH2   0  -0.309  -7.6473   1.3880  -0.5134
 DQ2  C13  C  CH2   0  -0.361   1.3577   3.2743  -0.2780
 DQ2  C15  C  CR15  0   0.006   2.6466   0.6874  -1.6933
 DQ2  C8   C  CR6   0   0.450   1.8160  -4.3999   0.6928
 DQ2  C9   C  CR16  0   0.044   4.0277  -3.8818   0.3272
 DQ2  N1   N  NH2   0  -0.800  -9.0394   0.9755  -0.5594
 DQ2  N10  N  N     0  -0.331  -0.3746   5.1891   1.9805
 DQ2  N2   N  NH1   0  -0.641  -5.3642   0.5519  -0.2911
 DQ2  N3   N  N     0  -0.454   0.3635  -2.3136   0.5642
 DQ2  N4   N  NH2   0  -0.818   0.8766  -5.3068   0.9687
 DQ2  N5   N  N     0  -0.471   3.0926  -4.7888   0.5883
 DQ2  N6   N  N     0  -0.457   3.8774  -2.5805   0.1384
 DQ2  N7   N  NR5   0  -0.587   2.0783  -0.9538   0.1102
 DQ2  O1   O  O     0  -0.498  -4.6330  -1.1085   1.0535
 DQ2  O2   O  O     0  -0.492   2.4686   1.2929   0.5438
 DQ2  O3   O  OH1   0  -0.658   4.5665   2.0836  -1.6370
 DQ2  O4   O  OH1   0  -0.646   3.3241  -0.1491  -2.5681
 DQ2  S1   S  S2    0   0.048  -0.3469   0.2824   0.2870
 DQ2  H1   H  HCH2  0   0.240  -7.0021  -0.3121   0.6380
 DQ2  H2   H  HCH2  0   0.234  -6.9528  -0.5589  -1.1036
 DQ2  H3   H  HCH2  0   0.273  -2.9391   1.1345  -0.5918
 DQ2  H4   H  HCH2  0   0.289  -2.9105   1.1707   1.1610
 DQ2  H5   H  HCH2  0   0.292  -2.0145  -1.1784   1.2043
 DQ2  H6   H  HCH2  0   0.292  -2.0262  -1.2116  -0.5651
 DQ2  H7   H  HCR5  0   0.275   3.8926  -0.0710  -0.1018
 DQ2  H8   H  HCR5  0   0.298   3.3923   3.1233   0.3507
 DQ2  H9   H  HCR5  0   0.271   2.7487   2.7790  -2.3502
 DQ2  H10  H  HCH2  0   0.206  -7.4220   2.1266   0.2682
 DQ2  H11  H  HCH2  0   0.227  -7.3988   1.8575  -1.4691
 DQ2  H12  H  HCH2  0   0.331   0.6032   2.7521  -0.8676
 DQ2  H13  H  HCH2  0   0.344   1.5203   4.2675  -0.6946
 DQ2  H14  H  HCR5  0   0.245   1.5710   0.7293  -1.9132
 DQ2  H15  H  HCR6  0   0.253   5.0418  -4.2601   0.2595
 DQ2  H16  H  HNH2  0   0.344  -9.3413   0.6997   0.3668
 DQ2  H17  H  HNH2  0   0.354  -9.6163   1.7676  -0.8096
 DQ2  H19  H  H     0   0.498   0.1362   5.8799   2.5422
 DQ2  H20  H  HNH1  0   0.401  -5.0846   1.3223  -0.8771
 DQ2  H21  H  HNH2  0   0.411  -0.0964  -5.0569   0.9850
 DQ2  H22  H  HNH2  0   0.404   1.1173  -6.2815   1.0206
 DQ2  H23  H  HOH1  0   0.464   4.9020   2.9853  -1.6040
 DQ2  H24  H  HOH1  0   0.467   3.0452   0.0472  -3.4680

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DQ2  N10  N9   double    1.168  0.020  1.168
 DQ2  N9   N8   double    1.153  0.020  1.153
 DQ2  N4   C8   single    1.335  0.020  1.335
 DQ2  N8   C13  single    1.475  0.020  1.475
 DQ2  N3   C7   aromatic  1.372  0.020  1.372
 DQ2  N3   C6   aromatic  1.300  0.020  1.300
 DQ2  C8   C7   aromatic  1.406  0.020  1.406
 DQ2  C8   N5   aromatic  1.339  0.020  1.339
 DQ2  C7   C10  aromatic  1.382  0.020  1.382
 DQ2  S1   C6   single    1.740  0.020  1.740
 DQ2  S1   C5   single    1.816  0.020  1.816
 DQ2  N5   C9   aromatic  1.329  0.020  1.329
 DQ2  C6   N7   aromatic  1.378  0.020  1.378
 DQ2  O2   C11  single    1.404  0.020  1.404
 DQ2  O2   C12  single    1.422  0.020  1.422
 DQ2  C10  N7   aromatic  1.372  0.020  1.372
 DQ2  C10  N6   aromatic  1.327  0.020  1.327
 DQ2  N7   C11  single    1.436  0.020  1.436
 DQ2  C9   N6   aromatic  1.323  0.020  1.323
 DQ2  O1   C3   double    1.223  0.020  1.223
 DQ2  C11  C15  single    1.526  0.020  1.526
 DQ2  C13  C12  single    1.517  0.020  1.517
 DQ2  C12  C14  single    1.541  0.020  1.541
 DQ2  C4   C5   single    1.520  0.020  1.520
 DQ2  C4   C3   single    1.518  0.020  1.518
 DQ2  C3   N2   single    1.340  0.020  1.340
 DQ2  N1   C1   single    1.453  0.020  1.453
 DQ2  C15  C14  single    1.533  0.020  1.533
 DQ2  C15  O4   single    1.387  0.020  1.387
 DQ2  C14  O3   single    1.397  0.020  1.397
 DQ2  N2   C2   single    1.447  0.020  1.447
 DQ2  C2   C1   single    1.522  0.020  1.522
 DQ2  C2   H1   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C2   H2   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C4   H3   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C4   H4   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C5   H5   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C5   H6   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C11  H7   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C12  H8   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C14  H9   single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C1   H10  single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C1   H11  single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C13  H12  single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C13  H13  single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C15  H14  single    0.970  0.020  1.090
 DQ2  C9   H15  single    0.930  0.020  1.080
 DQ2  N1   H16  single    0.890  0.020  1.040
 DQ2  N1   H17  single    0.890  0.020  1.040
 DQ2  N10  H19  single    0.890  0.020  1.040
 DQ2  N2   H20  single    0.860  0.020  1.020
 DQ2  N4   H21  single    0.860  0.020  1.020
 DQ2  N4   H22  single    0.860  0.020  1.020
 DQ2  O3   H23  single    0.850  0.020  0.980
 DQ2  O4   H24  single    0.850  0.020  0.980

loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
_chem_comp_angle.atom_id_2
_chem_comp_angle.atom_id_3
_chem_comp_angle.value_angle
_chem_comp_angle.value_angle_esd
 DQ2  H2   C2   H1   107.29  3.000
 DQ2  H2   C2   N2   110.87  3.000
 DQ2  H1   C2   N2   108.66  3.000
 DQ2  H2   C2   C1   109.45  3.000
 DQ2  H1   C2   C1   109.85  3.000
 DQ2  N2   C2   C1   110.65  3.000
 DQ2  O1   C3   N2   123.49  3.000
 DQ2  N2   C3   C4   114.72  3.000
 DQ2  O1   C3   C4   121.77  3.000
 DQ2  H4   C4   H3   106.63  3.000
 DQ2  H4   C4   C5   110.18  3.000
 DQ2  H3   C4   C5   110.63  3.000
 DQ2  H4   C4   C3   107.36  3.000
 DQ2  H3   C4   C3   110.81  3.000
 DQ2  C5   C4   C3   111.08  3.000
 DQ2  H6   C5   H5   108.81  3.000
 DQ2  H6   C5   S1   109.10  3.000
 DQ2  H5   C5   S1   108.86  3.000
 DQ2  H6   C5   C4   111.43  3.000
 DQ2  H5   C5   C4   111.33  3.000
 DQ2  S1   C5   C4   107.25  3.000
 DQ2  S1   C6   N7   121.66  3.000
 DQ2  N7   C6   N3   113.14  3.000
 DQ2  S1   C6   N3   125.18  3.000
 DQ2  N3   C7   C8   132.81  3.000
 DQ2  C8   C7   C10  116.32  3.000
 DQ2  N3   C7   C10  110.87  3.000
 DQ2  C13  N8   N9   125.70  3.000
 DQ2  N10  N9   N8   170.73  3.000
 DQ2  N7   C10  N6   127.94  3.000
 DQ2  N6   C10  C7   126.67  3.000
 DQ2  N7   C10  C7   105.39  3.000
 DQ2  H7   C11  O2   111.59  3.000
 DQ2  H7   C11  N7   105.73  3.000
 DQ2  O2   C11  N7   109.61  3.000
 DQ2  H7   C11  C15  109.77  3.000
 DQ2  N7   C11  C15  115.37  3.000
 DQ2  O2   C11  C15  104.90  3.000
 DQ2  H8   C12  O2   109.24  3.000
 DQ2  H8   C12  C13  108.64  3.000
 DQ2  O2   C12  C13  110.53  3.000
 DQ2  H8   C12  C14  110.87  3.000
 DQ2  C13  C12  C14  110.40  3.000
 DQ2  O2   C12  C14  107.16  3.000
 DQ2  H9   C14  O3   111.85  3.000
 DQ2  H9   C14  C15  112.02  3.000
 DQ2  O3   C14  C15  108.19  3.000
 DQ2  H9   C14  C12  111.41  3.000
 DQ2  O3   C14  C12  112.11  3.000
 DQ2  C15  C14  C12  100.73  3.000
 DQ2  H11  C1   H10  106.65  3.000
 DQ2  H11  C1   N1   108.18  3.000
 DQ2  H10  C1   N1   114.20  3.000
 DQ2  H11  C1   C2   109.14  3.000
 DQ2  H10  C1   C2   108.90  3.000
 DQ2  N1   C1   C2   109.64  3.000
 DQ2  H13  C13  H12  109.46  3.000
 DQ2  H13  C13  C12  111.14  3.000
 DQ2  H12  C13  C12  112.81  3.000
 DQ2  H13  C13  N8   109.61  3.000
 DQ2  H12  C13  N8   104.56  3.000
 DQ2  C12  C13  N8   109.04  3.000
 DQ2  H14  C15  O4   112.02  3.000
 DQ2  H14  C15  C14  108.33  3.000
 DQ2  O4   C15  C14  116.42  3.000
 DQ2  H14  C15  C11  109.06  3.000
 DQ2  O4   C15  C11  109.78  3.000
 DQ2  C14  C15  C11  100.50  3.000
 DQ2  N5   C8   N4   119.34  3.000
 DQ2  N5   C8   C7   117.82  3.000
 DQ2  N4   C8   C7   122.83  3.000
 DQ2  H15  C9   N6   116.12  3.000
 DQ2  H15  C9   N5   115.61  3.000
 DQ2  N6   C9   N5   128.27  3.000
 DQ2  H17  N1   H16  105.64  3.000
 DQ2  H17  N1   C1   109.40  3.000
 DQ2  H16  N1   C1   109.52  3.000
 DQ2  H19  N10  N9   115.93  3.000
 DQ2  H20  N2   C3   118.25  3.000
 DQ2  H20  N2   C2   117.53  3.000
 DQ2  C3   N2   C2   124.07  3.000
 DQ2  C7   N3   C6   104.71  3.000
 DQ2  H22  N4   H21  118.18  3.000
 DQ2  H22  N4   C8   120.07  3.000
 DQ2  H21  N4   C8   121.06  3.000
 DQ2  C9   N5   C8   119.22  3.000
 DQ2  C9   N6   C10  111.69  3.000
 DQ2  C11  N7   C10  124.04  3.000
 DQ2  C11  N7   C6   129.95  3.000
 DQ2  C10  N7   C6   105.89  3.000
 DQ2  C12  O2   C11  109.59  3.000
 DQ2  H23  O3   C14  108.66  3.000
 DQ2  H24  O4   C15  108.97  3.000
 DQ2  C6   S1   C5   100.11  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
 DQ2  CONST_01  C8   C7   N3   C6    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_02  C10  C7   N3   C6      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_03  C7   C10  N7   C6      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_04  N6   C10  N7   C6    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_05  N7   C6   N3   C7      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_06  C9   N5   C8   C7      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_07  C9   N6   C10  C7      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_08  N5   C8   C7   C10     0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_09  N3   C6   N7   C10     0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_10  N5   C9   N6   C10     0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_11  N7   C10  C7   C8    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_12  N6   C10  C7   C8      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_13  N6   C9   N5   C8      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_14  N7   C10  N6   C9    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_15  N5   C8   C7   N3    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_16  N7   C10  C7   N3      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_17  N6   C10  C7   N3    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_18  C11  N7   C10  C7    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_19  N3   C6   N7   C11   180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_20  N6   C10  N7   C11     0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_21  S1   C6   N3   C7    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_22  N4   C8   C7   C10   180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_23  S1   C6   N7   C10   180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_24  S1   C6   N7   C11     0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_25  N4   C8   N5   C9    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_26  N4   C8   C7   N3      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_27  H15  C9   N6   C10   180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_28  H21  N4   C8   C7      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_29  H22  N4   C8   C7    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_30  O1   C3   N2   C2      0.00   0.0  0
 DQ2  CONST_31  C4   C3   N2   C2    180.00   0.0  0
 DQ2  CONST_32  H20  N2   C3   C4      0.00   0.0  0
 DQ2  Var_01    N3   C6   S1   C5    -11.84  30.0  2
 DQ2  Var_02    C12  C13  N8   N9    137.54  30.0  3
 DQ2  Var_03    H5   C5   S1   C6     58.93  30.0  3
 DQ2  Var_04    S1   C5   C4   C3   -177.11  30.0  3
 DQ2  Var_05    C1   C2   N2   C3    150.95  30.0  3
 DQ2  Var_06    O1   C3   C4   C5     35.63  30.0  3
 DQ2  Var_07    N2   C2   C1   N1    178.72  30.0  1
 DQ2  Var_08    H16  N1   C1   C2     71.71  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DQ2  chir_01  C11  O2  N7   C15  negativ
 DQ2  chir_02  C12  O2  C13  C14  positiv
 DQ2  chir_03  C14  O3  C12  C15  positiv
 DQ2  chir_04  C15  O4  C14  C11  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DQ2  plan-1  C6   0.020
 DQ2  plan-1  C7   0.020
 DQ2  plan-1  C10  0.020
 DQ2  plan-1  C11  0.020
 DQ2  plan-1  C8   0.020
 DQ2  plan-1  C9   0.020
 DQ2  plan-1  N3   0.020
 DQ2  plan-1  N4   0.020
 DQ2  plan-1  N5   0.020
 DQ2  plan-1  N6   0.020
 DQ2  plan-1  N7   0.020
 DQ2  plan-1  S1   0.020
 DQ2  plan-1  H15  0.020
 DQ2  plan-2  C8   0.020
 DQ2  plan-2  N4   0.020
 DQ2  plan-2  H21  0.020
 DQ2  plan-2  H22  0.020
 DQ2  plan-3  C2   0.020
 DQ2  plan-3  C3   0.020
 DQ2  plan-3  C4   0.020
 DQ2  plan-3  N2   0.020
 DQ2  plan-3  O1   0.020
 DQ2  plan-3  H20  0.020
 DQ2  plan-4  N8   0.020
 DQ2  plan-4  N9   0.020
 DQ2  plan-4  C13  0.020
 DQ2  plan-4  N10  0.020
 DQ2  plan-4  H19  0.020

