# electronic Ligand Builder and Optimisation Workbench (eLBOW)
#   - a module of PHENIX version dev-svn-
#   - file written: Fri Apr 24 09:59:24 2020
#   Inital geometry file: a 237 line input string
#   Ligand name: 2,2'-(4,4'-bipiperidine-1,1'-diyldiethane-2,1-diyl)bis(10-methoxy-7H-pyrido[4,3-c]carbazol-2-ium)
#   Quantum optimisation: True
#   Method: PBEh-3c
#   Random seed: 3628800
#   SMILES string: COc1ccc2[nH]c3ccc4cc[n+](CCN5CCC(CC5)C6CCN(CC6)CC[n+]7ccc8ccc9[nH]c%10ccc(OC)cc%10c9c8c7)cc4c3c2c1
#
data_comp_list
loop_
_chem_comp.id
_chem_comp.three_letter_code
_chem_comp.name
_chem_comp.group
_chem_comp.number_atoms_all
_chem_comp.number_atoms_nh
_chem_comp.desc_level
_chem_comp.initial_date
_chem_comp.modified_date
_chem_comp.source
 DIT  DIT  2,2'-(4,4'-bipiperidine-1,1'-diyldiethane-2,1-diyl)bis(10-methoxy-7H-pyrido[4,3-c]carbazol-2-ium)  ligand  104  54  .  2021-08-08  2021-08-08  
;
Directly from eLBOW using geometry from QM method PBEh-3c with CPCM solvent model
Validated by Mogul as PERFECT
;

data_comp_DIT
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.type_energy
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.partial_charge
_chem_comp_atom.x
_chem_comp_atom.y
_chem_comp_atom.z
 DIT  C1    C  CR16  0  -0.000   -7.6487   0.4183  -1.1036
 DIT  N2    N  NR6   1  -0.417   -6.9901   1.2511  -1.8955
 DIT  C3    C  CR16  0   0.044   -7.6310   2.2121  -2.6075
 DIT  C4    C  CR16  0  -0.405   -8.9829   2.3343  -2.5274
 DIT  C5    C  CR16  0  -0.332  -11.1402   1.5892  -1.5980
 DIT  C6    C  CR16  0  -0.265  -11.8520   0.7538  -0.7881
 DIT  N7    N  NR15  0  -0.772  -11.6824  -1.1493   0.7928
 DIT  C8    C  CR16  0  -0.283  -10.7309  -2.9805   2.1944
 DIT  C9    C  CR16  0  -0.401   -9.5527  -3.6102   2.5473
 DIT  C10   C  CR6   0   0.417   -8.3209  -3.1941   2.0104
 DIT  O10   O  O2    0  -0.477   -7.1407  -3.7735   2.3194
 DIT  C11   C  CR16  0  -0.539   -8.2641  -2.1389   1.1120
 DIT  C12   C  CR66  0   0.225   -9.7314   1.4753  -1.7034
 DIT  C13   C  CR56  0   0.336  -11.1619  -0.2328  -0.0576
 DIT  C14   C  CR56  0   0.324  -10.6700  -1.9253   1.2954
 DIT  C15   C  CR56  0   0.074   -9.4447  -1.4909   0.7450
 DIT  C16   C  CR56  0   0.127   -9.7717  -0.3964  -0.1266
 DIT  C17   C  CR66  0  -0.061   -9.0347   0.4767  -0.9641
 DIT  C18   C  CH3   0  -0.438   -7.1248  -4.8351   3.2515
 DIT  C19   C  CH2   0  -0.365   -5.5223   1.1972  -1.9406
 DIT  C20   C  CH2   0  -0.266   -4.9342   2.1112  -0.8677
 DIT  N21   N  NT    0  -0.422   -3.4923   2.0967  -0.9148
 DIT  C22   C  CH2   0  -0.280   -2.9245   3.2971  -0.3236
 DIT  C23   C  CH2   0  -0.436   -1.4147   3.3380  -0.4869
 DIT  C24   C  CH1   0  -0.215   -0.7409   2.1044   0.1133
 DIT  C25   C  CH2   0  -0.433   -1.4137   0.8613  -0.4676
 DIT  C26   C  CH2   0  -0.287   -2.9244   0.9075  -0.3012
 DIT  C1X   C  CR16  0  -0.000    7.6730   0.4397   1.1163
 DIT  N2X   N  NR6   1  -0.417    7.0282   1.2767   1.9152
 DIT  C3X   C  CR16  0   0.044    7.6835   2.2292   2.6253
 DIT  C4X   C  CR16  0  -0.405    9.0361   2.3376   2.5366
 DIT  C5X   C  CR16  0  -0.332   11.1795   1.5727   1.5914
 DIT  C6X   C  CR16  0  -0.265   11.8773   0.7328   0.7740
 DIT  N7X   N  NR15  0  -0.771   11.6774  -1.1625  -0.8128
 DIT  C8X   C  CR16  0  -0.283   10.6976  -2.9780  -2.2154
 DIT  C9X   C  CR16  0  -0.401    9.5107  -3.5942  -2.5627
 DIT  CAX   C  CR6   0   0.417    8.2869  -3.1681  -2.0153
 DIT  OAX   O  O2    0  -0.477    7.0988  -3.7343  -2.3184
 DIT  CBX   C  CR16  0  -0.539    8.2472  -2.1163  -1.1121
 DIT  CCX   C  CR66  0   0.225    9.7703   1.4733   1.7055
 DIT  CDX   C  CR56  0   0.336   11.1722  -0.2439   0.0445
 DIT  CEX   C  CR56  0   0.324   10.6537  -1.9259  -1.3117
 DIT  CFX   C  CR56  0   0.074    9.4367  -1.4814  -0.7510
 DIT  CGX   C  CR56  0   0.127    9.7809  -0.3936   0.1223
 DIT  CHX   C  CR66  0  -0.061    9.0585   0.4843   0.9676
 DIT  CIX   C  CH3   0  -0.438    7.0660  -4.7935  -3.2526
 DIT  CJX   C  CH2   0  -0.365    5.5603   1.2342   1.9716
 DIT  NLX   N  NT    0  -0.422    3.5279   2.1240   0.9431
 DIT  CMX   C  CH2   0  -0.280    2.9544   3.3175   0.3437
 DIT  CNX   C  CH2   0  -0.437    1.4434   3.3486   0.4998
 DIT  COX   C  CH1   0  -0.215    0.7784   2.1082  -0.0971
 DIT  CPX   C  CH2   0  -0.433    1.4579   0.8726   0.4914
 DIT  CQX   C  CH2   0  -0.287    2.9690   0.9293   0.3326
 DIT  H1    H  HCR6  0   0.323   -7.0461  -0.3073  -0.5799
 DIT  H3    H  HCR6  0   0.342   -7.0133   2.8490  -3.2214
 DIT  H4    H  HCR6  0   0.306   -9.4746   3.1051  -3.1042
 DIT  H5    H  HCR6  0   0.282  -11.6468   2.3556  -2.1685
 DIT  H6    H  HCR6  0   0.293  -12.9270   0.8456  -0.7055
 DIT  HN7   H  HNR5  0   0.421  -12.6586  -1.2412   1.0231
 DIT  H8    H  HCR6  0   0.277  -11.6732  -3.3078   2.6134
 DIT  H9    H  HCR6  0   0.286   -9.6026  -4.4316   3.2480
 DIT  H11   H  HCR6  0   0.255   -7.2986  -1.8491   0.7199
 DIT  H181  H  HCH3  0   0.228   -7.5022  -4.5288   4.2307
 DIT  H182  H  HCH3  0   0.228   -7.7032  -5.6958   2.9051
 DIT  H183  H  HCH3  0   0.260   -6.0855  -5.1362   3.3574
 DIT  H191  H  HCH2  0   0.296   -5.2268   0.1580  -1.8109
 DIT  H192  H  HCH2  0   0.300   -5.2042   1.5146  -2.9312
 DIT  H201  H  HCH2  0   0.260   -5.2804   3.1291  -1.0638
 DIT  H202  H  HCH2  0   0.222   -5.3330   1.8267   0.1208
 DIT  H221  H  HCH2  0   0.239   -3.3679   4.1691  -0.8101
 DIT  H222  H  HCH2  0   0.191   -3.1733   3.3720   0.7499
 DIT  H231  H  HCH2  0   0.213   -1.1673   3.4084  -1.5519
 DIT  H232  H  HCH2  0   0.238   -1.0524   4.2541  -0.0168
 DIT  H24   H  HCH1  0   0.203   -0.9308   2.1117   1.1969
 DIT  H251  H  HCH2  0   0.214   -1.1687   0.7733  -1.5317
 DIT  H252  H  HCH2  0   0.238   -1.0496  -0.0467   0.0167
 DIT  H261  H  HCH2  0   0.194   -3.1742   0.8620   0.7740
 DIT  H262  H  HCH2  0   0.238   -3.3597   0.0156  -0.7568
 DIT  H3X   H  HCR6  0   0.341    7.0766   2.8710   3.2451
 DIT  H4X   H  HCR6  0   0.306    9.5396   3.1017   3.1121
 DIT  H5X   H  HCR6  0   0.283   11.6979   2.3315   2.1615
 DIT  H6X   H  HCR6  0   0.293   12.9527   0.8135   0.6848
 DIT  HN7X  H  HNR5  0   0.421   12.6507  -1.2620  -1.0522
 DIT  H8X   H  HCR6  0   0.277   11.6335  -3.3130  -2.6424
 DIT  H9X   H  HCR6  0   0.286    9.5474  -4.4130  -3.2672
 DIT  H11X  H  HCR6  0   0.255    7.2876  -1.8191  -0.7111
 DIT  HX81  H  HCH3  0   0.260    6.0231  -5.0840  -3.3521
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 DIT  HX83  H  HCH3  0   0.228    7.6381  -5.6606  -2.9121
 DIT  HX91  H  HCH2  0   0.300    5.2521   1.5587   2.9629
 DIT  HX92  H  HCH2  0   0.296    5.2573   0.1962   1.8497
 DIT  HX21  H  HCH2  0   0.191    3.2074   3.3887  -0.7292
 DIT  HX22  H  HCH2  0   0.239    3.3893   4.1951   0.8277
 DIT  HX31  H  HCH2  0   0.238    1.0771   4.2602   0.0243
 DIT  HX32  H  HCH2  0   0.213    1.1912   3.4222   1.5635
 DIT  H24X  H  HCH1  0   0.203    0.9697   2.1121  -1.1804
 DIT  HX51  H  HCH2  0   0.214    1.2083   0.7867   1.5547
 DIT  HX52  H  HCH2  0   0.238    1.1117  -0.0427   0.0106
 DIT  HX61  H  HCH2  0   0.194    3.2238   0.8808  -0.7413
 DIT  HX62  H  HCH2  0   0.238    3.4073   0.0416   0.7934
 DIT  CKX   C  CH2   0  -0.266    4.9699   2.1459   0.8979
 DIT  H1X   H  HCR6  0   0.323    7.0594  -0.2786   0.5951
 DIT  HX01  H  HCH2  0   0.222    5.3706   1.8626  -0.0902
 DIT  HX02  H  HCH2  0   0.260    5.3114   3.1653   1.0939

loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.type
_chem_comp_bond.value_dist
_chem_comp_bond.value_dist_esd
_chem_comp_bond.value_dist_neutron
 DIT  C1   N2    aromatic  1.325  0.020  1.325
 DIT  C1   C17   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DIT  C1   H1    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  N2   C3    aromatic  1.357  0.020  1.357
 DIT  N2   C19   single    1.470  0.020  1.470
 DIT  C3   C4    aromatic  1.360  0.020  1.360
 DIT  C3   H3    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C4   C12   aromatic  1.406  0.020  1.406
 DIT  C4   H4    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C5   C6    aromatic  1.364  0.020  1.364
 DIT  C5   C12   aromatic  1.417  0.020  1.417
 DIT  C5   H5    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C6   C13   aromatic  1.408  0.020  1.408
 DIT  C6   H6    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  N7   C13   aromatic  1.354  0.020  1.354
 DIT  N7   C14   aromatic  1.371  0.020  1.371
 DIT  N7   HN7   single    0.860  0.020  1.020
 DIT  C8   C9    aromatic  1.382  0.020  1.382
 DIT  C8   C14   aromatic  1.388  0.020  1.388
 DIT  C8   H8    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C9   C10   aromatic  1.407  0.020  1.407
 DIT  C9   H9    single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C10  O10   single    1.351  0.020  1.351
 DIT  C10  C11   aromatic  1.387  0.020  1.387
 DIT  O10  C18   single    1.413  0.020  1.413
 DIT  C11  C15   aromatic  1.396  0.020  1.396
 DIT  C11  H11   single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C12  C17   aromatic  1.424  0.020  1.424
 DIT  C13  C16   aromatic  1.401  0.020  1.401
 DIT  C14  C15   aromatic  1.412  0.020  1.412
 DIT  C15  C16   aromatic  1.437  0.020  1.437
 DIT  C16  C17   aromatic  1.417  0.020  1.417
 DIT  C18  H181  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C18  H182  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C18  H183  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C19  C20   single    1.527  0.020  1.527
 DIT  C19  H191  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C19  H192  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C20  N21   single    1.443  0.020  1.443
 DIT  C20  H201  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C20  H202  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  N21  C22   single    1.454  0.020  1.454
 DIT  N21  C26   single    1.454  0.020  1.454
 DIT  C22  C23   single    1.519  0.020  1.519
 DIT  C22  H221  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C22  H222  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C23  C24   single    1.528  0.020  1.528
 DIT  C23  H231  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C23  H232  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C24  C25   single    1.528  0.020  1.528
 DIT  C24  COX   single    1.534  0.020  1.534
 DIT  C24  H24   single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C25  C26   single    1.521  0.020  1.521
 DIT  C25  H251  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C25  H252  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C26  H261  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C26  H262  single    0.970  0.020  1.090
 DIT  C1X  N2X   aromatic  1.325  0.020  1.325
 DIT  C1X  CHX   aromatic  1.394  0.020  1.394
 DIT  C1X  H1X   single    0.930  0.020  1.080
 DIT  N2X  C3X   aromatic  1.357  0.020  1.357
 DIT  N2X  CJX   single    1.470  0.020  1.470
 DIT  C3X  C4X   aromatic  1.360  0.020  1.360
 DIT  C3X  H3X   single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C4X  CCX   aromatic  1.406  0.020  1.406
 DIT  C4X  H4X   single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C5X  C6X   aromatic  1.364  0.020  1.364
 DIT  C5X  CCX   aromatic  1.417  0.020  1.417
 DIT  C5X  H5X   single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C6X  CDX   aromatic  1.408  0.020  1.408
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 DIT  N7X  CDX   aromatic  1.354  0.020  1.354
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 DIT  C8X  H8X   single    0.930  0.020  1.080
 DIT  C9X  CAX   aromatic  1.407  0.020  1.407
 DIT  C9X  H9X   single    0.930  0.020  1.080
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loop_
_chem_comp_angle.comp_id
_chem_comp_angle.atom_id_1
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 DIT  H4    C4   C3    119.00  3.000
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 DIT  CFX   CBX  CAX   119.27  3.000
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 DIT  CGX   CFX  CEX   105.86  3.000
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 DIT  CQX   NLX  CMX   110.49  3.000
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 DIT  HX22  CMX  NLX   108.65  3.000
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 DIT  HX32  CNX  COX   109.48  3.000
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 DIT  HX32  CNX  CMX   109.27  3.000
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 DIT  COX   CNX  CMX   112.08  3.000
 DIT  H24X  COX  CPX   107.75  3.000
 DIT  H24X  COX  CNX   107.82  3.000
 DIT  CPX   COX  CNX   108.19  3.000
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 DIT  CQX   CPX  COX   111.81  3.000
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 DIT  HX02  CKX  NLX   108.71  3.000
 DIT  HX01  CKX  NLX   112.78  3.000
 DIT  HX02  CKX  CJX   108.05  3.000
 DIT  HX01  CKX  CJX   109.63  3.000
 DIT  NLX   CKX  CJX   110.81  3.000

loop_
_chem_comp_tor.comp_id
_chem_comp_tor.id
_chem_comp_tor.atom_id_1
_chem_comp_tor.atom_id_2
_chem_comp_tor.atom_id_3
_chem_comp_tor.atom_id_4
_chem_comp_tor.value_angle
_chem_comp_tor.value_angle_esd
_chem_comp_tor.period
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 DIT  CONST_74   CFX   CBX  CAX  C9X     0.00   0.0  0
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 DIT  CONST_78   CDX   CGX  CFX  CBX   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_79   CHX   CGX  CFX  CBX     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_80   CDX   C6X  C5X  CCX     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_81   CDX   CGX  CHX  CCX     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_82   CFX   CGX  CHX  CCX   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_83   CFX   CEX  N7X  CDX     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_84   CEX   CFX  CGX  CDX     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_85   CGX   CDX  N7X  CEX     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_86   CHX   CGX  CFX  CEX   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_87   C19   N2   C3   C4    180.00   0.0  0
 DIT  CONST_88   O10   C10  C9   C8    180.00   0.0  0
 DIT  CONST_89   C15   C11  C10  O10   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_90   C19   N2   C1   C17   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_91   CJX   N2X  C3X  C4X   180.00   0.0  0
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 DIT  CONST_93   CFX   CBX  CAX  OAX   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_94   CJX   N2X  C1X  CHX   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_95   H3    C3   N2   C1    180.00   0.0  0
 DIT  CONST_96   H4    C4   C3   N2    180.00   0.0  0
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 DIT  CONST_98   H5    C5   C12  C4      0.00   0.0  0
 DIT  CONST_99   HN7   N7   C13  C6      0.00   0.0  0
 DIT  CONST_100  H6    C6   C13  N7      0.00   0.0  0
 DIT  CONST_101  H8    C8   C14  N7      0.00   0.0  0
 DIT  CONST_102  H11   C11  C10  C9    180.00   0.0  0
 DIT  CONST_103  H9    C9   C10  C11   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_104  H3X   C3X  N2X  C1X   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_105  H4X   C4X  C3X  N2X   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_106  H1X   C1X  N2X  C3X   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_107  H5X   C5X  CCX  C4X     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_108  HN7X  N7X  CDX  C6X     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_109  H6X   C6X  CDX  N7X     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_110  H8X   C8X  CEX  N7X     0.00   0.0  0
 DIT  CONST_111  H11X  CBX  CAX  C9X   180.00   0.0  0
 DIT  CONST_112  H9X   C9X  CAX  CBX   180.00   0.0  0
 DIT  Var_01     C24   C23  C22  N21   -56.84  30.0  1
 DIT  Var_02     C24   C25  C26  N21    57.11  30.0  1
 DIT  Var_03     C25   C26  N21  C22   -59.10  30.0  1
 DIT  Var_04     C26   N21  C22  C23    58.92  30.0  1
 DIT  Var_05     COX   CNX  CMX  NLX   -56.85  30.0  1
 DIT  Var_06     COX   CPX  CQX  NLX    57.08  30.0  1
 DIT  Var_07     CPX   CQX  NLX  CMX   -59.07  30.0  1
 DIT  Var_08     CQX   NLX  CMX  CNX    58.85  30.0  1
 DIT  Var_09     C20   C19  N2   C1    -88.59  30.0  2
 DIT  Var_10     N21   C20  C19  N2   -178.69  30.0  3
 DIT  Var_11     C22   N21  C20  C19   156.92  30.0  3
 DIT  Var_12     CKX   CJX  N2X  C1X   -88.14  30.0  2
 DIT  Var_13     NLX   CKX  CJX  N2X  -179.63  30.0  3
 DIT  Var_14     CMX   NLX  CKX  CJX   157.30  30.0  3
 DIT  Var_15     H181  C18  O10  C10   -60.55  30.0  3
 DIT  Var_16     HX81  CIX  OAX  CAX  -179.32  30.0  3

loop_
_chem_comp_chir.comp_id
_chem_comp_chir.id
_chem_comp_chir.atom_id_centre
_chem_comp_chir.atom_id_1
_chem_comp_chir.atom_id_2
_chem_comp_chir.atom_id_3
_chem_comp_chir.volume_sign
 DIT  chir_01  C24  C23  C25  COX  negativ
 DIT  chir_02  COX  CPX  CNX  C24  positiv

loop_
_chem_comp_plane_atom.comp_id
_chem_comp_plane_atom.plane_id
_chem_comp_plane_atom.atom_id
_chem_comp_plane_atom.dist_esd
 DIT  plan-1  C1    0.020
 DIT  plan-1  N2    0.020
 DIT  plan-1  C3    0.020
 DIT  plan-1  C4    0.020
 DIT  plan-1  C5    0.020
 DIT  plan-1  C6    0.020
 DIT  plan-1  N7    0.020
 DIT  plan-1  C8    0.020
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 DIT  plan-1  O10   0.020
 DIT  plan-1  C11   0.020
 DIT  plan-1  C12   0.020
 DIT  plan-1  C13   0.020
 DIT  plan-1  C14   0.020
 DIT  plan-1  C15   0.020
 DIT  plan-1  C16   0.020
 DIT  plan-1  C17   0.020
 DIT  plan-1  C19   0.020
 DIT  plan-1  H1    0.020
 DIT  plan-1  H3    0.020
 DIT  plan-1  H4    0.020
 DIT  plan-1  H5    0.020
 DIT  plan-1  H6    0.020
 DIT  plan-1  HN7   0.020
 DIT  plan-1  H8    0.020
 DIT  plan-1  H9    0.020
 DIT  plan-1  H11   0.020
 DIT  plan-2  C1X   0.020
 DIT  plan-2  N2X   0.020
 DIT  plan-2  C3X   0.020
 DIT  plan-2  C4X   0.020
 DIT  plan-2  C5X   0.020
 DIT  plan-2  C6X   0.020
 DIT  plan-2  N7X   0.020
 DIT  plan-2  C8X   0.020
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 DIT  plan-2  CEX   0.020
 DIT  plan-2  CFX   0.020
 DIT  plan-2  CGX   0.020
 DIT  plan-2  CHX   0.020
 DIT  plan-2  CJX   0.020
 DIT  plan-2  H3X   0.020
 DIT  plan-2  H4X   0.020
 DIT  plan-2  H5X   0.020
 DIT  plan-2  H6X   0.020
 DIT  plan-2  HN7X  0.020
 DIT  plan-2  H8X   0.020
 DIT  plan-2  H9X   0.020
 DIT  plan-2  H11X  0.020
 DIT  plan-2  H1X   0.020

